Территория Айдахо была организована в марте 1863 года, а округ Овайхи был первым округом на территории, организованным в декабре того же года. Округ Онейда был организован в январе 1864 года, а округ Миссула был принят в том же месяце, прежде чем в мае стал частью новой территории Монтана . В феврале 1864 года были признаны округа Шошоны, Нез-Персе, Айдахо и Бойсе; В том же месяце был организован округ Альтурас . В декабре 1864 г. были созданы округа Кутенай и Ада; Округ Ла-То также был создан в это время, но был упразднен в 1867 году.
Современные границы Айдахо были установлены в 1868 году, а в следующем году было создано графство Лемхи. К тому времени, когда Айдахо был принят в состав Союза в качестве 43-го штата в 1890 году, были созданы еще восемь округов, в результате чего общее количество округов достигло 18. После создания округов Каньон, Фремонт и Баннок округа Альтурас и Логан были объединены в Блейн. Графство в марте 1895 г .; Позже в том же месяце округ Линкольн был образован из округа Блейн. Округа Боннер и Твин-Фоллс были созданы в 1907 году, прежде чем в период с 1911 по 1919 год был создан еще 21 округ, в результате чего общее количество округов достигло 44 на сегодняшний день.
С 1945 года каждый округ использовал на своих номерных знаках код , состоящий из первой буквы названия округа. Если названия двух или более округов начинаются с одной и той же буквы, в каждом из этих округов букве предшествует число, указывающее порядок этого округа в алфавитном списке. Например, четыре округа, начинающиеся с буквы «L» в алфавитном порядке, — это Лата, Лемхи, Льюис и Линкольн; коды этих округов, таким образом, 1L, 2L, 3L и 4L соответственно. Элмор, Айдахо, Кутенай, Нез-Персе, Шошоны, Вэлли и Вашингтон — единственные округа в штате с соответствующими первыми буквами; в этих округах кодом служит только буква.