Перейти к навигации Перейти к поиску
Эта страница является подразделом списка программного обеспечения для выравнивания последовательностей .
Инструменты визуализации множественного выравнивания обычно служат четырем целям:
- Содействовать общему пониманию крупномасштабных выравниваний ДНК или белков.
- Визуализируйте выравнивание рисунков и публикаций
- Редактировать и курировать автоматически созданные выравнивания вручную
- Глубокий анализ
Остальная часть этой статьи сосредоточена только на множественных глобальных выравниваниях гомологичных белков. Первые два являются естественным следствием того, что большинство представлений выравниваний и их аннотаций нечитаемы человеком и лучше всего представлены в знакомом формате строки последовательностей и столбца выравнивания, примеры которых широко распространены в литературе. Третье необходимо, потому что алгоритмы как множественного выравнивания последовательностей, так и структурного выравниванияиспользуйте эвристики, которые не всегда работают идеально. Четвертый - отличный пример того, как интерактивные графические инструменты позволяют работнику, участвующему в анализе последовательности, удобно выполнять множество различных вычислительных инструментов для исследования филогенетических последствий совмещения; или, чтобы предсказать структуру и функциональные свойства конкретной последовательности, например, сравнительное моделирование.
Наблюдатели, редакторы выравнивания [ править ]
| Имя | Интегрированные инструменты прогнозирования структуры | Может выравнивать последовательности | Может рассчитывать филогенетические деревья | Другие особенности | Поддержка формата | Лицензия | Может работать в браузере | Операционные платформы | Ссылка на сайт |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Алан | Нет | Нет | Нет | Позволяет быстро и напрямую просматривать выравнивание последовательностей в терминале Linux без X-пересылки | FASTA , Clustal | Бесплатно, GPL 3 | Нет | Терминал Linux | Официальный веб-сайт |
| Ale ( плагин emacs ) | Нет | да | Нет | Нет | GenBank, EMBL, FASTA , PHYLIP | Бесплатно, GPL | Нет | GNU Emacs | Официальный веб-сайт |
| AliView 2021 | Нет | МЫШЦЫ интегрированы; другие программы, такие как MAFFT, могут быть определены | Внешние программы, такие как FastTree, можно вызывать изнутри. | Быстрая и простая навигация с помощью неограниченного колесика мыши с возможностью уменьшения масштаба. Обрабатывает неограниченное выравнивание размера файла. Вырожденная конструкция грунтовки. | FASTA , FASTQ , PHYLIP , Nexus , MSF, Clustal | Бесплатно, GPL 3 | ? | Кросс-платформенная - Mac OS, Linux, Окна | Официальный веб-сайт |
| alv | Нет | Нет | Нет | Консольный (без графического интерфейса), но с цветами. Кодирующая ДНК окрашена кодоном. | FASTA , PHYLIP , Nexus , Clustal , Стокгольм | Бесплатно, GPL 3 | Нет | Кроссплатформенность | Официальный сайт , см. ТакжеalvнаGitHub |
| вилка | редактируемая структура, отображение связей в областях спиральной последовательности, средство просмотра 2D-молекул | MUSCLE, MAFFT, ClustalW, ProbCons, FastAligner (выравнивание по регионам + автоматическая ссылка) | arb-parsimony & -NJ, RAxML, PHYML, Phylip, FastTree2, MrBayes | Редактирует огромные трассы и деревья. Поддерживает NUC + AA. Отображает кодоны под ДНК. Пользовательское выделение столбцов (например, с помощью профилей сохранения). Конструирует, сопоставляет и визуализирует зонды . | FASTA , GenBank , EMBL , Newick | Проприетарная , бесплатная , произвольная лицензия , открытый изменяемый исходный код | Нет | Linux, Mac OS (доморощенный) | Официальный веб-сайт |
| По базам | Нет | МЫШЦЫ | UPGMA, NJ , полные и одиночные ссылки, WPMGA | Визуальная сводка, таблицы процентной идентичности, некоторые интегрированные инструменты расширенного анализа | Genbank, FASTA , EMBEL, Clustal , файлы base-by-base | Проприетарное , бесплатное ПО , необходимо зарегистрировать | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| BioEdit | Нет | Clustal W | Элементарно, умею читать ФИЛИП | Рисунок плазмиды, хроматограммы ABI, | Генбанк, ФАСТА , ФИЛИП 3.2 и 4, НБРФ-ПИР | Проприетарное , бесплатное ПО | Нет | Windows (95/98 / NT / 2000 / XP) | Официальный веб-сайт |
| BioNumerics | Нет | да | да | ? | Генбанк, ФАСТА | Собственный , коммерческий | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| биосинтаксис | Нет | Нет | Нет | Встроенная поддержка подсветки синтаксиса для Vim , less , gedit и Sublime | FASTA , FASTQ , Clustal , SAM , VCF и другие | Бесплатно, GPL 3 | Нет | Vim, Less, GEdit и Sublime | Официальный веб-сайт |
| BoxShade | Нет | Нет | Нет | Специально для нескольких выравниваний | Формат MSF, записанный с помощью PILEUP, READSEQ или SEQIO (fmtseq); Формат ALN, как написано Clustal W | Бесплатное, общественное достояние | Нет | MSDOS, VMS | Официальный веб-сайт |
| КИНО | Нет, но может читать-показывать аннотации 2D-структуры | Clustal W | Нет | Dotplot, 6-кадровая трансляция, Blast | Nexus , MSF, Clustal , FASTA , PHYLIP , PIR , ПРИНТЫ | Проприетарное , бесплатное ПО | Нет | Кроссплатформенность - Mac OS, Linux, Windows | Официальный веб-сайт |
| CLC Viewer (бесплатная версия) | Только коммерческая версия | Clustal , MUSCLE, T-Coffee, MAFFT, Kalign, различные | UPGMA, Нью-Джерси | Рабочие процессы, поиск blast-genbank | многие | Проприетарное , бесплатное ПО . В коммерческих версиях доступно больше опций. | Нет | ? | Официальный веб-сайт |
| Программа просмотра Clustal X | Нет | Clustal W | Нью-Джерси | Анализ качества центровки | Nexus , MSF, Clustal , FASTA , PHYLIP | Фирменные , бесплатная для академического использования | Нет | Командная строка | Официальный веб-сайт |
| Приложение для цилиндрического выравнивания | Нет | Нет | Нет | 3D, анимация, детализация, выбор легенды | BLAST XML, проприетарный XML, GFF3, Clustal W, INSDSet, расширяемый пользователем с помощью XSLT | Бесплатно, CDDL 1. Доступно для двойного лицензирования. | ? | Кроссплатформенность - Mac OS, Linux, Windows | Официальный веб-сайт |
| Цилиндрический просмотрщик BLAST | Нет | Нет | Нет | 3D, анимация, детализация, выбор легенды | BLAST XML, проприетарный XML, GFF3, Clustal W, INSDSet, расширяемый пользователем с помощью XSLT | Бесплатно, GPL | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| РАСШИФРОВАТЕЛЬ | да | да | UPGMA, NJ , ML | Конструкция праймер-зонда, поиск химеры | FASTA, FASTQ, GenBank | Бесплатно, GPL | Нет | Mac OS, Windows | Официальный веб-сайт |
| Discovery Studio | да | Align123, Clustal W, S-ALIGN | UPGMA, NJ , с бутстрапом и лучшим деревом | Визуализатор поддерживает 2D и 3D структуру и последовательность; полная версия имеет обширную функциональность для белков, нуклеотидов и т. д. | BSML, EMBL, GB, HELM, Clustal , FASTA , GDE, PDB , SEQ, SPT, ... | Проприетарный , коммерческий , Viewer является бесплатным | ? | Linux, Windows | Официальный веб-сайт |
| ДнаСП | ? | ? | ? | Может рассчитывать несколько статистических данных популяционной генетики, реконструировать гаплотипы с помощью PHASE | FASTA , Nexus , MEGA, PHYLIP | Проприетарное , коммерческое , бесплатное ПО для некоммерческого использования | ? | Кроссплатформенность - Mac OS, Linux, Windows | Официальный веб-сайт |
| Пакет молекулярной биологии DNASTAR Lasergene | да | да | да | Выравнивайте последовательности ДНК, РНК, белка или ДНК + белок с помощью различных алгоритмов попарного и множественного выравнивания последовательностей, генерируйте филогенетические деревья для прогнозирования эволюционных отношений, исследуйте треки последовательностей для просмотра содержания GC, доли пробелов, логотипов последовательностей, перевода | ABI, DNA Multi-Seq, FASTA , GCG Pileup, GenBank, Phred | Доступны проприетарные , коммерческие и академические лицензии | ? | Mac OS, Windows | Официальный веб-сайт |
| emacs - biomode | ? | ? | ? | ? | ? | Бесплатно, GPL | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| FLAK | Нет | Может выполнять нечеткое выравнивание всего генома | Нет | Очень быстрая, настраиваемая, визуализация WYSIWYG с фильтрами и нечеткими параметрами | FASTA | Проприетарное , коммерческое , бесплатное программное обеспечение для некоммерческого использования | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| Генедок | Нет, но можно читать-показывать аннотации | Попарно | Нет, но можно читать-показывать аннотации | моделирование геля, статистика, несколько просмотров, простой | многие | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | Официальная таблица возможностей сайта |
| Гениальный | Да - на базе инструментов EMBOSS | Clustal , МЫШЦЫ, MAUVE, профиль, перевод | UPGMA, NJ , PhyML, плагин MrBayes, плагин PAUP * | Сборка всего генома, рестрикционный анализ, клонирование, дизайн праймеров, точечная диаграмма и многое другое | > 40 форматов файлов, импортированных и экспортированных | Собственные , коммерческие ; личный, плавающий | ? | Кроссплатформенность - Mac, Windows, Linux | Официальный веб-сайт |
| Встроенный браузер генома (IGB) | Нет | Нет | Нет | Последовательности и функции из файлов, URL-адресов и произвольных серверов DAS и QuickLoad | БАМ, ФАСТА , ПСЛ | Бесплатно, CPL | ? | Кроссплатформенность - Mac, Windows, Linux | Официальный веб-сайт |
| интерактивное Древо Жизни (iTOL) | Нет | Нет | ? | Инструмент просмотра аннотаций филогенетического дерева, который может визуализировать выравнивания прямо на дереве. В дополнение к выравниваниям могут отображаться различные другие типы наборов данных. | FASTA | Собственное , бесплатное использование | да | Браузер | Официальный веб-сайт |
| IVisTMSA | Нет | Clustal Omega, ClustalW2, MAFFT, MUSCLE, BioJava интегрированы для построения выравнивания | Расчет дерева инструмент вычисляет филогенетическое дерево с использованием BioJava API и позволяет пользователю рисовать деревья с помощью археоптерикса | Программное обеспечение представляет собой пакет из 7 интерактивных визуальных инструментов для множественного выравнивания последовательностей. Основное внимание уделяется манипулированию большими выравниваниями. Включает MSApad, компаратор MSA, инструмент реконструкции MSA, генератор FASTA и калькулятор матрицы идентификаторов MSA. | Clustal W, MSF, PHYLIP , PIR , GDE, Nexus | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | www.ivistmsa.com |
| Jalview | Предсказание вторичной структуры через JNET | Clustal , MUSCLE, MAFFT, Probcons, TCoffee через веб-сервисы | UPGMA, Нью-Джерси | Последовательности и функции с произвольных и публично зарегистрированных серверов DAS , PFAM, PDB, EMBL, получение доступа Uniprot. | FASTA , PFAM , MSF, Clustal , BLC , PIR , Стокгольм | Бесплатно, GPL | Апплет | Кроссплатформенность - Mac OS, Linux, Окна | Официальный веб-сайт |
| Jevtrace | Интегрирован со средством просмотра структуры WebMol | Нет | Нет | Многовалентный браузер для выравнивания последовательностей, филогении и структуры. Выполняет интерактивный эволюционный след и другой анализ, вдохновленный филогенезом. | FASTA , MSF, Clustal , PHYLIP , Newick , PDB | Проприетарное , коммерческое , бесплатное ПО для академического использования | ? | Кроссплатформенность - Mac OS, Linux, Окна | Официальный мануал сайта |
| JSAV | Нет | Нет | Нет | Компонент JavaScript, позволяющий интегрировать средство просмотра выравнивания в веб-страницы. | Массив объектов JavaScript | Бесплатно, GPL 2 | да | Браузер | Официальный веб-сайт |
| Маэстро | да | Clustal X | да | Отображение последовательности в 3D структуру, редактирование последовательности структур-моделирование | Clustal , FASTA PDB | Фирменные , бесплатная для академического использования | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| МЕГА | Нет | Родной Clustal W | UPGMA, NJ , ME, MP, с начальной загрузкой и тестом достоверности | Расширенная поддержка филогенетического анализа | FASTA, Clustal , Nexus, MEGA и др. | Проприетарное , бесплатное ПО , необходимо зарегистрировать | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| Молекулярная операционная среда (MOE) | да | да | да | Часть обширного набора приложений для преобразования последовательности в структуру, включая моделирование гомологии; 3D визуализация и др. | Clustal , FASTA , PDB , EMBL, GCG, GCG_MSF, Genbank, PHYLIP , PIR , raw_seq | Проприетарный | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| MSAReveal.org | Нет | Нет | Нет | Дополнительная окраска. При касании AA отображается трехбуквенный код и порядковый номер. Прикосновение к консенсусу показывает частоты АА в этом столбце. Количество и процентное содержание ароматических углеводородов, заряженных, зазоров. | FASTA | Свободный, Creative Commons Attribution NONCOMMERCIAL Share Двойник | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| Multiseq ( плагин VMD ) | Нет, но может отображать и выравнивать 3D-структуры | Clustal W, MAFFT, штамп (структурный) | Процент идентичности, Clustal , MAFFT, Structural | Создание сценариев через Tcl , отображение последовательности в трехмерную структуру | FASTA, PDB, ALN, PHYLIP , NEXUS | Проприетарное , бесплатное ПО , но VMD бесплатна только для некоммерческого использования | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| MView | Нет | Нет | Нет | Сложенные выравнивания из наборов blast и fasta, различные преобразования формата MSA, разметка HTML, шаблоны консенсуса | Поиск BLAST, поиск FASTA , Clustal , HSSP, FASTA , PIR , MSF | Бесплатно, GPL | Нет | Кроссплатформенность - Mac OS, Linux, Windows | Официальный веб-сайт |
| PFAAT | Нет, но может отображать 3D-структуры | Clustal W | Нью-Джерси | Ручная аннотация, баллы по сохранению | Nexus , MSF, Clustal , FASTA , PFAAT | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| Ralee (плагин emacs для редактирования других РНК) | ? | Структура РНК | ? | ? | Стокгольм | Бесплатно, GPL | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| Редактор S2S РНК | 2D структура | Rnalign | Нет | Базовые взаимодействия, средство просмотра 2D-3D | FASTA , RnaML | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| Вид на море | Нет | местные МЫШЦЫ - Clustal W | Экономия, дистанционные методы, PhyML | Dot-plot, vim- подобные клавиши редактирования | Nexus , MSF, Clustal , FASTA , PHYLIP , MASE | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| Секотрон | Нет | МЫШЦЫ , МАФФТ | UPGMA , NJ , ML (Physher) | Ручное выравнивание, визуализация дерева | Nexus , Clustal , FASTA , PHYLIP , MEGA , Stockholm , NBRF / PIR , GDE flat | Бесплатно, GPL | ? | Mac OS X | Публикация официального сайта |
| Sequilab | да | да | Нет | Связывание результатов выравнивания с инструментами анализа (дизайн праймеров, мобильность гелей и карты, Plasmapper, прогнозирование эпитопа дизайна siRNA), сохранение журналов исследований, создание настраиваемых панелей инструментов | Номер доступа, номер GI, PDB ID, FASTA , перетаскивание с внешнего URL-адреса из пользовательского интерфейса | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| SeqPup | Нет | ? | ? | ? | ? | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| Секулятор | Нет | Попарное выравнивание | Нет | легкое редактирование выравнивания | MSF | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| SnipViz | Нет | Нет | Нет (но могу их отображать) | Чистый Javascript и HTML; подходит для интеграции в веб-сайты | ФАСТА, ньюик | Бесплатно, Apache 2.0 | да | Браузеры | Официальный сайт ,публикация |
| Ремень | Jnet, NNPREDICT, Спиральная катушка, 16 различных TM-спиралей | 15 различных методов | Нью-Джерси | Точечная диаграмма, соседние структуры, 3D-суперпозиция, Blast-поиск, анализ мутаций-SNP, особенности последовательности, интерфейс BioJava | MSF, Стокгольм , Clustal W, Nexus , FASTA , PDB , Embl, GenBank , hssp , Pfam | Бесплатно, GPL | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| Планшет | Нет | Нет | Нет | Высокопроизводительный графический просмотрщик для просмотра сборок последовательностей и выравниваний следующего поколения. | ACE , AFG, MAQ, SOAP2, SAM , BAM , FASTA , FASTQ , GFF3 | Бесплатно, BSD с двумя пунктами | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| UGENE | да | MUSCLE , Kalign, Clustal W, ClustalO, ClustalX, MAFFT , T-Coffee , алгоритм Смита – Ватермана | да | Многие | FASTA , FASTQ , GenBank , EMBL , ABIF, SCF, Clustal W, Стокгольм , Newick, PDB , MSF, GFF | Бесплатно, GPL | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| Программа просмотра структуры последовательности VISSA | Вторичная структура DSSP | Clustal X | Нет | Отображение последовательности в трехмерную структуру | Clustal , FASTA | Проприетарное , бесплатное ПО | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| ДНКpy | Нет | МЫШЦЫ | Нет | Редактирование файлов GenBank, рисование плазмид, хроматограмм ABI, | FASTA , FASTQ , GenBank | Бесплатно, GPL 3 | ? | ? | Официальный веб-сайт |
| Аннотатор выравнивания | да | По последовательности или смешанной последовательности и структуре | Включает археоптерикс | DAS и пользовательские аннотации. Сценарий. Экспорт в HTML, Word, Jalview . | Многие | Бесплатно, GPL | да | iOS, Android, MS-Mobile, Браузеры | Официальный веб-сайт |
См. Также [ править ]
- Программное обеспечение для выравнивания последовательностей
- Визуализация биологических данных
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики