Перейти к навигации Перейти к поиску
Это список программных инструментов и веб-порталов, используемых для предсказания генов .
| Имя | Описание | Разновидность | Рекомендации |
|---|---|---|---|
| НАЙТИ | Пакет автоматизированного программного обеспечения для аннотирования эукариотических генов на основе данных RNA-Seq и связанных последовательностей белков | Эукариоты | [1] |
| FragGeneScan | Прогнозирование генов в полных геномах и секвенирование чтения | Прокариоты, метагеномы | [2] |
| ATGpr | Идентифицирует сайты инициации трансляции в последовательностях кДНК. | [3] | |
| ПРОДИГАЛ | Его название расшифровывается как Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm. Он основан на функциях логарифмического правдоподобия и не использует скрытые или интерполированные марковские модели. | Прокариоты, метагеномы (метаБродигал) | [4] |
| АВГУСТ | Предиктор гена эукариот | Эукариоты | [5] |
| BGF | Скрытая марковская модель (HMM) и программа предсказания генов ab initio на основе динамического программирования | ||
| ДИОГЕНЫ | Быстрое обнаружение кодирующих областей в коротких последовательностях генома | ||
| Поиск промоутеров драконов | Программа распознавания промоторов РНК-полимеразы II позвоночных | ||
| ЕВГЕНИЙ | Интегративный поиск генов | Эукариоты | [6] |
| ФГЕНЕШ | Прогнозирование структуры генов на основе HMM: несколько генов, обе цепи | Эукариоты | [7] |
| В РАМКАХ | Найдите гены и сдвиг рамки считывания в последовательностях прокариот, богатых G + C | Прокариоты | [8] |
| GeMoMa | Гомология предсказание основанного гена на основе аминокислоты и интрон сохранения положения, а также РНК-Seq данных | [9] [10] | |
| ГЕНИЙ | Связывает ORF в полных геномах с трехмерными структурами белков | ||
| генид | Программа для прогнозирования генов, экзонов, сайтов сплайсинга и других сигналов вдоль последовательностей ДНК | Эукариоты | [11] |
| ГЕНЕПАРСЕР | Разберите последовательности ДНК на интроны и экзоны | ||
| GeneMark | Семейство самообучающихся программ прогнозирования генов | Прокариоты, эукариоты, Метагеномы | [12] [13] [14] [15] |
| GeneTack | Предсказывает гены со сдвигом рамки считывания в геномах прокариот | Прокариоты | [16] |
| ГЕНОМЕСКАНСКИЙ | Предсказывает расположение и экзон-интронные структуры генов в геномных последовательностях различных организмов. | ||
| GENSCAN | Находит гены с помощью преобразования Фурье | [17] | |
| Мерцание | Находит гены в микробной ДНК | Прокариоты | |
| GLIMMERHMM | Эукариотическая система поиска генов | Эукариоты | [18] |
| GrailEXP | Предсказывает экзоны, гены, промоторы, полиас, CpG-островки, сходство EST и повторяющиеся элементы в последовательности ДНК. | ||
| mGene | Система на основе опорных векторов (SVM) для поиска генов | Эукариоты | [19] |
| mGene.ngs | Система на основе SVM для поиска генов с использованием разнородной информации: RNA-seq, мозаичные массивы | Эукариоты | [20] |
| МОРГАН | Система дерева решений для поиска генов в ДНК позвоночных | Эукариоты | |
| NIX | Веб-инструмент для объединения результатов из разных программ: GRAIL, FEX, HEXON, MZEF, GENEMARK, GENEFINDER, FGENE, BLAST, POLYAH, REPEATMASKER, TRNASCAN | ||
| НАЭС | Предсказание промоутера нейронной сети | ||
| NNSPLICE | Прогнозирование места монтажа нейронной сети | ||
| ORF FINDER | Инструмент графического анализа для поиска всех открытых рамок считывания | ||
| Инструменты анализа нормативной последовательности | Серия модульных компьютерных программ для обнаружения регуляторных сигналов в некодирующих последовательностях | ||
| ФАНОТАТ | Инструмент для аннотирования геномов фагов. | Фаги | [21] |
| Инструменты анализа нормативной последовательности | Серия модульных компьютерных программ для обнаружения регуляторных сигналов в некодирующих последовательностях | ||
| СПЛИЦЕПРЕДИКТОР | Метод определения потенциальных сайтов сплайсинга в пре-мРНК (растения) путем проверки последовательности с использованием байесовских статистических моделей | Эукариоты | |
| ВУАЛЬ | Скрытая марковская модель для поиска генов в ДНК-сервере позвоночных | Эукариоты |
См. Также [ править ]
- Генное предсказание
- Список программ для предсказания структуры РНК
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
Ссылки [ править ]
- ^ Бэнерджи S, Bhandary Р, Вудхаус М, Сен TZ, Мудрый Р.П., Andorf СМ (апрель 2021). «FINDER: автоматизированный программный пакет для аннотирования эукариотических генов на основе данных RNA-Seq и связанных последовательностей белков» . BMC Bioinformatics . 44 (9): e89. DOI : 10,1186 / s12859-021-04120-9 . PMID 33879057 .
- Перейти ↑ Rho M, Tang H, Ye Y (ноябрь 2010 г.). «FragGeneScan: предсказание генов в коротких и подверженных ошибкам чтениях» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (20): e191. DOI : 10.1093 / NAR / gkq747 . PMC 2978382 . PMID 20805240 .
- ^ «Прогнозирование начала перевода ATG» . atgpr.dbcls.jp . Проверено 8 сентября 2018 .
- ^ Hyatt D, Chen GL, Locascio PF, Land ML, Larimer FW, Hauser LJ (март 2010). «Блудный сын: распознавание прокариотических генов и идентификация сайта инициации трансляции» . BMC Bioinformatics . 11 : 119. DOI : 10,1186 / 1471-2105-11-119 . PMC 2848648 . PMID 20211023 .
- ^ Keller O, Kollmar M, Станке M, Waack S (март 2011). «Новый метод предсказания гибридных генов, использующий выравнивание множественных последовательностей белков» . Биоинформатика . 27 (6): 757–63. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr010 . PMID 21216780 .
- ^ Фуассак S, Gouzy Дж, Rombauts S, Mathe С, Amselem Дж, Sterck л, де - Peer Ю.В., Rouzé Р, Т Schiex (май 2008 г.). «Аннотации генома растений и грибов: EuGene как модельная платформа» . Современная биоинформатика . 3 (2): 87–97. DOI : 10.2174 / 157489308784340702 .
- ^ Саламов А.А., Соловьёв В.В. (апрель 2000). «Обнаружение гена Ab initio в геномной ДНК дрозофилы» . Геномные исследования . 10 (4): 516–22. DOI : 10.1101 / gr.10.4.516 . PMC 310882 . PMID 10779491 .
- ^ Schiex Т, Gouzy Дж, Moisan А, де Оливейра Y (июль 2003 г.). «FrameD: гибкая программа для проверки качества и предсказания генов в прокариотических геномах и зашумленных зрелых последовательностях эукариот» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3738–41. DOI : 10.1093 / NAR / gkg610 . PMC 169016 . PMID 12824407 .
- ^ Keilwagen Дж, Венка М, Эриксон ДЛ, Schattat МН, Грау - J, F Гартунг (май 2016). «Использование сохранения положения интрона для предсказания генов на основе гомологии» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (9): e89. DOI : 10,1186 / s12859-018-2203-5 . PMC 4872089 . PMID 26893356 .
- ^ Keilwagen Дж, Гартунг Ж, Паулини М, Twardziok ТАК, Грау J (Май 2018). «Объединение данных РНК-seq и предсказания генов на основе гомологии для растений, животных и грибов» . BMC Bioinformatics . 19 (1): 189. DOI : 10,1093 / NAR / gkw092 . PMC 5975413 . PMID 29843602 .
- ^ Бланко, Энрике; Парра, Генис; Гуиго, Родерик (июнь 2007 г.), «Использование генеида для идентификации генов», Current Protocols in Bioinformatics , John Wiley & Sons, Inc., Глава 4: 4.3.1–4.3.28, doi : 10.1002 / 0471250953.bi0403s18 , ISBN 978-0471250951, PMID 18428791
- ↑ Лукашин А.В., Бородовский М. (февраль 1998 г.). «GeneMark.hmm: новые решения для поиска генов» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (4): 1107–15. DOI : 10.1093 / NAR / 26.4.1107 . PMC 147337 . PMID 9461475 .
- ^ Besemer Дж, Ломсадзе А, Бородовский М (июнь 2001 г.). «GeneMarkS: метод самообучения для предсказания начала генов в микробных геномах. Значение для поиска мотивов последовательностей в регуляторных областях» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (12): 2607–18. DOI : 10.1093 / NAR / 29.12.2607 . PMC 55746 . PMID 11410670 .
- ^ Ломсадзе A, Burns PD, Бородовский M (сентябрь 2014). «Интеграция картированных считываний RNA-Seq в автоматическое обучение алгоритма поиска эукариотических генов» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (15): e119. DOI : 10.1093 / NAR / gku557 . PMC 4150757 . PMID 24990371 .
- ↑ Zhu W, Lomsadze A, Borodovsky M (июль 2010 г.). «Идентификация гена Ab initio в метагеномных последовательностях» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (12): e132. DOI : 10.1093 / NAR / gkq275 . PMC 2896542 . PMID 20403810 .
- ↑ Антонов I, Бородовский M (июнь 2010). «Genetack: идентификация сдвига рамки считывания в последовательностях, кодирующих белок, с помощью алгоритма Витерби» . Журнал биоинформатики и компьютерной биологии . 8 (3): 535–51. DOI : 10,1142 / S0219720010004847 . PMID 20556861 .
- ^ Burge C, Карлин S (апрель 1997). «Прогнозирование полных структур генов в геномной ДНК человека». Журнал молекулярной биологии . 268 (1): 78–94. CiteSeerX 10.1.1.115.3107 . DOI : 10.1006 / jmbi.1997.0951 . PMID 9149143 .
- ^ Majoros WH, Pertea M, Salzberg SL (ноябрь 2004). «TigrScan и GlimmerHMM: два первых эукариотических геноискателя с открытым исходным кодом» . Биоинформатика . 20 (16): 2878–9. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bth315 . PMID 15145805 .
- ^ Schweikert G, Zien A, Zeller G, Behr J, Dieterich C, Ong CS и др. (Ноябрь 2009 г.). «mGene: точный поиск генов на основе SVM с приложением к геномам нематод» . Геномные исследования . 19 (11): 2133–43. DOI : 10.1101 / gr.090597.108 . PMC 2775605 . PMID 19564452 .
- ^ Gan X, Stegle O, Behr J, Steffen JG, Drewe P, Hildebrand KL и др. (Август 2011 г.). «Множественные эталонные геномы и транскриптомы Arabidopsis thaliana» . Природа . 477 (7365): 419–23. Bibcode : 2011Natur.477..419G . DOI : 10,1038 / природа10414 . PMC 4856438 . PMID 21874022 .
- ^ Макнейр, Кейтлин; Чжоу, Кэрол; Динсдейл, Элизабет А .; Соуза, Брайан; Эдвардс, Роберт А. (01.11.2019). «ФАНОТАТ: новый подход к идентификации генов в геномах фагов» . Биоинформатика . 35 (22): 4537–4542. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btz265 . ISSN 1367-4803 .