МЕРОПЫ

МЕРОПЫ
Содержание
Описание	MEROPS: база данных протеолитических ферментов , их субстратов и ингибиторов.
Контакт
Исследовательский центр	Институт Wellcome Trust Sanger
Авторы	Нил Д. Роулингс
Первичное цитирование	Роулингс и др. (2012) ^[1]
Дата выпуска	2010 г.
Доступ
Веб-сайт	http://merops.sanger.ac.uk

MEROPS - это онлайн-база данных пептидаз (также известных как протеазы , протеиназы и протеолитические ферменты ) и их ингибиторов. ^[2] Схема классификации пептидаз была опубликована Rawlings & Barrett в 1993 г. ^[3], а схема классификации белковых ингибиторов Rawlings et al. в 2004 году. ^[4] Самая последняя версия, MEROPS 12.0, была выпущена в сентябре 2017 года. ^[5]

Обзор [ править ]

Классификация основана на сходстве на третичном и первичном структурных уровнях. Сравнения ограничиваются той частью последовательности, которая непосредственно участвует в реакции, которая в случае пептидазы должна включать активный сайт , а для белкового ингибитора - реактивный сайт. Классификация является иерархической: последовательности объединяются в семьи, а семьи объединяются в кланы. Каждая пептидаза, семейство и клан имеют уникальный идентификатор.

Классификация [ править ]

Семья [ править ]

Семейства пептидаз конструируют путем сравнения аминокислотных последовательностей. Семейство собрано вокруг типового примера , последовательности хорошо охарактеризованной пептидазы или ингибитора. Все другие последовательности в семействе должны быть связаны с примером типа семейства либо напрямую, либо через транзитивные отношения, включающие одну или несколько последовательностей, которые, как было показано, являются членами семейства. Обычно FastA или BlastP используются для установления взаимосвязей между последовательностями, при этом ожидаемое значение 0,001 или ниже считается статистически значимым . HMMERили пси-взрывные поиски используются для добавления последовательностей, отдаленно связанных с семьей. Каждое семейство обозначается буквой, обозначающей каталитический тип содержащихся в нем пептидаз, за которой следует произвольный уникальный номер.

Некоторые семьи делятся на подсемейства из-за свидетельств очень древних расхождений внутри семьи. Дивергенция соответствует более чем 150 принятым точечным мутациям на 100 аминокислотных остатков.

Клан [ править ]

Сходство трехмерных структур подтверждает доказательства того, что многие семьи имеют общее происхождение с другими. «Клан» используется для описания такой группы семей. Клан также собирается вокруг типового примера, который представляет собой структуру хорошо охарактеризованной пептидазы или ингибитора. Семья включается в клан, если можно показать, что третичная структура члена семьи связана с таковой в примере типа клана. Как правило, DALI используется для определения членства в клане со стандартным отклонением 6,00 z.единиц и выше, считающихся статистически значимыми. Для пептидаз другие свидетельства, указывающие на то, что семейства связаны между собой при отсутствии третичной структуры, включают каталитические остатки в последовательностях того же порядка.

Идентификатор [ править ]

Каждое семейство, клан, пептидаза и ингибитор имеют уникальный идентификатор. Описание и пример идентификаторов приведены в таблице ниже.

Тип	Идентификатор Описание	Пример идентификатора
Семья	Буква, обозначающая тип катализатора, за которой следует серийный номер до двух цифр.	A1
Клан	Первая буква, обозначающая каталитический тип, за которой следует порядковая буква	AA
Пептидаза	Фамилия (дополненная нулями, если необходимо, чтобы она состояла из трех символов), точка и трехзначный серийный номер	A01.001
Ингибитор	Начальная буква "I", за которой следует фамилия (с нулями), точка и трехзначный серийный номер.	I10.001
Составной ингибитор	Начальная буква «L» обозначает любой составной ингибитор. За буквой L следует название семейства единиц ингибитора (дополненное тремя символами). После тире идет трехзначный серийный номер.	LI01-001
Низкомолекулярный ингибитор	Каждому SMI присваивается идентификатор, состоящий из начального J, за которым следует пятизначное число.	J00095

См. Также [ править ]

Карта протеолиза
TopFIND , научная база данных, охватывающая протеазы, специфичность их сайтов расщепления, субстраты, ингибиторы и концевые белки, возникающие в результате их активности
Белковое суперсемейство
Клан ПА
Каталитическая триада

Ссылки [ править ]

^ Роулингс, Нил D; Барретт Алан Дж; Бейтман Алекс (январь 2012 г.). «МЕРОПС: база данных протеолитических ферментов, их субстратов и ингибиторов» . Nucleic Acids Res . Англия. 40 (Проблема с базой данных): D343-50. DOI : 10.1093 / NAR / gkr987 . PMC 3245014 . PMID 22086950 .
Перейти ↑ Rawlings ND, Barrett AJ, Bateman A (январь 2010 г.). «MEROPS: база данных пептидаз» . Nucleic Acids Res . 38 (Выпуск базы данных): D227–33. DOI : 10.1093 / NAR / gkp971 . PMC 2808883 . PMID 19892822 .
^ Роулингс, Н.Д. и Барретт, AJ (1993) "Эволюционные семейства пептидаз". Biochem J 290, 205-218.
^ Роулингс, Н.Д., Толле, Д.П. и Барретт, А.Дж. (2004) «Эволюционные семейства ингибиторов пептидазы». Biochem J 378, 705-716.
^ "Что нового в MEROPS?" .

Внешние ссылки [ править ]

База данных MEROPS

[pmid22086950-1] Роулингс, Нил D; Барретт Алан Дж; Бейтман Алекс (январь 2012 г.). «МЕРОПС: база данных протеолитических ферментов, их субстратов и ингибиторов» . Nucleic Acids Res . Англия. 40 (Проблема с базой данных): D343-50. DOI : 10.1093 / NAR / gkr987 . PMC 3245014 . PMID 22086950 .

[pmid19892822-2] Перейти ↑ Rawlings ND, Barrett AJ, Bateman A (январь 2010 г.). «MEROPS: база данных пептидаз» . Nucleic Acids Res . 38 (Выпуск базы данных): D227–33. DOI : 10.1093 / NAR / gkp971 . PMC 2808883 . PMID 19892822 .

[3] Роулингс, Н.Д. и Барретт, AJ (1993) "Эволюционные семейства пептидаз". Biochem J 290, 205-218.

[4] Роулингс, Н.Д., Толле, Д.П. и Барретт, А.Дж. (2004) «Эволюционные семейства ингибиторов пептидазы». Biochem J 378, 705-716.

[MEROPSrelnotes-5] "Что нового в MEROPS?" .

[1]