Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
TopFIND
Содержание
ОписаниеTopFIND является Т ermini о riented р rotein F помазания Я nferred D atabase, центральный ресурсом белковых данных , интегрированных с знаниями о белковых концах, протеолитической обработке с помощью протеаза , модификации концевой аминокислотной и предполагаемых функциональных последствия , созданных путем объединения вкладов сообщества с UniProt и базы данных MEROPS .
Типы данных
захвачены		Аннотация белка
ОрганизмыH. sapiens, M. musculus, A. thaliana, S. cerevisiae, E. coli
Контакт
Исследовательский центрУниверситет Британской Колумбии (UBC), Канада
ЛабораторияКристофер Общий
АвторыФилипп Ф. Ланге
Первичное цитированиеTopFIND 2.0 - связывание концов белка с протеолитическим процессингом и модификациями, изменяющими функцию белка [1]
Дата выхода2011 г.
Доступ
Формат данныхПользовательский файл, разделенный запятыми, SQL , XML .
Интернет сайтclipserve .clip .ubc .ca / topfind
Разное
ЛицензияCreative Commons Attribution-NoDerivs
Политика курированияДа - ручной и автоматический. Правила автоматического аннотирования, создаваемые кураторами баз данных и вычислительными алгоритмами.

TopFIND является Т ermini о riented р rotein F соборования Я nferred D atabase ( TopFIND ) представляет собой интегрированная база знаний сосредоточены на белковые концах, их формирование с помощью протеаза и функциональных последствий. Он содержит информацию об обработке и состоянии обработки белков и их функциональном значении, полученную из исследовательской литературы, материалов научного сообщества и биологических баз данных . [2]

Фон [ править ]

Среди наиболее фундаментальных характеристик белка - N- и C-концы, определяющие начало и конец полипептидной цепи . Будучи генетически кодируемыми, изоформы концевых белков также часто образуются во время трансляции , после чего концы являются очень динамичными, часто обрезаясь на своих концах большим набором экзопептидаз. Неоконцы также могут образовываться эндопептидазами после точного и ограниченного протеолиза, называемого процессингом. Обработка, необходимая для созревания многих белков, также может происходить впоследствии, что часто приводит к драматическим функциональным последствиям. Аберрантный протеолиз может вызывать широкий спектр заболеваний, таких как артрит [3] или рак. [4]Следовательно, протеолитическая генерация плейотрофных стабильных форм белков, универсальная восприимчивость белков к протеолизу и его необратимость отличает протеолиз от многих хорошо изученных посттрансляционных модификаций. Протеазы тесно связаны между собой в протеазной сети [5] [6], и их аберрантная активность при заболевании может привести к диагностическим профилям фрагментов с характерными концами белков. [7] После протеолиза вновь образованные концы белка могут быть модифицированы [8], этот процесс влияет на функцию и стабильность белка. [9]

Содержание базы знаний [ править ]

TopFIND - это ресурс для всестороннего охвата N- и C-концов белков, обнаруженных всеми доступными методологиями in silico, in vitro, а также in vivo. Он использует существующие знания за счет беспрепятственной интеграции данных из UniProt и MEROPS и обеспечивает доступ к новым данным, полученным от сообщества, и ручным подбором литературы. Он делает модификации концов белка , такие как ацетилирование и цитруллинирование, легкодоступными и доступными для поиска, а также предоставляет средства для идентификации и анализа протяженности и распределения концевых модификаций в белке. С момента своего создания TopFIND был расширен на другие виды. [1]

Доступ к данным [ править ]

Данные представлены пользователю с особым акцентом на связи с тщательно подобранной исходной информацией и лежащими в основе доказательствами, которые привели к наблюдению за концом, его модификацией или протеолитическим расщеплением. Вкратце приведена информация о белке , его доменная структура, концы белка, модификации концов и протеолитический процессинг других белков. Вся информация сопровождается метаданныминапример, его первоисточник, метод идентификации, измерение достоверности или соответствующая публикация. Оценка взаимной корреляции положения сопоставляет концы и сайты расщепления с характеристиками белка (такими как варианты аминокислот) и доменами, чтобы уникальным образом выделить потенциальные эффекты и зависимости. Кроме того, сетевое представление всех белков, показывающее их функциональную зависимость в качестве протеазы , субстрата или ингибитора протеазы, связанную с взаимодействиями белков.предоставляется для простой оценки сетевых эффектов. Мощный, но удобный для пользователя механизм фильтрации позволяет фильтровать представленные данные на основе таких параметров, как используемая методология, релевантность in vivo, достоверность или источник данных (например, ограниченный одной лабораторией или публикацией). Это предоставляет средства для оценки физиологических релевантных данных и вывода функциональной информации и гипотез, актуальных для лабораторного специалиста. В более позднем выпуске были добавлены инструменты анализа для оценки протеолитических путей в экспериментальных данных. [10]

См. Также [ править ]

  • МЕРОПЫ
  • UniProt
  • Cytoscape
  • Вычислительная геномика
  • Моделирование метаболической сети
  • Прогнозирование белок-белкового взаимодействия

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b Ланге, ПФ; Huesgen, PF; В целом, CM (2011). «TopFIND 2.0 - связывание концов белка с протеолитическим процессингом и модификациями, изменяющими функцию белка» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D351 – D361. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1025 . PMC  3244998 . PMID  22102574 .
  2. ^ Lange, PF; В целом, CM (2011). «TopFIND, база знаний, связывающая концы белка с функцией». Методы природы . 8 (9): 703–704. DOI : 10.1038 / nmeth.1669 . PMID 21822272 . S2CID 7195106 .  
  3. ^ Кокс JH, Starr А.Е., Kappelhoff R, R Ян Робертс CR, Общий CM (декабрь 2010). «Дефицит матриксной металлопротеиназы 8 у мышей обостряет воспалительный артрит из-за замедленного апоптоза нейтрофилов и снижения экспрессии каспазы 11». Артрит и ревматизм . 62 (12): 3645–3655. DOI : 10.1002 / art.27757 . PMID 21120997 . CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  4. ^ Общий CM, Kleifeld O (март 2006 г.). «Микроокружение опухоли - мнение: валидация матричных металлопротеиназ в качестве мишеней для лекарств и антител для лечения рака». Обзоры природы Рак . 6 (3): 227–239. DOI : 10.1038 / nrc1821 . PMID 16498445 . S2CID 21114447 .  
  5. ^ Николаус Фортельны , Дженнифер Х. Кокс , Рейнхильд Каппельхофф , Аманда Э. Старр , Филипп Ф. Ланге , Пол Павлидис и Кристофер М. Целом (2014). «Сетевой анализ показывает всеобъемлющую функциональную регуляцию между протеазами в сети протеаз человека» . PLOS Биология . 12 (5): e1001869. DOI : 10.1371 / journal.pbio.1001869 . PMC 4035269 . PMID 24865846 .  CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  6. ^ Николаус Фортельный , Джорджина С. Батлер , Кристофер М. Целом и Пол Павлидис (2017). "Прогнозы взаимодействия протеаз-ингибиторов: уроки сложности белок-белковых взаимодействий" . Молекулярная и клеточная протеомика . 16 (6): 1038–1051. DOI : 10.1074 / mcp.M116.065706 . PMC 5461536 . PMID 28385878 .  CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  7. ^ Питтер Ф. Хьюсген , Филипп Ф. Ланге и Кристофер М. Целом (2014). «Ансамбли концевых белков и специфические протеолитические сигнатуры как кандидаты в биомаркеры болезни». Протеомика: клиническое применение . 8 (5–6): 338–350. DOI : 10.1002 / prca.201300104 . PMID 24497460 . S2CID 24591183 .  
  8. ^ Филипп Ф. Ланге и Кристофер М. Целом (2013). «Белковые ХВОСТЫ: когда концы говорят о протеолизе и функции» . Текущее мнение в химической биологии . 17 (1): 73–82. DOI : 10.1016 / j.cbpa.2012.11.025 . PMID 23298954 . 
  9. ^ Филипп Ф. Ланге , Питтер Ф. Хьюсген , Карен Нгуен и Кристофер М. Целом (2014). «Аннотирование N-концов для проекта протеома человека: N-концы и статус Nalpha-ацетилирования позволяют дифференцировать стабильные расщепленные белки от остатков деградации в протеоме эритроцитов человека» . Журнал протеомных исследований . 13 (4): 2028–2044. DOI : 10.1021 / pr401191w . PMC 3979129 . PMID 24555563 .  CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  10. ^ Николаус Фортельны , Шарон Янг , Пол Павлидис , Филипп Ф. Ланге и Кристофер М. Целом (2015). «Proteome TopFIND 3.0 с TopFINDer и PathFINDer: база данных и инструменты анализа для ассоциации концов белка с пре- и посттрансляционными событиями» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (выпуск базы данных): D290 – D297. DOI : 10.1093 / NAR / gku1012 . PMC 4383881 . PMID 25332401 .  CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

Внешние ссылки [ править ]

  • TopFIND - основной сайт и веб-интерфейс
  • Веб-сайт принимающего учреждения
  • Исследовательская группа Филиппа Ланге - изобретателя и основного разработчика
  • Исследовательская группа Кристофера Целом - главная страница TopFIND
  • Меропс - база данных пептидаз
  • UniProt
  • Proteases в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)