Nanohaloarchaea - это клад крохотных архей с маленькими геномами и ограниченными метаболическими возможностями, принадлежащий архее DPANN . Они повсеместно встречаются в гиперсоленых средах обитания, которые у них общие с чрезвычайно галофильными галоархеями .
Нано-галоархеи | |
---|---|
Научная классификация | |
Домен: | |
Королевство: | |
Суперфилум: | |
Тип: | " Nanohaloarchaeota " |
Класс: | « Нано-галоархеи » (sic) Narasingarao et al. 2012 г. |
Заказ: | "Nanohalarchaeales" |
Семья: | "Nanohalarchaeaceae" |
Род | |
|
Nanohaloarchaea были впервые идентифицированы на основе метагеномных данных как класс некультивируемых галофильных архей, состоящих из 6 клад [1] [2], и впоследствии были помещены в филум Nanohaloarchaeota в пределах Diapherotrites, Parvarchaeota, Aenigmarchaeota, Nanoarchaeota , Nanohaloarchaeota ( DPANN ) superphyl . [3] Однако филогенетическое положение наногалоархей все еще широко обсуждается, поскольку их альтернативно предполагают как сестринскую линию галоархей или членов супертипа DPANN. [4] [5] [6]
Линия с тех пор была идентифицирована в данных из ряда гиперсоленых сред, включая: австралийское талассохалинное озеро, [7] испанская солянка, [8] российский содовый солевой раствор, [9] калифорнийская солеварня, [10] и чилийский галит [11].
Таксономия
В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) [12] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI). [13]
Тип "Nanohalarchaeota" corrig. Rinke et al. 2013
- Класс "Нанохалархея" корриг . Narasingarao et al. 2012 г.
- Заказ "Nanohalarchaeales"
- Семья «Nanohalarchaeaceae»
- Genus " Candidatus Nanohalarchaeum " corrig. Hamm et al. 2019 г.
- " Ca. Н. antarcticum" corrig. Hamm et al. 2019 г.
- Genus " Candidatus Nanohalarchaeum " corrig. Hamm et al. 2019 г.
- Семья «Nanohalarchaeaceae»
- Орден "Nanohalobiales" La Cono et al. 2020 [14]
- Семейство "Nanohalobiaceae" La Cono et al. 2020 г.
- Род « Candidatus Nanohalobium » Ла Коно и др. 2020 г.
- " Ca. N. constans" La Cono et al. 2020 г.
- Род « Candidatus Nanohalobium » Ла Коно и др. 2020 г.
- Семейство "Nanohalobiaceae" La Cono et al. 2020 г.
- Отряд «Nanosalinales» Rinke et al. 2020 г.
- Семейство "Nanosalinaceae" Rinke et al. 2020 г.
- Genus " Candidatus Nanopetraeus " corrig. Crits ‐ Christoph et al. 2016 [«Нанопетрамус» (так в оригинале)]
- Род « Candidatus Haloredivivus » Гхаи и др. 2011 г.
- Род " Candidatus Nanosalina " Narasingarao и др. 2012 г.
- Genus " Candidatus Nanosalinicola " corrig. Narasingarao et al. 2012 [«Наносалинарум» (так в оригинале)]
- Семейство "Nanosalinaceae" Rinke et al. 2020 г.
- Заказ "Nanohalarchaeales"
Рекомендации
- ^ Нарасингарао; и другие. (2011). «De novo метагеномная сборка выявляет обширную новую основную линию архей в гиперсоленых микробных сообществах» . ИСМЕ Дж . 6 (1): 81–93. DOI : 10.1038 / ismej.2011.78 . PMC 3246234 . PMID 21716304 .
- ^ Гхай, Рохит; Лейла Пашич; Ана Беатрис Фернандес; Ана-Белен Мартин-Куадрадо; и другие. (10 октября 2011 г.). «Новые обильные группы микробов в водной гиперсоленой среде» . Научные отчеты . 1 : 135. Bibcode : 2011NatSR ... 1E.135G . DOI : 10.1038 / srep00135 . PMC 3216616 . PMID 22355652 .
- ^ Rinke C, Schwientek P, Sczyrba A, Иванова NN, Андерсон IJ, Cheng JF, Darling A, Malfatti S, Swan BK, Gies EA, Dodsworth JA, Hedlund BP, Tsiamis G, Sievert SM, Liu W.T., Eisen JA, Hallam SJ , Кирпидес NC, Степанаускас Р., Рубин Э.М., Гугенгольц П., Войке Т. (25 июля 2013 г.). «Понимание филогении и кодирующего потенциала микробной темной материи» . Природа . 499, 431–437 (2013) (7459): 431–437. Bibcode : 2013Natur.499..431R . DOI : 10,1038 / природа12352 . PMID 23851394 . Проверено 2 марта 2021 года .CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
- ^ Petitjean, C .; Deschamps, P .; López-García, P .; Морейра, Д. (2014). «Укоренение домена Archaea с помощью филогеномного анализа поддерживает фундамент нового царства Proteoarchaeota» . Genome Biol. Evol . 7 (1): 191–204. DOI : 10.1093 / GbE / evu274 . PMC 4316627 . PMID 25527841 .
- ^ Кавальер-Смит, Томас; Чао, Эма Е-Юнг (2020). «Многодоменные рибосомные белковые деревья и планктобактериальное происхождение неомура (эукариоты, архебактерии)» . Протоплазма . 257 (3): 621–753. DOI : 10.1007 / s00709-019-01442-7 . PMC 7203096 . PMID 31900730 .
- ^ Моник Ауад, Наджва Тайб, Анн Удар, Мишель Лекок, Маноло Гуи, Селин Брошье-Армане (21 апреля 2018 г.). «Чрезвычайно галофильные археи происходят от двух различных линий метаногена класса II» (PDF) . Молекулярная филогенетика и эволюция . Эльзевир. 2018 (27): 46–54. DOI : 10.1016 / j.ympev.2018.04.011 . PMID 29684598 .CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
- ^ Карен Андраде, Йорн Логеманн, Карла Б. Гейдельберг, Джоан Б. Эмерсон, Луис Р. Комолли, Лаура А. Хуг, Александр Джей Пробст, Ангус Кейлар, Брайан Си Томас, Кристофер С. Миллер, Эрик Эллен, Джон У Моро, Йохен Дж. Брокс и Джиллиан Ф. Бэнфилд (28 апреля 2015 г.). «Метагеномный и липидный анализы выявляют двойной цикл в гиперсоленой микробной экосистеме» . ИСМЕ Дж . ISME J 9, 2697–2711 (2015) (12): 2697–2711. DOI : 10.1038 / ismej.2015.66 . PMC 4817636 . PMID 25918833 .CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
- ^ Рохит Гаи, Лейла Пашич, Ана Беатрис Фернандес, Ана-Белен Мартин-Куадрадо, Каролина Мегуми Мизуно, Кэтрин Д. МакМахон, Р. Тейн Папке, Рамунас Степанаускас, Белтран Родригес-Брито, Форест Роуэр, Кристина Венио Санчес Франсиско Родригес-Валера (31 октября 2011 г.). «Новые обильные группы микробов в водной гиперсоленой среде» . Научные отчеты . 1 (Sci Rep 1, 135 (2011)): 135. Bibcode : 2011NatSR ... 1E.135G . DOI : 10.1038 / srep00135 . PMC 3216616 . PMID 22355652 .CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
- ^ Вавуракис Шарлотта Д., Гай Рохит, Родригес-Валера Франсиско, Сорокин Димитрий Ю., Триндж Сюзанна Г., Хугенгольц Филип, Муйзер Жерар (25 февраля 2016 г.). «Метагеномное понимание некультурного разнообразия и физиологии микробов в четырех гиперсоленых рассолах содового озера» . Границы микробиологии . 7 : 211. DOI : 10,3389 / fmicb.2016.00211 . PMC 4766312 . PMID 26941731 .CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
- ^ Ольга Жакыбаева 1, Рамунас Степанаускас, Нихил Рам Мохан, Р Тан Папке (29 января 2013 г.). «Анализ сортировки клеток географически разделенных гиперсоленых сред» . Экстремофилы . 17, 2 (2013) (2): 265–275. DOI : 10.1007 / s00792-013-0514-Z . PMID 23358730 . S2CID 5933801 . Проверено 2 марта 2021 года .CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
- ^ Александр Криц ‐ Кристоф Диего Р. Гельсингер Бинг Ма Яцек Вежчос Жак Равель Альфонсо Давила М. Кристина Касеро Джоселин ДиРуджеро (21 марта 2016 г.). «Функциональные взаимодействия архей, бактерий и вирусов в гиперсоленом эндолитическом сообществе» . Экологическая микробиология . 18 (2016, т.18, №6): 2064–2077. DOI : 10.1111 / 1462-2920.13259 . PMID 26914534 . Проверено 2 марта 2021 года .
- ^ JP Euzéby. "Тип" Candidatus Nanohaloarchaeota " " . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) . Проверено 17 ноября 2011 .
- ^ Сэйерс; и другие. «Нано-галоархеи» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 5 июня 2011 .
- ^ Ла Коно; и другие. (2020). «Симбиоз между наногалоархеоном и галоархеоном основан на использовании различных полисахаридов» . Proc Natl Acad Sci USA . 117 (33): 20223–20234. DOI : 10.1073 / pnas.2007232117 .
дальнейшее чтение
- Гхай; и другие. (2011). «Новые обильные группы микробов в водной гиперсоленой среде» . Научные отчеты . 1 (135): 135. Bibcode : 2011NatSR ... 1E.135G . DOI : 10.1038 / srep00135 . PMC 3216616 . PMID 22355652 .
- Нарасингарао; и другие. (2012). «De novo метагеномная сборка выявляет обширную новую основную линию архей в гиперсоленых микробных сообществах» . ИСМЕ Дж . 6 (1): 81–93. DOI : 10.1038 / ismej.2011.78 . PMC 3246234 . PMID 21716304 .
- Нарасингарао; и другие. (2012). «De novo метагеномная сборка выявляет обширную новую основную линию архей в гиперсоленых микробных сообществах» . ИСМЕ Дж . 6 (1): 81–93. DOI : 10.1038 / ismej.2011.78 . PMC 3246234 . PMID 21716304 .