Newbler — это пакет программного обеспечения для сборки последовательности ДНК de novo . Он разработан специально для сбора данных о последовательности, сгенерированных платформами пиросеквенирования серии 454 GS, продаваемыми 454 Life Sciences , компанией Roche Diagnostics . [1]
Newbler может работать через графический интерфейс Java (gsAssembler) или командную строку (runAssembly). Он изначально работает с данными .SFF, выдаваемыми секвенсором, но также может принимать файлы FASTA , содержащие последовательности нуклеотидов, с информацией о качестве или без нее, и файлы FASTQ . Он будет использовать более старые данные последовательности Сэнгера, если они правильно отформатированы, чтобы помочь в сборке и создании каркасов.