PhytoPath - это совместный научный проект Европейского института биоинформатики и Rothamsted Research , работавший с января 2012 года [1] по 30 мая 2017 года. [2] Проект был направлен на использование растущего объема генерируемых данных «-омики». для фитопатогенов, их растений-хозяев и родственных модельных видов. Фенотипическая информация о мутантах генов напрямую отображается в браузерах генома.
Содержание | |
---|---|
Описание | Проект PhytoPath собирает и объединяет данные в масштабе генома важных грибковых, оомицетных и бактериальных патогенов растений с литературной информацией о мутантных фенотипах. Данные отображаются с помощью платформы Ensembl Genomes. |
Типы данных захвачены | Данные в масштабе генома, фенотипы микробных мутантов |
Организмы | 88 грибковых, 24 бактериальных и 23 простейших патогена |
Контакт | |
Исследовательский центр | EMBL-EBI и Rothamsted Research |
Первичное цитирование | PMID 26476449 |
Дата выпуска | 2012 [1] |
Доступ | |
Формат данных | FASTA, GFF3 |
Веб-сайт | PhytoPath |
Инструменты | |
Интернет | PhytoPath BioMart поиск |
Разнообразный | |
Лицензия | Лицензия на программное обеспечение Apache 2.0 |
Управление версиями | да |
Частота выпуска данных | ежеквартальный |
Версия | PhytoPath создан на основе 32-го выпуска (август 2016 г.) Ensembl Genomes и версии 4.2 базы PHI. |
Задний план
PhytoPath - это биоинформатический ресурс, запущенный в 2012 году [1], который объединил данные шкалы генома важных патогенных видов растений с литературной информацией о фенотипах инфекции хозяина, доступной из базы данных взаимодействия патоген-хозяин ( PHI-base ). Он обеспечивает доступ к полной сборке генома и моделям генов из приоритетных культур и модельным фитопатогенным видам грибов и оомицетов черезинтерфейс браузера Ensembl Genomes. Phytopath также напрямую связывается с отдельными моделями последовательностей генов в браузере генома Ensembl с рецензируемой информацией о фенотипе, хранящейся в базе PHI . Ресурс Phytopath призван предоставить инструменты для сравнительного анализа геномов грибов и оомицетов. С момента последнего обновления - в мае 2017 года - база данных делает доступными 275 геномных последовательностей в браузерах генома 113 видов грибов, 25 простейших и 137 видов бактерий. Поддержка аннотаций сообщества для генных моделей была предоставлена с помощью онлайн-редактора генов WebApollo для некоторых видов.
Внешние ссылки
Рекомендации
- Фличек; и другие. (2011). «Ансамбль 2011» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск базы данных): D800–6. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1064 . PMC 3013672 . PMID 21045057 .
- Winnenburg, R .; Городской, М .; Beacham, A .; Болдуин, ТК; Holland, S .; Lindeberg, M .; Hansen, H .; Rawlings, C .; Hammond-Kosack, K .; Кёлер, Дж. (2008). «Обновление базы PHI: дополнения к базе данных взаимодействий патогена-хозяина» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (выпуск базы данных): D572–6. DOI : 10.1093 / NAR / gkm858 . PMC 2238852 . PMID 17942425 .
- Болдуин, ТК; Winnenburg, R .; Городской, М .; Rawlings, C .; Köhler, J .; Хаммонд-Косак, К.Е. (2006). «База данных взаимодействий патоген-хозяин (PHI-base) дает представление об общих и новых темах патогенности» . Молекулярные взаимодействия растений и микробов . 19 (12): 1451–62. DOI : 10,1094 / MPMI-19-1451 . PMID 17153929 .
- ^ а б в Педро, Хелдер; Махешвари, Ума; Урбан, Мартин; Ирвин, Алистер Джордж; Кузик, Алейн; МакДауэлл, Марк Д .; Стейнс, Дэниел М .; Кулеша, Евгений; Хаммонд-Косак, Ким Элизабет; Керси, Пол Джулиан (2015-10-17). «PhytoPath: интегративный ресурс по геномике патогенов растений» . Исследования нуклеиновых кислот . Издательство Оксфордского университета (ОУП). 44 (D1): D688 – D693. DOI : 10.1093 / NAR / gkv1052 . ISSN 0305-1048 . PMC 4702788 . PMID 26476449 .
- ^ «PhytoPath, инфраструктура для сотен геномов патогенов растений» . Rothamsted Research . 2014-05-31 . Проверено 19 марта 2021 .