Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
PHI-база
Логотип PHI-base
Содержание
ОписаниеБаза данных взаимодействия патоген-хозяин
Типы данных
захвачены		фенотипы микробных мутантов
Организмы~ 260 грибковых, бактериальных и простейших патогенов, имеющих агрономическое и медицинское значение, протестировано на ~ 185 хозяевах
Контакт
Исследовательский центрRothamsted Research
Первичное цитированиеPMID  27915230
Дата выходаМай 2005 г.
Доступ
Формат данныхXML, FASTA
Интернет сайтPHI-база
Инструменты
ИнтернетПоиск по базе PHI

ФИБ-ВЗРЫВ

PHI-Canto (курирование автора)
Разное
ЛицензияМеждународная лицензия Creative Commons Attribution-NoDerivatives 4.0
Управление версиямида

Частота выпуска данных		6 месяцев
Версия4.8 (сентябрь 2019 г.)
Политика курированияРучное курирование

База данных взаимодействия патоген-хозяин ( PHI-base ) - это биологическая база данных, которая содержит тщательно подобранную информацию о генах, которые, как экспериментально доказано, влияют на результат взаимодействий патоген-хозяин . База данных поддерживается исследователями Rothamsted Research вместе с внешними сотрудниками с 2005 года. [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] С апреля 2017 года база PHI является частью ELIXIR , Европейская медико-биологическая инфраструктура для получения биологической информации через узел ELIXIR-UK.

Фон [ править ]

Возбудитель - Хост база данных Взаимодействие была разработана для эффективного использования растущего числа проверенных генов , которые обеспечивают способность организма к болезням причины и / или ответы хоста - триггера.

База данных, доступная в Интернете, содержит каталоги экспериментально подтвержденных патогенных, вирулентных и эффекторных генов бактериальных, грибковых и оомицетных патогенов, которые инфицируют животных, растений и грибов-хозяев. PHI-base - это первый он-лайн ресурс, посвященный идентификации и представлению информации о генах патогенности грибов и оомицетов и их взаимодействиях с хозяевами. Таким образом, PHI-base является ценным ресурсом для обнаружения потенциальных мишеней в важных с медицинской и агрономической точки зрения грибковых и оомицетных патогенах для вмешательства с синтетическими химическими веществами и натуральными продуктами ( фунгицидами ).

Каждая запись в базе PHI курируется экспертами в предметной области и поддерживается убедительными экспериментальными данными (эксперименты по разрушению генов), а также литературными ссылками, в которых описаны эксперименты. Каждый ген в базе PHI представлен с его нуклеотидной и выведенной аминокислотной последовательностью, а также подробным структурированным описанием предполагаемой функции белка во время процесса инфицирования хозяина. Для облегчения взаимодействия данных гены аннотируются с использованием контролируемых словарей ( термины генной онтологии , номера EC и т. Д.) И связаны с другими внешними источниками данных, такими как UniProt , EMBL и службы таксономии NCBI .

Текущие события [ править ]

Версия 4.8 (16 сентября 2019 г.) базы PHI предоставляет информацию о 6780 генах от 268 патогенов и 210 хозяев и их влиянии на 13801 взаимодействие, а также информацию об эффективности примерно 20 лекарственных препаратов и целевых последовательностях в патогене. PHI-base в настоящее время фокусируется на патогенных для растений и человека патогенных организмах, включая грибы, оомицеты и бактерии. Все содержимое базы данных можно загрузить в формате с разделителями табуляцией. С 2015 года на веб-сайте есть инструмент для онлайн-поиска литературы под названием PHI-Canto, предназначенный для изучения литературы сообществами по различным патогенным видам. С момента запуска версии 4 в базе PHI также можно выполнять поиск с помощью поискового инструмента PHIB-BLAST, который использует BLASTалгоритм для сравнения пользовательской последовательности с последовательностями, доступными из PHI-base. В 2016 году заводская часть PHI-базы была использована для создания инструмента поиска по семантической базе PHI ». [8]

PHI-base согласована с Ensembl Genomes с 2011 года, Fungidb с 2016 года и Global Biotic Interactions (GloBI) (с августа 2018 года). Все новые версии PHI-базы интегрированы в эти независимые базы данных. База PHI цитируется в более чем 350 рецензируемых публикациях. Подробная информация обо всех этих публикациях приводится в разделе базы данных «О нас».

PHI-base - это ресурс для множества приложений, включая:

›Открытие консервативных генов у важных с медицинской и агрономической точки зрения патогенов, которые могут быть потенциальными мишенями для химического вмешательства.

›Сравнительный анализ генома

›Аннотация недавно секвенированных геномов патогенов

›Функциональная интерпретация экспериментов по секвенированию РНК и микрочипам

›Быстрая перекрестная проверка фенотипических различий между патогенными видами при написании статей для экспертной оценки.

Использование базы PHI упоминается в более чем 360 рецензируемых статьях, опубликованных в международных журналах. Все эти статьи цитируются в разделе базы данных «О программе».

В настоящее время поддерживается несколько конкретных улучшений базы PHI. Проект PhytoPath разрабатывает биоинформатический ресурс, который объединяет данные в масштабе генома от важных видов патогенов растений с фенотипами, зафиксированными в базе PHI. Используя браузер Ensembl Genomes, PhytoPath обеспечивает доступ к полным сборкам генома и генным моделям приоритетных сельскохозяйственных культур и модельным фитопатогенам грибов и оомицетов. Усовершенствованный инструмент поиска PhytoPath BioMart позволяет искать среди различных видов патогенов растений.

Финансирование [ править ]

База PHI - это национальный потенциал, финансируемый Исследовательским советом по биотехнологиям и биологическим наукам (BBSRC), исследовательским советом Великобритании.

Ссылки [ править ]

  1. ^ Урбан, М .; Cuzick, A .; Rutherford, K .; Irvine, AG; Pedro, H .; Брюки, R .; Sadanadan, V .; Khamari, L .; Billal, S .; Mohanty, S .; Хаммонд-Косак, К. (2017). «База PHI: новый интерфейс и дальнейшие дополнения к базе данных многовидовых взаимодействий патоген-хозяин» . Nucleic Acids Res . 45 (D1): D604 – D610. DOI : 10.1093 / NAR / gkw1089 . PMC 5210566 . PMID 27915230 .  
  2. ^ Winnenburg, R .; Болдуин, ТК; Городской, М .; Rawlings, C .; Köhler, J .; Хаммонд-Косак, К.Е. (2014). «PHI-base: новая база данных по взаимодействиям патогена-хозяина» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D459-464. DOI : 10.1093 / NAR / gkj047 . PMC 1347410 . PMID 16381911 .  
  3. ^ Болдуин, ТЗ; Winnenburg, R .; Городской, М .; Rawlings, C .; Köhler, J .; Хаммонд-Косак, К.Е. (2006). «База данных взаимодействий патоген-хозяин (PHI-base) дает представление об общих и новых темах патогенности» . Молекулярные взаимодействия растений и микробов . 19 (12): 1451–1462. DOI : 10,1094 / MPMI-19-1451 . PMID 17153929 . 
  4. ^ Winnenburg, R .; Городской, М .; Beacham, A .; Болдуин, ТК; Holland, S .; Lindeberg, M .; Hansen, H .; Rawlings, C .; Hammond-Kosack, KE; Кёлер, Дж. (2008). «Обновление базы PHI: дополнения к базе данных взаимодействий патогена-хозяина» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D572-576. DOI : 10.1093 / NAR / gkm858 . PMC 2238852 . PMID 17942425 .  
  5. ^ Урбан, М .; Брюки, R .; Рагхунатх, А .; Irvine, AG; Pedro, H .; Хаммонд-Косак, KE (2015). «База данных взаимодействий патоген-хозяин (база PHI): дополнения и будущие разработки» (PDF) . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D645 – D655. DOI : 10.1093 / NAR / gku1165 . PMC 4383963 . PMID 25414340 .   
  6. ^ Урбан, М .; Irvine, AG; Рагхунатх, А .; Cuzick, A .; Хаммонд-Косак, KE (2015). «Использование базы данных взаимодействий патоген-хозяин (PHI-base) для исследования геномов патогенов растений и генов, участвующих в вирулентности» (PDF) . Фронтальный завод им . 6 : 605. DOI : 10.3389 / fpls.2015.00605 . PMC 4526803 . PMID 26300902 .   
  7. ^ Браун, NA; Городской, М .; Хаммонд-Косак, К.Е. (2016). «Транс-королевская идентификация негативных регуляторов гипервирулентности патогенов» . FEMS Microbiol Rev . 40 (1): 19–40. DOI : 10.1093 / femsre / fuv042 . PMC 4703069 . PMID 26468211 .  
  8. ^ Родригес-Иглесиас, А .; Родригес-Гонсалес, А .; Irvine, AG; Sesma, A .; Городской, М .; Hammond-Kosack, KE; Уилкинсон, доктор медицины (2016). «Публикация достоверных данных: образец методологии с использованием PHI-Base» . Фронтальный завод им . 7 : 641. DOI : 10.3389 / fpls.2016.00641 . PMC 4922217 . PMID 27433158 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • PHI-база