ELIXIR (Европейская инфраструктура биологических наук для биологической информации) - это инициатива, которая позволит лабораториям наук о жизни по всей Европе обмениваться и хранить свои исследовательские данные в рамках организованной сети. Его цель - объединить европейские исследовательские организации и центры обработки данных, чтобы помочь координировать сбор, контроль качества и хранение больших объемов биологических данных, полученных в результате экспериментов в области наук о жизни . ELIXIR стремится обеспечить интеграцию биологических данных в федеративную систему, легко доступную для научного сообщества. [1]
ЭЛИКСИР | |
---|---|
Место расположения |
|
Основатель | Никлас Бломберг |
Веб-сайт | www |
Миссия
Миссия ELIXIR - создать устойчивую европейскую инфраструктуру биологической информации, поддерживая исследования в области наук о жизни и их перевод в медицину и окружающую среду, биоиндустрию и общество. [2]
Результаты биологических экспериментов дают огромное количество результатов, которые сохраняются в виде данных с помощью компьютерного программного обеспечения . Европейские страны вложили значительные средства в исследования, которые производят, анализируют и хранят биологическую информацию. [3] Однако сбор, хранение, архивирование и интеграция этих больших объемов данных представляет собой проблему, которую не может решить одна страна в одиночку. ELIXIR представляет собой объединение независимых биологических объектов для создания интегрированной сети, которая решает сложную проблему хранения биологических данных и управления ими. Предоставляя устойчивую и распределенную структуру для обработки данных и инструментов поиска данных, ELIXIR надеется обеспечить общеевропейские инвестиции в биоинформатику , обеспечивая стабильность для проведения исследований во всех областях науки о жизни, как в академических кругах, так и в промышленности. [1]
Организация и структура
ELIXIR - это межправительственная организация, которая объединяет существующие ресурсы по биоинформатике . Его координирует ELIXIR Hub, расположенный вместе с Европейским институтом биоинформатики Европейской лаборатории молекулярной биологии ( EMBL -EBI) в Геномном кампусе Wellcome Trust в Хинкстоне, Кембридж.
Членами консорциума ELIXIR являются европейские страны, представленные их правительствами и министерствами; научное сообщество в каждой стране-члене разрабатывает свой национальный узел , который управляет услугами и ресурсами, которые являются частью ELIXIR. Каждый узел ELIXIR представляет собой сеть национальных медико-биологических организаций, деятельность которых координируется ведущим институтом.
Европейская лаборатория молекулярной биологии - это межправительственная организация, поэтому это единственный узел, не связанный со страной.
ELIXIR концентрирует свои усилия на пяти основных областях деятельности, называемых платформами . Они охватывают данные, инструменты, вычисления, взаимодействие и обучение. Работа в этих областях направлена на улучшение доступа к ресурсам и инструментам открытых данных за счет улучшения возможности подключения, обнаружения и доступа к вычислительной мощности, а также развития обучения пользователей и поставщиков услуг для достижения этих целей.
ELIXIR поддерживает пользователей, решающих грандиозные задачи в области биологических исследований в различных областях. ELIXIR поддерживает ряд самостоятельно выбранных сообществ , которые фокусируются на темах высокого уровня, таких как «данные человека» и «науки о растениях», до более конкретных и целенаправленных дисциплин, таких как «метаболомика» и «внутренне нарушенные белки», а также сообщество, посвященное ресурсу «Галактика». Эти сообщества созданы для разработки стандартов, услуг и обучения биоинформатики и данных, которые необходимы для содействия этому сообществу в достижении их научных целей.
Участников
По состоянию на август 2019 года следующие страны и EMBL-EBI подписали Соглашение о консорциуме ELIXIR (ECA) , чтобы стать членом ELIXIR: Бельгия, Чешская Республика, Дания, Эстония, Финляндия, Франция, Германия, Греция, Венгрия, Ирландия, Израиль, Италия, Люксембург, Нидерланды, Норвегия, Португалия, Словения, Испания, Швеция, Швейцария и Великобритания.
Кипр является страной-наблюдателем, работающей над ратификацией ЕЦА в ближайшем будущем.
Страны, подписавшие ECA, получают представительства в Правлении ELIXIR .
Подготовительную фазу ELIXIR координировала профессор Дам Джанет Торнтон из EMBL-EBI .
Директор-основатель ELIXIR д-р Никлас Бломберг занял свою должность в новом центре ELIXIR в Кембридже в мае 2013 года. [4]
Страны на борту
- EMBL - профессор Эдит Херд , доктор Алвис Бразма
- Бельгия - доктор Лоуренс Ленуар
- Чешская Республика - профессор Ярослав Коча
- Дания - Проф. Андерс Крог
- Эстония - проф. Лили Милани
- Финляндия - д-р Пер Эстер
- Франция - д-р Фредерик Боккар
- Германия - проф. Рольф Бакофен , проф. Александр Гесманн
- Греция - профессор Христос Узунис , профессор Артемис Хацигеоргиу
- Венгрия - д-р Ласло Патти
- Ирландия - д-р Мария Нэш
- Израиль - д-р Йоси Калифа
- Италия - профессор Рита Касадио
- Люксембург - профессор Руди Баллинг , доктор Регина Беккер
- Нидерланды - д-р Рубен Кок
- Норвегия - профессор Рейн Осланд , профессор Стиг Омхольт
- Португалия - профессор Изабель Роша
- Словения - профессор Дамьяна Розман
- Швеция - профессор Бьорн Андерссон
- Испания - профессор Ферран Санс
- Швейцария - профессор Кристиан фон Меринг
- Соединенное Королевство - д-р Крис Роулингс
Финансирование
К концу 2012 года ELIXIR завершил пятилетний подготовительный этап, финансируемый Седьмой рамочной программой ЕС [5] в рамках процесса Европейского стратегического форума по исследовательским инфраструктурам (ESFRI).
В 2015 году компания ELIXIR получила финансирование HORIZON 2020 в размере 19 миллионов евро на реализацию проекта EXCELERATE. [6] [7] Этот проект позволил ELIXIR координировать и расширять национальные и международные ресурсы данных и работал до 31 августа 2019 года. [8] ELIXIR также наладил сотрудничество, чтобы подать заявку на другое крупномасштабное финансирование для других проектов ЕС, в которых он также участвует в организационной деятельности, например, в проектах CORBEL, FAIRplus и EOSC-Life.
Каждое государство-член вносит совместный вклад в финансирование ELIXIR Hub пропорционально своему ВВП. Некоторые страны выделили новые средства для пополнения своего узла ELIXIR. Услуги и деятельность узлов ELIXIR будут по-прежнему финансироваться национальными агентствами. Члены ELIXIR коллективно подадут заявку на дополнительное внешнее финансирование.
Рекомендации
- ^ а б Кроссвелл, LC; Торнтон, Дж. М. (2012). «ЭЛИКСИР: распределенная инфраструктура европейских биологических данных». Тенденции в биотехнологии . 30 (5): 241–242. DOI : 10.1016 / j.tibtech.2012.02.002 . PMID 22417641 .
- ^ ЭЛИКСИР (11 декабря 2018 г.). Научная программа ЭЛИКСИР на 2019-2023 гг . Хинкстон: ЭЛИКСИР. DOI : 10,7490 / f1000research.1117352.1 . Проверено 30 сентября 2019 .
- ^ «Бизнес-кейс ЭЛИКСИР» (PDF) . Архивировано из оригинального (PDF) 23 апреля 2013 года . Проверено 25 апреля 2013 .
- ↑ Пресс-релиз ELIXIR о назначении Никласа Бломберга директором-основателем
- ^ Описание FP7 Совета по экономическим и социальным исследованиям
- ^ ЭЛИКСИР (11 мая 2015 г.). «ELIXIR набирает обороты благодаря крупному финансированию Horizon 2020» . ЭЛИКСИР . Проверено 30 сентября 2019 .
- ^ «ELIXIR-EXCELERATE: Ускоренное внедрение ELIXIR и стимулирование раннего использования пользователями в науках о жизни» . КОРДИС . Европейская комиссия . Проверено 30 сентября 2019 .
- ^ ЭЛИКСИР (2 сентября 2019 г.). «Успешное завершение разработки ELIXIR-EXCELERATE знаменует новый этап в развитии ELIXIR» . ЭЛИКСИР . Проверено 30 сентября 2019 .
Внешние ссылки
- Стратегический отчет ESFRI по исследовательским инфраструктурам
- Сайт ЭЛИКСИР