Подсемейство белков - это уровень классификации белков , основанный на их тесном эволюционном родстве . Это ниже больших уровней белков надсемейства и семейства белков . [1]
Белки обычно имеют большее сходство в последовательности и функциях с другими членами подсемейства, чем с членами их более широкого семейства. [1] [2] Например, в системе классификации SCOP члены подсемейства используют одни и те же интерфейсы взаимодействия и партнеров по взаимодействию . [3] Это более строгие критерии, чем для семьи, члены которой имеют схожую структуру, но могут быть более отдаленными родственниками и поэтому иметь разные интерфейсы. Подсемейства распределяются множеством методов, включая сходство последовательностей , [4] мотивы, связанные с функцией, [5] или филогенетическую кладу. [6] [7]Не существует точного и последовательного различия между подсемейством и семьей. Одна и та же группа белков иногда может быть описана как семейство или подсемейство в зависимости от контекста.
Рекомендации
- ^ a b "Что такое белковые семейства?" . EMBL-EBI Поезд онлайн . 2011-11-18 . Проверено 8 марта 2018 .
- ^ Дас, Сайони; Оренго, Кристин А. (2016). «Аннотация функции белка с использованием ресурсов семейства белковых доменов» (PDF) . Методы . 93 : 24–34. DOI : 10.1016 / j.ymeth.2015.09.029 . PMID 26434392 .
- ^ Раузел, Антонио; Хуан, Дэвид; Пазос, Флоренсио; Валенсия, Альфонсо (02.02.2010). «Взаимодействие с белками и связывание лигандов: от подсемейств белков до функциональной специфичности» . Труды Национальной академии наук . 107 (5): 1995–2000. DOI : 10.1073 / pnas.0908044107 . PMC 2808218 . PMID 20133844 .
- ^ Браун, Дункан П .; Кришнамурти, Нандини; Сьоландер, Киммен (17 августа 2007 г.). «Автоматическая идентификация и классификация подсемейства белков» . PLOS Вычислительная биология . 3 (8): e160. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.0030160 . ISSN 1553-7358 . PMC 1950344 . PMID 17708678 .
- ^ Eisen, Jonathan A .; Шведер, Кевин С .; Ханаволт, Филип К. (1995-07-25). «Эволюция семейства белков SNF2: подсемейства с различными последовательностями и функциями» . Исследования нуклеиновых кислот . 23 (14): 2715–2723. DOI : 10.1093 / NAR / 23.14.2715 . ISSN 0305-1048 . PMC 307096 . PMID 7651832 .
- ^ Плетеный, Николас; Перрен, Ги Рене; Тьерри, Жан Клод; Поч, Оливье (2001-08-01). «Секатор: программа для вывода подсемейств белков из филогенетических деревьев» . Молекулярная биология и эволюция . 18 (8): 1435–1441. DOI : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a003929 . ISSN 0737-4038 .
- ^ Ми, Хуайюй; Пудель, Сагар; Муругануджан, Анушья; Casagrande, John T .; Томас, Пол Д. (04.01.2016). «PANTHER версии 10: расширенные семейства белков и функции, а также инструменты анализа» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (D1): D336 – D342. DOI : 10.1093 / NAR / gkv1194 . ISSN 0305-1048 . PMC 4702852 . PMID 26578592 .
Внешние ссылки
- База данных SCOP в Кембридже, Великобритания
- БД структуры белка CATH