 | Эта статья требует дополнительных ссылок для проверки . ( июнь 2008 г. ) ( Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения ) |
 | |
 Экземпляр PyMOL с видимым средством просмотра и графическим интерфейсом. | |
| Автор (ы) оригинала | Уоррен Лайфорд ДеЛано |
|---|---|
| Разработчики) | Schrödinger, Inc. |
| изначальный выпуск | 2000 |
| Стабильный выпуск | 2.4.0 [1] / 20 мая 2020 г . |
| Репозиторий |  |
| Написано в | C , C ++ , Python |
| Операционная система | Кроссплатформенность : macOS , Unix , Linux , Windows |
| Платформа | IA-32 , x86-64 |
| Доступно в | английский |
| Тип | Молекулярное моделирование |
| Лицензия | Python [2] |
| Интернет сайт | pymol |
PyMOL - это система молекулярной визуализации с открытым исходным кодом , созданная Уорреном Лайфордом ДеЛано . Первоначально он был коммерциализирован DeLano Scientific LLC, частной компанией-разработчиком программного обеспечения, занимавшейся созданием полезных инструментов, которые стали бы общедоступными для научных и образовательных сообществ. В настоящее время на коммерческую Шрёдингер, Inc . PyMOL может создавать высококачественные 3D-изображения небольших молекул и биологических макромолекул , таких как белки . Согласно первоначальному автору, к 2009 году почти четверть всех опубликованных изображений трехмерных структур белка в научной литературе была сделана с использованием PyMOL. [ необходима цитата ]
PyMOL - один из немногих инструментов визуализации моделей с открытым исходным кодом , доступных для использования в структурной биологии . Часть Py в названии программного обеспечения относится к программе, написанной на языке программирования Python .
PyMOL использует библиотеку расширений OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) и FreeGLUT и может решать уравнения Пуассона – Больцмана, используя Adaptive Poisson Boltzmann Solver. [3] PyMOL использовал Tk для виджетов GUI и имел собственные двоичные файлы Aqua для macOS через Schrödinger , которые были заменены пользовательским интерфейсом PyQt на всех платформах с выпуском версии 2.0. [4]
История и коммерциализация [ править ]
Ранние версии PyMol были выпущены под лицензией Python . 1 августа 2006 года DeLano Scientific приняла систему загрузки с контролируемым доступом для предварительно скомпилированных сборок PyMOL (включая бета-версии), распространяемых компанией. Доступ к этим исполняемым файлам теперь ограничен зарегистрированными пользователями, которые платят клиентам; образовательные сборки доступны для студентов и преподавателей бесплатно. Однако большая часть текущего исходного кода по-прежнему доступна бесплатно, как и более старые предварительно скомпилированные сборки. Хотя системы сборки для других платформ открыты, система сборки Windows API (WinAPI, Win32) - нет, хотя неофициальные двоичные файлы Windows доступны в Интернете. [5] Кто угодно может компилироватьисполняемый файл из исходного кода, лицензированного Python, или оплатить подписку на службы поддержки, чтобы получить доступ к предварительно скомпилированным исполняемым файлам.
8 января 2010 г. компания Schrödinger, Inc. достигла соглашения о приобретении PyMOL. Фирма взяла на себя разработку, обслуживание, поддержку и продажу PyMOL, включая все действующие на тот момент подписки. Они также продолжают активно поддерживать сообщество разработчиков открытого исходного кода PyMOL. В 2017 году Шредингер обновил систему распространения, чтобы унифицировать пользовательский интерфейс под Qt и управление пакетами под Anaconda , и выпустил его как PyMol v2. [4] Эта версия ограничивает некоторые новые функции и добавляет водяной знак к визуализации, если используется нелицензионно после 30-дневного пробного периода; общая лицензионная политика аналогична системе DeLano. Исходный код остается в основном доступным, на этот раз под лицензией типа BSD. [6]Как и в предыдущем дистрибутиве, доступны неофициальные двоичные файлы Windows в формате wheel [5], и действительно, дистрибутивы Linux продолжают предоставлять свои собственные сборки открытого исходного кода.
Галерея [ править ]
- Воспроизвести медиа
Пример некоторых функций редактирования молекул PyMOL, вращения двугранных связей и интерактивной молекулярной релаксации в режиме Sculpting . Это полезные функции для подготовки входной геометрии для программного обеспечения квантовой химии.
Одна и та же структура белка ( протеаза TEV - PDB : 1LVB ) визуализирована в разных режимах. Стандартный рисунок, поверхность, прорезь поверхности, выделенные бочки, « QuteMol », «Goodsell», глянцевая поверхность и шпатлевка b-фактора .
См. Также [ править ]
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Список систем молекулярной графики
- Молекулярное моделирование
- Морское ушко
- Габедит
- Molden
- Молекель
- РасМол
- САМСОН
- UCSF Химера
- Список бесплатных программных пакетов и пакетов с открытым исходным кодом
Ссылки [ править ]
- ^ "Релизы · schrodinger / pymol-open-source" . GitHub . Дата обращения 5 октября 2020 .
- ^ "Система молекулярной графики PyMOL" . SourceForge .
- ^ "APBS" . poissonboltzmann.org . Архивировано из оригинального 24 февраля 2020 года . Дата обращения 7 октября 2020 .
- ^ a b «Примечания к выпуску PyMOL v2.0» .
- ^ a b «Пакеты расширений Python для Windows - Кристоф Гольке» . lfd.uci.edu . Проверено 26 октября 2019 года .
- ^ "Шредингер / пимол-с открытым исходным кодом" . GitHub . Проверено 24 июня 2019 .
Внешние ссылки [ править ]
 | Викискладе есть медиафайлы по теме PyMOL . |
- Официальный веб-сайт
- PyMOL Wiki
- PyMOL Wiki Mirror только для чтения
- ООО "Шредингер"
- Молекулярное кинопроизводство с PyMOL
