Последовательность распознавания является последовательностью ДНК , к которой структурный мотив о наличии ДНК-связывающих домены экспонатов специфичности связывания. Последовательности распознавания - это палиндромы . [1]
Фактор транскрипции Sp1, например, связывает последовательности 5 '- (G / T) GGGCGG (G / A) (G / A) (C / T) -3', где (G / T) указывает, что домен будет связываться гуанин или тимин в этой позиции.
Эндонуклеазы рестрикции PstI распознает, связывает и расщепляет последовательность 5'-CTGCAG-3' .
Последовательность узнавания отличается от сайта узнавания . Данная последовательность распознавания может встречаться один или несколько раз или не встречаться вообще на конкретном фрагменте ДНК. Сайт узнаванияопределяется положением сайта. Например, в следующем фрагменте последовательности ДНК есть два сайта узнавания PstI, начиная с основания 9 и 31 соответственно. Последовательность распознавания - это определенная последовательность, обычно очень короткая (менее 10 оснований). В зависимости от степени специфичности белка ДНК-связывающий белок может связываться с более чем одной конкретной последовательностью. Для PstI, который имеет специфичность одной последовательности, это 5'-CTGCAG-3 '. Это всегда одно и то же, будь то первый сайт узнавания или второй в следующей последовательности примеров. Для Sp1, который имеет множественную (16) специфичность последовательностей, как показано выше, два сайта узнавания в следующем примере фрагмента последовательности находятся в 18 и 32, а их соответствующие последовательности узнавания - это 5'-GGGGCGGAGC-3 'и 5'-TGGGCGGAAC- 3 '.
5'-AACGTTAG CTGCAG TC GGGGCGGAGC TAGG CTGCAG GAAT TGGGCGGAAC CT-3 '
Смотрите также
- ДНК-связывающий домен
- Фактор транскрипции # Классы , дополнительные примеры
Рекомендации
- ^ Гауэрс, DM; Беллами, SR; Халфорд, С.Е. (2004). «Одна последовательность распознавания, семь рестрикционных ферментов, пять механизмов реакции» . Nucleic Acids Res . 32 (11): 3469–79. DOI : 10.1093 / NAR / gkh685 . PMC 443551 . PMID 15226412 .