 | Эта статья требует дополнительных ссылок для проверки . ( апрель 2016 г. ) ( Узнайте, как и когда удалить это сообщение-шаблон ) |
Риботипирование - это молекулярный метод идентификации и характеристики бактерий, использующий информацию из филогенетических анализов на основе рРНК. [1] Это быстрый и специфический метод, широко используемый в клинической диагностике и анализе микробных сообществ в продуктах питания, воде и напитках. [1]
У всех бактерий есть рибосомные гены , но точная последовательность уникальна для каждого вида и служит генетическим отпечатком. Следовательно, секвенирование конкретного гена 16S и сравнение его с базой данных позволит идентифицировать конкретный вид. [2]
Техника [ править ]
Риботипирование включает переваривание бактериальной геномной ДНК специфическими рестрикционными ферментами . Каждый рестрикционный фермент разрезает ДНК по определенной нуклеотидной последовательности, в результате чего получаются фрагменты разной длины. [3]
Затем эти фрагменты подвергаются гель-электрофорезу , где они разделяются по размеру: приложение электрического поля к гелю, в котором они суспендированы, вызывает перемещение фрагментов ДНК (все они заряжены отрицательно из-за присутствия фосфатных групп) через матрица к положительно заряженному концу поля. Мелкие фрагменты легче и быстрее перемещаются по матрице, достигая большего расстояния от исходного положения, чем более крупные фрагменты.
После разделения в гелевой матрице фрагменты ДНК перемещаются на нейлоновые мембраны и гибридизуются с меченым зондом 16S или 23S рРНК. Таким образом визуализируются и могут быть проанализированы только фрагменты, кодирующие такую рРНК. [4] Затем образец оцифровывается и используется для определения происхождения ДНК путем сравнения с эталонными организмами в компьютерной базе данных. [1]
Концептуально риботипирование аналогично зондированию рестрикционных фрагментов хромосомной ДНК с помощью клонированных зондов (случайно клонированных зондов или зондов, полученных из определенной кодирующей последовательности, такой как последовательность фактора вирулентности ). [5]
См. Также [ править ]
Ссылки [ править ]
- ^ a b c Мэдиган, Майкл Т. (2012). Биология микроорганизмов . Пирсон. п. 491. ISBN. 978-0-321-73551-5.
- ^ «Изучение микробного разнообразия: тогда и сейчас» . learn.genetics.utah.edu . Проверено 15 марта 2016 .
- ^ "Ферменты рестрикции | ASU - Спросите биолога" . askabiologist.asu.edu . Проверено 13 марта 2016 .
- ^ "риботип" . course.cit.cornell.edu . Проверено 13 марта 2016 .
- ^ Grimont, F., и PA Grimont. 1986. Паттерны рестрикции гена рибонуклеиновой кислоты как потенциальные таксономические инструменты. Анна. Inst. Pasteur Microbiol. 137B: 165–175
 | Эта статья о генетике - незавершенная . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |
