Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Шон Эдди
Sean-eddy.jpg
Шон Эдди
Родившийся
Шон Робертс Эдди
Альма-матер
Известен
НаградыПремия Бена Франклина (2007)
Научная карьера
ПоляВычислительный анализ генома [5]
Учреждения
ТезисИнтроны в Т-четных бактериофагах  (1991)
ДокторантЛарри Голд [6]
Другие научные консультантыДжон Салстон
Ричард Дурбин
Интернет сайт

Шон Робертс Эдди - профессор молекулярной и клеточной биологии и прикладной математики Гарвардского университета . Ранее он работал в исследовательском городке Джанелия с 2006 по 2015 год [5] [7] [8] в Вирджинии . Его исследовательские интересы лежат в области биоинформатики , вычислительной биологии и анализа биологических последовательностей . [9] [10] [11] [12] По состоянию на 2016 год проекты включают использование скрытых марковских моделей [13] [14] в HMMER , Infernal [15] Pfam иRfam . [16] [17] [18] [19]

Образование [ править ]

В июне 1982 года Эдди окончил среднюю школу Мэрион-Сентер, Мэрион-Сентер, штат Пенсильвания . Затем он получил степень бакалавра наук в области биологии в Калифорнийском технологическом институте в 1986 году [20], а затем получил степень доктора философии в области молекулярной биологии в Университете Колорадо под руководством Ларри Голда в 1991 году, изучая фаг T4 [6] [ 21] [22]

Карьера [ править ]

С 1992 по 1995 год он был докторской научный сотрудник в Совет по медицинским исследованиям (MRC) Лаборатория молекулярной биологии (LMB) в Кембридже Великобритании работает с Салстон и Ричард Дурбин . С 1995 по 2007 год он работал в Медицинской школе Вашингтонского университета, а с 2000 года - в Медицинском институте Говарда Хьюза.

Награды и награды [ править ]

В 2007 году Шон стал лауреатом премии Бенджамина Франклина в области биоинформатики за вклад в открытый доступ в науках о жизни. [23]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Финн, РД; Clements, J .; Эдди, SR (2011). «Веб-сервер HMMER: Интерактивный поиск сходства последовательностей» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск веб-сервера): W29 – W37. DOI : 10.1093 / NAR / gkr367 . PMC  3125773 . PMID  21593126 .
  2. ^ Nawrocki, EP; Кольбе, DL; Эдди, SR (2009). «Infernal 1.0: Вывод выравнивания РНК» . Биоинформатика . 25 (10): 1335–1337. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp157 . PMC 2732312 . PMID 19307242 .  
  3. ^ Бейтман, А .; Монета, л .; Дурбин, Р .; Финн, РД; Hollich, V .; Griffiths-Jones, S .; Khanna, A .; Marshall, M .; Moxon, S .; Sonnhammer, EL; Studholme, DJ; Yeats, C .; Эдди, SR (2004). «База данных семейств белков Pfam» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (выпуск базы данных): 138D – 1141. DOI : 10.1093 / NAR / gkh121 . ISSN 0305-1048 . PMC 308855 . PMID 14681378 .   
  4. ^ Гарднер, PP; Daub, J .; Tate, J .; Мур, Б.Л .; Osuch, IH; Griffiths-Jones, S .; Финн, РД; Nawrocki, EP; Кольбе, DL; Эдди, SR ; Бейтман, А. (2010). «Рфам: Википедия, кланы и« десятичный »выпуск» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск базы данных): D141 – D145. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1129 . PMC 3013711 . PMID 21062808 .  
  5. ^ a b Публикации Шона Эдди, проиндексированные Google Scholar
  6. ^ a b Эдди, Шон Робертс (1991). Интроны в Т-четных бактериофагах (кандидатская диссертация). Колорадский университет. OCLC 28253022 . ProQuest 303935681 .  
  7. ^ Анон (2012). "Биография ученого HHMI: Шон Р. Эдди, доктор философии" Архивировано из оригинала на 2012-03-05.
  8. Перейти ↑ Kaplan, Karen (2011). «Игра в кости: у Шона Эдди есть работа своей мечты». Природа . 479 (7373): 433–435. DOI : 10.1038 / nj7373-433a . PMID 22106470 . 
  9. ^ Дурбин, Ричард М .; Эдди, Шон Р .; Крог, Андерс ; Митчисон, Грэм (1998), Анализ биологической последовательности: вероятностные модели белков и нуклеиновых кислот (1-е изд.), Кембридж, Нью-Йорк: Cambridge University Press , doi : 10.2277 / 0521629713 , ISBN 0-521-62971-3, OCLC  593254083
  10. ^ Rivas, E .; Lang, R .; Эдди, SR (2011). «Ряд сложных вероятностных моделей для предсказания вторичной структуры РНК, включая модель ближайшего соседа и многое другое» . РНК . 18 (2): 193–212. DOI : 10,1261 / rna.030049.111 . PMC 3264907 . PMID 22194308 .  
  11. ^ Лендер, ES ; Linton, M .; Birren, B .; Nusbaum, C .; Zody, C .; Болдуин, Дж .; Девон, К .; Dewar, K .; Дойл, М .; Fitzhugh, W .; Funke, R .; Gage, D .; Harris, K .; Heaford, A .; Howland, J .; Kann, L .; Lehoczky, J .; Levine, R .; McEwan, P .; McKernan, K .; Meldrim, J .; Месиров, JP; Миранда, С .; Моррис, В .; Naylor, J .; Raymond, C .; Rosetti, M .; Santos, R .; Шеридан, А .; и другие. (Февраль 2001 г.). «Первоначальное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. Bibcode : 2001Natur.409..860L . DOI : 10.1038 / 35057062 . ISSN 0028-0836 . PMID 11237011   .
  12. ^ "Домашняя страница Шона Эдди" . selab.janelia.org . Архивировано из оригинала на 2010-12-04.
  13. Перейти ↑ Eddy, SR (2004). «Что такое скрытая марковская модель?» . Природа Биотехнологии . 22 (10): 1315–1316. DOI : 10.1038 / nbt1004-1315 . PMID 15470472 . 
  14. ^ Эдди, С. (1998). «Профильные скрытые марковские модели» . Биоинформатика . 14 (9): 755–763. DOI : 10.1093 / биоинформатики / 14.9.755 . PMID 9918945 . 
  15. ^ "Блог Шона Эдди" . cryptogenomicon.org .
  16. Перейти ↑ Eddy, SR (2012). «Парадокс C-ценности, мусорная ДНК и КОДИРОВКА» . Текущая биология . 22 (21): R898 – R899. DOI : 10.1016 / j.cub.2012.10.002 . PMID 23137679 . 
  17. ^ Публикации Шона Эдди индексируется Scopus библиографической базы данных. (требуется подписка)
  18. ^ Чтение геномов по крупицам - Шон Эдди на YouTube , GenomeTV
  19. ^ Шон Эдди Основной доклад OBF BOSC на YouTube , 2013-07-20
  20. ^ "Резюме Шона Эдди" (PDF) . selab.janelia.org . Архивировано из оригинального (PDF) 09 марта 2012 года.
  21. ^ Эдди, SR ; Голд, Л. (1991). «Интрон nrdB фага T4: делеционный мутант версии, найденной в дикой природе» . Гены и развитие . 5 (6): 1032–1041. DOI : 10,1101 / gad.5.6.1032 . PMID 2044951 . 
  22. ^ Tuerk, C .; Эдди, С .; Парма, Д .; Голд, Л. (1990). «Аутогенный трансляционный оператор, распознаваемый ДНК-полимеразой бактериофага Т4». Журнал молекулярной биологии . 213 (4): 749–761. DOI : 10.1016 / S0022-2836 (05) 80261-X . PMID 2359122 . 
  23. Перейти ↑ Anon (2007). «Центральный блог BioMed: Шон Эдди получает награду за открытый доступ» . blogs.openaccesscentral.com . Архивировано из оригинала на 2011-06-07.