Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Чтобы узнать о политике, см. Дика Дурбина .

Ричард Дурбин
Ричард Дурбин, Wellcome-Sanger, Кембридж, Великобритания (2698443141) .jpg
Ричард Дурбин в своем офисе в WTSI
Родившийся
Ричард Майкл Дурбин

( 1960-12-30 )30 декабря 1960 года (60 лет) [1]
НациональностьБританский
Альма-матерКембриджский университет (бакалавр, доктор философии)
Известен
  • Анализ биологической последовательности [2]
Супруг (а)
Взаимодействие с другими людьми
( М.  1996)
[1]
Награды
Научная карьера
Поля
Учреждения
ТезисИсследования развития и организации нервной системы Caenorhabditis elegans  (1987)
ДокторантДжон Г. Уайт [6]
ДокторантыЮэн Бирни [7]
Другие известные студенты
Интернет сайтsanger .ac .uk / люди / каталог / durbin-richard

Ричард Дурбин Майкл , FRS , [3] родился 30 декабря 1960 (60 лет) , [1] является британский Вычислительный биолог . В настоящее время он является ассоциированным преподавателем Института Сэнгера Wellcome Trust [18] и профессором генетики Кембриджского университета . [19] [20] Ранее он занимал должность старшего руководителя группы в Wellcome Trust Sanger Institute более 20 лет [21] [22] [23] [24] [5] [25] и почетный профессор по вычислительной геномики( 1960-12-30 ) в Кембриджском университете . [26]

Образование [ править ]

Дурбин получил образование в The Hall School Хэмпстед [ править ] и Highgate School в Лондоне. [1] После того, как конкурирующие в 1978/9 Международной математической олимпиады , [27] он продолжал учиться в Кембриджском университете окончил в 1982 году [28] с вторым отличием класса в Кембриджском математическом Tripos . После окончания учебы он продолжил учебу в докторантуре [6] в колледже Святого Иоанна в Кембридже [1], изучая развитие и организацию нервной системы Caenorhabditis elegans.[29] во время работы в Лаборатории молекулярной биологии (LMB) в Кембридже под руководством Джона Грэма Уайта .


Исследование [ править ]

Ранняя работа Дурбина включала разработку основного программного обеспечения для одного из первых детекторов области рентгеновской кристаллографии [30] и конфокального микроскопа MRC Biorad , а также вклад в нейронное моделирование. [31] [32]

Затем он руководил информатикой проекта генома Caenorhabditis elegans [33] и вместе с Жаном Тьерри-Миг разработал геномную базу данных AceDB , которая превратилась в веб-ресурс WormBase . После этого он сыграл важную роль в сборе данных и интерпретации последовательности генома человека. [34]

Он разработал множество методов анализа вычислительной последовательности . [35] [36] К ним относятся поиск генов (например, GeneWise) с помощью Ewan Birney [37] и модели Скрытого Маркова для выравнивания и сопоставления белков и нуклеиновых кислот (например, HMMER ) с помощью Sean Eddy и Graeme Mitchison. Некоторые из этих работ описаны в стандартном учебнике « Анализ биологической последовательности», написанном в соавторстве с Шоном Эдди , Андерсом Крогом и Грэмом Митчисоном [2] . Используя эти методы, Дарбин работал с коллегами над созданием ряда важных ресурсов геномных данных, включая базу данных по семействам белков.Pfam , [38] база данных геномов Ensembl , [39] и база данных семейств генов TreeFam . [12]

Совсем недавно Дурбин вернулся к секвенированию и разработал подходы с низким охватом к секвенированию популяционного генома, примененные сначала к дрожжам [40] [41], и стал одним из лидеров в применении новой технологии секвенирования для изучения вариаций генома человека. [42] [43] Дурбин в настоящее время является одним из руководителей международного проекта «1000 геномов», чтобы охарактеризовать вариации с точностью до 1% частоты аллелей в качестве основы генетики человека.

Награды и награды [ править ]

Дурбин был одним из лауреатов премии Малларда Королевского общества в 1994 году (за работу над конфокальным микроскопом ), выиграл премию лорда Ллойда Килгеррана Фонда науки и технологий в 2004 году и был избран членом Королевского общества. (FRS) в 2004 году [3] и членом Европейской организации молекулярной биологии (EMBO) в 2009 году. Королевское общество наградило Дурбина своей медалью Габора в 2017 году за его вклад в вычислительную биологию. [44]

Свидетельство Дурбина об избрании в Королевское общество гласит:

Дурбин известен своим мощным вкладом в вычислительную биологию. В частности, он сыграл ведущую роль в создании новой области биоинформатики. Это позволяет обрабатывать биологические данные в беспрецедентном масштабе, обеспечивая процветание геномики. Он руководил анализом генома C. elegans , и вместе с Тьерри-Мигом разработал программное обеспечение базы данных AceDB . В международном проекте генома он руководил анализом генов, кодирующих белки. Он представил ключевые вычислительные инструменты в программном обеспечении и обработке данных. Его база данных Pfam позволила идентифицировать домены в новых белковых последовательностях ; он использовал скрытые марковские модели, к которым он обычно привнес строгость и которые привели к ковариантности.модели для последовательности РНК . [45]

Личная жизнь [ править ]

Дурбин - сын Джеймса Дурбина и женат на Джули Аринджер , ученой из Института Гурдона . У них двое детей, Бенджамин и Зоя. [1]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c d e f "ДУРБИН, Ричард Майкл" . Кто есть кто . ukwhoswho.com . 2016 (онлайн-издание через издательство Oxford University Press  ). A&C Black, отпечаток Bloomsbury Publishing plc. ( требуется подписка или членство в публичной библиотеке Великобритании ) (требуется подписка)
  2. ^ a b Дурбин, Ричард М .; Эдди, Шон Р .; Крог, Андерс ; Митчисон, Грэм (1998), Анализ биологической последовательности: вероятностные модели белков и нуклеиновых кислот (1-е изд.), Кембридж, Нью-Йорк: Cambridge University Press , doi : 10.2277 / 0521629713 , ISBN 0-521-62971-3, OCLC  593254083
  3. ^ a b c "Сотрудник FRS профессора Ричарда Дурбина" . Лондон: Королевское общество . Архивировано из оригинального 19 ноября 2015 года.
  4. ^ http://www.biochemist.org/society/page.htm?item=37150 EMBO приветствует 66 ведущих ученых-биологов в качестве членов
  5. ^ a b Публикации Ричарда Дурбина, проиндексированные Google Scholar
  6. ^ a b Дурбин, Ричард (1987). Исследования развития и организации нервной системы Caenorhabditis elegans (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC 499178924 . 
  7. ^ Birney, Ewan (2000). Выравнивание последовательностей в биоинформатике (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  8. ^ Эдди, SR; Mitchison, G; Дурбин, Р. (1995). «Максимальная дискриминация скрытых марковских моделей консенсуса последовательностей». Журнал вычислительной биологии . 2 (1): 9–23. DOI : 10,1089 / cmb.1995.2.9 . PMID 7497123 . 
  9. ^ Эдди, SR; Дурбин, Р. (1994). «Анализ последовательности РНК с использованием ковариационных моделей» . Исследования нуклеиновых кислот . 22 (11): 2079–88. DOI : 10.1093 / nar / 22.11.2079 . PMC 308124 . PMID 8029015 .  
  10. ^ Ли, Х .; Дурбин, Р. (2009). «Быстрое и точное согласование короткого чтения с преобразованием Барроуза-Уиллера» . Биоинформатика . 25 (14): 1754–1760. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp324 . PMC 2705234 . PMID 19451168 .  
  11. ^ Ли, Х .; Ruan, J .; Дурбин, Р. (2008). «Отображение коротких считываний секвенирования ДНК и вызов вариантов с использованием показателей качества картирования» . Геномные исследования . 18 (11): 1851–1858. DOI : 10.1101 / gr.078212.108 . PMC 2577856 . PMID 18714091 .  
  12. ^ а б Ли, Х .; Coghlan, A .; Ruan, J .; Монета, ЖЖ; Hériché, JK; Osmotherly, L .; Li, R .; Лю, Т .; Zhang, Z .; Bolund, L .; Вонг, Г.К .; Zheng, W .; Dehal, P .; Wang, J .; Дурбин, Р. (2006). «TreeFam: тщательно подобранная база данных филогенетических деревьев семейств генов животных» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (90001): D572 – D580. DOI : 10.1093 / NAR / gkj118 . PMC 1347480 . PMID 16381935 .  
  13. ^ "Хэн Ли Кредиты Родословной Дурбина в принятии Премии Франклина" . bio-itworld.com. Архивировано из оригинального 27 февраля 2013 года .
  14. ^ Бейтман, А .; Монета, л .; Дурбин, Р .; Финн, РД; Hollich, V .; Griffiths-Jones, S .; Khanna, A .; Marshall, M .; Moxon, S .; Sonnhammer, EL; Studholme, DJ; Yeats, C .; Эдди, SR (2004). «База данных семейств белков Pfam» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (выпуск базы данных): 138D – 1141. DOI : 10.1093 / NAR / gkh121 . ISSN 0305-1048 . PMC 308855 . PMID 14681378 .   
  15. ^ Бейтман, А .; Бирни, Э .; Cerruti, L .; Дурбин, Р .; Etwiller, L .; Эдди, С .; Griffiths-Jones, S .; Howe, K .; Marshall, M .; Зоннхаммер, Э.Л. (2002). «База данных семейств белков Pfam» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 276–280. DOI : 10.1093 / NAR / 30.1.276 . PMC 99071 . PMID 11752314 .  
  16. ^ Бейтман, А; Бирни, Э; Дурбин, Р. Эдди, SR; Howe, KL; Зоннхаммер, EL (2000). «База данных семейств белков Pfam» . Исследования нуклеиновых кислот . 28 (1): 263–6. DOI : 10.1093 / NAR / 28.1.263 . PMC 102420 . PMID 10592242 .  
  17. ^ Bateman, A .; Бирни, Э .; Дурбин, Р .; Эдди, С .; Finn, R .; Зоннхаммер, Э. (1999). «Pfam 3.1: 1313 множественные выравнивания и профили HMM соответствуют большинству белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 27 (1): 260–262. DOI : 10.1093 / NAR / 27.1.260 . PMC 148151 . PMID 9847196 .  
  18. ^ www-core (веб-команда). «Дурбин, Ричард» . www.sanger.ac.uk . Проверено 2 января 2019 .
  19. ^ [email protected]. «Дурбин Групп - Департамент генетики» . www.gen.cam.ac.uk . Проверено 2 января 2019 .
  20. ^ [email protected]. «Профессор Ричард Дурбин - кафедра генетики» . www.gen.cam.ac.uk . Проверено 2 января 2019 .
  21. ^ "Д-р Ричард Дурбин - Институт Сэнгера фонда Wellcome Trust" . Архивировано из оригинала 5 марта 2012 года.
  22. ^ Дурбин, публикации Ричарда М., проиндексированныебиблиографической базой данных Scopus . (требуется подписка)
  23. ^ Ричард Дурбин коллекция архив Ричард Дурбин запись в архиве Wellcome Library.
  24. ^ Ричард Дурбин в Twitter
  25. ^ Ричард Дурбин насервере библиографии DBLP
  26. ^ "Почетные профессора" . Репортер Кембриджского университета . Кембриджский университет. CXLV (5). 12 декабря 2014. Архивировано из оригинала 15 марта 2015 года.
  27. ^ Результаты Ричарда М. Дурбина на Международной математической олимпиаде
  28. ^ "Биоинформер № 1, 1997 - Интервью с доктором Ричардом Дурбином" . Архивировано из оригинального 29 июля 2011 года . Проверено 30 июля 2011 года .
  29. ^ Дурбин, Ричард (1987). Исследования развития и организации нервной системы Caenorhabditis elegans (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  30. ^ Дурбин, RM ; Burns, R .; Moulai, J .; Metcalf, P .; Freymann, D .; Блюм, М .; Андерсон, Дж. Э .; Харрисон, Южная Каролина; Уайли, округ Колумбия (1986). «Кристаллография белков, ДНК и вирусов с пропорциональным счетчиком сфокусированной визуализации». Наука . 232 (4754): 1127–1132. Bibcode : 1986Sci ... 232.1127D . DOI : 10.1126 / science.3704639 . PMID 3704639 . 
  31. ^ Дурбин, Р .; Уиллшоу, Д. (1987). «Аналоговый подход к задаче коммивояжера с использованием метода эластичной сети». Природа . 326 (6114): 689–691. Bibcode : 1987Natur.326..689D . DOI : 10.1038 / 326689a0 . PMID 3561510 . S2CID 4321691 .  
  32. ^ Дурбин, Р .; Митчисон, Г. (1990). «Рамки уменьшения размеров для понимания кортикальных карт». Природа . 343 (6259): 644–647. Bibcode : 1990Natur.343..644D . DOI : 10.1038 / 343644a0 . PMID 2304536 . S2CID 4352870 .  
  33. ^ c. Elegans Sequencing, C. (1998). «Последовательность генома нематоды C. Elegans: платформа для изучения биологии». Наука . 282 (5396): 2012–2018. Bibcode : 1998Sci ... 282.2012. . DOI : 10.1126 / science.282.5396.2012 . PMID 9851916 . 
  34. ^ Лендер, ES ; Linton, M .; Birren, B .; Nusbaum, C .; Zody, C .; Болдуин, Дж .; Девон, К .; Dewar, K .; Дойл, М .; Fitzhugh, W .; Funke, R .; Gage, D .; Harris, K .; Heaford, A .; Howland, J .; Kann, L .; Lehoczky, J .; Levine, R .; McEwan, P .; McKernan, K .; Meldrim, J .; Месиров, JP; Миранда, С .; Моррис, В .; Naylor, J .; Raymond, C .; Rosetti, M .; Santos, R .; Шеридан, А .; и другие. (Февраль 2001 г.). «Первоначальное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. DOI : 10.1038 / 35057062 . ISSN 0028-0836 . PMID 11237011 .   
  35. ^ Симпсон, JT; Дурбин, Р. (2011). «Эффективная сборка больших геномов de novo с использованием сжатых структур данных» . Геномные исследования . 22 (3): 549–556. DOI : 10.1101 / gr.126953.111 . PMC 3290790 . PMID 22156294 .  
  36. ^ Eilbeck, K .; Льюис, ЮВ ; Мунгалл, CJ; Yandell, M .; Штейн, Л .; Дурбин, Р .; Эшбернер, М. (2005). «Онтология последовательности: инструмент для унификации аннотаций генома» . Геномная биология . 6 (5): R44. DOI : 10.1186 / GB-2005-6-5-R44 . PMC 1175956 . PMID 15892872 .  
  37. ^ Бирни, Э .; Дурбин, Р. (2000). «Использование GeneWise в эксперименте с аннотациями дрозофилы» . Геномные исследования . 10 (4): 547–548. DOI : 10.1101 / gr.10.4.547 . PMC 310858 . PMID 10779496 .  
  38. ^ Sonnhammer, ELL; Эдди, SR ; Дурбин, Р. (1997). «Pfam: исчерпывающая база данных семейств белковых доменов, основанная на выравнивании семян». Белки: структура, функции и генетика . 28 (3): 405–420. DOI : 10.1002 / (SICI) 1097-0134 (199707) 28: 3 <405 :: AID-PROT10> 3.0.CO; 2-L . PMID 9223186 . 
  39. ^ Хаббард, Т .; Barker, D .; Бирни, Э .; Cameron, G .; Chen, Y .; Clark, L .; Cox, T .; Cuff, J .; Curwen, V .; Вниз, Т .; Durbin, R .; Eyras, E .; Gilbert, J .; Hammond, M .; Huminiecki, L .; Kasprzyk, A .; Lehvaslaiho, H .; Lijnzaad, P .; Melsopp, C .; Mongin, E .; Pettett, R .; Pocock, M .; Potter, S .; Ржавчина, А .; Schmidt, E .; Searle, S .; Слейтер, G .; Smith, J .; Spooner, W .; Стабенау, А. (2002). «Проект базы данных генома Ensembl» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 38–41. DOI : 10.1093 / NAR / 30.1.38 . PMC 99161 . PMID 11752248 .  
  40. ^ Liti, G .; Картер, DM; Моисей, AM; Warringer, J .; Детали, л .; Джеймс, SA; Дэйви, RP; Робертс, Индиана; Burt, A .; Koufopanou, V .; Tsai, IJ; Бергман, CM; Bensasson, D .; О'Келли, MJT; Van Oudenaarden, A .; Бартон, DBH; Bailes, E .; Nguyen, AN; Jones, M .; Перепел, Массачусетс; Goodhead, I .; Sims, S .; Smith, F .; Бломберг, А .; Durbin, R .; Луи, EJ (2009). «Популяционная геномика домашних и диких дрожжей» . Природа . 458 (7236): 337–341. Bibcode : 2009Natur.458..337L . DOI : 10,1038 / природа07743 . PMC 2659681 . PMID 19212322 .  
  41. ^ Warringer, J .; Zörgö, E .; Cubillos, FA; Зия, А .; Gjuvsland, A .; Симпсон, JT; Форсмарк, А .; Дурбин, Р .; Омхольт, SW; Louis, EJ; Liti, G .; Моисей, А .; Бломберг, А. (2011). Кругляк Леонид (ред.). «Изменчивость признаков дрожжей определяется историей популяции» . PLOS Genetics . 7 (6): e1002111. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1002111 . PMC 3116910 . PMID 21698134 .  
  42. ^ Бентли, ДР; Balasubramanian, S .; Swerdlow, HP; Smith, GP; Milton, J .; Браун, CG; Холл, КП; Эверс, диджей; Barnes, CL; Бигнелл, HR; Boutell, JM; Bryant, J .; Картер, Р.Дж.; Keira Cheetham, R .; Кокс, Эй-Джей; Эллис, диджей; Flatbush, MR; Гормли, штат Северная Каролина; Хамфрей, SJ; Ирвинг, LJ; Карбелашвили, М.С.; Кирк, С.М.; Li, H .; Лю, X .; Maisinger, KS; Мюррей, LJ; Обрадович, Б .; Ост, Т .; Паркинсон, ML; и другие. (2008). «Точное секвенирование всего человеческого генома с использованием химии обратимых терминаторов» . Природа . 456 (7218): 53–59. Bibcode : 2008Natur.456 ... 53В . DOI : 10,1038 / природа07517 . PMC 2581791 . PMID  18987734 .
  43. ^ Ли, Х .; Дурбин, Р. (2011). «Вывод истории человеческой популяции из отдельных полногеномных последовательностей» . Природа . 475 (7357): 493–496. DOI : 10,1038 / природа10231 . PMC 3154645 . PMID 21753753 .  
  44. ^ "Медаль Габора - Медалист Габора 2017" . Королевское общество. 2017 . Проверено 10 октября 2017 года .
  45. ^ "Библиотека и архивный каталог" . Лондон: Королевское общество . Проверено 14 ноября 2013 года .