Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Алекс Бейтман
Алекс Бейтман ISMBECCB 2013.jpg
Алекс Бейтман выступает на конференции « Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» (ISMB) в Берлине в 2013 г.
Родившийся
Александр Джордж Бейтман

( 1972-10-09 )9 октября 1972 г. (48 лет) [1]
Альма-матер
Известен
Награды
Научная карьера
Поля
Учреждения
ТезисЭволюция структуры и функции суперсемейства иммуноглобулинов  (1997)
ДокторантСайрус Чотия
Другие научные консультантыРичард М. Дурбин [10]
Интернет сайтwww .ebi .ac .uk / about / people / alex-bateman

Александр Джордж Бейтман - вычислительный биолог и руководитель отдела белковых последовательностей в Европейском институте биоинформатики (EBI) , входящем в состав Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) в Кембридже, Великобритания. [9] [11] Он руководил разработкой биологической базы данных Pfam [12] и представил базу данных Rfam семейств РНК . Он также участвовал в использовании Википедии для аннотирования биологических баз данных на уровне сообществ. [13] [14] [15] [16] [17]

Образование [ править ]

Bateman получил степень бакалавра наук степень в области биохимии из Университета Ньюкасла в 1994 году он получил степень доктора философии в Кембриджском университете в 1997 году, для проведения исследований под руководством Кира Chothia [18] [19] по эволюции иммуноглобулина белка надсемейства . [20] [21] В это время он также работал с Шоном Эдди над открытием новых белковых доменов с помощью программного обеспечения HMMER . [22]

Карьера и исследования [ править ]

В 1997 году Бейтман присоединился к Институту Сэнгера Wellcome Trust, чтобы возглавить разработку биологической базы данных Pfam . В 2003 году он представил базу данных семейств РНК Rfam . [6] [22] Он также принимал участие в проведении анализа белков для публикации генома человека. [22] [23]

С 2012 года он был руководителем отдела белковых последовательностей в EMBL-EBI. [24]

Бейтман также участвовал в продвижении использования Википедии в научном сообществе [25] и, в частности, в аннотации сообществом биологических баз данных через Википедию, например, аннотации базы данных Rfam через WikiProject RNA . [26]

Бэйтман был исполнительным редактором журнала Bioinformatics с 2004 по 2012 год, а также редактором журнала Nucleic Acids Research , Genome Biology и Current Protocols in Bioinformatics . [2] [3] В 2014 году он был назначен одним из первых почетных редакторов журнала « Биоинформатика» . [27] С 2015 года Бейтман также входит в совет директоров ISCB. [28]

Награды и награды [ править ]

Бейтман был удостоен премии Бенджамина Франклина 2010 года в области биоинформатики. [29] [30] Он стал третьим бывшим членом лаборатории Ричарда Дурбина, получившим награду, после Шона Эдди и Юэна Бирни . [29] [10] Бейтман был избран членом ISCB в 2017 году Международным обществом вычислительной биологии . [8] [31]

Алекс Бейтман (слева) и Сайрус Чотия (справа) на конференции ISMB в Дублине в 2015 году.

Ссылки [ править ]

  1. ^ Alex Bateman в Библиотеке Конгресса органов
  2. ^ a b «Алекс Бейтман: старший руководитель группы по изучению белковых последовательностей и руководитель исследовательской группы Бейтмана» . Uniprot.org. Архивировано из оригинала на 2015-03-16.
  3. ^ a b "Alex Bateman Publons" . Publons.com. Архивировано из оригинала на 2015-03-16.
  4. ^ Бейтман, А .; Монета, л .; Дурбин, Р .; Финн, РД; Hollich, V .; Griffiths-Jones, S .; Khanna, A .; Marshall, M .; Moxon, S .; Sonnhammer, EL; Studholme, DJ; Yeats, C .; Эдди, SR (2004). «База данных семейств белков Pfam» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (выпуск базы данных): 138D – 1141. DOI : 10.1093 / NAR / gkh121 . ISSN 0305-1048 . PMC 308855 . PMID 14681378 .   
  5. ^ Саммут, SJ; Финн, РД; Бейтман, А (2008). «Pfam 10 лет спустя: 10 000 семей, которые продолжают расти» . Брифинги по биоинформатике . 9 (3): 210–9. DOI : 10.1093 / нагрудник / bbn010 . PMID 18344544 . 
  6. ^ а б Гриффитс-Джонс, S; Бейтман, А; Маршалл, М; Ханна, А; Эдди, SR (2003). «Rfam: база данных семейства РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (1): 439–41. DOI : 10.1093 / NAR / gkg006 . PMC 165453 . PMID 12520045 .  
  7. ^ Гриффитс-Джонс, S; Grocock, RJ; Ван Донген, S; Бейтман, А; Энрайт, AJ (2006). «MiRBase: последовательности микроРНК, мишени и номенклатура генов» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (выпуск базы данных): D140-4. DOI : 10.1093 / NAR / gkj112 . PMC 1347474 . PMID 16381832 .  
  8. ^ а б Анон (2017). «Стипендиаты ISCB» . iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала на 2017-03-20.
  9. ^ a b Публикации Алекса Бейтмана, проиндексированные Google Scholar
  10. ^ а б Чакрадхар, Шраддха (2012). «Хэн Ли придает большое значение родословной Дурбина при получении премии Франклина» . bio-itworld.com. Архивировано из оригинала на 2013-03-30.
  11. ^ Алекс Бейтман насервере библиографии DBLP
  12. ^ Финн, РД; Mistry, J .; Schuster-Böckler, B .; Griffiths-Jones, S .; Hollich, V .; Lassmann, T .; Moxon, S .; Marshall, M .; Khanna, A .; Durbin, R .; Эдди, SR; Sonnhammer, EL; Бейтман, А. (январь 2006 г.). «Pfam: кланы, веб-инструменты и сервисы» (Полный текст) . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (выпуск базы данных): D247 – D251. DOI : 10.1093 / NAR / gkj149 . ISSN 0305-1048 . PMC 1347511 . PMID 16381856 .    
  13. ^ Логан, DW; Сандалии, М .; Гарднер, П.П .; Манске, М .; Бейтман, А. (2010). «Десять простых правил редактирования Википедии» . PLOS Вычислительная биология . 6 (9): e1000941. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1000941 . PMC 2947980 . PMID 20941386 .  
  14. ^ "Группа Бейтмана <Исследования <EMBL-EBI" . Европейский институт биоинформатики. Архивировано из оригинала на 2013-10-01.
  15. ^ Публикации Алекса Бейтмана из Europe PubMed Central
  16. ^ Публикации Alex БЭИТМАН индексируется Scopus библиографической базы данных. (требуется подписка)
  17. ^ Burge, S .; Attwood, TK ; Бейтман, А .; Берардини, Т.З .; Cherry, M .; О'Донован, К .; Xenarios, L .; Годе, П. (2012). «Биокураторы и биокументация: исследование проблем 21 века» . База данных . 2012 : bar059. DOI : 10,1093 / базы данных / bar059 . PMC 3308150 . PMID 22434828 .  
  18. ^ Бейтман, А ; Эдди, SR ; Chothia, C (1996). «Члены суперсемейства иммуноглобулинов у бактерий» . Белковая наука . 5 (9): 1939–41. DOI : 10.1002 / pro.5560050923 . PMC 2143528 . PMID 8880921 .  
  19. ^ Бейтман, А; Жуэ, М; Макфарлейн, Дж; Du, JS; Kenwrick, S; Chothia, C (1996). «Обрисуйте структуру молекулы адгезии клеток L1 человека и места, где мутации вызывают неврологические расстройства» . Журнал EMBO . 15 (22): 6050–9. DOI : 10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00993.x . PMC 452426 . PMID 8947027 .  
  20. ^ Бейтман, Александр Джордж (1997). Эволюция структуры и функции суперсемейства иммуноглобулинов . ethos.bl.uk (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC 879391333 . 
  21. ^ Бейтман, А ; Мурзин, АГ; Тейхманн, С.А. (1998). «Структура и распределение пентапептидных повторов в бактериях» . Белковая наука . 7 (6): 1477–80. DOI : 10.1002 / pro.5560070625 . PMC 2144021 . PMID 9655353 .  
  22. ^ a b c «Архивная страница: доктор Алекс Бейтман - Институт Wellcome Trust Sanger» . Wellcome Trust Институт Сэнгера. Архивировано из оригинала на 2014-10-13.
  23. ^ Лендер, Эрик S .; и другие. (15 февраля 2001 г.). «Первоначальное секвенирование и анализ генома человека» . Природа . 409 (6822): 860–921. DOI : 10.1038 / 35057062 . PMID 11237011 . 
  24. ^ "Алекс Бейтман <Люди и группы <О нас <EMBL-EBI" . EBI. Архивировано из оригинала на 2013-10-01.
  25. Перейти ↑ Bateman, Alex (2012). «Почему ученые должны публиковаться в Википедии» . Проводная Великобритания . Архивировано из оригинала на 2012-07-09.
  26. ^ Daub, J .; Гарднер, П.П .; Tate, J .; Ramsköld, D .; Манске, М .; Скотт, WG; Weinberg, Z .; Griffiths-Jones, S .; Бейтман, А. (2008). "The RNA WikiProject: Сообщество аннотаций семейств РНК" . РНК . 14 (12): 2462–2464. DOI : 10,1261 / rna.1200508 . PMC 2590952 . PMID 18945806 .  
  27. ^ Анон (2014). «15 лет« Биоинформатики » » . Биоинформатика . 30 (6): 747. DOI : 10,1093 / биоинформатики / btu076 . PMID 24642573 . 
  28. ^ "Должностные лица и совет директоров ISCB" . Международное общество вычислительной биологии. Архивировано из оригинала на 2014-07-24.
  29. ^ a b «Алекс Бейтман выигрывает премию Бенджамина Франклина 2010 - Мир биотехнологий» . www.bio-itworld.com. Архивировано из оригинала на 2012-08-14.
  30. ^ "Алекс получает премию Бенджамина Франклина!" . Блог Xfam. Апрель 2010. Архивировано из оригинала на 2010-04-28.
  31. ^ «13 февраля 2017: Международное общество вычислительной биологии называет семь членов как класс стипендиатов ISCB 2017 года» . www.iscb.org . Проверено 13 февраля 2017 года .