Это хорошая статья. Для получения дополнительной информации нажмите здесь.
Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Интеллектуальные системы для молекулярной биологии ( ISMB ) - это ежегодная научная конференция по вопросам биоинформатики и вычислительной биологии, организованная Международным обществом вычислительной биологии (ISCB). Основное внимание на конференции уделяется разработке и применению передовых вычислительных методов для решения биологических проблем. Конференция проводится ежегодно с 1993 года и превратилась в одну из крупнейших и самых престижных встреч в этих областях, в которой в 2004 году приняли участие более 2000 делегатов [1] [2].С момента первой встречи ISMB проводился по всему миру; с 2007 года встречи проводились попеременно в Европе и Северной Америке. С 2004 года европейские встречи проводятся совместно с Европейской конференцией по компьютерной биологии (ECCB).

Основная конференция ISMB обычно длится три дня и состоит из презентаций, стендовых докладов и основных докладов . Большинство презентаций проходят в нескольких параллельных направлениях; тем не менее, основные доклады представлены в виде единого трека и выбраны для отражения выдающихся исследований в области биоинформатики. Среди известных основных докладчиков ISMB были восемь нобелевских лауреатов. Получатели Премии Овертона ISCB и Премии ISCB «Достижение старшего научного сотрудника» приглашаются выступить с основными докладами в рамках программы. Труды конференции в настоящее время публикуются в журнале Bioinformatics .

История [ править ]

Черно-белый портрет Лоуренса Хантера
Лоуренс Хантер , сопредседатель первой конференции ISMB.

Ранние встречи [ править ]

У истоков конференции ISMB лежит семинар для исследователей искусственного интеллекта , интересующихся молекулярной биологией, который состоялся в ноябре 1991 года. [3] Семинар был организован американским исследователем Лоуренсом Хантером , в то время директором Проекта машинного обучения в Национальном агентстве США. Институты здоровья «s Национальной медицинской библиотеки (NLM) в Bethesda, штат Мэриленд . [4] Последующий семинар по той же теме, проведенный в 1992 г., организованный NLM и Национальным научным фондом., дал понять, что необходима регулярная международная конференция в этой области. Такая конференция будет посвящена молекулярной биологии как быстро развивающемуся применению искусственного интеллекта. [5] После успешной подачи заявок на гранты от AAAI , NIH и Министерства энергетики, Управления здравоохранения и экологических исследований , первая конференция ISMB была проведена в июле 1993 года в NLM. Конференция проходила под председательством Хантера Дэвида Сирлса (доцент-исследователь Медицинской школы Университета Пенсильвании ) и Джуд Шавлик (доцент кафедры информатики Университета Висконсин-Мэдисон).) и привлек более 200 участников из 13 стран [4], представив 69 научных работ. [3]

Успех первой конференции вызвал объявление о второй конференции ISMB в конце встречи. Первоначально ISMB 1994 планировалось провести в Сиэтле . Однако конкурирующая встреча вынудила ISMB в короткие сроки сменить место проведения. Конференция была проведена в Стэнфордском университете в августе 1994 года и была организована Рассом Альтманом , научным сотрудником Медицинской школы Стэнфордского университета . [3] Чтобы подчеркнуть международный аспект конференции, ISMB 1995 был проведен в Робинсон-колледже в Кембридже . ISMB 1995 также ознаменовал смещение фокуса конференции. Член правления ISCB и директорИспанский национальный институт биоинформатики Альфонсо Валенсия заявил, что в 1995 году «конференция превратилась из конференции по информатике в точку, в которой все осознали, что если вы хотите добиться прогресса, необходимо больше внимания уделять биологии». [3]

Формирование ISCB и расширение [ править ]

ISMB 1997 проходил в Халкидики , Греция и ознаменовал основание Международного общества вычислительной биологии (ISCB). [5] ISCB была создана с акцентом на управление всеми научными, организационными и финансовыми аспектами конференции ISMB и чтобы предоставить ученым форум для обсуждения растущей роли компьютеров в биологических науках. ISCB оказывает содействие в организации серии конференций ISMB с 1998 года. [2] Период после образования ISCB также ознаменовался увеличением количества участников ISMB: ISMB 2000 (проводившаяся в Калифорнийском университете в Сан-Диего ) посетило более 1000 делегатов, [1]подана 141 научная работа. [3] Эта встреча также была последней, когда ISMB проводился в университете из-за ограничений по размеру. [1]

Партнерство с ECCB [ править ]

Первая совместная конференция с ECCB прошла в 2004 году в Шотландском выставочном и конференц-центре .

В 2004 году ISMB впервые был проведен совместно с Европейской конференцией по вычислительной биологии . Конференция была также совмещена с конференцией Genes, Proteins and Computers. Эта встреча, проведенная в Глазго , Великобритания , была крупнейшей из когда-либо проводившихся конференций по биоинформатике [6], на которой присутствовали 2136 делегатов, представивших 496 научных работ. [7] Альфонсо Валенсия считает ISMB / ECCB 2004 важной вехой в истории ISMB: «это была первая конференция, на которой баланс между Европой и Штатами стал важной частью конференции. Именно здесь мы установили правила, способы и дух сотрудничества между американцами и европейцами ».[3] Успех совместной конференции проложил путь для будущих европейских встреч ISMB, которые будут проводиться совместно с ECCB. [3]

Последние встречи [ править ]

К концу 2006 г. ISCB испытывал финансовые затруднения. Две конференции (ISMB 2003 в Брисбене и ISMB 2006 в Форталезе ) резко сократили количество участников из-за их местоположения, с соответствующим сокращением доходов. [8] Чтобы позволить большему количеству делегатов присутствовать, было решено ограничить места проведения конференций Северной Америкой и Европой. В январе 2007 года ISMB и ECCB договорились проводить совместные конференции в Европе раз в два года, начиная с ISMB / ECCB 2007. [2] ISMB будет проводиться в Северной Америке в годы между совместными встречами. По состоянию на 2016 год было подтверждено, что эта модель сохранится как минимум до 2019 года. ISMB / ECCB 2007 (проводится в Вене , Австрия) стал первой конференцией, за организацию которой ISCB взял на себя полную ответственность. [1] Вена стала первым городом, который дважды принимал ISMB с ISMB / ECCB 2011. Этот «ответный визит» был экспериментом, направленным на сокращение усилий, необходимых для поиска подходящих мест для проведения конференций. Хотя возвращение в Вену было признано лишь частично успешным из-за роста цен, Бостон (который принимал ISMB 2010 и 2014), по прогнозам, станет «безопасным» сайтом, на который ISMB может периодически возвращаться. [1]

ISMB отпраздновал свою 20-ю встречу с ISMB 2012, которая прошла в Лонг-Бич, Калифорния . Мероприятие привлекло около 1600 делегатов [1], представивших 268 научных работ. [3] Ричард Х. Латроп и Лоуренс Хантер представили специальную программную презентацию, оглядываясь на предыдущие встречи ISMB и пытаясь предсказать, в каком направлении может развиваться область биоинформатики в будущем. [9] ISMB / ECCB 2013 проходил в Берлине , Германия, и на нем присутствовало около 2000 делегатов, представивших 233 научных статьи. [10]

Форматировать [ редактировать ]

Основная конференция [ править ]

Основная конференция ISMB обычно длится три дня и состоит из презентаций, стендовых докладов и основных докладов . [1]

Академические работы в ISMB традиционно представлялись в едином треке. [3] Презентации на ISMB 1994 были разделены на три тематических дня, посвященных предсказанию вторичной структуры белков , анализу последовательностей и методам искусственного интеллекта и биохимическим приложениям, соответственно. [4] По мере того, как посещаемость ISMB увеличивалась, подход к единому треку становился все более неустойчивым, и на ISMB / ECCB 2004 были представлены два параллельных трека. Дальнейшее расширение означало, что к ISMB 2012 более 200 докладов были представлены в девяти параллельных треках [1], включая несколько дорожек судебных заседаний , дорожка основных моментов и дорожка технологий. Введение параллельных путей в ISMB вызвало споры.Кристофер Роулингс (руководитель отдела вычислительной и системной биологии в Rothamsted Research и организатор ISMB 1995) сказал: «Было много людей, которые хотели закрепить это более прочно в модели интеллектуальных систем ИИ и провести встречу, на которую все пойдут. все. Но он стал слишком большим. Мы просто не могли ». [3] По мере увеличения количества представленных материалов судебных заседаний процент принятия резко снизился с 75% в 1994 году до 13% в 2012 году. [3] Протоколы ISMB за 1993-2000 годы были опубликованы AAAI Press . Начиная с ISMB 2001, труды публикуются в журнале Bioinformatics . [11] [12]Количество плакатов, представленных на ISMB, также резко увеличилось. 25 плакатов были представлены на ISMB 1994; [4] На недавних встречах ISMB было представлено от 500 до 1000 плакатов на нескольких стендовых сессиях. [1]

Достижение ISCB лауреата премии Senior Scientist Award Гуннара фон Хейне, выступающего с основным докладом на ISMB 2012.

Ключевые доклады представлены в виде одного трека и обычно привлекают самую большую аудиторию. [2] Эти презентации выбраны, чтобы выделить выдающиеся исследования в области биоинформатики . Среди известных основных докладчиков ISMB были восемь лауреатов Нобелевской премии : Ричард Дж. Робертс (основной докладчик в 1994, 2006), Джон Салстон (1995), Манфред Эйген (1999), Джеральд Эдельман (2000), Сидней Бреннер (2003), Курт Вютрих ( 2006), Роберт Хубер (2006) и Майкл Левитт (2015). [5] [13] [14]

По состоянию на 2012 год бюджет ISMB превышает 1,5 миллиона долларов, а по выручке он в четыре раза превышает аналогичный показатель других конференций ISCB (ISCB-Latin America, ISCB-Africa , ISCB-Asia, Конференция по биоинформатике Rocky Mountain, CSHALS и Конференция по биоинформатике Великих озер) вместе. [1] Стандартные регистрационные сборы (по состоянию на 2013 год) составляют около 1000 долларов для ученых, которые являются членами ISCB (1350 долларов для нечленов), с более низкими ставками для студентов и более высокими ставками для корпоративных делегатов соответственно. Скидки предоставляются при ранней регистрации. [15]

Спутниковые события [ править ]

Обучающие программы перед конференцией сыграли важную роль в ISMB с момента первой конференции. [2] Учебники на ISMB 1994 включали введение в генетические алгоритмы , нейронные сети , ИИ для молекулярных биологов и молекулярную биологию для компьютерных ученых. [4] Учебные пособия по протеомике на основе вычислительной масс-спектрометрии и доступу к данным ENCODE были представлены на ISMB / ECCB 2013. [16]

По мере роста посещаемости ISMB в конце 1990-х годов одновременно с основной конференцией образовалось несколько дополнительных встреч и встреч групп особых интересов (SIG). Заседания SIG проводятся за один или два дня до основной конференции и фокусируются на конкретной теме, что позволяет обсудить более детально, чем на основной конференции. [17] Известные встречи SIG включают Конференцию по открытому исходному коду биоинформатики (BOSC), которая проводится ежегодно с 2000 года [18], и Bio-Ontologies, которая проводится ежегодно с 1998 года. [19] Сателлитные встречи обычно длятся два дня и проводятся совместно с ISMB. 12-я конференция CAMDA и 9-я встреча 3DSIG были проведены в качестве дополнительных встреч ISMB / ECCB 2013. [20][21]

Список конференций [ править ]

Первая конференция ISMB прошла в Национальной медицинской библиотеке США, Бетесда.
ISMB / ECCB 2013 проходил в Международном конгресс- центре Берлина .

Запланированные мероприятия [ править ]

См. Также [ править ]

  • Европейская конференция по вычислительной биологии (ECCB)
  • Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу (PSB)
  • Исследования в области вычислительной молекулярной биологии (РЕКОМБ)

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c d e f g h i j k Рост, Б .; Gaasterland, T .; Ленгауэр, Т .; Linial, M .; Маркель, С .; Моррисон Маккей, Би Джей; Schneider, R .; Horton, P .; Келсо, Дж. (13 июля 2012 г.). «Прокладывая путь в будущее: поиск подходящих площадок для ISMB» . Биоинформатика . 28 (19): 2556–2559. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bts420 . PMC  3463122 . PMID  22796959 .
  2. ^ a b c d e Linial, M .; Месиров, JP; Моррисон Маккей, Би Джей; Рост, Б. (2008). «ISMB 2008 Торонто» . PLOS Вычислительная биология . 4 (6): e1000094. Bibcode : 2008PLSCB ... 4E0094L . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1000094 . PMC 2427177 . PMID 18584023 .  
  3. ^ Б с д е е г ч я J K Гибсон, Тодд А. (2012). «Корни биоинформатики в ISMB» . PLOS Вычислительная биология . 8 (8): e1002679. Bibcode : 2012PLSCB ... 8E2679G . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1002679 . PMC 3431341 . PMID 22952443 .  
  4. ^ a b c d e Searls, D .; Shavlik, J .; Хантер, Л. (1994). «Первая международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии» . Журнал AI . 15 (1): 12–13 . Проверено 16 сентября 2013 года .
  5. ^ a b c "Об ISMB" . www.iscb.org . ISCB . Проверено 16 сентября 2013 года .
  6. ^ "История ISCB" . www.iscb.org . Проверено 19 сентября 2013 года .
  7. ^ "ISMB / ECCB 2004" . Проверено 19 сентября 2013 года .
  8. Рост, Б. (14 ноября 2013 г.). «ISCB: перспектива прошлого и настоящего для Международного общества вычислительной биологии» . Биоинформатика . 29 (24): 3243–3245. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btt629 . PMC 5994947 . PMID 24234004 .  
  9. ^ "Ключевые моменты" . ISMB 2012 . ISCB . Проверено 26 августа 2013 года .
  10. Бен-Тал, Н. (21 июня 2013 г.). «Редакция» . Биоинформатика . 29 (13): i1 – i2. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btt282 . PMC 3694647 . PMID 23812973 .  
  11. ^ "Труды ISMB" . www.iscb.org . ISCB . Проверено 3 октября 2013 года .
  12. ^ Brunak, S .; Крог, А. (1 июня 2001 г.). «ИСМБ 2001» . Биоинформатика . 17 (Дополнение 1): S1 – S4. DOI : 10.1093 / биоинформатики / 17.suppl_1.S1 .
  13. ^ Нешич, Горан; Bourne, Philip E .; Брунак, Сорен (1 января 2006 г.). «ИСМБ 2006» . PLOS Вычислительная биология . 2 (2): e11. Bibcode : 2006PLSCB ... 2 ... 11N . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.0020011 . PMC 1378106 . PMID 16758006 .  
  14. ^ "Ключевые моменты" . ISMB / ECCB 2015 . ISCB . Дата обращения 18 мая 2015 .
  15. ^ "РЕГИСТРАЦИЯ" . ISMB / ECCB 2013 . ISCB . Проверено 25 октября 2013 года .
  16. ^ «Учебники» . ISMB / ECCB 2013 . ISCB . Проверено 26 сентября 2013 года .
  17. ^ "SIGs & Satellite Meetings" . ISMB / ECCB 2013 . ISCB . Проверено 26 сентября 2013 года .
  18. ^ "BOSC - Открытый фонд биоинформатики" . Открытый фонд биоинформатики . Проверено 26 сентября 2013 года .
  19. ^ Боденрейдер, Оливье; Стивенс, Роберт (2006). «Био-онтологии: современные тенденции и будущие направления» . Брифинги по биоинформатике . 7 (3): 256–274. DOI : 10.1093 / нагрудник / bbl027 . PMC 1847325 . PMID 16899495 .  
  20. ^ «3DSIG 2013 - Структурная биоинформатика и вычислительная биофизика, Берлин 2013» . 3DSIG 2013 . Проверено 26 сентября 2013 года .
  21. ^ «Конференция CAMDA 2013 - CAMDA 2013» . CAMDA 2013 . Проверено 26 сентября 2013 года .
  22. ^ "Труды 1-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. ISMB - 93". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии . 1 : i – ix, 1–459. 1993. PMID 7584323 . 
  23. ^ "Труды 2-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. ISMB - 94". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии . 2 : 1–384. 1994. PMID 7584376 . 
  24. ^ "Труды 3-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. ISMB - 95". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии . 3 : i – xii, 1–415. 1995. PMID 7584424 . 
  25. ^ "Труды 4-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. ISMB-96". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии . 4 : 1–262. 1996. PMID 9005023 . 
  26. ^ "Труды 5-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. Халкидики, Греция, 21-26 июня 1997 г.". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии . 5 : 1–371. 1997. PMID 9410501 . 
  27. ^ "Труды 6-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. Монреаль, Квебек, Канада. 28 июня - 1 июля 1998". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии . 6 : 1–223. 1998. PMID 9867411 . 
  28. ^ "ISMB '99. Труды 7-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. Гейдельберг, Германия, 6-10 августа 1999". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии : 1–307. 1999. PMID 10809579 . 
  29. ^ "Труды 8-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии (ISMB 2000). Сан-Диего, Калифорния, США. 19-23 августа 2000". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии . 8 : 1–419. 2000. PMID 11221647 . 
  30. ^ "Труды Девятой международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии" . Биоинформатика . 17 : S1 – S331. Июнь 2001 . Проверено 3 октября 2013 года .
  31. ^ "Труды Десятой Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии" . Биоинформатика . 18 (добавление 1): S1 – S363. Июль 2002 . Проверено 3 октября 2013 года .
  32. ^ Майерс, Г. (3 июля 2003 г.). «Одиннадцатая Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии, Брисбен, Австралия, 29 июня - 3 июля 2003 г.» . Биоинформатика . 19 (приложение 1): i1 – i349. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btg1048 . PMID 12855430 . Проверено 3 октября 2013 года . 
  33. ^ "Труды Двенадцатой Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии / Третья европейская конференция по вычислительной биологии 2004 Глазго, Великобритания 31 июля - 4 августа 2004" . Биоинформатика . 20 (Приложение 1): i1 – i395. 4 августа 2004 . Проверено 3 октября 2013 года .
  34. ^ "ISMB 2005 Proceedings. Тринадцатая международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии, Детройт 25-29 июня 2005" . Биоинформатика . 21 (Приложение 1): i1 – i510. 2005 . Проверено 3 октября 2013 года .
  35. ^ "ПРОЦЕДУРА КОНФЕРЕНЦИИ ISMB 2006, 6-10 АВГУСТА, ФОРТАЛЕЗА, БРАЗИЛИЯ" . Биоинформатика . 22 (14): e1 – e568. 15 июля 2006 . Проверено 3 октября 2013 года .
  36. ^ "Ismb / Eccb 2007" . Биоинформатика . 23 (13): i1 – i586. 13 июля 2007 г. doi : 10.1093 / bioinformatics / btm285 . Проверено 3 октября 2013 года .
  37. ^ "ПРОЦЕДУРА КОНФЕРЕНЦИИ ISMB 2008, 19-23 ИЮЛЯ 2008 ГОДА, ТОРОНТО" . Биоинформатика . 24 (13): i1 – i423. 1 июля 2008 . Проверено 3 октября 2013 года .
  38. ^ «ПРОЦЕДУРА КОНФЕРЕНЦИИ ISMB / ECCB 2009, 27 ИЮНЯ ПО 2 ИЮЛЯ 2009 ГОДА, СТОКГОЛЬМ, ШВЕЦИЯ» . Биоинформатика . 25 (12): i1 – i384. 15 июня 2009 . Проверено 3 октября 2013 года .
  39. ^ «ПРОЦЕДУРА КОНФЕРЕНЦИИ ISMB 2010 С 11 ПО 13 ИЮЛЯ 2010 ГОДА, БОСТОН, МА, США» . Биоинформатика . 26 (12): i1 – i408. 15 июня 2010 . Проверено 3 октября 2013 года .
  40. ^ "Комитет по материалам дела Ismb / Eccb 2011" . Биоинформатика . 27 (13): i1 – i411. 1 июля 2011 г. doi : 10.1093 / bioinformatics / btr298 . PMC 2687993 . Проверено 3 октября 2013 года . 
  41. ^ «КОМИТЕТ ПО ПРОИЗВОДСТВУ ДОКУМЕНТОВ ISMB 2012, 15 - 19 ИЮЛЯ 2012, ЛОНГ БИЧ, Калифорния, США» . Биоинформатика . 28 (12): i1 – i301. 15 июня 2012 . Проверено 3 октября 2013 года .
  42. ^ "ISMB / ECCB 2013 Комитет по материалам дела" . Биоинформатика . 29 (13): i1 – i371. 1 июля 2013 г. doi : 10.1093 / bioinformatics / btt281 . PMC 4765877 . Проверено 3 октября 2013 года . 
  43. ^ "КОМИТЕТ ПО РАЗРАБОТКЕ ДОКУМЕНТОВ ISMB 2014" . Биоинформатика . 30 (12): i1 – i339. 15 июня 2014 . Проверено 17 июля 2014 года .
  44. ^ "ISMB / ECCB 2015 ПРОФИЛЬНЫЙ ДОКУМЕНТ 10 ИЮЛЯ ПО 14 ИЮЛЯ, 2015, ДУБЛИН, ИРЛАНДИЯ" . Биоинформатика . 31 (12): i1 – i386. 15 июня 2015 . Проверено 29 декабря 2015 года .
  45. ^ a b «Информационный бюллетень ISCB - лето 2014 - том 17, выпуск 2» (PDF) . ISCB . Проверено 8 августа 2014 года .
  46. ^ "Программа предстоящих мероприятий - Пражский конгресс-центр" . Проверено 29 декабря 2015 года .
  47. ^ «Будущие даты ISMB» . www.iscb.org . Проверено 7 июля 2017 года .
  48. ^ "Об ISMB" . www.iscb.org . Дата обращения 4 декабря 2019 .