Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Международное общество вычислительной биологии
Iscb logo.png
СокращениеISCB
Формирование1997 г. (1997)
ТипНаучное общество
Штаб-квартираЛисбург, Вирджиния , США [1]
Членство (2016)
~ 3 400 [2]
Президент
Томас Ленгауэр
Ключевые люди
Дочерние компанииСтуденческий совет ISCB
Интернет сайтiscb .org

Международное общество по вычислительной биологии ( ISCB ) является научным обществом для исследователей в области вычислительной биологии и биоинформатике . Общество было основано в 1997 году, чтобы обеспечить стабильный финансовый дом для конференции « Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» (ISMB), и выросло в более крупное общество, работающее над продвижением понимания живых систем посредством вычислений и для распространения научных достижений во всем мире.

В дополнение к ISMB, общество также организует растущее число более мелких конференций, более региональных или тематических, и вручает ряд ежегодных наград за научные достижения, включая Премию Овертона и Премию старших ученых ISCB . [3] [4] [5]

Обзор [ править ]

Членство в обществе отражает приверженность развитию вычислительной биологии. ISCB - это международная некоммерческая организация, члены которой представляют глобальные сообщества биоинформатики и вычислительной биологии. ISCB обслуживает своих членов по всему миру, предоставляя высококачественные встречи, публикации и отчеты о методах и инструментах; путем распространения ключевой информации о ресурсах биоинформатики и актуальных новостей из смежных областей; и путем активного содействия обучению, образованию, трудоустройству, развитию карьеры и созданию сетей. Общество также защищает и обеспечивает руководство ресурсами и политикой в ​​поддержку научных усилий и на благо общества в целом.

ISCB стремится довести значение вычислительной биологии до более широкого научного сообщества, правительственных организаций и широкой общественности; общество обслуживает своих членов на местном, национальном и международном уровнях; он обеспечивает руководство по научной политике, публикациям, встречам и распространяет информацию через несколько платформ. ISCB ежегодно организует конференцию по интеллектуальным системам для молекулярной биологии (ISMB), растущее число более мелких, более региональных или тематических ежегодных и двухгодичных конференций и имеет три официальных журнала: ISCB Community Journal, PLOS Computational Biology и Bioinformatics . Общество ежегодно присуждает три премии за научные достижения: Премию Овертона., То ISCB Innovator Award , [6] и ISCB старший научный сотрудник Награды . Общество ежегодно выбирает стипендиатов ISCB в честь членов, отличившихся выдающимся вкладом в области вычислительной биологии и биоинформатики. ISCB также присуждает премию ISCB Outstanding Contributions Award, чтобы отметить членов сообщества, которые внесли значительный вклад в успех организации.

История [ править ]

Основание [ править ]

Серия конференций « Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» (ISMB) началась в 1993 году. [7] В ответ на расширение конференции в 1997 году была основана ISCB, значительная часть ее полномочий заключалась в обеспечении стабильной финансовой базы для ISMB. . [8] [9] ISCB была юридически зарегистрирована в начале 1997 года, [9] с Лоуренсом Хантером, избранным его инаугурационным президентом членами учредительного совета директоров, в который входили Расс Альтман , Филип Борн , Дэвид Стейтс и Альфонсо Валенсия . [10] ISCB организует конференции ISMB с 1998 года. [11]

В течение следующих нескольких лет основное внимание оставалось на управлении ежегодной конференцией ISMB, посещаемость которой в 1993 г., в которой участвовало около 200 исследователей, к 1999 г. увеличилась более чем в три раза.

В новом тысячелетии появился новый президент Расс Альтман , который сейчас [ когда? ] заведующий кафедрой биоинженерии Стэнфордского университета и директор программы по биомедицинской информатике, и более 1200 делегатов посетили ISMB 2000 в Сан-Диего . Альтман предпринял шаги по формализации некоторых юридических и административных аспектов ISCB, прежде чем передать эстафету в 2002 году Филипу Э. Борну , который в настоящее время [ когда? ] Профессор кафедры фармакологии и Skaggs школы фармации и фармацевтических наук в Университете Калифорнии , Сан - Диего. Борн предоставил ISCB более постоянный дом в UCSD, что включало в себя обязательство университета принимать у себя общество как минимум в течение 2005 года и его предложение поддержки персонала. Хотя Борн был президентом всего один год, он оставил свой след в обществе, расширив взаимодействие с региональными группами и организаторами конференций по всему миру, а также улучшив присутствие в Интернете. За время его пребывания в должности членство выросло до более чем 1700 исследователей, а конференция ISMB 2002 года в Эдмонтоне, Альберта, Канада, приняла более 1600 участников.

Расширение [ править ]

Майкл Грибсков , который тогда работал в отделе суперкомпьютеров Калифорнийского университета в Сан-Диего, а сейчас работает на факультете биологических наук в Университете Пердью , был избран президентом в 2003 году. В этом году ISMB проходил в Брисбене , Австралия, и это был первый раз, когда встреча проводилась за пределами Северной Америки. или Европа. Эта фаза принесла обществу много неуверенности, когда посещаемость упала до половины бюджетных ожиданий из-за опасений по поводу поездок и ограничений, связанных со вспышками тяжелого острого респираторного синдрома или SARS., начало войны в Ираке и место, которое не соответствовало образцу североамериканских и европейских площадок. Несмотря на успех с научной точки зрения, финансовые убытки ISMB 2003 впервые в истории сделали ISCB финансово нестабильным.

Частично для уменьшения зависимости ISCB от доходов ISMB для финансирования деятельности общества и годовых накладных расходов, в США была проведена пилотная региональная конференция, чтобы оценить интерес к более мелким локальным собраниям. В декабре 2003 года в Аспене , штат Колорадо , стартовала региональная конференция по биоинформатике Роки-Маунтин, Rocky 1 . С тех пор встреча проводится ежегодно и теперь привлекает посетителей со всего мира.

В 2005 году в рамках дискуссий общества о роли публикаций и официального журнала общества, сопровождавшихся появлением публикаций в открытом доступе, ISCB объявил о партнерстве с Публичной научной библиотекой и запустил новый журнал с открытым доступом , PLoS Computational. Биология . Журнал предназначен для подчеркивания вычислительных методов, применяемых к живым системам на всех уровнях, от молекулярной биологии до популяций пациентов и экосистем, и которые предлагают экспериментаторам понимание. Предыдущий президент и бывший председатель комитета по публикациям Фил Борн выполнял функции главного редактора нового издания, и он остается в этой должности. Выход первого номера нового журнала совпал с днем ​​открытия ISMB 2005, проходившего в Детройте., Мичиган .

Буркхард Рост , тогда профессор кафедры биохимии и молекулярной биофизики Колумбийского университета, а ныне профессор Александра фон Гумбольдта и заведующий кафедрой биоинформатики и вычислительной биологии, вычислительных наук Технического университета Мюнхена , сменил Михаила Грибскова на посту президента в 2007 году и был переизбран. дважды с текущим истечением срока, установленным на январь 2013 года. Под его руководством конференция ISMB / ECCB 2007 в Вене, Австрия, под председательством Томаса Ленауэра из Института информатики Макса-Планка и под сопредседательством Буркхарда Роста и Петера Шустера из Института информатики Венский университет, был дополнительно расширен и теперь включает в себя восемь параллельных направлений, и посещаемость конференции 2007 года, составившая около 1700 человек, снова оправдала ожидания. Вена как место назначения и Австрия-центр Вены были настолько хорошо встречены как организаторами конференции, так и участниками, что она была выбрана для проведения конференции 2011 года, что является первым местом из серии ISMB, которое никогда ранее не повторялось.

В 2010 году первая конференция ISCB Latin America прошла в Монтевидео , Уругвай.

Лидерство и структура [ править ]

Президент, исполнительный комитет и совет директоров составляют научное руководство ISCB, которое привлекает выдающихся, всемирно известных исследователей, которые избираются на свой срок всеми членами общества. Исполнительный директор возглавляет персонал ISCB и поддерживает различные комитеты, занимающиеся конкретными вопросами, важными для сообщества вычислительной биологии и биоинформатики, включая образование, политику и публикации.

Президенты [ править ]

Президенты Международного общества вычислительной биологии [9]

  • Лоуренс Хантер
    (1997-2000)

  • Расс Альтман
    (2000-2002)

  • Филип Борн
    (2002-2003)

  • Михаил Грибсков (слева)
    (2003-2007)

  • Буркхард Рост
    (2007-2014)

  • Альфонсо Валенсия
    (2015-2018)

  • Томас Ленгауэр
    (2018-2020)

  • Кристин Оренго
    (2020-настоящее время)

Совет директоров [ править ]

По состоянию на 2018 год в совет директоров входят: Алекс Бейтман , Бонни Бергер , Терри Гаастерленд , Джанет Келсо , Томас Ленгауэр , Ив Моро , Кристин Оренго , Буркхард Рост , Альфонсо Валенсия и Мартин Вингрон . [12]

Товарищи [ править ]

Смотрите также: Список членов Международного общества вычислительной биологии

ISCB избирает стипендиатов с 2009 года. Эти награды присуждаются за выдающийся вклад в области вычислительной биологии и биоинформатики. [13] Первый класс был отдан предыдущим лауреатам Премии ISCB «Достижение старшего ученого» ; в последующие годы ISCB стремился выдвинуть кандидатов на стипендию от своих членов. Стипендиаты традиционно представлены на флагманской конференции ISCB по интеллектуальным системам для молекулярной биологии каждый год. По состоянию на 2017 год было избрано 64 человека. [14]

Сообщества особого интереса (COSI) [ править ]

Сообщества особого интереса ISCB (COSI) - это сообщества участников с общими интересами, которые самоорганизуются и проводят множество мероприятий или взаимодействий в течение года, а не проводят собрания только во время программы SIG конференции ISMB. [15] Важной целью любого COSI является создание тематически ориентированного сообщества, в котором ученые общаются друг с другом по исследовательским проблемам и / или возможностям в определенных областях вычислительной биологии. Такое общение часто происходит в форме встреч, но также может осуществляться с помощью других инструментов социальных сетей, которые позволяют активно участвовать в виртуальной среде.

Студенческий совет [ править ]

В 2004 году Мануэль Корпас основал Студенческий совет ISCB для содействия развитию мирового сообщества студентов, изучающих компьютерную биологию. Одна из основных ролей студенческого совета - продвигать мягкие навыки с целью развития потенциала стажеров в области биоинформатики и вычислительной биологии. По состоянию на 2017 год студенческий совет представляет более 1000 студентов со всего мира. [ необходима цитата ]

Конференции [ править ]

ISCB вырос из потребности в стабильной организационной структуре для поддержки планирования и управления финансами серии конференций Интеллектуальные системы для молекулярной биологии (ISMB), которая началась в 1993 году. ISMB - это наиболее заметное ежегодное мероприятие ISCB, в отношении которого значительная часть ресурсов выделяется каждый год. С 2004 года, когда ISMB проводится в Европе, он проводится совместно с Европейской конференцией по компьютерной биологии (ECCB).

ISCB начал расширять свои предложения конференций, представив серию ежегодных конференций по биоинформатике Рокки-Маунтин в 2003 году, конференцию по семантике в здравоохранении и науках о жизни ( CSHALS ) в 2008 году, проводимую раз в два года конференцию ISCB Africa ASBCB по биоинформатике в 2009 году и двухгодичную конференцию. - ежегодная конференция ISCB в Латинской Америке в 2010 году. ISCB также проводит ежегодную конференцию по биоинформатике Великого озера и сотрудничает с RECOMB для проведения конференции по регуляторной и системной геномике с вызовами DREAM. Встреча ISCB-Asia началась в 2012 году и продолжает формироваться после последней конференции в 2014 году в Японии, проводившейся совместно с GIW.

В дополнение к конференциям, организованным ISCB, общество поддерживает другие конференции по вычислительной биологии и биоинформатике через членство и спонсорство. К ним относятся ежегодный Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу (PSB), ежегодная международная конференция по исследованиям в области вычислительной молекулярной биологии (RECOMB), ежегодная Международная конференция по биоинформатике (InCoB) и ежегодное общее собрание Европейской сети молекулярной биологии или EMBnet.

Официальные журналы [ править ]

  • В 1998 году « Биоинформатика» стал официальным журналом ISCB. [8] Члены общества, платящие взносы, воспользовались онлайн-подпиской на журнал. Материалы конференций ISMB публикуются в Bioinformatics с 2001 года. [16] [17] В 2004 году, поскольку многие члены ISCB имели институциональную подписку на Bioinformatics , ISCB решила не продлевать свой контракт с журналом. [8] [9] В январе 2009 года Bioinformatics снова стал официальным журналом ISCB, наряду с PLOS Computational Biology . [18]
  • PLOS Computational Biology - это рецензируемый журнал с открытым доступом, ежемесячно публикуемый Публичной научной библиотекой (PLOS). Он стал официальным журналом ISCB в 2005 г. [9]
  • В 2015 году ISCB объявила о создании журнала сообщества ISCB - специального канала на платформе онлайн-публикаций F1000Research , который предоставляет участникам возможность открыто публиковать исследовательские статьи независимо от их формата или предполагаемого воздействия. [19] [20]

Аффилированные организации [ править ]

ISCB имеет несколько дочерних организаций (в основном региональных), включая Европейскую сеть молекулярной биологии (EMBnet), Нидерландский центр биоинформатики (NBIC), Африканское общество биоинформатики и вычислительной биологии и Японское общество биоинформатики . [21]

ISCB также является одним из основателей Глобальной организации изучения, образования и обучения в области биоинформатики (GOBLET) . В сотрудничестве с GOBLET ISCB участвует в развитии основных компетенций для различных типов стажеров в области биоинформатики; эти компетенции используются при разработке новых учебных программ по биоинформатике. [22] [23] [24]

Ссылки [ править ]

  1. ^ «Свяжитесь с нами» . www.iscb.org . Дата обращения 11 августа 2016 .
  2. ^ «Членство в ISCB» . www.iscb.org . Дата обращения 11 августа 2016 .
  3. ^ Fogg, Christiana N .; Ковац, Дайан Э. (2014). «Международное общество вычислительной биологии награждает Дана Пеер премией« Лучшая биоинформатика / вычислительная биология »за 2014 год» . PLOS Вычислительная биология . 10 : e1003682. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1003682 . PMC 4063598 . PMID 24945496 .  
  4. ^ Фогг, CN; Ковац, Д.Е. (2014). «Достижение ISCB 2014 года премией старшего ученого: Джин Майерс» . PLoS вычислительная биология . 10 (5): e1003621. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1003621 . PMC 4031058 . PMID 24853264 .  
  5. ^ http://www.iscb.org/iscb-awards/accomplishment-senior-scientist-award Достижение премии старшего ученого
  6. ^ "Премия новатора ISCB" . www.iscb.org . Дата обращения 2 февраля 2017 .
  7. ^ "Об ISMB" . www.iscb.org . Проверено 27 октября 2017 года .
  8. ^ a b c Хантер, Лоуренс; Альтман, Русь Б .; Борн, Филип Э. (2007). "Международному обществу вычислительной биологии 10 лет" . PLoS вычислительная биология . 3 (6): e135. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.0030135 . PMC 1904389 . 
  9. ^ a b c d e "История ISCB" . www.iscb.org . Проверено 27 октября 2017 года .
  10. ^ «Прошлые должностные лица и директора» . www.iscb.org . Проверено 27 октября 2017 года .
  11. ^ Линиал, Михал; Месиров, Джилл П .; Моррисон Маккей, Би Джей; Рост, Буркхард (27 июня 2008 г.). «ISMB 2008 Торонто» (PDF) . PLoS вычислительная биология . 4 (6): e1000094. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1000094 . PMC 2427177 . PMID 18584023 .   
  12. ^ «Офицеры и директора» . www.iscb.org . Проверено 25 октября 2017 года .
  13. ^ "Стипендиаты ISCB" . Архивировано из оригинала 20 марта 2017 года . Проверено 10 марта 2016 .
  14. ^ "13 февраля 2017: Международное общество вычислительной биологии называет семь членов как класс стипендиатов ISCB 2017" . www.iscb.org . Проверено 13 февраля +2017 .
  15. ^ "COSIs" . Проверено 15 февраля 2017 года .
  16. ^ Brunak, S .; Крог, А. (1 июня 2001 г.). «ИСМБ 2001» . Биоинформатика . 17 (Дополнение 1): S1 – S4. DOI : 10.1093 / биоинформатики / 17.suppl_1.S1 .
  17. ^ "Труды ISMB" . www.iscb.org . Проверено 30 октября 2017 года .
  18. ^ «Биоинформатика» . www.iscb.org . Проверено 30 октября 2017 года .
  19. ^ «F1000Research для публикации журнала сообщества ISCB» . Проверено 30 апреля 2015 года .
  20. ^ "Пресс-релиз ISCB / F1000" (PDF) . Архивировано 4 марта 2016 года из оригинального (PDF) . Проверено 30 апреля 2015 года .
  21. ^ «Филиалы и COSI» . www.iscb.org . Проверено 29 августа +2016 .
  22. ^ Аттвуд, Тереза ​​К .; Блэк, Памела; Блаттер, Мари-Клод; Бруксбанк, Кэт; Фернандес, Педро; Малдер, Никола; Palagi, Patricia M .; Рустичи, Габриэлла; Шнайдер, Мария Виктория; ван Гельдер, Селия РГ (2016). «Деятельность GOBLET по обучению, образованию и обучению в области биоинформатики [v1; не рецензируется]» . F1000 Исследования . 5 (ISCB Comm J): 1944 (плакат). DOI : 10,7490 / f1000research.1112737.1 . Проверено 25 августа +2016 .
  23. ^ Уэлч, Лонни; Льюиттер, Фрэн; Шварц, Рассел; Бруксбанк, Кэт; Радивояц, Предраг; Гаэта, Бруно; Шнайдер, Мария Виктория (6 марта 2014 г.). «Руководящие принципы учебной программы по биоинформатике: к определению основных компетенций» . PLoS вычислительная биология . 10 (3): e1003496. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1003496 . PMC 3945096 . PMID 24603430 .  
  24. ^ Schiffthaler, Bastian; Костадима, Мирто; Деломм, Николас; Рустичи, Габриэлла; Уэллетт, Фрэнсис (16 июня 2016 г.). «Обучение высокопроизводительному секвенированию: общие рекомендации по обеспечению совместного использования, распространения и повторного использования материалов» . PLOS Вычислительная биология . 12 (6): e1004937. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1004937 . PMC 4910983 . PMID 27309738 .