Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Терри Гаастерленд
Терри Гаастерланд.jpeg
Терри Гаастерланд выступает на конференции « Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» (ISMB) в Вене в 2011 году.
Родившийся
Тереза ​​Гаастерленд
Альма-матерУниверситет Дьюка (BS) [1]
Мэрилендский университет, Колледж-Парк (MS, PhD)
НаградыЧлен ISCB (2018) [2]
Научная карьера
УчрежденияКалифорнийский университет в Сан-Диего
ТезисГенерация совместных ответов в дедуктивных базах данных  (1992)
ДокторантДжек Минкер [3]
Интернет сайтigm .ucsd .edu / факультет / профили / gaasterland .shtml

Theresa Gaasterland является профессором по вычислительной биологии и геномики и директор Скриппса Genome Центра в Университете Калифорнии, Сан - Диего (UCSD). [4] [5] Она была избрана членом этого Международного общества по вычислительной биологии (ISCB) в 2018 году за выдающийся вклад в области вычислительной биологии и биоинформатики . [2]

Публикации [ править ]

  1. Хот С., Икеда Й, Морганте М, Ван Х, Цзуо Дж., Ханафей МК, Гаастерленд Т, Тинги С.В., Чуа Н.Х. Мониторинг полногеномных изменений экспрессии генов в ответ на эндогенный цитокинин выявляет мишени у Arabidopsis thaliana. FEBS Lett. 2003 20 ноября; 554 (3): 373-80. [6]
  2. Gopal S, Cross GA, Gaasterland T. Организоспецифический метод ранжирования предсказанных кодирующих областей в Trypanosoma brucei. Nucleic Acids Res. 15 октября 2003 г .; 31 (20): 5877-85.
  3. Аравин А.А., Лагос-Кинтана М., Ялчин А., Заволан М., Маркс Д., Снайдер Б., Гаастерланд Т., Мейер Дж., Тушл Т. Профиль малых РНК во время развития D. melanogaster. Dev Cell. 2003 5 (2): 337-50.
  4. Ким Ю, Сигель Р., Рен Икс, Гюнтер К.С., Гаастерленд Т., Родер Р.Г. Идентификация OCA-B-зависимых генов коактиватора транскрипции, участвующих в антиген-зависимой дифференцировке B-клеток, с помощью анализа массива кДНК. Proc Natl Acad Sci US A. 22 июля 2003; 100 (15): 8868-73. Epub 2003 11 июля.
  5. Раваси Т., Хубер Т., Заволан М., Форрест А., Гаастерленд Т., Гриммонд С., Хьюм Д.А.; RIKEN GER Group; Члены GSL. Систематическая характеристика белков, содержащих цинковые пальцы, в транскриптоме мыши. Genome Res. 2003 июн; 13 (6B): 1430-42.
  6. Заволан М., Кондо С., Шенбах К., Адачи Дж., Хьюм Д.А., Хаяшизаки Ю., Гаастерланд Т.; RIKEN GER Group; Члены GSL. Влияние альтернативной инициации, сплайсинга и терминации на разнообразие транскриптов мРНК, кодируемых транскриптомом мыши. Genome Res. 2003 июн; 13 (6B): 1290-300.
  7. Окадзаки Y, 134 соавтора, и Хаяшизаки Y; Консорциум ФАНТОМ; Группа исследований генома RIKEN, группа этапов I и II. Анализ транскриптома мыши на основе функциональной аннотации 60 770 полноразмерных кДНК. Природа. 5 декабря 2002; 420 (6915): 563-73.
  8. Ball CA, Sherlock G, Parkinson H, Rocca-Sera P, Brooksbank C, Causton HC, Cavalieri D, Gaasterland T, Hingamp P, Holstege F, Ringwald M, Spellman P, Stoeckert CJ Jr, Стюарт JE, Taylor R, Brazma A , Quackenbush J; Microarray Gene Expression Data (MGED) Society. Стандарты для данных микрочипов. Наука. 18 октября 2002 г .; 298 (5593): 539.
  9. Заволан М., Ван Нимвеген Э., Гаастерланд Т. Вариации сплайсинга в полноразмерных кДНК мыши, идентифицированные путем сопоставления с геномом мыши. Genome Res. 2002 сентябрь; 12 (9): 1377-85.
  10. Bapteste E, Brinkmann H, Lee JA, Moore DV, Sensen CW, Gordon P, Durufle L, Gaasterland T, Lopez P, Muller M, Philippe H. Анализ 100 генов подтверждает группировку трех сильно расходящихся амеб: Dictyostelium, Entamoeba , и Мастигамеба. Proc Natl Acad Sci US A. 2002 5 февраля; 99 (3): 1414-9.
  11. Arisue N, Hashimot T, Lee JA, Moore DV, Gordon P, Sensen CW, Gaasterland T, Hasegawa M, Muller M. Филогенетическое положение пелобионта Mastigamoeba balamuthi основано на последовательностях рДНК и факторах удлинения трансляции EF-1alpha и EF- 2. J Eukaryot Microbiol. 2002, январь-февраль; 49 (1): 1-10.
  12. Brazma A, Hingamp P, Quackenbush J, Sherlock G, Spellman P, Stoeckert C, Aach J, Ansorge W, Ball CA, Causton HC, Gaasterland T, Glenisson P, Holstege FC, Kim IF, Markowitz V, Matese JC, Parkinson H , Робинсон А., Сарканс Ю., Шульце-Кремер С., Стюарт Дж., Тейлор Р., Вило Дж., Вингрон М. Минимальная информация об эксперименте с микрочипами (MIAME) - стандарты для данных микрочипов. Нат Жене. 2001 декабрь; 29 (4): 365-71.
  13. Мюллер М., Ли Дж. А., Гордон П., Гаастерленд Т., Сенсен К. В.. Присутствие прокариотических и эукариотических видов во всех подгруппах PP (i) -зависимого семейства белков фосфофруктокиназ группы II. J Bacteriol. 2001 ноя; 183 (22): 6714-6.
  14. Ehrt S, Schnappinger D, Bekiranov S, Drenkow J, Shi S, Gingeras TR, Gaasterland T, Schoolnik G, Nathan C. Перепрограммирование транскриптома макрофагов в ответ на интерферон-гамма и Mycobacterium tuberculosis: сигнальные роли синтазы оксида азота-2 и оксидаза фагоцитов. J Exp Med. 2001 15 октября; 194 (8): 1123-40.
  15. Серрес М.Х., Гопал С., Нахум Л.А., Лян П., Гаастерланд Т., Райли М. Функциональное обновление генома Escherichia coli K-12. Genome Biol. 2001; 2 (9): RESEARCH0035.
  16. Gopal S, Schroeder M, Pieper U, Sczyrba A, Kurban G, Bekiranov S, Fajardo JE, Eswar N, Sanchez R, Sali A, Gaasterland T. Аннотации на основе гомологии дают 1042 новых гена-кандидата в геноме Drosophila melanogaster. Nature Genetics, 27 (3): 337-40, 2001.
  17. Kawai J, 93 соавтора и Hayashizaki Y. Функциональная аннотация полноразмерной коллекции кДНК мыши. Nature, 409 (6821): 685-90, 2001.
  18. Альтманн Ч.Р., Белл Э., Ширба А., Пун Дж., Бекиранов С., Гаастерланд Т., Бриванлу А.Х. Анализ раннего развития Xenopus laevis на основе микрочипов. Dev Biol. 2001, 1 августа; 236 (1): 64-75.
  19. She Q, 30 соавторов и Ван дер Ост Дж. Полный геном кренархея Sulfolobus solfataricus P2. Proc Natl Acad Sci US A., 3 июля 2001 г .; 98 (14): 7835-40.
  20. Gaasterland T, Sczyrba A, Thomas E, Kurban G, Gordon P, Sensen CW. MAGPIE / EGRET Аннотация исследования генома области ADH у Drosophila melanogaster 2.91Mb, Vol. 10, выпуск 4 (апрель 2000 г.), стр. 502-510.
  21. Гаастерланд Т., Бекиранов С. Максимальное использование данных микрочипов. Nature Genetics, 24: 204-206, 2000.
  22. Hanneart V, Brinkmann H, Nowitzki U, Lee J, Albert M, Sensen CW, Gaasterland T, Miller M, Michels P, Martin W. Enolase из Trypanosoma brucei, из амитохондриального протиста Mastigamoeba balamuthi, а также из хлоропласта и цитозоля эвглены gracilis. Мол. Биол. Evol., 17: [ [1] ], 2000.
  23. Ромайн М., Стилуэлл Л., Вонг К.К., Терстон С.Дж., Сиск Е.К., Сенсен С.В., Гаастерленд Т., Саффер Д.Д., Фредериксон Дж. Полная последовательность катаболической плазмиды размером 184 т.п.н. из штамма F199 Sphingomonas aromaticivorans, Journal of Bacteriology, 181 (5): 1585-1602, 1999.
  24. Гаастерленд и Рэган М. Построение мультигеномных представлений целых микробных геномов, Журнал микробной и сравнительной геномики, 3 (3), 1998.
  25. Гаастерланд Т. и Рэган М. Прокариотический взгляд на геном дрожжей, Журнал микробной и сравнительной геномики, 3 (4): 219-235, 1998.
  26. Gaasterland T и Ragan M. Филетические и функциональные паттерны распределения ORF среди прокариот, Журнал микробной и сравнительной геномики, 3 (4): 199-217, 1998.
  27. Гаастерланд Т. Структурная геномика: биоинформатика в водительском кресле. Nature Biotechnology, 16: 625-627, июль 1998 г.
  28. Sensen CW, Gaasterland T et al. Sulfolobus solfataricus: секвенирование и аннотация первой полной мегабазы, Extremophiles, 2: 305-312, 1998.
  29. Декерт Г., П. Уоррен П., Гаастерленд Т., Янг В. Г., Ленокс А., Грэм Д., Овербек Р., Снид М., Келлер М., Оджай Р., Хубер Р., Фельдман Р., Шорт Дж., Олсен Г., Суонсон Р. Aquifex aeolicus Genome, Nature 392 (353): 352-358, 26 марта 1998 г.
  30. Гаастерленд Т. Структурная геномика обретает форму, тенденции в генетике, март 1998 г.
  31. Gaasterland T и Lobo J. Квалификационные ответы в соответствии с потребностями и предпочтениями пользователей, Fundamenta Informatica, ноябрь 1997 г.
  32. Гаастерленд Т. Совместные ответы посредством контролируемой релаксации запросов, Эксперт IEEE, 12 (5): 48-59, сентябрь / октябрь 1997 г.
  33. Sensen CW, Klenk HP, Singh RK, Allard G, Chan C, Liu Q, Penny S, Young F, Schenk M, Gaasterland T, Doolittle WF, Ragan M и Charlebois R. Организационные характеристики и информационное содержание генома архей: 156 т.п.н. последовательности из Sulfolobus solfataricus P2, Journal of Molecular Microbiology, 22: 175-191, 1996.

Ссылки [ править ]

  1. ^ «Профили исследований» . Профили исследований .
  2. ^ a b "Стипендиаты ISCB" . www.iscb.org . Архивировано из оригинала на 2017-03-20.
  3. ^ Gaasterland, Тереза ​​(1992). Генерация совместных ответов в дедуктивных базах данных . acm.org (кандидатская диссертация). Университет Мэриленда, Колледж-Парк. OCLC 843767978 .  (требуется подписка)
  4. ^ "Терри Гаастерленд, доктор философии Институт геномной медицины - Калифорнийский университет в Сан-Диего Медицинские науки" . igm.ucsd.edu .
  5. ^ Бразма, Алвис; Хингамп, Паскаль; Quackenbush, Джон; Шерлок, Гэвин; Спеллман, Пол; Стокерт, Крис; Ах, Джон; Ансорге, Вильгельм; Болл, Екатерина А .; Causton, Helen C .; Гаастерленд, Терри; Глениссон, Патрик; Холстедж, Фрэнк С. П.; Ким, Ирен Ф .; Марковиц, Виктор; Матезе, Джон С .; Паркинсон, Хелен; Робинсон, Алан; Саркан, Угис; Шульце-Кремер, Штеффен; Стюарт, Джейсон; Тейлор, Рональд; Вило, Яак; Вингрон, Мартин (2001). «Минимум информации об эксперименте с микрочипами (MIAME) - до стандартов для данных микрочипов». Генетика природы . 29 (4): 365–371. DOI : 10.1038 / ng1201-365 . ISSN 1061-4036 . PMID 11726920 . S2CID 6994467   .
  6. ^ Хот, Стефан; Икеда, Йошихиса; Морганте, Микеле; Ван, Сюцзе; Цзо, Цзяньру; Ханафей, Майкл К .; Гаастерленд, Терри; Тинги, Скотт В .; Чуа, Нам-Хай (20 ноября 2003 г.). «Мониторинг полногеномных изменений экспрессии генов в ответ на эндогенный цитокинин выявляет цели в Arabidopsis thaliana» . Письма FEBS . 554 (3): 373–380. DOI : 10.1016 / s0014-5793 (03) 01194-3 . ISSN 0014-5793 . PMID 14623097 .