Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Сайрус Чотия

ФРС
Сайрус Чотия ISMB 2015.jpg
Сайрус Чотиа на конференции ISMB в 2015 году.
Родившийся
Сайрус Хоми Чотия

( 1942-02-19 )19 февраля 1942 г. [1]
Умер26 ноября 2019 г. (2019-11-26)(77 лет) [2]
ОбразованиеШкола Аллейна [3]
Альма-матер
Награды
Научная карьера
Учреждения
ТезисКристаллические структуры некоторых молекул, действующих на рецепторы холинергических нервов  (1973)
ДокторантПитер Дж. Полинг [7]
Другие научные консультантыМайкл Левитт [8]
Фредерик М. Ричардс [8]
Докторанты
Другие известные студентыАртур Леск ( постдок )
Интернет сайтwww2 .mrc-LMB .cam .ac .uk / группе лидеров / почётный / Сайрус-Chothia

Сайрус Хоми Чотиа (19 февраля 1942 - 26 ноября 2019) [1] FRS [21] [2] был английским биохимиком, который был заслуженным ученым в Лаборатории молекулярной биологии (LMB) при Совете медицинских исследований (MRC ) при Университете Кембридж [22] [23] и почетный член Вольфсоновского колледжа в Кембридже . [21] [24] [25] [26] [27] [28] [29]

Образование [ править ]

Чотия получил образование в школе Аллейна , [3] затем пошел учиться в Даремский университет, получив степень бакалавра наук в 1965 году. [1] Затем Чотия получил степень магистра наук в Биркбек-колледже в 1967 году и докторскую степень в Университетском колледже Лондона. [30] под наблюдением Питера Полинга  [ Викиданные ] , [31] сына Линуса Полинга .

Исследования и карьера [ править ]

После получения докторской степени Чотиа три года работал в Лаборатории молекулярной биологии (LMB) . Затем он работал с Майклом Левиттом [8] в Научном институте Вейцмана [32] [33], а затем два года с Джоэлем Жанином в Институте Пастера в Париже. [34]

В 1976 году Чотия вернулся в Англию, чтобы работать в Университетском колледже Лондона и LMB. Вместе с Артуром Леском [6] [35] он показал, что белки адаптируются к мутациям путем изменения структуры.

В 1992 году он предположил, что большинство белков состоит из доменов, происходящих из небольшого числа семейств. [36] Он сотрудничал с Алексеем Мурзин, Стивен Бреннер и Тим Хаббард создать Структурная классификация базы данных белков (бард), [37] [38] периодическая таблица для всех известных белковых структур. Вместе с Джулианом Гофом [17] он создал базу данных суперсемейства [39], которая использует скрытые марковские модели для идентификации белковых последовательностей, которые связаны с последовательностями известных структур.

За свою карьеру Чотиа руководил 19 успешными аспирантами [40], включая Алекса Бейтмана , [9] Стивена Э. Бреннера , [13] Марка Бендера Герштейна , [14] Джулиана Гофа , [16] Сару Тайхманн , [18] Биссан Аль-Лазикани , [41] [42] [43] Гога Апик, [44] Саманта Барре [ необходима цитата ] [45] Мэтью Бэштон, [46] [47] [48] [49] Дэн Болсер, [50] Майкл Бреманг, [51]Бернар де Боно, [52] [53] Эмма Гэнли (урожденная Хилл), [54] [55] [56] Мартин Мадера, [57] [58] Сергей Маслау, [59] Сьюзан Миллер, [60] [61] [62] Джонг Пак (он же Джонг Бхак), [63] [64] [65] Раджкумар Сасидхаран, [66] [67] и Кристин Фогель. [68] [69]

Награды и награды [ править ]

Чотия был избран членом Королевского общества (FRS) в 2000 году . [1] Его свидетельство об избрании и кандидатуре гласит:

Доктор Чотиа показал, как аминокислотные последовательности белков определяют их структуру, функцию и эволюцию. На основе анализа их структурных закономерностей он разработал классификацию белковых структур, которая сейчас широко используется. Его картина эволюции белков показывает, как белки расходятся и приобретают новые функции. Он помог нам понять, как их явно ограниченный набор немного разных структур позволяет иммуноглобину распознавать почти безграничное разнообразие различных антигенов. [70]

В 2015 году Чотиа был избран членом Международного общества вычислительной биологии (ISCB) [71] и был удостоен награды ISCB за достижения в номинации «Старший ученый» за его работу по использованию вычислительных методов для понимания структуры белка. [4] [72]

Вместе с Дэвидом Хаусслером и Майклом Уотерманом Чотиа был удостоен премии Дэна Дэвида 2015 года за его вклад в область биоинформатики . [5]

Ссылки [ править ]

  1. ^ а б в г Анон (2014). «Чотия, Сайрус Хоми» . Кто есть кто . ukwhoswho.com (онлайн- издательство Oxford University Press  ). A&C Black, отпечаток Bloomsbury Publishing plc. DOI : 10.1093 / WW / 9780199540884.013.10866 . ( требуется подписка или членство в публичной библиотеке Великобритании ) (требуется подписка)
  2. ^ a b "Сайрус Чотиа (1942–2019)" . Проверено 27 ноября 2019 года .
  3. ^ a b «Премия Дэна Дэвида присуждена доктору Сайрусу Чотиа» . Школа Аллейна. Архивировано из оригинала 23 марта 2015 года.
  4. ^ a b «ISCB Сайрус Чотиа, Кертис Хаттенхауэр и Ларри Хантер названы лауреатами премии ISCB 2015 года» . Архивировано из оригинального 11 февраля 2015 года.
  5. ^ a b «Соучредитель Википедии Джимми Уэльс среди лауреатов премии Дэна Дэвида 2015 года» . Дата обращения 13 февраля 2015 .
  6. ^ а б Леск, А .; Чотиа, К. (1980). «Как разные аминокислотные последовательности определяют сходные белковые структуры: структура и эволюционная динамика глобинов». Журнал молекулярной биологии . 136 (3): 225–270. DOI : 10.1016 / 0022-2836 (80) 90373-3 . PMID 7373651 . 
  7. ^ a b Сайрус Чотиа в проекте « Математическая генеалогия»
  8. ^ a b c "Сайрус Х. Чотиа, Древо химии" . Архивировано из оригинального 27 февраля 2015 года.
  9. ^ a b Бейтман, Александр Джордж (1997). Эволюция структуры и функции суперсемейства иммуноглобулинов (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  10. ^ "Доктор Алекс Бейтман - Wellcome Trust Sanger институт" . Архивировано из оригинального 25 февраля 2012 года.
  11. ^ Бейтман, А ; Эдди, SR ; Chothia, C (1996). «Члены суперсемейства иммуноглобулинов у бактерий» . Белковая наука . 5 (9): 1939–41. DOI : 10.1002 / pro.5560050923 . PMC 2143528 . PMID 8880921 .  
  12. ^ Бейтман, А; Chothia, C (1995). «Наброски структуры внеклеточных доменов рецепторов фактора роста фибробластов». Структурная биология природы . 2 (12): 1068–74. DOI : 10.1038 / nsb1295-1068 . PMID 8846218 . S2CID 20501031 .  
  13. ^ a b Бреннер, Стивен Эллиот (1996). Молекулярная близость: эволюционные и структурные отношения белков . lib.cam.ac.uk (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. EThOS uk.bl.ethos.596888 . 
  14. ^ a b Герштейн, Марк Бендер (1992). Распознавание белков: поверхности и конформационные изменения (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  15. ^ Герштейн, М .; Чотиа, К. (1991). «Анализ замыкания белковой петли. Два типа петель производят одно движение в лактатдегидрогеназе». Журнал молекулярной биологии . 220 (1): 133–149. DOI : 10.1016 / 0022-2836 (91) 90387-L . PMID 2067013 . 
  16. ^ a b Гоф, Джулиан Джон Терстан (2002). Скрытые марковские модели и их применение к анализу генома в контексте структуры белка (PDF) (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. EThOS uk.bl.ethos.599547 . Архивировано 11 марта 2015 года из оригинального (PDF) .  
  17. ^ a b «Домашняя страница доктора Джулиана Гофа в Бристольском университете» . Архивировано из оригинального 25 февраля 2012 года.
  18. ^ a b Тейхманн, Сара Амалия (1999). Эволюция генома: анализ протеомов новыми методами (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  19. ^ Парк, J; Teichmann, SA ; Хаббард, Т ; Chothia, C (1997). «Промежуточные последовательности увеличивают обнаружение гомологии между последовательностями». Журнал молекулярной биологии . 273 (1): 349–54. DOI : 10.1006 / jmbi.1997.1288 . PMID 9367767 . 
  20. ^ Teichmann, SA ; Парк, Дж; Chothia, C (1998). «Структурные отнесения белков Mycoplasma genitalium показывают обширные дупликации генов и перестройки доменов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (25): 14658–63. Bibcode : 1998PNAS ... 9514658T . DOI : 10.1073 / pnas.95.25.14658 . PMC 24505 . PMID 9843945 .  
  21. ^ a b "Колледж Вольфсона: почетный научный сотрудник доктор Сайрус Чотия, магистр FRS" . Архивировано из оригинального 25 февраля 2012 года.
  22. ^ "Сайрус Чотиа: происхождение белков биологической сложности, LMB Emeritus" . Архивировано из оригинального 25 февраля 2012 года.
  23. ^ «Структурная геномика и структура белка» . Mrc-lmb.cam.ac.uk. Архивировано из оригинального 14 февраля 2015 года . Проверено 24 июня 2014 .
  24. ^ Сайрус Чотия в DBLP Библиография сервера
  25. ^ "cyrus chothia" . Google Scholar . Проверено 24 июня 2014 .
  26. ^ Chothia, C .; Леск AM ; Трамонтано, А .; Левитт, М .; Смит-Гилл, SJ; Воздух, G .; Шериф, С .; Падлан, EA; Дэвис, Д .; Тюльпан, WR; Колман, ПМ ; Spinelli, S .; Альзари, PM; Поляк, Р.Дж. (1989). «Конформации гипервариабельных областей иммуноглобулина». Природа . 342 (6252): 877–883. Bibcode : 1989Natur.342..877C . DOI : 10.1038 / 342877a0 . PMID 2687698 . S2CID 4241051 .  
  27. ^ Льюис, TE; Силлитоэ, I; Андреева А; Blundell, TL; Buchan, DW; Chothia, C ; Cozzetto, D; Дана, JM; Филиппис, I; Гоф, Дж ; Джонс, ДТ; Келли, штат Луизиана; Kleywegt, GJ ; Minneci, F; Мистри, Дж; Мурзин, АГ; Очоа-Монтаньо, B; Оутс, Мэн; Пунта, М; Rackham, OJ; Stahlhacke, J; Штернберг, MJ ; Веланкар, S; Оренго, К. (2015). «Genome3D: использование структуры, чтобы помочь пользователям понять свои последовательности» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (выпуск базы данных): D382–6. DOI : 10.1093 / NAR / gku973 . PMC 4384030 . PMID 25348407 .  
  28. ^ Chothia, C ; Гоф, Дж ; Vogel, C; Тейхманн, С.А. (2003). «Эволюция белкового репертуара». Наука . 300 (5626): 1701–3. Bibcode : 2003Sci ... 300.1701C . DOI : 10.1126 / science.1085371 . PMID 12805536 . S2CID 27681885 .  
  29. ^ Публикации Сайрус Чотия в индексируется Scopus библиографической базы данных. (требуется подписка)
  30. ^ Chothia, Cyrus (1973). Кристаллические структуры некоторых молекул действуют на рецепторы холинергических нервов . proquest.com (кандидатская диссертация). Университетский колледж Лондона.
  31. ^ Chothia, C .; Полинг, П. (1969). «О конформациях галлюциногенных молекул и их соотношении» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 63 (4): 1063–1070. Bibcode : 1969PNAS ... 63.1063C . DOI : 10.1073 / pnas.63.4.1063 . PMC 223427 . PMID 4311249 .  
  32. ^ Chothia, C .; Levitt, M ​​.; Ричардсон, Д. (1977). «Структура белков: упаковка альфа-спиралей и гофрированных листов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 74 (10): 4130–4134. Bibcode : 1977PNAS ... 74.4130C . DOI : 10.1073 / pnas.74.10.4130 . PMC 431889 . PMID 270659 .  
  33. ^ Левитт, М .; Чотиа, К. (1976). «Структурные образцы в глобулярных белках». Природа . 261 (5561): 552–558. Bibcode : 1976Natur.261..552L . DOI : 10.1038 / 261552a0 . PMID 934293 . S2CID 4154884 .  
  34. ^ Sweet, R .; Wright, H .; Janin, J .; Chothia, C .; Блоу, Д. (1974). «Кристаллическая структура комплекса трипсина свиньи с ингибитором трипсина сои (Kunitz) при разрешении 2,6 A». Биохимия . 13 (20): 4212–4228. DOI : 10.1021 / bi00717a024 . PMID 4472048 . 
  35. ^ Леск, А .; Чотиа, К. (1980). «Доступность растворителей, поверхности белков и сворачивание белков» . Биофизический журнал . 32 (1): 35–47. Bibcode : 1980BpJ .... 32 ... 35л . DOI : 10.1016 / S0006-3495 (80) 84914-9 . PMC 1327253 . PMID 7248454 .  
  36. ^ Chothia, Cyrus (1992). «Тысяча семей для молекулярного биолога». Природа . 357 (6379): 543–4. Bibcode : 1992Natur.357..543C . DOI : 10.1038 / 357543a0 . PMID 1608464 . S2CID 4355476 .  
  37. ^ Хаббард, Т .; Мурзин, А .; Бреннер, С .; Чотиа, К. (1997). «SCOP: структурная классификация базы данных белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 25 (1): 236–239. DOI : 10.1093 / NAR / 25.1.236 . PMC 146380 . PMID 9016544 .  
  38. ^ "Гранты правительства Великобритании присуждены Сайрусу Чотиа" . Исследовательские советы Великобритании . Архивировано из оригинального 15 октября 2014 года.
  39. ^ Gough, J .; Чотиа, К. (2002). «SUPERFAMILY: HMMs, представляющие все белки известной структуры. Поиск последовательностей SCOP, выравнивание и назначение генома» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 268–272. DOI : 10.1093 / NAR / 30.1.268 . PMC 99153 . PMID 11752312 .  
  40. ^ Алекс Бейтман (2015). "Академическое генеалогическое древо Кира Чотии" . твиттер. Архивировано из оригинала 15 июля 2015 года.
  41. ^ Al-Lazikani, Биссанский (1999). Канонические структуры иммуноглобулинов и рецепторов Т-клеток (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  42. ^ "Доктор Биссан Аль-Лазикани Руководитель группы" . Институт исследования рака. Архивировано из оригинала 5 марта 2015 года.
  43. ^ Аль-Lazikani, В; Леск AM; Chothia, C (2000). «Канонические структуры гипервариабельных областей рецепторов алфавита Т-клеток». Журнал молекулярной биологии . 295 (4): 979–95. DOI : 10.1006 / jmbi.1999.3358 . PMID 10656805 . 
  44. ^ Apic Гордана (2003). Эволюция мультидоменных белков в геномах . lib.cam.ac.uk (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC 894594841 . EThOS uk.bl.ethos.619919 .  
  45. ^ Барре, Саманта; Гринберг, Эндрю С .; Flajnik, Martin F .; Чотия, Сайрус (1994). «Структурная консервация гипервариабельных областей в эволюции иммуноглобулинов». Структурная биология природы . 1 (12): 915–920. DOI : 10.1038 / nsb1294-915 . ISSN 1072-8368 . PMID 7773781 . S2CID 39728494 .   
  46. ^ Bashton, Мэтью (2004). Функциональный анализ доменных комбинаций (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  47. ^ «Д-р Мэтью Баштон: научный сотрудник: проект INSTINCT» . Архивировано из оригинала 5 марта 2015 года.
  48. ^ Баштон, М; Chothia, C (2002). «Геометрия комбинации доменов в белках». Журнал молекулярной биологии . 315 (4): 927–39. DOI : 10.1006 / jmbi.2001.5288 . PMID 11812158 . 
  49. ^ Баштон, М; Chothia, C (2007). «Генерация новых функций белка за счет комбинации доменов». Структура . 15 (1): 85–99. DOI : 10.1016 / j.str.2006.11.009 . PMID 17223535 . 
  50. ^ Bolser, Дэниел Мюррей (2007). Поверхности, участвующие в образовании белковых комплексов (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  51. ^ Бреманг, Майкл Энтони (2012). Репертуар мышиного белка: исследования альтернативного сплайсинга, функции и качества (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  52. ^ де Боно, Бернар (2004). Белки суперсемейства иммуноглобулинов человека и мыши (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  53. ^ де Боно, Б. (2003). «Экзегезис: процедура для улучшения предсказаний генов и ее использование для поиска белков суперсемейства иммуноглобулинов в геномах человека и мыши» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (21): 6096–6103. DOI : 10.1093 / NAR / gkg828 . ISSN 1362-4962 . PMC 275470 . PMID 14576296 .   
  54. ^ Хилл, Эмма Элизабет (2002). Эволюция семейств белков: последовательности генома и трехмерные структуры (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  55. ^ "Домашняя страница Эммы Хилл" . Калифорнийский университет в Беркли. Архивировано из оригинала 13 июля 2006 года.
  56. ^ "Эмма Гэнли (урожденная Хилл) персонал PLOS" . PLOS . Архивировано из оригинала 24 апреля 2015 года.
  57. ^ Мадера, Мартин (2005). Скрытые марковские модели для обнаружения удаленных гомологий (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  58. ^ Мадера, М. (2004). «База данных SUPERFAMILY в 2004 году: дополнения и улучшения» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (90001): 235D – 239. DOI : 10.1093 / NAR / gkh117 . ISSN 1362-4962 . PMC 308851 . PMID 14681402 .   
  59. ^ Maslau, Siarhei (2007). Формирование низкомолекулярного метаболизма Escherichia coli (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  60. Перейти ↑ Miller, GSP (1987). Компьютерное отображение и изготовление трехмерных моделей (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC 59769936 . 
  61. ^ Миллер, Сьюзен; Жанин, Жоэль; Леск, Артур М .; Чотия, Сайрус (1987). «Внутренняя и поверхность мономерных белков». Журнал молекулярной биологии . 196 (3): 641–656. DOI : 10.1016 / 0022-2836 (87) 90038-6 . ISSN 0022-2836 . PMID 3681970 .  
  62. ^ Миллер, Сьюзен; Леск, Артур М .; Жанин, Жоэль; Чотия, Сайрус (1987). «Доступная площадь поверхности и стабильность олигомерных белков». Природа . 328 (6133): 834–836. Bibcode : 1987Natur.328..834M . DOI : 10.1038 / 328834a0 . ISSN 0028-0836 . PMID 3627230 . S2CID 4349684 .   
  63. ^ Парк, Йонг Хва (1997). Анализ и методы геномной последовательности (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  64. ^ Публикации Сайруса Чотиа, проиндексированные Google Scholar
  65. ^ "Домашняя страница Джонг Бхака: предприниматель и ученый" . jongbhak.com. Архивировано из оригинала 20 декабря 2014 года.
  66. ^ Sasidharan, Rajkumar (2004). Эволюция белков: выбор приемлемых мутаций (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  67. ^ Sasidharan, R .; Чотиа, К. (2007). «Выбор приемлемых белковых мутаций» . Труды Национальной академии наук . 104 (24): 10080–10085. Bibcode : 2007PNAS..10410080S . DOI : 10.1073 / pnas.0703737104 . ISSN 0027-8424 . PMC 1891269 . PMID 17540730 .   
  68. Перейти ↑ Vogel, Christine (2004). Доменная перспектива эволюции белкового репертуара (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  69. ^ Фогель, Кристина; Чотия, Сайрус (2006). «Расширение семейства белков и биологическая сложность» . PLOS Вычислительная биология . 2 (5): e48. Bibcode : 2006PLSCB ... 2 ... 48V . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.0020048 . ISSN 1553-734X . PMC 1464810 . PMID 16733546 .   
  70. ^ "EC / 2000/04: Chothia, Cyrus" . Лондон: Королевское общество. Архивировано из оригинального 31 августа 2015 года . Проверено 18 ноября 2013 года .
  71. ^ Фогг, CN; Ковац Д.Е. (2015). "Послание ISCB: Достижение ISCB в 2015 году, присвоенное старшим ученым: Сайрус Чотиа" . Биоинформатика . 31 (13): 2238–9. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btv218 . PMID 26002905 . 
  72. ^ «Познакомьтесь с классом стипендиатов ISCB 2015 года» . Архивировано из оригинального 20 февраля 2015 года . Проверено 15 февраля 2015 года .

 Эта статья включает текст, доступный по лицензии CC BY 4.0 .