Полиморфизм одноцепочечной конформации ( SSCP ) или одноцепочечный полиморфизм цепи определяется как конформационное различие одноцепочечных нуклеотидных последовательностей одинаковой длины, вызванное различиями в последовательностях в определенных экспериментальных условиях. Это свойство позволяет различать последовательности с помощью гель- электрофореза , который разделяет фрагменты в соответствии с их различными конформациями. [1]
Физический фон [ править ]
Одно нуклеотидное изменение в конкретной последовательности, как видно в двухцепочечной ДНК, не может быть обнаружено методами гель-электрофореза, что может быть связано с тем, что; физические свойства двойных цепей почти идентичны для обоих аллелей. После денатурации одноцепочечная ДНК претерпевает характерную трехмерную укладку и может принимать уникальное конформационное состояние, основанное на ее последовательности ДНК. Различие в форме двух однонитевых цепей ДНК с разными последовательностями может привести к тому, что они по-разному мигрируют через гель для электрофореза, даже если количество нуклеотидов одинаково, что, по сути, является применением SSCP.
Приложения в молекулярной биологии [ править ]
Раньше SSCP был способом обнаружения новых полиморфизмов ДНК помимо секвенирования ДНК, но теперь его вытесняют методами секвенирования из-за эффективности и точности. [2] В наши дни SSCP наиболее применим как диагностический инструмент в молекулярной биологии. Его можно использовать при генотипировании для выявления гомозиготных особей с разными аллельными состояниями, а также гетерозиготных особей, каждый из которых должен демонстрировать различные паттерны в эксперименте с электрофорезом. [3]SSCP также широко используется в вирусологии для обнаружения вариаций в разных штаммах вируса, идея заключается в том, что конкретная вирусная частица, присутствующая в обоих штаммах, претерпит изменения из-за мутации, и что эти изменения заставят две частицы принять разные конформации. и, таким образом, дифференцироваться на геле SSCP. [4]
Ссылки [ править ]
- ^ Масато Orita, Хироюки Iwahana, Hiroshi Knazawa, Kenshi Hayashi и Takato Sekiya (1989). «Выявление полиморфизмов ДНК человека методом гелэлектрофореза как однонитевых конформационных полиморфизмов» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 86 (8): 2766–2770. Bibcode : 1989PNAS ... 86.2766O . DOI : 10.1073 / pnas.86.8.2766 . PMC 286999 . PMID 2565038 .CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
- ^ Тахира, Т .; Kukita, Y .; Higasa, K .; Окадзаки, Й .; Yoshinaga, A .; Хаяси, К. (2009). Оценка частот аллелей SNP с помощью SSCP анализа объединенной ДНК . Методы молекулярной биологии. 578 . С. 193–207. DOI : 10.1007 / 978-1-60327-411-1_12 . ISBN 978-1-60327-410-4. PMID 19768595 .
- ^ Michiei Oto, Satoshi Miyake и Yasuhito Yuasa (1993). "Оптимизация нерадиоизотопного анализа полиморфизма однонитевой конформации с помощью обычного прибора для гель-электрофореза Minislab". Аналитическая биохимия . 213 (1): 19–22. DOI : 10.1006 / abio.1993.1379 . PMID 8238876 . CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
- ^ Karen Sumire Кубо, Р. Стюарт, Дж Фрейтас-Astúa1, Р. Antonioli-Luizon, EC Locali-Фабрис, HD Coletta-Filho1, MA Мачадо и EW Kitajima (21 мая 2009). «Оценка генетической изменчивости вируса орхидейной пятнистости с помощью анализа однонитевого конформационного полиморфизма и нуклеотидного секвенирования фрагмента из гена нуклеокапсида». Архив вирусологии . Отделение вирусологии Международного союза микробиологических обществ. 154 (6): 1009–14. DOI : 10.1007 / s00705-009-0395-8 . PMID 19458901 . CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
