Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Этот список программного обеспечения для структурного сравнения и выравнивания представляет собой компиляцию программных инструментов и веб-порталов, используемых для попарного или множественного структурного сравнения и структурного выравнивания .

Структурное сравнение и согласование [ править ]

ИМЯОписаниеКлассТипГибкийСвязьАвторГод
МАМОНТМ.А. ать M olecular M odels O btained от T heoryCαПараНет загрузка сервераCEM Strauss и AR Ortiz2002 г.
CEС ombinatorial Е XTensionCαПараНетсерверИ. Шиндялов2000 г.
CE-MCС ombinatorial Е xtension- М onte С ArloCαМультиНетсерверС. Гуда2004 г.
ДалиЛайтМатрица D istance Ali gnmentC-картаПараНетсервер и скачатьЛ. Холм1993 г.
TM-alignTM- оценка на основе структуры белка выравнивание MentCαПаранольсервер и скачатьЮ. Чжан и Дж. Сколник2005 г.
mTM-alignВыравнивание множественных белковых структур на основе TM-alignCαМультиНетсервер и скачатьР. Донг, З. Пэн, Ю. Чжан, Дж. Ян2018 г.
ОГРОМНЫЙВ Ector lignment S нить поиск Т оолSSEПаранольсерверС. Брайант1996 г.
ПРИЗМАPr otein I nformatics S ystems для M odelingSSEМультинольсерверБ. Хониг2000 г.
МЧСМ olecular О perating Е nvironment. Обширная платформа для моделирования структуры белков и белков-лигандов.Cα, AllA, SeqМультиНетсайтГруппа химических вычислений2000 г.
SSAPS -третьих, последовательное S СТРУКТУРА lignment Р rogramSSEМультиНетсерверК. Оренго и У. Тейлор1989 г.
SARF2S patial AR rangements позвоночника F ragmentsSSEПаранольсерверН. Александров1996 г.
КЕНОБИ / К2NASSEПаранольсерверЗ. Венг2000 г.
ПЕЧАТЬСТ ructural lignment из М есколько P roteinsCαМультиНет сервер загрузкиР. Рассел и Дж. Бартон1992 г.
МАССАМ есколько lignment от S второстепенного S СТРУКТУРЫSSEМультиНетсерверО. Дрор и Х. Вольфсон2003 г.
SCALIS tructural С руды АЛИ gnment белковSeq / C-картаПараноль загрузка сервераX. Юань и К. Быстров2004 г.
ДЕЖАВЮNASSEПаранольсерверGJ. Kleywegt1997 г.
SSMS второстепенный S СТРУКТУРА М Просмо трSSEМультинольсерверЭ. Криссинель2003 г.
ШЕБАS tructural Н omology по Ē nvironment- B Ased A lignmentSeqПаранольсерверДж Юнг и Би Ли2000 г.
LGA [1]L ocal- G ЛОБАЛЬНЫЕ lignment, и глобальные Расстояние Тест (ГДЛ-TS) , структура мера сходстваCα, AllA, любой атомПаранольсервер и скачатьА. Земла2003 г.
POSAР artial О rder S СТРУКТУРА lignmentCαМультидасерверЮ. Е. и А. Годзик2005 г.
PyMOLКоманда "super" выполняет трехмерное выравнивание, не зависящее от последовательности.ПротеинГибридныйНетсайтWL DeLano2007 г.
ЖИРНЫЙ КОТР lexible Структура lignmen Т от С HAINING ligned фрагментированных пар , учитывающий Т WistsCαПарадасерверЮ. Е. и А. Годзик2003 г.
деконструироватьПоиск в базе данных на субструктурном уровне и попарное выравнивание.SSEМультиНетсерверZH. Zhang et al.2010 г.
МатрасМ.А. rkovian ТР nsition белок S СТРУКТУРАCα и SSEПаранольсерверК. Нисикава2000 г.
МАМОНТ-мультMammoth основанного множественное выравнивание структурыCαМультиНетсерверД. Лупян2005 г.
Протеин3DfitNAC-картаПаранольсерверД. Шомбург1994 г.
ГОРДОСТЬPR obability из IDE ntityCαПаранольсерверС. Понгор2002 г.
БЫСТРЫЙЖ АСТ lignment и S нить поиск Т оолCαПаранольсерверДж. Чжу2004 г.
C-BOPC oordinate- B Ased O РГАНИЗАЦИИ из P roteinsN / AМультинольсерверЭ. Санделин2005 г.
ВыгодаPro Tein наименьших квадратов Fit тинCαМультинольсерверACR. Мартин1996 г.
ТОПОФИТВыравнивание как наложение общих объемов в точке топомакс.CαПаранольсерверVA. Ильин2004 г.
MUSTANGМУ ltiple ST ructural A Lig N Мента Аль G orithmCα и C-картаМультинольскачатьAS Konagurthu et al.2006 г.
URMSU нит-вектор RMSDCαПаранольсерверК. Кедем2003 г.
ЗАМОКИерархическая суперпозиция структуры белкаSSEПараНетNAAP. Сингх1997 г.
ЗАМОК 2Улучшения по сравнению с LOCKSSEПараНетскачатьДж. Шапиро2003 г.
CBAС onsistency B Ased A lignmentSSEМультинольскачатьДж. Эберт2006 г.
TetraDATetra hedral D ecomposition A lignmentSSEМультидаNAДж. Роуч2005 г.
РЕМЕНЬSTR ucture на основе A lignment P rogramCαМультинольсерверК. Гилле2006 г.
LOVOALIGNL вл O rder V зона Стажировки вывода метода ptimization для структурного Align MENTCαПаранольсерверАндреани и др.2006 г.
ГАНГСТАG enetic lgorithm для N на последовательном, G apped белка ST ructure lignmentSSE / C-картаПараНетсерверБ. Кольбек2006 г.
GANGSTA +Комбинаторный алгоритм непоследовательного структурного выравнивания и выравнивания с разрывомSSE / C-картаПараНетсерверА. Герлер и Э. В. Кнапп2008 г.
MatAlign [2]Protein Structure Сравнение по Mat RIX Align МентC-картаПаранольсайтЗ. Аунг и К.Л. Тан2006 г.
VorolignБыстрое выравнивание конструкции с помощью контактов ВороногоC-картаМультидасерверF. Birzele et al.2006 г.
ЭКСПРЕССОБыстрое множественное структурное выравнивание с использованием T-Coffee и SapCαМультинольсайтC. Notredame et al.2007 г.
CAALIGNCα ВыровнятьCαМультинольсайтТи Джей Олдфилд2007 г.
ЯКУСАВнутренние координаты и алгоритм типа BLASTCαПаранольсайтM. Carpentier et al.2005 г.
БЛОМАПЫВыравнивание алфавита на основе конформацииCαМультинольсерверWM. Чжэн и С. Ван2008 г.
CLEPAPSВыравнивание алфавита на основе конформацииCαПаранольсерверWM. Чжэн и С. Ван2008 г.
ТАЛИ ФT orsion Угол ALI gnmentCαПараНетNAX. Mioa2006 г.
МолКомNAГеометрияМультинольNASD O'Hearn2003 г.
МАЛЕКОНNAГеометрияМультинольNAС. Водак2004 г.
FlexProtFlex кого Выравнивание Prot Эйна структурCαПарадасерверМ. Шацкий, Х. Вольфсон2002 г.
МультиПротМногократное выравнивание защитных структурГеометрияМультиНетсерверМ. Шацкий, Х. Вольфсон2004 г.
CTSSВыравнивание структуры белка с использованием локальных геометрических характеристикГеометрияПаранольсайтТ. Кан2004 г.
ИЗГИБNAГеометрияМультиНетсайтД. Чжи2006 г.
МэттМ есколько lignment с Т ranslations и Т WistsCαМультида загрузка сервераМ. Менке2008 г.
TopMatch [3]Выравнивание структуры белков и визуализация структурных сходств; выравнивание мультипротеиновых комплексовCαПараНет загрузка сервераМ. Зиппль и М. Видерштейн2012 г.
ССГСS второстепенный S СТРУКТУРА G uided S uperimpositionCaПараНетсайтG. Wainreb et al.2006 г.
MatchprotСравнение белковых структур по растущим соседним выравниваниямCαПараНетсерверS. Bhattacharya et al.2007 г.
UCSF Химерасм. Инструмент MatchMaker и команду " Matchmaker "Seq & SSEМультиНетсайтE. Meng et al.2006 г.
ВСПЫШКАF AST в L ignment A lgorithm для нахождения S tructural H omology белковSSEПараНетNAESC Shih & MJ Hwang2003 г.
РАПИДОR APID lignment из P rotein структур я п присутствие D omain м O vementsCαПарадасерверР. Моска и Т. Р. Шнайдер2008 г.
ComSubstructСтруктурное выравнивание на основе дифференциального геометрического кодированияГеометрияПарадасайтН. Морикава2008 г.
ProCKSIПро Tein (структура) С omparison, К nowledge, S imilarity и я нформацияДругойПараНетсайтD. Barthel et al.2007 г.
SARSTS СТРУКТУРА Сходство поиск ided с помощью R amachandran S -третьих, последовательное Т ransformationCαПаранольсайтТУАЛЕТ. Lo et al.2007 г.
Fr-TM-alignПТ agment- ТМ -score на основе структуры белка выравнивание MentCαПаранетсайтС.Б. Пандит и Дж. Сколник2008 г.
ТОПЫ + СРАВНЕНИЕСравнение топологических моделей белковых структур, усиленных лигандной информациейТопологияПарадасерверМ. Вирамалай и Д. Гилберт2008 г.
TOPS ++ FATCATР lexible Структура lignmen T с помощью C HAINING A ligned Фрагмент пар Разрешение Т Wists происходит от TOPS + струнной моделиCαПарадасерверM. Veeramalai et al.2008 г.
МоллокMol ecular Loc аль поверхности AlignmentСерфингПараНетсерверME Bock et al.2007 г.
FASEР lexible lignment из S второстепенного Структура E lementsSSEПарадаNAДж. Вестерстром и У. Р. Тейлор2006 г.
САБЕРТУТСтруктурное выравнивание белков на основе представления векторной структурыCαПарадасерверF. Teichert et al.2007 г.
STONNACαПараНетсайтC. Eslahchi et al.2009 г.
SALIGNГибридный метод последовательности-структурыSeqМультиНетсайтMS Madhusudhan et al.2007 г.
МАКС-ПАРNACαПараНетсайтА. Полексич2009 г.
ТезейСуперпозиция максимального правдоподобияCαМультиНетсайтД.Л. Теобальд и Д.С. Вуттке2006 г.
ТАБЛИЦАСтруктурный поиск и извлечение с использованием табличного представления паттернов сворачивания белковSSEПараНетсерверAS Konagurthu et al.2008 г.
QP Tableau SearchПоиск белковой субструктуры на основе таблиц с использованием квадратичного программированияSSEПараНет сервер загрузкиA.Stivala et al.2009 г.
ProSMoSПро Tein S СТРУКТУРА Мо TIF S нить поискSSEПараНет загрузка сервераS. Shi et al.2007 г.
МИСТРАЛЬМножественное структурное выравнивание белков на основе энергииCαМультиНетсерверК. Микелетти и Х. Орланд2009 г.
MSVNS для MaxCMOПростая и быстрая эвристика для сравнения структуры белковC-картаПараНетсайтD. Pelta et al.2008 г.
СтруктурныйМинимизация среднеквадратичного отклонения методом наименьших квадратов с помощью динамического программированияCαПараНет загрузка сервераГерштейн и Левитт2005 г.
ProBiS [4]Обнаружение Конструктивно Похожие Pro Tein Bi nding S ИТЭС по локальной структурной AlignmentСерфингПарада загрузка сервераЯ. Конц и Д. Янезич2010 г.
АЛАДЫНDyn Amics на основе Al ignment: белки наложени путем сопоставления их коллективных движенийCαПараНетсерверPotestio et al.2010 г.
SWAPSCS Лидинг Вт indow нализ Р rocedure для обнаружения S факультативный С onstraints для анализа генетических данных , структурированных для семьи или филогенетического дерева с использованием ограничений в белок-кодирующих последовательностей выравнивания.SeqМультидаСерверМарио А. Фарес2004 г.
SA Tableau SearchБыстрый и точный поиск субструктуры белка с имитацией отжига и графическими процессорамиSSEПараНет сервер загрузкиA.Stivala et al.2010 г.
Инструмент сравнения белков RCSB PDBПредоставляет варианты CE, FATCAT, CE для круговых перестановок , выравнивания последовательностейCαПарада загрузка сервераA. Prlic et al.2010 г.
CSRМаксимально распространенный 3D-мотив; непараметрический; выводит попарное соответствие; работает также с небольшими молекуламиSSE или CαПараНет загрузка сервераМ. Петижан1998 г.
EpitopeMatchсогласование прерывистой структуры; индуцированное рассмотрение соответствия; гибкое определение геометрической и физико-химической специфичности; трансплантация аналогичного пространственного расположения аминокислотных остатковCα-AllAМультидаскачатьС. Якущев2011 г.
НАЖМИТЕСравнение 3D-структур, не зависящих от топологииSSE & Cα & SASAПарадасерверМ. Нгуен2011 г.
СмолигнS patial мо TIFs на основе белка структурный lign МентSSE и C-картаМультидаскачатьХ. Сан2010 г.
3D-взрывСравнение трехмерной формы и плотностиПлотностьПараНетсерверL. Mavridis et. al.2011 г.
ДЕДАЛЬDE Scriptor D efined AL ignmentSSE, Cα и C-картаПарадасерверП. Данилюк, Б. Лесынг2011 г.
msTALIм есколько ST ructure АЛИ gnmentCα и Dihed, SSE и серфингМультидасерверП. Шили и Х. Валафар2012 г.
mulPBAмул автовоз ПБ Последовательность выравниваниеPBМультидаNAAP Joseph et. al.2012 г.
SAS-ProS imiltaneous lignment и S uperimposition из PRO teins???ПарадасерверШах и Сахиниди2012 г.
MIRAGE-alignМетод структурного выравнивания на основе M atch I ndexSSE и СИЗПараНетВеб-сайтK. Hung et. al.2012 г.
SPalignS СТРУКТУРА Р AirWISE Align MentCαПараНет загрузка сервераY. Yang et.al.2012 г.
KpaxБыстрое выравнивание с использованием наложения по ГауссуДругойПараНетВеб-сайтDW Ritchie et. al.2012 г.
DeepAlign [5]Выравнивание структуры белка за пределами пространственной близости (учитывается эволюционная информация и образование водородных связей)Cα + SeqПараНет сервер загрузкиС. Ван и Дж. Сюй2013
3DCOMB [6]расширение DeepAlignCαМультиНет сервер загрузкиС. Ван и Дж. Сюй2012 г.
ТС-АМИР [7]Метод совмещения строк топологии для интенсивного быстрого сравнения структуры белков.SSE & CαПараНетNAJ. Razmara et. al.2012 г.
МИКАН [8]MICAN может обрабатывать M есколько-цепь, я nverse выравнивания, Си а только модель, A lternative выравнивания, и N по-последовательного выравниваниеCαПараНетскачатьS.Minami et. al.2013
SPalignNS [9]S СТРУКТУРА Р AirWISE Align Ment N on - S -третьих, последовательноеCαПараНет загрузка сервераП. Браун и др.2015 г.
Fit3D [10]высокоточный скрининг небольших структурных мотивов с определением позиционно-специфических обменов, обнаружение внутри- и межмолекулярных вхождений, определение произвольных атомов, используемых для выравнивания мотивовAllA, CαМультиНет загрузка сервераF. Kaiser et al.2015 г.
MMLigner [11]Байесовский статистический вывод выравниваний на основе теории информации и сжатия.CαПарада загрузка сервераJ. Collier et al.2017 г.

Ключевая карта:

  • Класс :
  • Cα - выравнивание основного атома (Cα);
  • AllA - Выравнивание всех атомов;
  • SSE - Выравнивание элементов вторичной конструкции;
  • Seq - выравнивание на основе последовательностей
  • Pair - Парное выравнивание (только 2 структуры * *);
  • Мульти - Multiple структура Alignment (Мста);
  • C-Map - Контактная карта
  • Прибой - выравнивание молекулярной поверхности Коннолли
  • SASA - Площадь поверхности, доступная для растворителей
  • Dihed - двугранные углы позвоночника
  • PB - Белковые блоки
  • Гибкость :
  • Нет - между сравниваемыми конструкциями рассматриваются только преобразования твердого тела.
  • Да - метод допускает некоторую гибкость сравниваемых структур, например, движения вокруг шарнирных областей.

Ссылки [ править ]

  1. ^ Zemla A (2003). «LGA: метод нахождения трехмерных сходств в структурах белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3370–3374. DOI : 10.1093 / NAR / gkg571 . PMC  168977 . PMID  12824330 .
  2. ^ Аунг, Зейар; Киан-Ли Тан (декабрь 2006 г.). «MatAlign: точное сравнение структуры белка путем выравнивания матрикса». Журнал биоинформатики и компьютерной биологии . 4 (6): 1197–216. DOI : 10.1142 / s0219720006002417 . PMID 17245810 . 
  3. ^ Сиппл, М .; Видерштейн, М. (2012). «Обнаружение пространственных корреляций в белковых структурах и молекулярных комплексах» . Структура . 20 (4): 718–728. DOI : 10.1016 / j.str.2012.01.024 . PMC 3320710 . PMID 22483118 .  
  4. ^ Janez Konc; Душанка Янежич (2010). «Алгоритм ProBiS для обнаружения структурно подобных сайтов связывания белков путем локального структурного выравнивания» . Биоинформатика . 26 (9): 1160–1168. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btq100 . PMC 2859123 . PMID 20305268 .  
  5. ^ Ван, Шэн; Цзяньчжу Ма; Цзянь Пэн; Дзинбо Сюй (март 2013 г.). «Выравнивание структуры белков вне пространственной близости» . Научные отчеты . 3 : 1448. DOI : 10.1038 / srep01448 . PMC 3596798 . PMID 23486213 .  
  6. ^ Ван, Шэн; Цзянь Пэн; Дзинбо Сюй (сентябрь 2011 г.). «Выравнивание отдаленно связанных белковых структур: алгоритм, привязка и последствия для моделирования гомологии» . Биоинформатика . 27 (18): 2537–45. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr432 . PMC 3167051 . PMID 21791532 .  
  7. ^ Размар, Джафар; Сафаи Дерис; Сепидех Парвизпур (февраль 2012 г.). «TS-AMIR: метод выравнивания топологической строки для интенсивного быстрого сравнения структуры белков» . Алгоритмы молекулярной биологии . 7 (4): 4. DOI : 10,1186 / 1748-7188-7-4 . PMC 3298807 . PMID 22336468 .  
  8. ^ Минами, S .; Sawada K .; Чикенджи Г. (январь 2013 г.). «MICAN: алгоритм выравнивания структуры белка, который может обрабатывать многоцепочечные, обратные выравнивания, модели только C α, альтернативные выравнивания и непоследовательные выравнивания» . BMC Bioinformatics . 14 (24): 24. DOI : 10,1186 / 1471-2105-14-24 . PMC 3637537 . PMID 23331634 .  
  9. ^ Браун, P .; Пуллан В .; Ян Ю .; Чжоу Ю. (октябрь 2015 г.). «Быстрое и точное непоследовательное выравнивание структуры белка с использованием новой эвристики асимметричного линейного определения суммы» . Биоинформатика . 32 (3): 370–7. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btv580 . PMID 26454279 . 
  10. ^ Kaiser, F .; Eisold A .; Bittrich S .; Лабудде Д. (октябрь 2015 г.). «Fit3D: веб-приложение для высокоточного скрининга пространственных структур остатков в данных о структуре белков» . Биоинформатика . 32 (5): 792–4. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btv637 . PMID 26519504 . 
  11. ^ Collier, J .; Allison L .; Леск А .; Стаки П .; Гарсиа де ла Банда М .; Конагурту А. (апр 2017). «Статистический вывод структурных выравниваний белков с использованием информации и сжатия» . Биоинформатика . 33 (7): 1005–13. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btw757 . PMID 28065899 .