Synergistetes

В Wikispecies есть информация, связанная с Synergistetes .

В Synergistetes является недавно признал фил анаэробных бактерий , которые показывают грамотрицательное окрашивание и имеют стержень / vibrioid формы клетки. ^{[1] [2]} Хотя Synergistetes имеют оболочку дидермальных клеток, ^{[3] [4]} гены различных белков, участвующих в биосинтезе липополисахаридов , еще не обнаружены у Synergistetes, что указывает на то, что они могут иметь атипичную внешнюю клеточную оболочку. ^{[3] [4]} Synergistetes населяют большинство анаэробных сред, включая желудочно-кишечный тракт животных, почву, нефтяные скважины и очистку сточных вод.растения, и они также присутствуют в местах заболеваний человека, таких как кисты, абсцессы и области пародонтоза . ^{[5] [6]} Из-за их присутствия на участках, связанных с заболеванием, Synergistetes считается условно-патогенными микроорганизмами, но они также могут быть обнаружены у здоровых людей в микробиоме пупка и нормальной микрофлоре влагалища . ^{[6] [7]} Виды этого типа также вовлечены в заболевания пародонта , ^[8] желудочно-кишечные инфекции и инфекции мягких тканей. ^[6]Другие виды этого типа были определены как важные участники разложения ила для производства биогаза в анаэробных варочных котлах и являются потенциальными кандидатами для использования в производстве возобновляемой энергии за счет производства газообразного водорода. ^[9] Все известные виды и роды Synergistetes в настоящее время являются частью одного класса (Synergistia), отряда (Synergistiales) и семейства (Synergistaceae). ^[2]

Сравнительная геномика и молекулярные сигнатуры [ править ]

Недавний сравнительный анализ секвенированных геномов Synergistetes привел к идентификации большого количества консервативных инделей сигнатур (CSI) в белковых последовательностях, которые специфичны либо для всех секвенированных видов Synergistetes, либо для некоторых из их подкладов, которые наблюдаются на филогенетических деревьях . ^[10]Из идентифицированных CSI 32 в широко распространенных белках, таких как RpoB, RpoC, UvrD, GyrA, PolA, PolC, MraW, NadD, PyrE, RpsA, RpsH, FtsA, RadA и т. Д., Включая большую вставку> 300 аминокислотных остатков. в белке RpoC присутствуют у различных видов Synergistetes, но, за исключением изолированных бактерий, эти CSI не обнаруживаются в гомологах белка от всех других организмов. Эти CSI предоставляют новые молекулярные маркеры для отличия видов Synergistetes от всех других бактерий. ^[10] были найдены семь других ИБК в важных белков , включая 13 аа в гроВ быть однозначно присутствует в Jonquetella , Pyramidobacter и Dethiosulfovibrioвиды, указывающие на тесное и специфическое родство между этими бактериями, что также убедительно подтверждается филогенетическими деревьями. Пятнадцать добавление ИБК , которые присутствовали только в Jonquetella и Pyramidobacter указывают на тесную связь между этими двумя видами. ^[10] Наконец, тесная связь между видами Aminomonas и Thermanaerovibrio также подтверждается 9 идентифицированными CSI. Выявленные молекулярные маркеры предоставляют надежные средства для разделения видов из филума Synergistetes на промежуточные таксономические ранги, такие как семейства и отряды. ^[10]

Филогения [ править ]

Филогения основана на работе All-Species Living Tree Project . ^[11]

Таксономия [ править ]

В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LSPN) ^[12] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI). ^[13]

• Подтип Synergistetes Jumas-Bilak et al. 2009 [Synergistaeota Oren et al. 2015 [Aminanaerobia Hugenholtz ]
  • Класс Synergistia Jumas-Bilak et al. 2009 г.
    • Отряд Synergistales Jumas-Bilak et al. 2009 г.
      • Семейство Synergistaceae Jumas-Bilak et al. 2009 [Семейство Clostridiales XV]
        • Род Acetomicrobium Soutschek et al. 1985 г.
          • Виды Acetomicrobium flavidum Soutschek et al. 1985 г.
        • Род Aminiphilus Díaz et al. 2007 г.
          • Виды Aminiphilus circscriptus Díaz et al. 2007 г.
        • Род Aminivibrio Honda et al. 2013
          • Виды Aminivibrio pyruvatiphilus Honda et al. 2013
        • Род Aminobacterium Baena et al. 1999 г.
          • Виды A. colombiense Baena et al. 1999 (тип sp.)
          • Виды A. mobile Baena et al. 2000 г.
          • Виды A. thunnarium Hamdi et al. 2015 г.
        • Род Aminomonas Baena et al. 1999 г.
          • Виды Aminomonas paucivorans Baena et al. 1999 г.
        • Род Anaerobaculum Rees et al. 1997 исправление. Мауне и Таннер 2012
          • Виды A. Hydrogeniformans Maune & Tanner 2012
          • Вид A. mobile Menes & Muxí 2002
          • Виды A. thermoterrenum Rees et al. 1997 г. (тип sp.)
        • Род Candidatus Tammella Hongoh et al. 2007 г.
          • Виды Candidatus Tammella caduceiae Hongoh et al. 2007 г.
        • Род Cloacibacillus Ganesan et al. 2008 исправление. Looft et al. 2013
          • Виды Cloacibacillus evryensis Ganesan et al. 2008 г.
          • Виды Cloacibacillus porcorum Looft et al. 2013
        • Род Dethiosulfovibrio Magot et al. 1997 г.
          • Виды D. salsuginis Díaz-Cárdenas et al. 2010 г.
          • Виды D. peptidovorans Magot et al. 1997 г. (тип sp.)
          • Виды D. acidaminovorans Surkov et al. 2001 г.
          • Виды D. marinus Surkov et al. 2001 г.
          • Виды D. russensis Surkov et al. 2001 г.
        • Род Fretibacterium Vartoukian et al. 2013
          • Виды Fretibacterium fastidiosum Vartoukian et al. 2013
        • Род Jonquetella Jumas-Bilak et al. 2007 г.
          • Виды Jonquetella anthropi Jumas-Bilak et al. 2007 г.
        • Род Lactivibrio Qiu et al. 2014 г.
          • Виды Lactivibriocoholicus Qiu et al. 2014 г.
        • Род Pyramidobacter Downes et al. 2009 г.
          • Виды Pyramidobacter piscolens Downes et al. 2009 г.
        • Род Synergistes Allison et al. 1993 г.
          • Виды Synergistes jonesii Allison et al. 1993 г.
        • Род Thermanaerovibrio Baena et al. 1999 исправление. Palaniappan et al. 2013
          • Виды T. acidaminovorans (Guangsheng et al. 1997) Baena et al. 1999 [ Selenomonas acidaminovorans Guangsheng et al. 1997 ] (тип sp.)
          • Виды T. velox Zavarzina et al. 2000 г.
        • Род Thermovirga Dahle and Birkeland 2006
          • Виды Thermovirga lienii Dahle and Birkeland 2006 г.

Примечания:
♠ Штамм обнаружен в Национальном центре биотехнологической информации (NCBI), но не включен в Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN)

Ссылки [ править ]