Оценка моделирования шаблона
В биоинформатике оценка моделирования шаблона или TM-оценка является мерой сходства между двумя белковыми структурами . TM-оценка предназначена для более точной оценки общего сходства полноразмерных белковых структур, чем часто используемая мера RMSD . Оценка TM указывает на сходство между двумя структурами с помощью оценки между , где 1 указывает на идеальное соответствие между двумя структурами (таким образом, чем выше, тем лучше). [1] Обычно баллы ниже 0,20 соответствуют случайно выбранным неродственным белкам, тогда как структуры с баллом выше 0,5 предполагают примерно одинаковую кратность. [2] Количественное исследование [3]показывает, что белки с TM-показателем = 0,5 имеют апостериорную вероятность 37% в том же семействе топологий CATH и 13% в том же семействе складок SCOP . Вероятности быстро возрастают, когда TM-оценка > 0,5. ТМ-оценка разработана таким образом, чтобы не зависеть от длины белка.
![{\ Displaystyle (0,1]}](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/7e70f9c241f9faa8e9fdda2e8b238e288807d7a4)
TM-оценка между двумя белковыми структурами (например, матричной структурой и структурой-мишенью) определяется
где - длина аминокислотной последовательности интересующего белка-мишени, а - количество остатков, которые обычно появляются на матрице и структурах-мишенях. - расстояние между th парой остатков между шаблоном и целевыми структурами, и - шкала расстояний, которая нормализует расстояния.
![{\ displaystyle d_ {0} (L _ {\ text {цель}}) = 1,24 {\ sqrt [{3}] {L _ {\ text {цель}} -15}} -1,8}](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/6a32e5ceba3bac9ee14b1c0872b3aa65b80470b7)
При сравнении двух белковых структур, которые имеют одинаковый порядок остатков, считывается из порядкового номера C-альфа файлов структуры (т.е. столбцы 23-26 в банке данных белков (формат файла) ). При сравнении двух белковых структур, которые имеют разные последовательности и/или разный порядок остатков, сначала обычно выполняется структурное выравнивание , а затем рассчитывается TM-показатель на обычно выровненных остатках из структурного выравнивания.