Премьера второго сезона « Шпионки» состоялась 29 сентября 2002 г. на канале ABC , завершилась 4 мая 2003 г. и была выпущена на DVD в регионе 1 2 декабря 2003 г. Среди приглашенных звезд во втором сезоне — Дэвид Кэррадайн , Итан Хоук , Ричард Льюис , Фэй Данауэй , Рутгер Хауэр , Кристиан Слейтер и Дэнни Трехо . Тринадцатая серия сезона, Phase One , вышла в эфир после Суперкубка XXXVII .
Сидни оказывается лицом к лицу со своей матерью , чьи намерения в отношении дочери становятся пугающе ясными. Тем временем Сидни продолжает поиски Вона, не зная, жив он или мертв после того, как его смыла стена воды в Тайбэе . Жизнь Уилла навсегда меняется, когда он узнает правду о SD-6 и о жизни Сидни в качестве двойного агента . Маркус Диксон должен решить, сообщать Слоан о подозрительной деятельности Сидни или нет.
Сидни должна решить, был ли жест доброй воли ее матери искренним или попыткой ее убить. Уилл становится свидетелем того, как Фрэнси обсуждает свои планы ресторана с человеком, принадлежность к которому сомнительна, а Слоан становится полноправным партнером злобного Альянса Двенадцати .
Сидни должен перехитрить Сарка, чтобы найти ключевую информацию. Тем временем Джек встречается с Ириной впервые почти за 20 лет. Уилл наконец встречает Вона, а Слоана преследует смерть его жены. Слоан, который пьет только воду, пьет виски в своем офисе. Нам говорят, что сад Эмили мертв, но Слоан находит его в полном цвету.
Отношения Сидни с ее матерью вынуждают Джека принять решительные меры для обеспечения безопасности своей дочери. Тем временем Уилл сталкивается с загадочной женщиной, которая хочет воскресить его историю на SD-6.
Сидни узнает страшную тайну, когда ее отправляют на поиски оружия нового поколения. Тем временем Вон подозревает Джека в том, что он подставил Ирину, чтобы она упала. Слоан рассказывает Джеку правду о смерти Эмили.