Сетон был сыном Кристофера Сетона, лондонского гравера по драгоценным камням . Он был учеником Фрэнсиса Хеймана и учился в Академии Святого Мартина Лейн . Он отправился в большое турне по Италии , где он был в Риме в 1758/9, где он жил на Страда-делла-Кроче и был вовлечен в сообщество художников-экспатриантов. Он помог свернуть дела молодого художника Джонатана Скелтона , который умер там.
По возвращении в Великобританию он стал более разносторонним художником и в 1761 году выставлялся в Обществе художников и получал заказы на портреты и разговоры от довольно знатной клиентуры. Через несколько лет он поселился в Эдинбурге , и его портреты шотландских представителей высшего общества являются одними из самых запоминающихся в его возрасте.
Он провел десять лет в Индии (1776–1785), где у него была хорошая портретная практика, но вернулся в Шотландию, где в последний раз был зарегистрирован в Эдинбурге в 1806 году.
В апреле 2008 года британский министр культуры Маргарет Ходж поместила временный экспортный запрет на «редкое подобие Александра Далримпла » Джона Томаса Сетона. Далримпл был первым гидрографом Адмиралтейства , который «благодаря своей новаторской работе над морскими картами стал ключевой фигурой в развитии мировой морской индустрии, а также Британской империи ». Была предпринята попытка собрать средства для покупки портрета по рекомендованной цене 137 500 фунтов стерлингов, и впоследствии он был приобретен Национальным музеем Шотландии , где портрет в настоящее время выставлен.