Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Домен трансактивации или транс-активирующий домен ( TAD ) представляет собой фактор транскрипции домен помоста , который содержит сайты связывания для других белков , таких как транскрипционные coregulators . Эти сайты связывания часто называют функциями активации ( AF ). [1] ТАД названы в честь их аминокислотного состава. Эти аминокислоты либо необходимы для активности, либо просто наиболее распространены в TAD. Трансактивация фактором транскрипции Gal4 опосредуется кислыми аминокислотами, тогда как гидрофобные остатки в Gcn4играть аналогичную роль. Следовательно, TAD в Gal4 и Gcn4 называются кислыми или гидрофобными активационными доменами соответственно. [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] [9]

В целом можно выделить четыре класса TAD: [10]

  • кислые домены (называемые также «кислотными пятнами» или «отрицательной лапшой», богатые аминокислотами D и E, присутствующими в Gal4, Gcn4 и VP16). [11]
  • богатые глутамином домены (содержит несколько повторов, например «QQQXXXQQQ», присутствует в SP1 ) [12]
  • богатые пролином домены (содержат повторы, такие как «PPPXXXPPP», присутствующие в c-jun , AP2 и Oct-2 ) [13]
  • богатые изолейцином домены (повторения «IIXXII», присутствующие в NTF-1 ) [14]

Альтернативно, поскольку сходные аминокислотные композиции не обязательно означают аналогичные пути активации, ТАД можно сгруппировать по процессу, который они стимулируют, либо по инициированию, либо по удлинению. [15]

Acidic / 9aaTAD [ править ]

9aaTAD- KIX доменные комплексы

Домен трансактивации из девяти аминокислот (9aaTAD) определяет новый домен, общий для большого суперсемейства эукариотических факторов транскрипции, представленных Gal4, Oaf1, Leu3, Rtg3, Pho4 , Gln3, Gcn4 в дрожжах и p53 , NFAT , NF-κB и VP16 у млекопитающих. Это определение в основном совпадает с более старым определением «кислой» семьи. Доступен инструмент прогнозирования 9aaTAD. [16] 9aaTAD имеют тенденцию иметь ассоциированную 3-аминокислотную гидрофобную (обычно богатую Leu) область непосредственно на своем N-конце. [17]

Факторы транскрипции 9aaTAD p53 , VP16 , MLL , E2A , HSF1 , NF-IL6 , NFAT1 и NF-κB напрямую взаимодействуют с общими коактиваторами TAF9 и CBP / p300 . [16] [18] [19] [20] [21] [22] [23] [24] [25] [26] [27] [28] [29] p53 9aaTADs взаимодействуют с TAF9, GCN5 и множественными доменами » CBP / p300 (KIX, TAZ1, TAZ2 и IBiD). [30] [31] [32] [33] [34]

Домен KIX общих коактиваторов Med15 (Gal11) взаимодействует с факторами транскрипции 9aaTAD Gal4 , Pdr1 , Oaf1 , Gcn4 , VP16, Pho4 , Msn2 , Ino2 и P201 . Позиции 1, 3-4 и 7 9aaTAD являются основными остатками, которые взаимодействуют с KIX. [35] [36] [37] [38] [39] [40] [41] [42] [43] [44] [45] [46] [47] [48] [49] [50] Взаимодействие Наблюдались Gal4, Pdr1 и Gcn4 с Taf9. [8] [51] [52]9aaTAD представляет собой общий домен трансактивации, который привлекает множество общих коактиваторов TAF9 , MED15 , CBP / p300 и GCN5 . [16]

Богатый глютамином [ править ]

TAD, обогащенные глутамином (Q), обнаруживаются в POU2F1 (Oct1), POU2F2 (Oct2) и Sp1 (см. Также семейство Sp / KLF ). [12] Хотя это не относится к каждому TAD с высоким содержанием Q, Sp1 взаимодействует с TAF4 (TAFII 130), частью сборки TFIID . [15] [53]

См. Также [ править ]

  • ДНК-связывающий белок
  • Фактор транскрипции

Ссылки [ править ]

  1. ^ Wärnmark A, E Treuter, Райт AP, Густафссон JA (октябрь 2003). «Активационные функции 1 и 2 ядерных рецепторов: молекулярные стратегии транскрипционной активации». Молекулярная эндокринология . 17 (10): 1901–1909. DOI : 10.1210 / me.2002-0384 . PMID  12893880 .
  2. ^ Ма J, Ptashne М (октябрь 1987). «Новый класс дрожжевых активаторов транскрипции» . Cell . 51 (1): 113–9. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (87) 90015-8 . PMID 3115591 . 
  3. ^ Садовский я, Ма J, S Triezenberg, Ptashne М (октябрь 1988). «GAL4-VP16 - необычайно мощный активатор транскрипции». Природа . 335 (6190): 563–4. Bibcode : 1988Natur.335..563S . DOI : 10.1038 / 335563a0 . PMID 3047590 . S2CID 4276393 .  
  4. ^ Sullivan SM, Horn PJ, Olson В.А., Кооп AH, Ню W, Ebright RH, Triezenberg SJ (октябрь 1998). «Мутационный анализ области активации транскрипции белка VP16 вируса простого герпеса» . Исследования нуклеиновых кислот . 26 (19): 4487–96. DOI : 10.1093 / NAR / 26.19.4487 . PMC 147869 . PMID 9742254 .  
  5. ^ Гилл G, Ptashne M (октябрь 1987). «Мутанты белка GAL4 изменили функцию активации» . Cell . 51 (1): 121–6. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (87) 90016-X . PMID 3115592 . 
  6. ^ Надежда И.А., Mahadevan S, Struhl K (июнь 1988). «Структурная и функциональная характеристика короткой кислой области активации транскрипции дрожжевого белка GCN4». Природа . 333 (6174): 635–40. Bibcode : 1988Natur.333..635H . DOI : 10.1038 / 333635a0 . PMID 3287180 . S2CID 2635634 .  
  7. ^ Надежда И.А., Struhl K (сентябрь 1986). «Функциональное рассечение эукариотического белка активатора транскрипции, GCN4 дрожжей». Cell . 46 (6): 885–94. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (86) 90070-X . PMID 3530496 . S2CID 40730692 .  
  8. ^ a b Drysdale CM, Dueñas E, Jackson BM, Reusser U, Braus GH, Hinnebusch AG (март 1995 г.). «Активатор транскрипции GCN4 содержит несколько доменов активации, которые критически зависят от гидрофобных аминокислот» . Молекулярная и клеточная биология . 15 (3): 1220–33. DOI : 10.1128 / mcb.15.3.1220 . PMC 230345 . PMID 7862116 .  
  9. ^ Regier JL, Shen F, Triezenberg SJ (февраль 1993). «Структура ароматических и гидрофобных аминокислот, критических для одного из двух субдоменов активатора транскрипции VP16» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 90 (3): 883–7. Bibcode : 1993PNAS ... 90..883R . DOI : 10.1073 / pnas.90.3.883 . PMC 45774 . PMID 8381535 .  
  10. ^ Mitchell PJ, Tjian R (июль 1989). «Регуляция транскрипции в клетках млекопитающих с помощью последовательностей ДНК-связывающих белков». Наука . 245 (4916): 371–8. Bibcode : 1989Sci ... 245..371M . DOI : 10.1126 / science.2667136 . PMID 2667136 . 
  11. ^ Садовский я, Ма J, S Triezenberg, Ptashne М (октябрь 1988). «GAL4-VP16 - необычайно мощный активатор транскрипции». Природа . 335 (6190): 563–4. Bibcode : 1988Natur.335..563S . DOI : 10.1038 / 335563a0 . PMID 3047590 . S2CID 4276393 .  
  12. ^ a b Courey AJ, Holtzman DA, Jackson SP, Tjian R (декабрь 1989 г.). «Синергетическая активация богатыми глутамином доменами человеческого фактора транскрипции Sp1». Cell . 59 (5): 827–36. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (89) 90606-5 . PMID 2512012 . S2CID 2910480 .  
  13. ^ Mermod N, O'Neill Е.А., Келли TJ, Tjian R (август 1989). «Богатый пролином активатор транскрипции CTF / NF-I отличается от домена репликации и связывания ДНК». Cell . 58 (4): 741–53. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (89) 90108-6 . PMID 2504497 . S2CID 22817940 .  
  14. ^ Attardi LD, Tjian R (июль 1993). «Тканеспецифический фактор транскрипции NTF-1 дрозофилы содержит новый мотив активации, богатый изолейцином» . Гены и развитие . 7 (7B): 1341–53. DOI : 10,1101 / gad.7.7b.1341 . PMID 8330738 . 
  15. ^ Б Frietze S, Фарнхемы PJ (14 апреля 2011). «Домены эффекторов транскрипционных факторов». Справочник факторов транскрипции . Субклеточная биохимия. 52 . С. 261–277. DOI : 10.1007 / 978-90-481-9069-0_12 . ISBN 978-90-481-9068-3. PMC  4151296 . PMID  21557087 .
  16. ^ a b c Пискачек С., Грегор М., Неметова М., Грабнер М., Коварик П., Пискачек М. (июнь 2007 г.). «Домен трансактивации девяти аминокислот: возможности установления и прогнозирования». Геномика . 89 (6): 756–68. DOI : 10.1016 / j.ygeno.2007.02.003 . PMID 17467953 . 
  17. ^ a b Пискачек М, Гавелка М, Резакова М, Рыцарь А (12 сентября 2016 г.). «Домены трансактивации 9aaTAD: от Gal4 к p53» . PLOS ONE . 11 (9): e0162842. Bibcode : 2016PLoSO..1162842P . DOI : 10.1371 / journal.pone.0162842 . PMC 5019370 . PMID 27618436 .  
  18. Uesugi M, Verdine GL (декабрь 1999 г.). «Альфа-спиральный мотив FXXPhiPhi в р53: взаимодействие TAF и дискриминация с помощью MDM2» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (26): 14801–6. Bibcode : 1999PNAS ... 9614801U . DOI : 10.1073 / pnas.96.26.14801 . PMC 24728 . PMID 10611293 .  
  19. ^ Уэсуги М, Nyanguile О, Л Н, Левин AJ, Verdine GL (август 1997 г.). «Индуцированная альфа-спираль в домене активации VP16 при связывании с человеческим TAF». Наука . 277 (5330): 1310–3. DOI : 10.1126 / science.277.5330.1310 . PMID 9271577 . 
  20. Choi Y, Asada S, Uesugi M (май 2000 г.). «Дивергентные hTAFII31-связывающие мотивы, скрытые в доменах активации» . Журнал биологической химии . 275 (21): 15912–6. DOI : 10.1074 / jbc.275.21.15912 . PMID 10821850 . 
  21. ^ Ли CW, Arai M, Мартинес-Yamout М.А., Dyson HJ, Райт PE (март 2009). «Картирование взаимодействий домена трансактивации p53 с доменом KIX CBP» . Биохимия . 48 (10): 2115–24. DOI : 10.1021 / bi802055v . PMC 2765525 . PMID 19220000 .  
  22. ^ Гото Н. К., Зор Т, Мартинес-Yamout М, Дайсон HJ , Райт ПЭ (ноябрь 2002 г.). «Кооперативность в связывании фактора транскрипции с коактиватором CREB-связывающим белком (CBP). Домен активации белка лейкемии смешанного происхождения (MLL) связывается с аллостерическим сайтом в домене KIX» . Журнал биологической химии . 277 (45): 43168–74. DOI : 10.1074 / jbc.M207660200 . PMID 12205094 . 
  23. ^ Радхакришнана I, Перес Альварадо ГХ, Паркер Д, Дайсон HJ, Montminy М. Р., Райт ПЭ (декабрь 1997). «Структура раствора домена KIX CBP, связанного с доменом трансактивации CREB: модель взаимодействий активатор: коактиватор». Cell . 91 (6): 741–52. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80463-8 . PMID 9413984 . S2CID 17268267 .  
  24. ^ Зор Т, Майр БМ, Дайсон HJ, Montminy М. Р., Райт ПЭ (ноябрь 2002 г.). «Роли фосфорилирования и склонности к спирали в связывании домена KIX CREB-связывающего белка конститутивными (c-Myb) и индуцибельными (CREB) активаторами» . Журнал биологической химии . 277 (44): 42241–8. DOI : 10.1074 / jbc.M207361200 . PMID 12196545 . 
  25. ^ Brüschweiler S, Schanda Р, Kloiber К, Brutscher В, Kontaxis G, R Konrat, Tollinger М (март 2009). «Прямое наблюдение динамического процесса, лежащего в основе передачи аллостерического сигнала». Журнал Американского химического общества . 131 (8): 3063–8. DOI : 10.1021 / ja809947w . PMID 19203263 . 
  26. ^ Лю GH, Qu J, Шен X (май 2008). «NF-kappaB / p65 противодействует пути Nrf2-ARE, лишая CBP от Nrf2 и облегчая рекрутирование HDAC3 в MafK». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Исследование молекулярных клеток . 1783 (5): 713–27. DOI : 10.1016 / j.bbamcr.2008.01.002 . PMID 18241676 . 
  27. ^ Бэйли Р, Т Муразе, Гайндман BD, Savage R, S Nurmohamed, Munro К, Касселман Р, Смит ИП, Lebrun ДП (сентябрь 2006). «Критическая роль одного остатка лейцина в индукции лейкемии E2A-PBX1» . Молекулярная и клеточная биология . 26 (17): 6442–52. DOI : 10.1128 / MCB.02025-05 . PMC 1592826 . PMID 16914730 .  
  28. Перейти ↑ García-Rodríguez C, Rao A (июнь 1998 г.). «Ядерный фактор активированных Т-клеток (NFAT) -зависимая трансактивация, регулируемая коактиваторами p300 / CREB-связывающий белок (CBP)» . Журнал экспериментальной медицины . 187 (12): 2031–6. DOI : 10,1084 / jem.187.12.2031 . PMC 2212364 . PMID 9625762 .  
  29. ^ Норка S, Haenig B, Klempnauer KH (ноябрь 1997). «Взаимодействие и функциональное сотрудничество p300 и C / EBPbeta» . Молекулярная и клеточная биология . 17 (11): 6609–17. DOI : 10.1128 / mcb.17.11.6609 . PMC 232514 . PMID 9343424 .  
  30. ^ Teufel DP, Freund SM, Bycroft M, Fersht AR (апрель 2007). «Четыре домена р300 каждый прочно связываются с последовательностью, охватывающей оба субдомена трансактивации р53» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (17): 7009–14. Bibcode : 2007PNAS..104.7009T . DOI : 10.1073 / pnas.0702010104 . PMC 1855428 . PMID 17438265 .  
  31. ^ Teufel DP, Bycroft M, Fersht AR (май 2009). «Регулирование путем фосфорилирования относительного сродства N-концевых доменов трансактивации p53 к доменам p300 и Mdm2» . Онкоген . 28 (20): 2112–8. DOI : 10.1038 / onc.2009.71 . PMC 2685776 . PMID 19363523 .  
  32. Feng H, Jenkins LM, Durell SR, Hayashi R, Mazur SJ, Cherry S, Tropea JE, Miller M, Wlodawer A, Appella E, Bai Y (февраль 2009 г.). «Структурная основа связывания p300 Taz2-p53 TAD1 и модуляции путем фосфорилирования» . Структура . 17 (2): 202–10. DOI : 10.1016 / j.str.2008.12.009 . PMC 2705179 . PMID 19217391 .  
  33. ^ Ferreon JC, Ли CW, Arai M, Мартинес-Yamout М.А., Dyson HJ, Райт PE (апрель 2009). «Кооперативная регуляция p53 путем модуляции образования тройного комплекса с CBP / p300 и HDM2» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (16): 6591–6. Bibcode : 2009PNAS..106.6591F . DOI : 10.1073 / pnas.0811023106 . PMC 2672497 . PMID 19357310 .  
  34. Gamper AM, Roeder RG (апрель 2008 г.). «Многовалентное связывание p53 с комплексом STAGA опосредует привлечение коактиватора после УФ-повреждения» . Молекулярная и клеточная биология . 28 (8): 2517–27. DOI : 10.1128 / MCB.01461-07 . PMC 2293101 . PMID 18250150 .  
  35. ^ Фукасава Т, Fukuma М, Яно К, Sakurai Н (февраль 2001 г.). «Полногеномный анализ транскрипционного эффекта Gal11 в Saccharomyces cerevisiae: применение« техники мини-матричной гибридизации » » . Исследования ДНК . 8 (1): 23–31. DOI : 10.1093 / dnares / 8.1.23 . PMID 11258797 . 
  36. Badi L, Barberis A (август 2001). «Белки, которые генетически взаимодействуют с фактором транскрипции Saccharomyces cerevisiae Gal11p, подчеркивают его роль в переходе от инициации к элонгации». Молекулярная генетика и геномика . 265 (6): 1076–86. DOI : 10.1007 / s004380100505 . PMID 11523780 . S2CID 19287634 .  
  37. Kim YJ, Björklund S, Li Y, Sayre MH, Kornberg RD (май 1994). «Мультибелковый медиатор активации транскрипции и его взаимодействие с С-концевым повторяющимся доменом РНК-полимеразы II». Cell . 77 (4): 599–608. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (94) 90221-6 . PMID 8187178 . S2CID 5002125 .  
  38. Suzuki Y, Nogi Y, Abe A, Fukasawa T (ноябрь 1988 г.). «Белок GAL11, вспомогательный активатор транскрипции для генов, кодирующих ферменты, метаболизирующие галактозу, в Saccharomyces cerevisiae» . Молекулярная и клеточная биология . 8 (11): 4991–9. DOI : 10.1128 / mcb.8.11.4991 . PMC 365593 . PMID 3062377 .  
  39. ^ Фасслер JS, Уинстон F (декабрь 1989). «Ген Saccharomyces cerevisiae SPT13 / GAL11 играет как положительную, так и отрицательную регуляторную роль в транскрипции» . Молекулярная и клеточная биология . 9 (12): 5602–9. DOI : 10.1128 / mcb.9.12.5602 . PMC 363730 . PMID 2685570 .  
  40. Перейти ↑ Park JM, Kim HS, Han SJ, Hwang MS, Lee YC, Kim YJ (декабрь 2000 г.). «In vivo потребность в активатор-специфических мишенях связывания медиатора» . Молекулярная и клеточная биология . 20 (23): 8709–19. DOI : 10.1128 / mcb.20.23.8709-8719.2000 . PMC 86488 . PMID 11073972 .  
  41. ^ Лу Z, Ансари АЗ, Лу Х, Ogirala А, Ptashne М (июнь 2002). «Мишень, необходимая для активности некислотного активатора транскрипции дрожжей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (13): 8591–6. Bibcode : 2002PNAS ... 99.8591L . DOI : 10.1073 / pnas.092263499 . PMC 124323 . PMID 12084920 .  
  42. ^ Swanson MJ, Цю H, L Sumibcay, Krueger А, Ким SJ, Натараян K, S Yoon, Хиннебуш AG (апрель 2003). «Gcn4p требует множества коактиваторов на индивидуальных промоторах in vivo» . Молекулярная и клеточная биология . 23 (8): 2800–20. DOI : 10.1128 / MCB.23.8.2800-2820.2003 . PMC 152555 . PMID 12665580 .  
  43. ^ Bryant GO, Ptashne M (май 2003). «Независимое рекрутирование in vivo Gal4 двух комплексов, необходимых для транскрипции». Молекулярная клетка . 11 (5): 1301–9. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (03) 00144-8 . PMID 12769853 . 
  44. ^ Фишберн Дж, Mohibullah N, S Hahn (апрель 2005 г.). «Функция активатора транскрипции эукариот во время цикла транскрипции». Молекулярная клетка . 18 (3): 369–78. DOI : 10.1016 / j.molcel.2005.03.029 . PMID 15866178 . 
  45. Lim MK, Tang V, Le Saux A, Schüller J, Bongards C, Lehming N (ноябрь 2007 г.). «Дозировка Gal11p компенсирует делеции активатора транскрипции через Taf14p». Журнал молекулярной биологии . 374 (1): 9–23. DOI : 10.1016 / j.jmb.2007.09.013 . PMID 17919657 . 
  46. ^ Lallet S, Гарро Н, Garmendia-Торрес С, D Szestakowska, Мальчик-Маркотт Е, Quevillon-Chéruel S, М Жаке (октябрь 2006 г.). «Роль Gal11, компонента медиатора РНК-полимеразы II в стресс-индуцированном гиперфосфорилировании Msn2 в Saccharomyces cerevisiae» . Молекулярная микробиология . 62 (2): 438–52. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2006.05363.x . PMID 17020582 . 
  47. ^ Dietz M, Хайкен WT, Hoppen J, Geburtig S, Шуллер HJ (май 2003). «TFIIB и субъединицы комплекса SAGA участвуют в транскрипционной активации генов биосинтеза фосфолипидов регуляторным белком Ino2 в дрожжах Saccharomyces cerevisiae» . Молекулярная микробиология . 48 (4): 1119–30. DOI : 10.1046 / j.1365-2958.2003.03501.x . PMID 12753200 . 
  48. ^ Mizuno T, Harashima S (апрель 2003). «Gal11 является общим активатором базовой транскрипции, активность которого регулируется общим репрессором Sin4 в дрожжах». Молекулярная генетика и геномика . 269 (1): 68–77. DOI : 10.1007 / s00438-003-0810-х . PMID 12715155 . S2CID 882139 .  
  49. ^ Тхакур JK, Arthanari H, Ян F, Пан SJ, Вентилятор X, Брегер J, Frueh DP, Gulshan K, Li DK, Mylonakis E, Struhl K, Moye-Rowley WS, Кормак BP, Wagner G, Naar AM (апрель 2008 ). «Путь, подобный ядерному рецептору, регулирующий множественную лекарственную устойчивость грибов». Природа . 452 (7187): 604–9. Bibcode : 2008Natur.452..604T . DOI : 10,1038 / природа06836 . PMID 18385733 . S2CID 205212715 .  
  50. ^ Тхакур JK, Arthanari H, Ян F, Чау KH, Вагнер G, Naar AM (февраль 2009). «Медиаторная субъединица Gal11p / MED15 необходима для жирнокислотной активации гена дрожжевым транскрипционным фактором Oaf1p» . Журнал биологической химии . 284 (7): 4422–8. DOI : 10.1074 / jbc.M808263200 . PMC 3837390 . PMID 19056732 .  
  51. ^ Klein J, M Nolden, Sanders SL, Киршнер J, Weil PA, Мелчер K (февраль 2003). «Использование генетически введенного сшивающего агента для идентификации сайтов взаимодействия кислотных активаторов в пределах нативного фактора транскрипции IID и SAGA» . Журнал биологической химии . 278 (9): 6779–86. DOI : 10.1074 / jbc.M212514200 . PMID 12501245 . 
  52. ^ Milgrom E, West RW, Gao C, Shen WC (ноябрь 2005). «Функции TFIID и Spt-Ada-Gcn5-ацетилтрансферазы, исследованные с помощью полногеномного синтетического генетического анализа с использованием аллеля taf9-ts Saccharomyces cerevisiae» . Генетика . 171 (3): 959–73. DOI : 10.1534 / genetics.105.046557 . PMC 1456853 . PMID 16118188 .  
  53. ^ Hibino Е, Иноуэ R, Сугияма М, Кувахара Дж, Мацудзаки К, М Хосино (ноябрь 2016). «Взаимодействие между внутренне неупорядоченными регионами в факторах транскрипции Sp1 и TAF4» . Белковая наука . 25 (11): 2006–2017. DOI : 10.1002 / pro.3013 . PMC 5079245 . PMID 27515574 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Инструмент прогнозирования 9aaTAD