UCbase - это база данных ультраконсервативных последовательностей (UCR или UCE), которые впервые были описаны Bejerano, G. et al. [2] в 2004 г. Это высококонсервативные участки генома, которые на 100% идентичны у человека, мыши и крысы. UCR - это 481 последовательность длиннее 200 оснований. Они часто расположены в областях генома, вовлеченных в рак, по-разному экспрессируются при лейкозах и карциномах человека и в некоторых случаях регулируются микроРНК. [3] Первый выпуск UCbase был опубликован Taccioli, C. et al. в 2009 году. [4] Последние обновления включают новую аннотацию, основанную на геноме человека hg19, информацию о нарушениях, связанных с координатами хромосомы, с использованием SNOMED CTклассификации, инструмент запроса для поиска SNP и новое текстовое поле для прямого опроса базы данных с помощью интерфейса MySQL. Более того, инструмент сравнения последовательностей позволяет исследователям сопоставлять выбранные последовательности с ультраконсервативными элементами, расположенными в геномных регионах, вовлеченных в определенные нарушения. Чтобы облегчить интерактивную визуальную интерпретацию хромосомных координат UCR, авторы реализовали функцию графической визуализации UCbase, создавая ссылку на браузер генома UCSC. UCbase 2.0 больше не предоставляет информацию о микроРНК (miRNAs), сосредотачиваясь только на UCR. Официальный выпуск UCbase 2.0 был опубликован в 2014 году [1] и доступен по адресу http://ucbase.unimore.it
Содержание | |
---|---|
Описание | База данных ультраконсервативных последовательностей . |
Организмы | Mus musculus Rattus norvegicus человека ( Homo sapiens) |
Контакт | |
Исследовательский центр | Государственный университет Огайо |
Лаборатория | Профессор Карло М. Кроче , доктор медицины |
Авторы | Профессор Кристиан Такчоли, доктор философии |
Первичное цитирование | Taccioli, C. et al. (2014) [1] |
Дата выпуска | 2014 г. |
Доступ | |
Веб-сайт | http://ucbase.unimore.it |
Разнообразный | |
Частота выпуска данных | 6 месяцев |
Смотрите также
Рекомендации
- ^ а б Ломонако, Винченцо; Martoglia R; Mandreoli F; Андерлуччи Л; Эммет В; Bicciato S; Taccioli C. (январь 2009 г.). «UCbase 2.0: база данных ультраконсервных последовательностей (обновление 2014 г.)» . База данных . 2014 : bau062. DOI : 10,1093 / базы данных / bau062 . PMC 4064129 . PMID 24951797 .
- ^ Бежерано, Гилл; Фазан М; Макунин I; Стивен С; Кент WJ; Mattick JS; Хаусслер Д. (май 2004 г.). «Ультраконсервированные элементы в геноме человека». Наука . 304 (5675): 1321–5. Bibcode : 2004Sci ... 304.1321B . CiteSeerX 10.1.1.380.9305 . DOI : 10.1126 / science.1098119 . PMID 15131266 . S2CID 2790337 .
- ^ Калин Г.А., Лю К.Г., Феррацин М., Хислоп Т., Спиццо Р., Севиньяни К., Фаббри М., Чиммино А., Ли Э.Дж., Войчик С.Е., Шимицу М., Тили Е., Росси С., Такчиоли С., Пичиорри Ф., Лю X, Зупо С. , Herlea V, Gramantieri L, Lanza G, Alder H, Rassenti L, Volinia S, Schmittgen TD, Kipps TJ, Negrini M, Croce CM (сентябрь 2007 г.). «Ультраконсервативные области, кодирующие нкРНК, изменяются при лейкозах и карциномах человека». Раковая клетка . 12 (3): 215–29. DOI : 10.1016 / j.ccr.2007.07.027 . PMID 17785203 .
- ^ Taccioli C, Fabbri E, Visone R, Volinia S, Calin GA, Fong LY, Gambari R, Bottoni A, Acunzo M, Hagan J, Iorio MV, Piovan C, Romano G, Croce CM (январь 2009 г.). «UCbase & miRfunc: база данных ультраконсервативных последовательностей и функций микроРНК» . Nucleic Acids Res . 37 (выпуск базы данных): D41–8. DOI : 10.1093 / NAR / gkn702 . PMC 2686429 . PMID 18945703 .
Внешние ссылки
- http://ultraconserved.org