Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску


T HOMAS S HAFEE
Эволюция и эволюционируемость




Вдохновение [ править ]

Недавно я получил от вас письмо с благодарностью за 998115350 . Это заставило меня заглянуть в вас, и в конце концов я наткнулся на ваше интервью с Айнали и был вдохновлен этим . Возможно, мне следует более тесно сотрудничать с WJ . - Узуме ( разговор ) 22:49, 5 января 2021 (UTC)

@ Uzume : Вы определенно добро пожаловать! Существует множество способов участвовать, спорадически или постоянно: от форматирования и редактирования (многие новые статьи создаются новичками, поэтому ссылки часто вставляются в виде открытого текста; пример ) до отправки статьи (созданной с нуля или отправлено из Википедии; WP: JAN ) до присоединения к группе пользователей в качестве постоянного сотрудника / редактора совета ( пример ). Рад предоставить дополнительную информацию, если вам интересно. Т.Шафи (Evo & Evo) выступление 23:53, 5 января 2021 г. (UTC)
@ Эволюция и эволюционируемость : как давний редактор Викимедиа, я заинтересован. У меня тоже есть некоторые опасения.
У меня есть опыт работы в области информатики, компьютерных и системных наук, а также инженерии (прикладных наук), так что они могут сыграть роль в Wiki.J.Sci. и Wiki.J.Pre. Я мог бы начать с WP: JAN, поскольку это не так уж далеко от редактирования содержимого Википедии, но я также вижу, что, возможно, стану редактором и / или буду делать материалы (но, очевидно, не в тех же представленных материалах, что было бы конфликтом интересов. ). Делать «обзорные» материалы с тяжелым содержанием Википедии интересно, но я думаю, что в конечном итоге «оригинальные исследования» окажутся для меня более интересными. Мне также нравится библиографический информационный контент, и я работал над Викиданными и SDC .
Я где-то читал, что авторам и редакторам, возможно, придется разглашать официальные имена, и я, вероятно, хотел бы, чтобы мое юридическое имя в любом случае относилось к опубликованным работам, написанным или отредактированным мной, однако я бы предпочел не связывать свое юридическое имя с этой учетной записью анонимность). Я был бы не против сделать еще один «общедоступный» аккаунт для таких, но это, вероятно, будет противоречить sockpuppety, если я не свяжу их публично, и это противоречит цели создания таковой с самого начала. Можно ли отправлять материалы без WP: SUL ? Как это сработает? Я предполагаю отправлять содержимое по электронной почте на адрес электронной почты для отправки или аналогичный. Может ли кто-нибудь быть редактором без WP: SUL ? Я полагаю, что нет проблем с использованием этой учетной записи для выполнения обязанностей WP: JAN (зачисляются ли редакторы копий?). -Узуме ( разговор ) 00:45, 6 января 2021 (UTC)
@ Uzume : На данный момент мы почти не делаем рекламы, поэтому, вероятно, 50% заявок поступают от людей, у которых уже есть интерес к Википедии. Я подозреваю, что по мере того, как журналы становятся более зрелыми, оригинальные исследовательские статьи будут составлять все большую долю как вариант бесплатной публикации в открытом доступе. А также смесь обзоров и оригинальных исследований. Действительно хорошие вопросы по вопросу универсального входа в систему. Раньше у нас были люди, отправляющие материалы по электронной почте , поэтому мы могли легко получить файл wikimarkup (ранее ppl отправляли файлы latex и docx, которые нам позже приходилось просить их конвертировать или конвертировать для них). Возможно, что пользователь может создать действительную вторую учетную запись ( WP: VALIDALT ) и уведомить проверяющего пользователя (WP: ALTACCN ), если бы они использовали эту учетную запись только для отправки и редактирования статьи под своим настоящим именем, и держали бы ее полностью отдельно от любых действий, связанных с их существующей основной псевдонимной учетной записью. Т.Шафи (Evo & Evo) выступление 05:15, 8 января 2021 г. (UTC)

Ошибка шаблона [ править ]

Привет, E & e! Я вижу, что вы регулярно изменяли шаблон {{Шаблон: Академическая экспертная оценка}}. Можете ли вы взглянуть и посмотреть, сможете ли вы исправить ошибку, которую сейчас выкидывает? Это также отображается на странице документации. Спасибо! MeegsC ( разговор ) 18:54, 12 января 2021 (UTC)

Редактирование новости 2021 №1 [ править ]

Прочтите это на другом языке • Список подписок на этот информационный бюллетень

Инструмент ответа [ править ]

Коэффициенты заполнения комментариев, сделанных с помощью инструмента "Ответить" и редактирования полностраничного вики-текста. Подробности и ограничения находятся в этом отчете .

Инструмент « Ответить» доступен в большинстве других Википедий.

  • Ответить инструмент был развернут как отказ из предпочтений всех редакторов на арабском, чешском и венгерском википедии.
  • Он также доступен в качестве бета-функции почти во всех Википедиях, за исключением Википедии на английском, русском и немецком языках. Если его нет в вашей вики, вы можете запросить его, следуя этим простым инструкциям .

Примечания к исследованию:

  • По состоянию на январь 2021 года более 3500 редакторов использовали инструмент «Ответить», чтобы опубликовать около 70000 комментариев .
  • Есть предварительные данные из арабской, чешской и венгерской Википедии об инструменте «Ответить». Младшие участники , использующие инструмент «Ответ», с большей вероятностью опубликуют комментарии, которые они начинают писать, чем те, кто использует полностраничное редактирование вики-текста. [1]
  • Команды редактирования и анализа значительно сократили количество правок, влияющих на другие части страницы. Около 0,3% правок сделали это за последний месяц. [2] Некоторые из оставшихся изменений являются автоматическими исправлениями для Special: LintErrors .
  • Скоро начнется большой A / B-тест . [3] Это часть процесса предоставления всем возможности инструмента «Ответить». Во время этого теста у половины всех редакторов в 24 Википедии ( не считая английской Википедии) автоматически будет включен инструмент «Ответить», а у половины - нет. Редакторы этих Википедий по-прежнему могут включать и выключать его для своих учетных записей в разделе « Особые: настройки» .

Новый инструмент обсуждения [ править ]

Скриншот прототипа New Discussion Tool версии 1.0 .

Новый инструмент для начала новых обсуждений (новые разделы) присоединится к инструментам обсуждения в Special: Preferences # mw-prefsection-betafeatures в конце января. Вы можете попробовать инструмент на себе. [4] Вы можете оставить отзыв в этой теме или на странице обсуждения.

Далее: Уведомления [ редактировать ]

Во время консультации по страницам обсуждения 2019 редакторы заявили, что должно быть легче узнавать о новых действиях в беседах, которые им интересны. Проект уведомлений только начинается. Что поможет вам узнавать о новых комментариях? Что работает с текущей системой? На какие страницы вашей вики следует обратить внимание команде? Пожалуйста, разместите свой совет на сайте mw: Talk: Обсуждение страниц проекта / Уведомления .

- Whatamidoing (WMF) ( обсуждение ) 01:02, 23 января 2021 г. (UTC)

Вопросы о COVID [ править ]

Привет, Томас, я только начал читать дезинформацию, связанную с пандемией COVID-19 в Китае , где я вижу, например, это исследование [5], указанное как пример дезинформации, распространяемой правительством Китая, на основе этих ссылок [6] [7] [8] [9] . Во-первых, на ваш взгляд, проверяется ли статья «Биобезопасность и здоровье»? И, во-вторых, достаточно ли критики газет / индустрии, чтобы классифицировать это как дезинформацию? Извините, я здесь немного не в себе. - Даруэ ( разговор ) 21:12, 2 февраля 2021 г. (UTC)

@ Darouet : Наверное, стоит спросить на WT: WikiProject COVID-19 . Мое первое впечатление таково, что кажется, что факты исследования особо не подвергаются сомнению, а их интерпретация и последующее использование при принятии решений. В этом смысле использование этих последующих ссылок, вероятно, разумно (некоторые, кажется, ссылаются на отчет ВОЗ по этому вопросу, какой из TBH был бы лучшим источником). Что касается первой ссылки, вероятно, было бы лучше включить эту , в которой есть целый раздел обзора «Замороженные продукты и транспортировка холодовой цепи». Однако похоже, что за последнюю неделю на его странице обсуждения было много общих дебатов по поводу контента, которые также могут иметь отношение. Надеюсь, это поможет! Т.Шафи (Evo& Evo) talk 03:43, 5 февраля 2021 (UTC)

Номинация на раздачу товаров - Успешно [ править ]

Футболка Wikimeida!

Привет, эволюция и эволюционируемость,

Вы были успешно номинированы на получение бесплатной футболки от Фонда Викимедиа в рамках нашей программы раздачи товаров . Поздравляем и благодарим вас за ваш тяжелый труд! Напишите нам по адресу merchandise @wikimedia.org, и мы вышлем вам полную информацию о том, как получить бесплатную рубашку. Спасибо!

От имени программы бесплатных раздач

- Вермонт ( разговорное ) 00:24, 6 февраля 2021 г. (UTC)

Биоподобные структуры [ править ]

Здравствуй. Прошу прощения за беспокойство, но если вы не возражаете, я хотел бы попросить вас об одолжении. Недавно я сделал « черновик » статьи о структурах, описанных советским микробиологом В.О. Калиненко. Если найдете время, не могли бы вы его проверить, пожалуйста? Поскольку вы опытный пользователь Википедии, а также эксперт в области биохимии и эволюционной биологии, мне действительно интересно ваше мнение. Также, пожалуйста, не стесняйтесь вносить некоторые изменения, дополнения и корректировки, если это применимо. Большое спасибо. - Пиночет ( разговор ) 13:30, 8 февраля 2021 г. (UTC)

@ Пиночет : Никаких проблем! Я ответил в разговоре с пользователем: Mrjulesd , так как я нашел там существующее обсуждение и, вероятно, целесообразно централизовать. Т.Шафи (Evo & Evo) выступление 02:48, 9 февраля 2021 г. (UTC)
Спасибо за ответ, я ценю это. Некоторые российские статьи доступны в Интернете, см .: Биоподобные структуры , - Можно ли сделать амебу? , - Нет, амебу сделать нельзя! . На самом деле Калиненко не «наблюдал» за структурами в дистиллированной воде, а «добывал» их под действием электрического тока. Насколько мне известно, эти утверждения не подвергались сомнению; проблема заключалась в том, что это за структуры на самом деле. Что касается «хвостатых ракет», после проверки некоторых источников я почти уверен, что они должны были описывать форму, напоминающую «хвостатую» комету.. Я действительно чувствовал, что вся эта информация заслуживает отдельной статьи в Википедии (два первичных источника и четыре вторичных источника), но теперь, похоже, это не так. Поэтому я решил сдаться. В любом случае, еще раз большое спасибо. С уважением, - Пиночет ( разговор ) 11:35, 9 февраля 2021 (UTC)

об этом изображении [ редактировать ]

На диаграмме показано эволюционное развитие подсемейства CYP21A.

Привет, эволюция и эволюционируемость!

Вы сделали так много фотографий о генетике и геномике, поэтому я хотел бы попросить вас помочь улучшить этот образ.

Я нарисовал эту картинку, используя программу рисования системы Windows. Мотивация проистекает из рис. 1 этого обзора [1], где упоминается, что человек и мышь инактивировали CYP21A1 и CYP21A2 в псевдогены соответственно.

Несколько месяцев спустя я добавил STK19 и TNXB в восходящий и нисходящий поток, которые удвоились в одном и том же событии тандемного повтора, а затем деактивировали одну копию.

Думаю, есть как минимум два аспекта, чтобы улучшить эту картину ：

  1. Раскрасьте гены и псевдогены соответственно.
  2. Добавьте вышестоящие и нижележащие гены, не повторяющиеся в MHC III, чтобы указать, что это событие произошло только в этих четырех сегментах генов (~ 80kbp).

У меня есть еще две проблемы ：

  1. TNXA и STK19. Эти два псевдогена инактивируются в одном или двух случаях? Поэтому я не отмечал неактивные на этих двух псевдогенах.
  2. В NCBI крысином гене Cyp21a1 [2] в геномном контексте я не могу найти крысиные CYP21A2P, C4B или TNXB. Это случай потери гена или отсутствие аннотации?

В общем, я думаю, что это хороший пример для объяснения генетического синтенического анализа. - Htmlzycq ( выступление ) 08:15, 9 февраля 2021 г. (UTC)

Рекомендации

  1. ^ Неберт, DW; Нельсон, Д.Р .; Адесник, М; Кун, MJ; Estabrook, RW; Gonzalez, FJ; Guengerich, FP; Gunsalus, IC; Джонсон, EF; Кемпер, Б. (январь 1989 г.). «Суперсемейство P450: обновленный список всех генов и рекомендуемая номенклатура хромосомных локусов». ДНК (Мэри Энн Либерт, Inc.) . 8 (1): 1–13. DOI : 10.1089 / dna.1.1989.8.1 . PMID  2651058 .
  2. ^ "Cyp21a1 цитохром P450, семейство 21, подсемейство a, полипептид 1 [Rattus norvegicus (норвежская крыса)] - Ген - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov .


@ Htmlzycq : Спасибо, что подняли эту тему ! Это было бы особенно полезно для статьи о Synteny . Несколько предложений:
  • Цвет обычно помогает таким изображениям. Я рекомендую не усложнять, поэтому:
    • Либо простой зеленый для активных генов, серый для неактивных (подчеркивает аспект псевдогенизации)
    • Или 4 цвета для каждого набора генов (возможно, зеленый, зелено-синий, синий, сине-фиолетовый в качестве эстетического спектра, поскольку мы не пытаемся выделить отдельные гены, а только порядок); затем облегченная версия этого цвета для псевдогенов (также подчеркивается аспект дублирования)
  • Я неоднозначно отношусь к включению вышестоящего и нижнего гена. В некотором смысле это может сделать дублирование более четким, но также добавляет дополнительные. Если фланкирующие гены включены, то, вероятно, будет работать поддержание их в соответствии с цветовой схемой промежуточных генов, чтобы выделить их, и, возможно, включение «a» и «b» в дублированные
  • Вертикальные стрелки, вероятно, должны идти от строки 2-> 3 и строки 2-> 4 (не 3-> 4), поскольку а) и человек, и мышь, произошедшие от общего предка, будут иметь полный набор из 8, а не человек, эволюционировавший от мышь, и б) неясно, в каком порядке произошла псевдогенизация.
  • Чтобы узнать, были ли TNXA и STK19 инактивированы один или два раза, вероятно, потребуется некоторая филогенетика нескольких других родственных видов (чтобы увидеть, у какого предка произошла инактивация) и посмотреть, какие мутации инактивировали каждый из них ( например, если это преждевременный стоп-кодон в том же месте, то, скорее всего, это было единичное событие)
  • Насчет крысы сказать сложно. Вы правы, что в нем могут просто отсутствовать аннотации (я заметил в этой таблице , что существует множество вариантов того, были ли обнаружены ортологи cyp21a). Лучше всего было бы загрузить последовательность региона и выполнить несколько парных выравниваний для проверки и, возможно, выполнить более чувствительный поиск BLAST.
  • Возможно, стоит сохранить его как файл .svg, чтобы его было легче редактировать.
Таков мой мыслительный процесс для предложений. Надеюсь, это интересные идеи! Я буду рад посмотреть на него еще раз, если вы обновите его. Т.Шафи (Evo & Evo) выступление 08:44, 10 февраля 2021 г. (UTC)


Спасибо за ответ, мой родной язык не английский, поэтому может быть какое-то недоразумение.

Я только что загрузил тестовую версию гена с цветом, которая добавляет черту между геномом предков и потомками, чтобы уменьшить непонимание. Поскольку я не могу редактировать изображения SVG, я не могу их использовать.

у свиньи имеется только одна копия STK / C4 / CYP21 / TNX, фланкированная геном DXO и ATF6B.

у крупного рогатого скота есть три C4-подобных гена и один CYP21-подобный псевдоген (LOC101904057).

Это заставляет меня задаться вопросом, в каком поколении общего предка имел место этот тандем, Euarchontoglires ? - Htmlzycq ( разговор ) 12:07, 10 февраля 2021 г. (UTC)

Проконсультировавшись с другими вышестоящими и нижележащими генами CYP21 Euarchontoglires, я пессимистично обнаружил, что тандемные повторы STK / C4 / CYP21 / TNX в геномах мыши и человека могут быть двумя независимыми событиями, а не происходить от общего предка.
У Rattus rattus (черная крыса) , Peromyscus leucopus (белоногая мышь) и Oryctolagus cuniculus (кролик) имеется только одна копия STK / C4 / CYP21 / TNX.
У Cricetulus griseus (китайский хомяк) есть одна копия TNX ниже по течению.
В геномах некоторых обезьян есть родственные псевдогены, такие как CYP21A1P у зеленой обезьяны и CYP21A1 у макаки-резус , в то время как у мартышек с белыми хохолками есть одна копия STK / C4 / CYP21 / TNX.

Похоже, что есть два независимых эволюционных события, одно произошло у общего предка обезьян Старого Света, а другое - совсем недавний предок мыши, хотя совпадение, что stk19b и tnxa, а не stk19a и tnxb, стали псевдогенами в обоих человек и мышь. - Htmlzycq ( разговор ) 09:57, 14 февраля 2021 г. (UTC)


Привет, эволюция и эволюционируемость!

Примерно в то время, когда произошла дупликация этого гена (STK / C4 / CYP21 / TNX) в геноме мыши. Только одна копия была обнаружена в геноме Mus caroli и два гена C4 ( LOC110335909 и LOC115062505 ) в геноме Mus pahari , с разрывом в сборке генома между ними. Если эти три гена (CYP21 / TNX / STK19) может появиться в этом зазоре, это может быть объяснено , что это повторяется событие произошло в общем предка Mus Musculus и Мус Пахари мышей, а не общий предок всех Mus рода включая Mus Caroli ?

Но, к моему разочарованию, эта гипотеза не соответствует нынешней таксономии Mus , Mus musculus и Mus caroli, принадлежащих к подроду Mus , Mus pahari относятся к подроду Coelomys . - Htmlzycq ( обсуждение ) 04:20, 24 февраля 2021 г. (UTC)

Номинация на быстрое исключение категории: WikiJournal of Psychology, Psychiatry and Behavioral Sciences [ править ]

В категории: WikiJournal of Psychology, Psychiatry and Behavioral Sciences был помещен тег с просьбой о его скорейшем удалении из Wikipedia. Это было сделано в рамках раздела С1 критериев для быстрого удаления , потому что категория была пуста в течение семи дней или больше , и это не категория неоднозначности , категория редирект , признаки категория темы , обсуждаемые в Категории для обсуждения или категория проекта, которая по своей природе может иногда становиться пустой.

Если вы считаете, что эту страницу не следует удалять по этой причине, вы можете оспорить номинацию , посетив страницу и нажав кнопку с надписью «Оценить это быстрое удаление». Это даст вам возможность объяснить, почему вы считаете, что страницу не следует удалять. Однако имейте в виду, что после того, как страница помечена для быстрого удаления, она может быть удалена без промедления. Пожалуйста, не удаляйте тег быстрого удаления со страницы самостоятельно, но не стесняйтесь добавлять информацию в соответствии с политиками и рекомендациями Википедии . L iz Read! Разговаривать! 16:14, 13 февраля 2021 г. (UTC)

@ Лиз : Не беспокойся. Он начнет быть заполнены в следующем месяце, но я понимаю , если он должен быть создан только один раз элемент готов быть место в. T.Shafee (Эво и Эво) Обсуждение 1:49, 14 февраля 2021 (UTC)

Проблемы цитирования каталитической триады [ править ]

Всем привет! Я видел несколько тегов, требующих цитирования, в вашей хорошо отредактированной статье о каталитической триаде, добавленной редактором. Некоторые теги могут быть тривиальными, а могут и нет, но я видел, как тегами ставятся целые абзацы. Поскольку (я полагаю) вы являетесь экспертом в этой теме, мы были бы признательны, если бы вы позаботились об этом. Я прекрасно понимаю, что вы можете быть заняты, так что не торопитесь. Ваше здоровье! Wretchskull ( разговор ) 21:09, 21 февраля 2021 (UTC)

@ Wretchskull : Спасибо, что позвонили мне - должно быть, я пропустил их в моем списке наблюдения. Я попробую проработать их на этой неделе! T.Shafee (Evo и Evo) Обсуждение 23:59, 21 февраля 2021 (UTC)

Listeriabot [ править ]

Привет, я видел твой пост на странице обсуждения Магнуса. Если я правильно понял, хотите ли вы легко и быстро узнать, как пользоваться списком Викиданных и Listeriabot? Если так, то я написал справочную страницу для каталонской википедии (ну, я все еще работаю над этим). У меня была такая же проблема, потому что документация в списке викиданных ужасна. Единственная проблема ... это на каталонском. Вы можете попробовать прочитать или запросить перевод у мистера Google (неплохо на каталонско-английском). См. Ca: Ajuda: Llistes_automàtiques и спросите меня, если что-то сложно понять. Надеюсь, вы сочтете это полезным. Салют ! - Амадальварес ( разговор ) 18:24, 23 февраля 2021 (UTC)

@ Амадальварес : Грасис за сообщение! Ваше резюме хорошо организовано (мне особенно нравится диаграмма в статье в разделе ubiquem la llista automàtica . К сожалению, мне также нужна информация о том, как активировать listeriabot в новой вики (например, если вы разместите {{Wikidata list}}... {{Wikidata list end}}в викиверситете, ничего не произойдет, потому что бот там не активен ( пример ). T.Shafee (Evo & Evo) talk 03:03, 24 февраля 2021 (UTC)
Аааа. Техническая настройка!. Извините, это не мое поле. Похоже, что боты должны быть авторизованы администратором для работы в WP (я не знаю, как это сделать). Может быть, у вас будет лучший ответ от администратора enwiki. Я постараюсь найти кого-нибудь в кавики. Удачи !. - Амадальварес ( разговор ) 05:09, 24 февраля 2021 г. (UTC)
Извините, вы администратор викиверситета? Амадальварес ( разговорное ) 05:32, 24 февраля 2021 (UTC)
НОВОСТИ: Я изменил invoke на Listeriabot, потому что он сменил сервер несколько месяцев назад. См .: wikiversity: special: diff / 2262433 , я также внес незначительные изменения в ваш SPARQL, потому что оставил WHERE. Теперь запускается ListeriaBot. Однако не дает результатов, так как запрос был неверным. Я тестирую его в cawiki, и он работает хорошо, но не в моей песочнице викиверситета . Мы ближе к решению .... Амадальварес ( разговор ) 06:59, 24 февраля 2021 (UTC)
@ Амадальварес : Спасибо, что посмотрели на это вместе со мной. Я также добавил официальное приложение для разрешения ботов в Викиверситет ( ссылка ). Я не знаю, работает ли бот с викиверситетом из-за того, что у него еще нет разрешений для бота, или в самом коде бота есть какой-то файл , который нужно отредактировать. Т.Шафи (Evo & Evo) выступление 11:23, 24 февраля 2021 г. (UTC)