Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
«Новый вариант коронавируса» перенаправляется сюда. Информацию о последних видах коронавируса см. В разделе « Новый коронавирус» и « Коронавирус» .
Часть серии о
COVID-19 пандемия
SARS-CoV-2 без фона.png
График
2019 г.

2020 г.

2021 г.

Локации
  • По континентам
  • Транспортным способом
  • Случаи
  • Летальные исходы
Международный ответ
  • Ответ Европейского Союза
  • Эвакуации
  • Маски для лица
  • Международная помощь
  • Блокировки
  • Национальные ответы
    • Индия
    • Новая Зеландия
    • Филиппины
    • Россия
    • Швеция
    • Великобритания
    • нас
  • Протесты
    • нас
  • Ограничения на путешествия
  • Объединенные Нации
  • Всемирная организация здоровья
Медицинский ответ
  • Тестирование на заболевание
  • COVID-19 прививки
    • CanSino
    • Гамалея
    • Джонсон и Джонсон
    • Moderna
    • Оксфорд – АстраЗенека
    • Pfizer – BioNTech
    • Sinopharm
    • Sinovac
    • Бхарат Биотех
  • Разработка лекарств
  • Перепрофилирование лекарств
  • Варианты SARS-CoV-2
Влияние
  • Социально-экономический
  • Преступление
    • Ирландия
  • Показатели смертности по странам
  • Инвалидность
  • Домашнее насилие
  • Экономическая
    • Канада
    • Индия
    • Ирландия
    • Новая Зеландия
    • Великобритания
    • нас
    • Рецессия
  • Экстренная эвакуация
  • Среда
  • Поддельные методы лечения
  • Финансовые рынки
  • Продовольственная безопасность
  • Больницы
  • Язык
  • Длительный уход
  • Миграция
  • Дезинформация
    • Правительства
    • Соединенные Штаты
    • Китай
  • Военный
  • Другие проблемы со здоровьем
  • Политика
    • Ирландия
  • Беременность
  • Тюрьмы
  • Религия
    • католическая церковь
    • Хадж
  • Наука и технология
  • Социальное
    • Новая Зеландия
    • Ирландия
    • Великобритания
    • нас
  • Забастовки
  • Ксенофобия и расизм
  • Известные смерти
  • По отраслям
  • Искусство и культура
  • Авиация
  • Каннабис
  • Кинотеатр
    • фильмы
  • Образование
    • Ирландия
    • объединенное Королевство
  • Отмена мероприятий
  • Мода
  • Еда
    • Канадское мясо
    • Мясо США
  • Журналистика
  • Музыка
  • Исполнительское искусство
  • Розничная торговля
  • Спортивный
    • Ирландия
  • Телевидение
    • нас
  • Туризм
  • Видеоигры
 Портал COVID-19
  • v
  • т
  • е
Воспроизвести медиа
Положительные, отрицательные и нейтральные мутации в ходе эволюции коронавирусов, таких как SARS-CoV-2.

Коронавирус 2 тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV-2), вирус, вызывающий коронавирусную болезнь 2019 (COVID-19), имеет множество вариантов ; некоторые из них имеют или считались особенно важными. В этой статье обсуждаются такие известные варианты SARS-CoV-2 , а также обсуждаются заметные миссенс-мутации, обнаруженные в некоторых или во всех из этих вариантов.

Последовательность WIV04 / 2019 , принадлежащая к кладе GISAID S / к линии PANGO A / к кладе Nextstrain 19B, как полагают, наиболее точно отражает последовательность исходного вируса, инфицирующего людей, известную как «последовательность ноль», и широко упоминается как таковая. и используется как эталонная последовательность. [1]

Обзорная таблица [ править ]

Первое обнаружениеСистема номенклатуры PANGO LineagesДругие именаЗаметные мутацииДоказательства клинических изменений [примечание 1]РаспространятьRef.
Место расположенияДатаТрансмиссивностьВирулентностьАнтигенность
 НигерияАвгуст 2020 г.B.1.1.207P681H---Локализованный[2]
 объединенное КоролевствоСентябрь 2020B.1.1.7VOC-202012/01, 20I / 501Y.V1N501Y, 69–70del, P681HПовышено ~ 50% ( NERVTAG )Потенциально на 30% больше смертельного исхода ( NERVTAG )Признаки якобы сниженной антигенной активности ( ECDC )Глобальный[2] [3] [4] [5]
 ДанияОктябрь 2020-Кластер 5 , ΔFVI-пик ( SSI )Y453F, 69–70deltaHV--Умеренно пониженная чувствительность к нейтрализующим антителам ( ВОЗ )Вероятно, вымершие[6] [7] [8]
 Южная АфрикаДекабрь 2020B.1.351501.V2, 20H / 501Y.V2,
VOC -202012/02		N501Y, K417N, E484KПовышен на 50% ( ECDC )-Снижение антигенности на 21%, но эффективная нейтрализация ( ECDC )Международный[2] [9] [10] [3] [11] [12] [13]
 Япония Бразилия
 		Янв.2021 г.Стр.1Потомок B.1.1.28, VOC -202101/02N501Y, E484K, K417TВероятно увеличено ( CDC )На 10–80% больше летальности ( CADDE )Общее снижение эффективной нейтрализации ( ECDC )Международный[10] [14] [15] [16] [13] [3] [17]
 Соединенное Королевство Нигерия
 		Декабрь 2020B.1.525VUI-202102/03 (PHE), ранее UK1188E484K, F888L--«Умеренно» пониженная нейтрализация ( COG-UK )Международный[18] [19] [20]
Примечания
  1. ^ «-» означает, что не удалось найти никаких надежных источников для цитирования.

Номенклатура [ править ]

SARS-CoV-2 соответствующие номенклатуры [21]
Линии ПАНГО (см. Предложение по номенклатуре, Природа )Примечания к линиям передачи PANGO (см. Alm et al. )Клады следующего сорта , 2021 год [22]GISAID кладыИзвестные варианты
A.1 – A.619BSсодержит «ссылочную последовательность» WIV04 / 2019 [1]
B.3 – B.7 , B.9 , B.10 , B.13 – B.1619АL
О [а]
БИ 2V
B.1B.1.5 – B.1.7220АграммLineage B.1 в номенклатурной системе PANGO Lineages
B.1.9 , B.1.13 , B.1.22 , B.1.26 , B.1.37GH
B.1.3 – B.1.6620CВключает CAL.20C [23]
20GПреобладает в США в целом, январь '21 [23]
20чВключает B.1.351, также известную как 20H / 501Y.V2 или 501.V2.
B.1.120BGRВключает B.1.1.207
20DВключает P.1 и P.2 [24]
20F
20IВключает линию B.1.1.7 aka VOC-202012/01 или 20I / 501Y.V1
B.1.17720E (EU1) [22]GV [a]Получено из 20A [22]

Для SARS-CoV-2 не существует согласованной номенклатуры. [26] В разговорной речи, в том числе правительствами и новостными организациями, варианты, касающиеся вариантов, часто упоминаются страной, в которой они были впервые обнаружены, [27] [28] [29], но с января 2021 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) работает над «стандартной номенклатурой вариантов SARS-CoV-2 , которая не указывает географическое положение». [30]

Хотя существует много тысяч вариантов SARS-CoV-2, [31] подтипы вируса могут быть объединены в более крупные группы, такие как линии или ветви . [b] Были предложены три основные, обычно используемые номенклатуры [26] :

  • По состоянию на январь 2021 года GISAID - относящийся к SARS-CoV-2 как hCoV-19 [32] - выявил восемь глобальных клад (S, O, L, V, G, GH, GR и GV). [33]
  • В 2017 году Hadfield et al. анонсировал Nextstrain , предназначенный «для отслеживания эволюции патогенов в реальном времени». [34] Nextstrain позже был использован для отслеживания SARS-CoV-2, выявив 11 основных клад [c] (19A, 19B и 20A – 20I) по состоянию на январь 2021 года . [35]
  • В 2020 году Рамбаут и др. группы разработчиков программного обеспечения Филогенетического присвоения названных глобальных линий вспышек (PANGOLIN) [36] предложили в статье [37] «динамическую номенклатуру линий передачи SARS-CoV-2, которая фокусируется на линиях, активно циркулирующих вирусом, и тех, которые распространяются в новые места». ; [26] по состоянию на февраль 2021 года было идентифицировано шесть основных линий передачи (A, B, B.1, B.1.1, B.1.177, B.1.1.7). [38] [39]

Каждый национальный институт общественного здравоохранения может также установить свою собственную систему номенклатуры для отслеживания конкретных вариантов. Например, Служба общественного здравоохранения Англии будет обозначать каждый отслеживаемый вариант годом, месяцем и числом в формате [ГГГГ] [ММ] / [NN], добавляя префикс «VUI» или «VOC» для варианта, находящегося на рассмотрении, или варианта, вызывающего озабоченность, соответственно. . [18]

Критерии известности [ править ]

Вирусы обычно со временем приобретают мутации, что приводит к появлению новых вариантов. Когда в популяции появляется новый вариант, его можно обозначить как «появляющийся вариант».

Вот некоторые из возможных последствий возникающих вариантов: [2] [40]

  • Повышенная проницаемость
  • Повышенная заболеваемость
  • Повышенная смертность
  • Возможность уклоняться от обнаружения диагностическими тестами
  • Сниженная восприимчивость к противовирусным препаратам (если и когда такие препараты доступны)
  • Снижение восприимчивости к нейтрализующим антителам, либо терапевтическим (например, плазма выздоравливающих или моноклональные антитела), либо в лабораторных экспериментах
  • Способность избежать естественного иммунитета (например, вызвать повторное заражение)
  • Возможность заражения вакцинированных лиц
  • Повышенный риск определенных состояний, таких как мультисистемный воспалительный синдром или длительный COVID .
  • Повышенное сродство к определенным демографическим или клиническим группам, таким как дети или люди с ослабленным иммунитетом.

Варианты, которые соответствуют одному или нескольким из этих критериев, могут быть помечены как «исследуемые варианты» или «представляющие интерес варианты» в ожидании проверки и подтверждения этих свойств. После утверждения «исследуемый / представляющий интерес вариант» может быть переименован в « вариант, вызывающий озабоченность » контролирующими организациями, такими как CDC. [41] [42]

Известные варианты [ править ]

Кластер 5 [ править ]

Основная статья: Кластер 5

В начале ноября 2020 года кластер 5 , также называемый Датским государственным институтом сывороток (SSI) [6] как ΔFVI-spike, был обнаружен в Северной Ютландии , Дания , и считается, что он был передан от норок людям через норковые фермы. . 4 ноября 2020 года было объявлено, что популяция норок в Дании будет уничтожена, чтобы предотвратить возможное распространение этой мутации и снизить риск возникновения новых мутаций. В семи муниципалитетах Северной Ютландии были введены изоляция и ограничения на поездки, чтобы предотвратить распространение мутации, которая может поставить под угрозу национальныеили международные меры реагирования на пандемию COVID-19 . К 5 ноября 2020 года было выявлено около 214 случаев заражения норками среди людей. [43]

Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) заявила , что кластер 5 имеет «умеренно пониженную чувствительность к нейтрализующих антител». [7] SSI предупредила, что мутация может снизить эффект разрабатываемых вакцин против COVID-19 , хотя вряд ли сделает их бесполезными. После блокировки и массового тестирования 19 ноября 2020 года SSI объявила, что кластер 5, по всей вероятности, вымер. [8] По состоянию на 1 февраля 2021 года авторы рецензируемой статьи, все из которых были из SSI, оценили, что кластер 5 не используется в человеческой популяции. [44]

Lineage B.1.1.207 [ править ]

Первая последовательность в августе 2020 года в Нигерии , [45] последствие для передачи и вирулентностей неясны , но было перечислено в качестве нового варианта в США Центров по контролю и профилактике заболеваний . [2] Этот вариант, созданный Африканским центром передового опыта в области геномики инфекционных заболеваний в Нигерии, имеет мутацию P681H, общую с британской линией B.1.1.7 . У него нет других мутаций с Lineage B.1.1.7, и по состоянию на конец декабря 2020 года этот вариант составляет около 1% вирусных геномов, секвенированных в Нигерии, хотя эта цифра может возрасти. [45]

Lineage B.1.1.7 / вариант, вызывающий озабоченность, 01.01.2020 [ править ]

Основная статья: Lineage B.1.1.7
Ложных цвета трансмиссионных электронный микроскоп из B.1.1.7 варианта коронавируса. Считается, что повышенная трансмиссивность этого варианта связана с изменениями в структуре белков-шипов, показанных здесь зеленым цветом.

Впервые обнаружен в октябре 2020 года во время пандемии COVID-19 в Соединенном Королевстве из образца, взятого в предыдущем месяце, [46] Линия B.1.1.7 , [47] ранее была известна как первый вариант, находящийся на рассмотрении в декабре 2020 года (VUI - 202012/01) [48], а также как линия B.1.1.7 или 20I / 501Y.V1 (ранее 20B / 501Y.V1). [49] [50] [2] С тех пор шансы его распространенности удваивались каждые 6,5 дней, предполагаемый интервал между поколениями. [51] [52] Это коррелирует со значительным увеличением частоты заражения COVID-19 в Соединенном Королевстве , частично связанным с N501Y.мутация. Есть некоторые свидетельства того, что этот вариант имеет на 40–80% повышенную трансмиссивность (при этом большинство оценок находится в диапазоне от среднего до верхнего предела этого диапазона) [53], и ранние анализы предполагают увеличение летальности. [4] [54]

Вариант озабоченности 202102/02 [ править ]

Обеспокоенный вариант 202102/02 ( VOC -202102/02), описанный Общественным здравоохранением Англии (PHE) как «B.1.1.7 с E484K» [18], принадлежит к той же линии в системе классификации Рамбо, но имеет дополнительный E484K мутация. По состоянию на 18 февраля 2021 года в Великобритании зарегистрировано 26 подтвержденных случаев ЛОС -202102/02. [18] 4 марта 2021 года в штате Орегон ученые сообщили о B.1.1.7 с мутациями E484K . В 13 проанализированных тестовых образцах у одного была эта комбинация, которая, по-видимому, возникла спонтанно и локально, а не была импортирована. [55] [56] [57]

Lineage B.1.1.317 [ править ]

В то время как B.1.1.317 не считается вариантом, вызывающим беспокойство , Queensland Health вынудил 2 человек , проходящих карантин в отеле в Брисбене , Австралия, пройти дополнительный 5-дневный карантин в дополнение к обязательным 14 дням после того, как было подтверждено, что они были инфицированы этим вариантом. . [58]

Lineage B.1.1.318 [ править ]

Линия B.1.1.318 была обозначена PHE как VUI (VUI-202102/04) 24 февраля 2021 года. В Великобритании было обнаружено 16 таких случаев. [59] [60]

Lineage B.1.351 [ править ]

Основная статья: вариант 501.V2

18 декабря 2020 года вариант 501.V2 , также известный как 501.V2, 20H / 501Y.V2 (ранее 20C / 501Y.V2), VOC -202012/02 (PHE) или линия B.1.351, [2] был впервые обнаружен в Южной Африке, о чем сообщило министерство здравоохранения страны . [61] Исследователи и официальные лица сообщили, что распространенность этого варианта была выше среди молодых людей без основных заболеваний, и по сравнению с другими вариантами в этих случаях он чаще приводил к серьезным заболеваниям. [62] [63] Департамент здравоохранения Южной Африки также указал, что этот вариант может стать причиной второй волны эпидемии COVID-19 в стране.из-за того, что этот вариант распространяется более быстрыми темпами, чем другие более ранние варианты вируса. [61] [62]

Ученые отметили, что этот вариант содержит несколько мутаций, которые позволяют ему легче прикрепляться к клеткам человека из-за следующих трех мутаций в рецепторсвязывающем домене (RBD) шипового гликопротеина вируса: N501Y , [61] [64] K417N , и E484K . [9] [65] Мутация N501Y также была обнаружена в Великобритании. [61] [66]

Lineage B.1.429 / CAL.20C [ править ]

CAL.20C, также известный как линия B.1.429, определяется пятью различными мутациями (I4205V и D1183Y в гене ORF1ab и S13I, W152C, L452R в S-гене шипованных белков), из которых L452R (ранее также обнаружены в других не связанных родословных линиях) вызывали особую озабоченность. [23] [67] CAL.20C, возможно, более трансмиссивен, но для подтверждения этого необходимы дальнейшие исследования. [67] Впервые он был замечен в июле 2020 года исследователями Медицинского центра Сидарс-Синай , Калифорния , в одном из 1230 образцов вируса, собранных в округе Лос-Анджелес с начала эпидемии COVID-19 . [68]Он не был обнаружен снова до сентября, когда он снова появился среди образцов в Калифорнии, но численность оставалась очень низкой до ноября. [69] [70] В ноябре 2020 года на вариант CAL.20C приходилось 36 процентов проб, собранных в Cedars-Sinai Medical Center, а к январю 2021 года на вариант CAL.20C приходилось 50 процентов проб. [67] В совместном пресс - релизе Калифорнийского университета, Сан - Франциско , штат Калифорния департамента здравоохранения и департамента округа Санта - Клара общественного здравоохранения , [71]вариант также был обнаружен во многих округах Северной Калифорнии. С ноября по декабрь 2020 года частота этого варианта в секвенированных случаях из Северной Калифорнии выросла с 3% до 25%. [72] В препринте CAL.20C описывается как принадлежащий к кладе 20C и составляющий примерно 36% образцов, в то время как новый вариант из клады 20G составляет около 24% образцов в исследовании, сосредоточенном на Южной Калифорнии. Обратите внимание, однако, что в США в целом по состоянию на январь 2021 года преобладает клада 20G. [23] После увеличения количества CAL.20C в Калифорнии, этот вариант с разной частотой обнаруживался в большинстве штатов США. Небольшие количества были обнаружены в других странах Северной Америки, а также в Европе, Азии и Австралии. [69][70]

Lineage B.1.525 [ править ]

B.1.525, называемый также VUI -202102/03 Англии общественного здравоохранения (PHE) и ранее известный как UK1188, [18] не несет те же мутации N501Y найдены в B.1.1.7 , 501.V2 и Р.1 , но несет ту же мутацию E484K, что и в вариантах P.1, P.2 и 501.V2, а также несет ту же делецию ΔH69 / ΔV70 (делеция аминокислот гистидина и валина в положениях 69 и 70) как указано в B.1.1.7, вариант N439K (B.1.141 и B.1.258) и вариант Y453F ( кластер 5 ). [73] B.1.525 отличается от всех других вариантов наличием как мутации E484K, так и новой мутации F888L (замена фенилаланина(F) с лейцином (L) в домене S2 белка-шипа). По состоянию на 5 марта он был обнаружен в 23 странах, в том числе в Великобритании , Дании , Финляндии , Норвегии , Нидерландах , Бельгии , Франции , Испании , Нигерии , Гане , Иордании , Японии , Сингапуре , Австралии , Канаде , Германии , Италии , Словении. , Австрия , Малайзия, Швейцарии , Ирландии и США . [74] [75] [76] [20] [77] [78] [79] Кроме того , был сообщен в Майотт , в зарубежном отделе / регион из Франции . [74] Первые случаи были выявлены в декабре 2020 года в Великобритании и Нигерии, и по состоянию на 15 февраля это происходило с наибольшей частотой среди выборок в последней стране. [20] По состоянию на 24 февраля в Великобритании было обнаружено 56 случаев. [18]Дания, которая отслеживает все свои случаи COVID-19, обнаружила 113 случаев этого варианта с 14 января по 21 февраля, семь из которых были напрямую связаны с зарубежными поездками в Нигерию. [75]

Британские эксперты изучают его, чтобы понять, насколько это может быть рискованно. В настоящее время этот вариант рассматривается как «исследуемый вариант», но в ожидании дальнейшего изучения он может стать « вариантом, вызывающим озабоченность ». Профессор Рави Гупта , из Кембриджского университета обратился к BBC и сказал B.1.525 появились иметь «значительные мутации» уже видели в некоторых других новых вариантов, которые частично обнадеживает , поскольку их возможный эффект в некоторой степени более предсказуемым. [19]

Lineage P.1 [ править ]

Основная статья: Lineage P.1

Линия P.1, названная Общественным здравоохранением Англии [18] « Вариант озабоченности 202101/02» [18] и 20J / 501Y.V3 компанией Nextstrain , [80] [81], была обнаружена в Токио 6 января 2021 г. Национальным институтом инфекционных заболеваний ( НИИД). Новая линия была впервые идентифицирована у четырех человек, прибывших в Токио из бразильского штата Амазонас 2 января 2021 года. [82] 12 января 2021 года Бразильско-британский центр CADDE подтвердил 13 местных случаев новой линии P.1. в тропическом лесу Амазонки. [15]Этот вариант SARS-CoV-2 был назван родословной P.1 (хотя он является потомком B.1.1.28, имя B.1.1.28.1 не разрешено и, следовательно, результирующее имя - P.1), и имеет 17 уникальных аминокислотных изменений, 10 из которых в его белке-шипе, включая три относящиеся к мутациям: N501Y , E484K и K417T. [15] [83] [84]

Новая линия отсутствовала в образцах, собранных с марта по ноябрь 2020 года в Манаусе, штат Амазонас , но была обнаружена для того же города в 42% образцов с 15 по 23 декабря 2020 года, за которыми следовали 52,2% в период с 15 по 31 декабря и 85,4% в течение 1-9 января 2021 года. [15] Отдельное бразильское исследование выявило еще одну подлинию линии B.1.1.28, циркулирующую в штате Рио-де-Жанейро , теперь называемую линией P.2, [85] которая питает мутация E484K, но не мутации N501Y и K417T. [86] [87] Линия передачи P.2 развивалась независимо в Рио-де-Жанейро, не будучи напрямую связана с линией P.1 из Манауса. [15]

Исследование показало, что инфекции P.1 могут вызывать почти в 10 раз большую вирусную нагрузку по сравнению с людьми, инфицированными одной из других бразильских линий (B.1.1.28 или B.1.195). P.1 также показал в 2,2 раза более высокую трансмиссивность с одинаковой способностью инфицировать как взрослых, так и пожилых людей, предполагая, что линии P.1 более успешны при заражении молодых людей без гендерных различий. [88]

Исследование образцов, собранных в Манаусе в период с ноября 2020 года по январь 2021 года, показало, что линия P.1 в 1,4–2,2 раза более передаема и способна уклоняться от 25–61% унаследованного иммунитета от предыдущих коронавирусных заболеваний, что приводит к возможность повторного заражения после выздоровления от перенесенной ранее инфекции COVID-19. Что касается коэффициента летальности, было обнаружено, что инфекции P.1 смертельнее на 10–80%. [89] [90] [17]

Исследование вакцины показало, что у полностью вакцинированных Pfizer и Moderna людей значительно снизился нейтрализующий эффект против P.1, а это означает, что вакцинированный человек будет подвергаться более высокому риску заражения легкой инфекцией P.1, но при этом будет на 100% защищен от возможной госпитализации или смерти. . [91]

Известные миссенс-мутации [ править ]

D614G [ править ]

Распространенность D614G в 2020 году согласно последовательностям в базе данных GISAID [92]

D614G - это миссенс-мутация, которая влияет на спайковый белок SARS-CoV-2. Частота этой мутации в вирусной популяции увеличилась во время пандемии. G ( глицин ) заменил D ( аспарагиновую кислоту ) в позиции 614 во многих странах, особенно в Европе, хотя медленнее в Китае и остальной части Восточной Азии, подтверждая гипотезу о том, что G увеличивает скорость передачи, что согласуется с более высокими вирусными титрами. и инфекционность in vitro. [1] Исследователи PANGOLIN назвали эту мутацию «Дуг». [93]

В июле 2020 года сообщалось, что более заразный вариант SARS-CoV-2 D614G стал доминирующей формой пандемии. [94] [95] [96] [97] PHE подтвердил, что мутация D614G имела «умеренное влияние на трансмиссивность» и отслеживалась на международном уровне. [98]

Глобальная распространенность D614G коррелирует с распространенностью потери обоняния ( аносмии ) как симптома COVID-19, возможно, опосредованного более высоким связыванием RBD с рецептором ACE2 или более высокой стабильностью белка и, следовательно, более высокой инфекционностью обонятельного эпителия . [99]

Варианты, содержащие мутацию D614G, были обнаружены в кладе G GISAID [1] и кладе B.1 инструментом PANGOLIN. [1]

E484K [ править ]

Название мутации, E484K, относится к обмену, при котором глутаминовая кислота (E) заменяется лизином (K) в положении 484. [100] Она получила прозвище «Eeek». [93]

Сообщается, что E484K является мутацией ускользания (т.е. мутацией, которая улучшает способность вируса уклоняться от иммунной системы хозяина [101] [102] ) по крайней мере одной формы моноклонального антитела против SARS-CoV-2, что указывает на то, что быть «возможным изменением антигенности ». [12] П.1. линия, описанная в Японии и Манаусе [15], линия P.2 (также известная как линия B.1.1.248, Бразилия) [86] и 501.V2 (Южная Африка) демонстрируют эту мутацию. [12] Также было обнаружено ограниченное количество геномов B.1.1.7 с мутацией E484K. [103]Сообщается, что моноклональные и сывороточные антитела в 10-60 раз менее эффективны в нейтрализации вируса, несущего мутацию E484K. [104] [13] 2 февраля 2021 года ученые-медики из Соединенного Королевства сообщили об обнаружении E484K в 11 образцах (из 214 000 образцов), мутации, которая может поставить под угрозу текущую эффективность вакцины. [105] [106]

N501Y [ править ]

N501Y означает замену аспарагина (N) на тирозин (Y) в аминокислотном положении 501. [98] N501Y получил прозвище «Нелли». [93]

Такое изменение , как полагают PHE , чтобы увеличить аффинность связывания из - за его позиции внутри спайка гликопротеина «с доменом связывания рецептора , который связывается Ace2 в клетках человека; данные также подтверждают гипотезу об увеличении аффинности связывания в результате этого изменения. [107] Варианты с N501Y включают P.1 (Бразилия / Япония), [12] [15] Вариант, вызывающий озабоченность 202012/01 (Великобритания), 501.V2 (Южная Африка) и COH.20G / 501Y ( Колумбус, Огайо). ). Последний стал доминирующей формой вируса в Колумбусе в конце декабря 2020 года и в январе и, по-видимому, развился независимо от других вариантов. [108] [109]

S477G / N [ редактировать ]

В нескольких исследованиях с помощью биоинформатических и статистических методов была идентифицирована очень гибкая область в рецептор-связывающем домене (RBD) SARS-CoV-2, начиная с остатка 475 и заканчивая остатком 485. Университет Граца [110] и биотехнологическая компания Innophore [111] показали в недавней публикации, что структурно позиция S477 демонстрирует самую высокую гибкость среди них. [112]

В то же время, S477 до сих пор является наиболее часто обмениваемым аминокислотным остатком в RBD мутантов SARS-CoV-2. Используя моделирование молекулярной динамики RBD во время процесса связывания с hACE2, было показано, что как S477G, так и S477N усиливают связывание шипа SARS-COV-2 с рецептором hACE2. Разработчик вакцины BioNTech [113] упомянул об этом обмене аминокислот как о важном для будущего дизайна вакцины в препринте, опубликованном в феврале 2021 года. [114]

P681H [ редактировать ]

Распространенность P681H в 2020 году согласно последовательностям в базе данных GISAID [92]

В январе 2021 года ученые сообщили в препринте, что мутация «P681H», характерная черта значимых новых вариантов SARS-CoV-2, обнаруженных в Великобритании (B.1.1.7) и Нигерии (B.1.1.207), демонстрирует значительный экспоненциальный рост частоты в мире, аналогично распространенному сейчас во всем мире «D614G». [115] [92]

Обнаружение и оценка новых вариантов [ править ]

26 января 2021 года британское правительство заявило, что поделится своими возможностями геномного секвенирования с другими странами, чтобы увеличить скорость геномного секвенирования и отслеживать новые варианты, и объявило о «Новой платформе оценки вариантов». [116] По состоянию на январь 2021 года более половины всего геномного секвенирования COVID-19 проводилось в Великобритании. [117]

Происхождение вариантов [ править ]

Исследователи предположили, что множественные мутации могут возникать в ходе персистирующей инфекции пациента с ослабленным иммунитетом , особенно когда вирус развивает ускользающие мутации под давлением отбора антител или лечения выздоравливающей плазмой [118] [119] с такими же делециями на поверхности. антигены, неоднократно повторяющиеся у разных пациентов. [120]

Дифференциальная эффективность вакцины [ править ]

См. Также: вакцина против COVID-19 § Эффективность
Дополнительная информация: вариант 501.V2 § Уклонение от вакцинации.

По состоянию на февраль 2021 года Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США считает, что все вакцины, разрешенные FDA, по-прежнему эффективны для защиты от циркулирующих штаммов SARS-CoV-2. [121] Первые результаты предполагают защиту британского варианта вакцинами Pfizer и Moderna [122] и коваксином . [123]

Вариант 501.V2 [ править ]

Moderna начала испытания новой вакцины против южноафриканского варианта 501.V2 (также известного как B.1.351). [124] 17 февраля 2021 года компания Pfizer объявила о снижении нейтрализующей активности на две трети для варианта 501.V2, при этом заявив, что никаких заявлений об эффективности вакцины в профилактике заболеваний для этого варианта пока не может быть сделано. [125]

В январе компания Johnson & Johnson, которая проводила испытания своей вакцины Ad26.COV2.S в Южной Африке, сообщила, что уровень защиты от умеренной и тяжелой инфекции COVID-19 составил 72% в США и 57% в Южной Африке. [126]

6 февраля 2021 года Financial Times сообщила, что предварительные данные исследования, проведенного Университетом Витватерсранда в Южной Африке совместно с Оксфордским университетом, продемонстрировали снижение эффективности вакцины Oxford – AstraZeneca COVID-19 против варианта 501.V2 . [127] Исследование показало, что при размере выборки в 2000 вакцина AZD1222 обеспечивала лишь «минимальную защиту» во всех случаях COVID-19, кроме самых тяжелых. [128] 7 февраля 2021 г. министр здравоохранениядля Южной Африки приостановили запланированное развертывание около 1 миллиона доз вакцины, пока они изучают данные и ждут совета относительно дальнейших действий. [129] [130]

Анализ [ править ]

BMJ сообщил следующие статистические данные об эффективности вакцины для вызывающих озабоченность вариантов : [131]

ВариантЭффективность данных испытаний [131]
Оксфорд-АстраЗенекаPfizer-BIONTECHModerna-NIHСпутник VНовавакс
Симптоматический COVID-1982,4%95%94,5%91,6%95,6%
B.1.1.774,6%НеизвестныйСообщается о снижении нейтрализующих антителНеизвестный85,6%
B.1.351Сообщено ~ 10%НеизвестныйНеизвестныйНеизвестный60%
Стр.1-----

См. Также [ править ]

  • RaTG13 , ближайший известный родственник SARS-CoV-2
  • Профилактика пандемии § Эпиднадзор и картирование

Ссылки [ править ]

Пояснительные примечания
  1. ^ a b В другом источнике GISAID называет набор из 7 клад без клады O, но включая кладу GV. [25]
  2. ^ Согласно ВОЗ, «[1] звенья или клады могут быть определены на основе вирусов, имеющих общего филогенетически определенного предка». [26]
  3. ^ По состоянию на январь 2021 года, по крайней мере, один из следующих критериев должен быть удовлетворен, чтобы считаться кладой в системе Nextstrain (цитата из источника): [22]
    1. Клады достигают> 20% глобальной частоты в течение 2 или более месяцев.
    2. Клада достигает> 30% региональной частоты в течение 2 или более месяцев.
    3. Признан VOC («вариант, вызывающий беспокойство») (в настоящее время [6 января 2021 г.] применяется к 501Y.V1 и 501Y.V2)
Источники
  1. ^ a b c d e Жукова, Анна; Блассель, Люк; Лемуан, Фредерик; Морель, Мари; Возница, Якуб; Гаскуэль, Оливье (24 ноября 2020 г.). «Происхождение, эволюция и глобальное распространение SARS-CoV-2» . Comptes Rendus Biologies : 1–20. DOI : 10,5802 / crbiol.29 . PMID  33274614 .
  2. ^ Б с д е е г CDC. «Новые варианты SARS-CoV-2» . Центры по контролю и профилактике заболеваний . Проверено 4 января 2021 года . Эта статья включает текст из этого источника, который находится в общественном достоянии .
  3. ^ a b c ECDC (21 января 2021 г.). «Риск, связанный с распространением новых вызывающих озабоченность вариантов SARS-CoV-2 в ЕС / ЕЭЗ - первое обновление» (PDF) . Европейский центр профилактики и контроля заболеваний . Проверено 2 февраля 2021 года .
  4. ^ a b Галлахер, Джеймс (22 января 2021 г.). «Коронавирус: британский вариант« может быть более смертоносным » » . BBC News . Проверено 22 января 2021 года .
  5. ^ Чанд и др. , «Возможное воздействие варианта шипа N501Y» (стр. 6).
  6. ^ a b Лассоньер, Риа (11 ноября 2020 г.). «Спайковые мутации SARS-CoV-2, возникающие у датской норки и их распространение на человека» . Statens Serum Institut. Архивировано 10 ноября 2020 года . Проверено 11 ноября 2020 .
  7. ^ a b «Штамм, ассоциированный с норкой SARS-CoV-2 - Дания» . Всемирная организация здравоохранения . 6 ноября 2020 . Проверено 16 января 2021 года .
  8. ^ a b «De fleste restriktioner lempes i Nordjylland» [большинство ограничений ослаблено в Северной Ютландии]. Sundheds- og Ældreministeriet. 19 ноября 2020 . Проверено 16 января 2021 года . Sekventeringen после положительного результата просмотра samtidig, и der ikke er påvist yderligere tilflde af minkvariant med cluster 5 siden den 15. сентябрь, hvorfor Statens Serums Institut vurderer, at denne option med stor sandsynlighed er døet ud. («С большой долей вероятности [...] вымерли»)
  9. ^ a b Лоу, Дерек (22 декабря 2020 г.). «Новые мутации» . В трубопроводе . Американская ассоциация развития науки . Проверено 23 декабря 2020 года . Я должен отметить здесь, что в Южной Африке есть еще одно напряжение, которое вызывает аналогичные опасения. У этого есть восемь мутаций в белке Spike, три из которых (K417N, E484K и N501Y) могут иметь некоторую функциональную роль.
  10. ^ a b Купфершмидт, Кай (15 января 2021 г.). «Новые варианты коронавируса могут вызвать больше повторных инфекций, потребуют обновленных вакцин» . Наука . Американская ассоциация развития науки. DOI : 10.1126 / science.abg6028 . Проверено 2 февраля 2021 года .
  11. ^ «Варианты и мутации коронавируса: наука объяснила» . BBC News . 6 января 2021 . Проверено 2 февраля 2021 года .
  12. ^ a b c d «Краткий отчет: новый вариант штамма SARS-CoV-2, обнаруженный у путешественников из Бразилии» (PDF) (пресс-релиз). Япония: NIID (Национальный институт инфекционных болезней). 12 января 2021 . Проверено 14 января 2021 года .
  13. ^ a b c Купфершмидт, Кай (22 января 2021 г.). «Новые мутации вызывают призрак« иммунного побега » » . Наука . 371 (6527): 329–330. DOI : 10.1126 / science.371.6527.329 . PMID 33479129 . Проверено 25 января 2021 года . 
  14. ^ Волоч, Каролина М .; и другие. (2020). Полный текст «Геномная характеристика новой линии передачи SARS-CoV-2 из Рио-де-Жанейро, Бразилия» (см. Рисунок 5). Проверено 15 января 2021 г. doi : 10.1101 / 2020.12.23.20248598 - через medRxiv .
  15. ^ a b c d e f g "Геномная характеристика новой линии передачи SARS-CoV-2 в Манаусе: предварительные результаты" . Вирусологический . 12 января 2021 . Проверено 23 января 2021 года .
  16. ↑ Ловетт, Сэмюэл (14 января 2021 г.). «Что мы знаем о новом бразильском варианте коронавируса» . Независимый . Лондон . Проверено 14 января 2021 года .
  17. ^ а б Фариа, Нуно; Меллан, Томас (27 февраля 2021 г.). «Геномика и эпидемиология новой линии передачи SARS-CoV-2 в Манаусе, Бразилия» (PDF) . Github . Проверено 2 марта 2021 года .
  18. ^ a b c d e f g Общественное здравоохранение Англии (18 февраля 2021 г.). «Варианты: распределение данных по делам» . GOV.UK . Проверено 18 февраля 2021 года .
  19. ^ Б Робертс, Мишель (16 февраля 2021). «Еще один новый вариант коронавируса, замеченный в Великобритании» . Редактор здоровья. BBC NEWS . Проверено 16 февраля 2021 года .
  20. ^ a b c "B.1.525" . Группа Рамбаут, Эдинбургский университет . ПАНГО Линии. 15 февраля 2021 . Проверено 16 февраля 2021 года .
  21. ^ Эта таблица является адаптацией и расширением Alm et al. , Рисунок 1.
  22. ^ a b c d Бедфорд, Тревор; Ходкрофт, Эмма Б; Неер, Ричард А. (6 января 2021 г.). «Обновленная стратегия именования кладов Nextstrain SARS-CoV-2» . nextstrain.org/blog . Проверено 19 января 2021 года .
  23. ^ a b c d Чжан, Вэньцзюань; Дэвис, Брайан Д .; Chen, Stephanie S .; Мартинес, Хорхе М. Синкуир; Plummer, Jasmine T .; Вейл, Эрик (2021). «Появление нового штамма SARS-CoV-2 в Южной Калифорнии, США» . DOI : 10.1101 / 2021.01.18.21249786 . S2CID 231646931 .  Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  24. ^ PANGO lineages-Lineage B.1.1.28 cov-lineages.org , по состоянию на 4 февраля 2021 г.
  25. ^ "кладовое дерево (от 'Номенклатура кладов и родословных')" . www.gisaid.org . 4 июля 2020 . Проверено 7 января 2021 года .
  26. ^ a b c d Штаб-квартира ВОЗ (8 января 2021 г.). «3.6 Соображения по поводу наименования и номенклатуры вирусов». SARS-коронавирус-2 геномного секвенирования для целей общественного здравоохранения: Временное руководство, 8 января 2021 . Всемирная организация здоровья. п. 6 . Проверено 2 февраля 2021 года .
  27. ^ «Не называйте это« британским вариантом ». Используйте правильное имя: B.1.1.7 " . СТАТ . 9 февраля 2021 . Проверено 12 февраля 2021 года .
  28. Рианна Фланаган, Райан (2 февраля 2021 г.). «Почему ВОЗ не назовет это« британским вариантом », и вам тоже не следует» . Коронавирус . Проверено 12 февраля 2021 года .
  29. ^ Список источников, использующих имена, относящиеся к стране, в которой варианты были впервые обнаружены, см., Например, в Talk: Южноафриканский вариант COVID и Talk: UK Coronavirus option .
  30. ^ Всемирная организация здравоохранения (15 января 2021 г.). «Заявление о шестом заседании Комитета по чрезвычайным ситуациям Международных медико-санитарных правил (2005 г.) в связи с пандемией коронавирусного заболевания (COVID-19)» . Проверено 18 января 2021 года .
  31. ↑ Кояма, Такахико; Платт, Дэниел; Парида, Лакшми (июнь 2020 г.). «Вариантный анализ геномов SARS-CoV-2» . Бюллетень Всемирной организации здравоохранения . 98 (7): 495–504. DOI : 10.2471 / BLT.20.253591 . PMC 7375210 . PMID 32742035 . Мы обнаружили в общей сложности 65776 вариантов с 5775 различными вариантами.  
  32. ^ Alm, E .; Broberg, EK; Коннор, Т .; Hodcroft, EB; Комиссаров, АБ; Maurer-Stroh, S .; Melidou, A .; Neher, RA; О'Тул, Айн; Переяслов, Д .; Лаборатории секвенирования Европейского региона ВОЗ и группа GISAID EpiCoV; и другие. (2020). «Географическое и временное распространение кладов SARS-CoV-2 в Европейском регионе ВОЗ, январь – июнь 2020 г.» . Европейское наблюдение . 25 (32). DOI : 10.2807 / 1560-7917.ES.2020.25.32.2001410 . PMC 7427299 . PMID 32794443 .  
  33. ^ «Глобальная филогения, обновленная Nextstrain» . GISAID. 18 января 2021 . Проверено 19 января 2021 года .
  34. ^ Hadfield, J .; Мегилл, К; Белл, С.М. Huddleston, J .; Поттер, Б .; Каллендер, К. (май 2018 г.). «Nextstrain: отслеживание эволюции патогенов в реальном времени» . Биоинформатика . 34 (23): 4121–4123. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bty407 . PMC 6247931 . PMID 29790939 .  CS1 maint: multiple names: authors list (link)
    Препринт: ——— (ноябрь 2017 г.). «Nextstrain: отслеживание эволюции патогенов в реальном времени» . DOI : 10.1101 / 224048 . S2CID 196637131 - через bioRxiv .  Cite journal requires |journal= (help)CS1 maint: numeric names: authors list (link)
  35. ^ "Nextclade" (Какие клады?) . clades.nextstrain.org . Архивировано 19 января 2021 года . Проверено 19 января 2021 года .
  36. ^ «cov-lineages / pangolin: Программный пакет для присвоения последовательностей генома SARS-CoV-2 глобальным линиям» . Github . Проверено 2 января 2021 года .
  37. ^ Rambaut, A .; Холмс, ЕС; О'Тул, Б .; и другие. (2020). «Предложение по динамической номенклатуре для линий SARS-CoV-2 в помощь геномной эпидемиологии» . Природная микробиология . 5 (11): 1403–1407. DOI : 10.1038 / s41564-020-0770-5 . PMID 32669681 . S2CID 220544096 .  Цитируется у Alm et al.
  38. ^ "Происхождение" . cov-lineages.org . Проверено 24 декабря 2020 года .
  39. ^ «Приложение: предложение динамической номенклатуры для линий SARS-CoV-2 в помощь геномной эпидемиологии» . Природная микробиология . 15 июля 2020 г. doi : 10.1038 / s41564-021-00872-5 . Проверено 3 марта 2021 года .
  40. ^ Участник, IDSA (2 февраля 2021 г.). «Мега-вариант COVID» и восемь критериев для шаблона для оценки всех вариантов » . Наука говорит: Global ID News . Проверено 20 февраля 2021 года .
  41. ^ «Варианты: распределение данных по делам» . GOV.UK . 28 января 2021 г. В разделе «Различия между вариантом, вызывающим озабоченность, и вариантом, находящимся на рассмотрении» . Проверено 19 февраля 2021 года . Варианты SARS-CoV-2, если считается, что они обладают эпидемиологическими, иммунологическими или патогенными свойствами, подлежат официальному расследованию. На этом этапе они обозначены как Variant Under Investigation (VUI) с годом, месяцем и номером. После оценки рисков с соответствующим экспертным комитетом они могут быть обозначены как вызывающий озабоченность вариант (VOC).
  42. ^ Гриффитс, Эмма; Таннер, Дженнифер; Нокс, Натали; Сяо, Уилл; Ван Домселаар, Гэри (15 января 2021 г.). «Промежуточные рекомендации CanCOGeN по именованию, выявлению и сообщению о вызывающих озабоченность вариантах SARS-CoV-2» (PDF) . CanCOGeN (nccid.ca) . Проверено 25 февраля 2021 года .
  43. ^ «Обнаружение новых вариантов SARS-CoV-2, связанных с норкой» (PDF) . Европейский центр профилактики и контроля заболеваний . 12 ноября 2020 . Проверено 12 ноября 2020 .
  44. ^ Ларсен, Хелле Даугард; Фонагер, Янник; Ломхольт, Фредерикке Кристенсен; Долби, Тайн; Бенедетти, Гвидо; Кристенсен, Брайан; Урт, Тинна Равнхольт; Расмуссен, Мортен; Лассоньер, Риа; Расмуссен, Томас Бруун; Strandbygaard, Бертель (4 февраля 2021 г.). «Предварительный отчет о вспышке SARS-CoV-2 у фермеров, выращивающих норку и норку, связанной с распространением среди населения, Дания, июнь-ноябрь 2020 года» . Евронаблюдение . 26 (5). DOI : 10.2807 / 1560-7917.ES.2021.26.5.210009 . ISSN 1025-496X . PMC 7863232 . PMID 33541485 .   
  45. ^ a b «Обнаружение варианта белка шипа SARS-CoV-2 P681H в Нигерии» . Вирусологический . 23 декабря 2020 . Проверено 1 января 2021 года .
  46. ^ «Covid: Ирландия, Италия, Бельгия и Нидерланды запрещают полеты из Великобритании» . BBC News . 20 декабря 2020.
  47. ^ Чанд, Мира; Хопкинс, Сьюзен; Дабрера, Гэвин; Ахисон, Кристина; Барклай, Венди; Фергюсон, Нил; Волц, Эрик; Ломан, Ник; Рамбаут, Андрей; Барретт, Джефф (21 декабря 2020 г.). Расследование нового варианта SARS-COV-2: вариант, вызывающий озабоченность 202012/01 (PDF) (Отчет). Общественное здравоохранение Англии . Проверено 23 декабря 2020 года .
  48. ^ «PHE исследует новый штамм COVID-19» . Общественное здравоохранение Англии (PHE). 14 декабря 2020.
  49. ^ Рамбаут, Эндрю; Ломан, Ник; Пибус, Оливер; Барклай, Венди; Барретт, Джефф; Карабелли, Алесандро; Коннор, Том; Павлин, Том; Л. Робертсон, Дэвид; Том, Эрик (2020). Предварительная геномная характеристика зарождающейся линии SARS-CoV-2 в Великобритании, определяемой новым набором спайковых мутаций (Отчет). Написано от имени Консорциума геномики COVID-19 в Великобритании . Проверено 20 декабря 2020 .CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  50. ^ Kupferschmidt, Kai (20 декабря 2020). «Мутантный коронавирус в Соединенном Королевстве вызывает тревогу, но его важность остается неясной» . Science Mag . Проверено 21 декабря 2020 года .
  51. ^ «Новые данные о VUI-202012/01 и обзор оценки риска для здоровья населения» . khub.net . 15 декабря 2020.
  52. ^ "COG-UK Showcase Event - YouTube" . YouTube . Проверено 25 декабря 2020 года .
  53. ^ «Предполагаемая передаваемость и серьезность нового SARS-CoV-2, вариант, вызывающий озабоченность 202012/01 в Англии» . Репозиторий CMMID. 23 декабря 2020 . Проверено 24 января 2021 г. - через GitHub .
    Цитируется в Европейском центре профилактики и контроля заболеваний (ECDC) (21 января 2021 г.). «Риск, связанный с распространением новых вызывающих озабоченность вариантов SARS-CoV-2 в ЕС / ЕЭЗ - первое обновление» (PDF) . Стокгольм: ECDC. п. 9 . Проверено 24 января 2021 года .
  54. ^ Питер Hörby, Кэтрин Хантли, Ник Дэвис, Джон Edmunds, Нил Фергюсон, Грэм Medley, Эндрю Хейворд, Муге Чевик, Calum Семпл (11 февраля 2021). «Документ NERVTAG по варианту COVID-19, вызывающему озабоченность B.1.1.7: обновленная информация NERVTAG о серьезности B.1.1.7 (2021-02-11)» (PDF) . www.gov.uk . CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  55. ^ Mandavilli, Apoorva (5 марта 2021). «В Орегоне ученые находят вариант вируса с тревожной мутацией - в одном образце генетики обнаружили версию коронавируса, впервые идентифицированную в Великобритании, с мутацией, первоначально зарегистрированной в Южной Африке» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 6 марта 2021 года .
  56. ^ Чен, Рита E .; и другие. (4 марта 2021 г.). «Устойчивость вариантов SARS-CoV-2 к нейтрализации моноклональными и поликлональными антителами сывороточного происхождения» . Природная медицина . DOI : 10.1038 / s41591-021-01294-ш . Проверено 6 марта 2021 года .
  57. ^ «B.1.1.7 Происхождение с отчетом S: E484K» . outbreak.info . 5 марта 2021 . Проверено 7 марта 2021 года .
  58. ^ «Путешественникам из Квинсленда продлили карантин в отелях после обнаружения российского варианта коронавируса» . www.abc.net.au . 3 марта 2021 . Проверено 3 марта 2021 года .
  59. ^ Варианты, вызывающие озабоченность, или находящиеся в стадии расследования: данные до 3 марта 2021 г. 4 марта 2021 г. www.gov.uk , по состоянию на 5 марта 2021 г.
  60. ^ Последнее обновление: новый вариант находится в стадии расследования, назначенный в Великобритании 4 марта 2021 г. www.gov.uk , по состоянию на 5 марта 2021 г.
  61. ^ a b c d «Южная Африка объявляет о новом варианте коронавируса» . Нью-Йорк Таймс . 18 декабря 2020 . Проверено 20 декабря 2020 .
  62. ^ а б Рутон, Лесли; Беарак, Макс (18 декабря 2020 г.). «Южная Африка коронавирус: Вторая волна подпитывается новым штаммом, подростков„бушуют фестивалей “ » . Вашингтон Пост . Проверено 20 декабря 2020 .
  63. ^ Mkhize, Dr Zwelini (18 декабря 2020). «Обновленная информация о Covid-19 (18 декабря 2020 г.)» (пресс-релиз). Южная Африка. COVID-19 Южноафриканский онлайн-портал . Проверено 23 декабря 2020 года . Наши врачи также предупредили нас, что все изменилось и что молодые, ранее здоровые люди теперь серьезно заболевают.
  64. ^ Абдул Карим Салим С. (19 декабря 2020). «2-я волна Covid-19 в Южной Африке: передаваемость и вариант 501.V2, 11-й слайд» . www.scribd.com.
  65. ^ «Заявление Рабочей группы ВОЗ по моделям COVID-19 на животных (WHO-COM) о новых вариантах SARS-CoV-2 в Великобритании и Южной Африке» (PDF) . Всемирная организация здравоохранения . 22 декабря 2020 . Проверено 23 декабря 2020 года .
  66. ^ «Новая комбинация мутаций в сайте связывания рецептора шипа» (пресс-релиз). GISAID . 21 декабря 2020 . Проверено 23 декабря 2020 года .
  67. ^ a b c «Новый калифорнийский вариант может привести к всплеску вируса, результаты исследования предполагают» . Нью-Йорк Таймс . 19 января 2021 г.
  68. ^ «Местный штамм COVID-19 обнаружен у более чем одной трети пациентов Лос-Анджелеса» . новости мудрые (пресс-релиз). Калифорния: Медицинский центр Cedars Sinai. 19 января 2021 . Проверено 3 марта 2021 года .
  69. ^ a b "B.1.429" . Группа Рамбаут, Эдинбургский университет . ПАНГО Линии. 15 февраля 2021 . Проверено 16 февраля 2021 года .
  70. ^ a b "Отчет о происхождении B.1.429" . Scripps Research . outbreak.info. 15 февраля 2021 . Проверено 16 февраля 2021 года .
  71. ^ «Вариант COVID-19, впервые обнаруженный в других странах и штатах, теперь чаще встречается в Калифорнии» . www.cdph.ca.gov . Проверено 30 января 2021 года .
  72. ↑ Weise, Карен Вайнтрауб и Элизабет. «Новые штаммы COVID, стремительно распространяющиеся по США, нуждаются в тщательном наблюдении, - говорят ученые» . США СЕГОДНЯ . Проверено 30 января 2021 года .
  73. ^ "Delta-PCR-testen" [Тест Delta PCR] (на датском языке). Statens Serum Institut. 25 февраля 2021 . Проверено 27 февраля 2021 года .
  74. ^ a b «Варианты GISAID hCOV19 (см. пункт меню« G / 484K.V3 (B.1.525) »)» . www.gisaid.org . Проверено 4 марта 2021 года .
  75. ^ a b «Статус рассмотрения тревожных вариантов SARS-CoV-2 (VOC) в Дании» [Статус разработки тревожных вариантов SARS-CoV-2 (VOC) в Дании] (на датском языке). Statens Serum Institut. 27 февраля 2021 . Проверено 27 февраля 2021 года .
  76. ^ "Varianten van het coronavirus SARS-CoV-2" [Варианты коронавируса SARS-CoV-2] (на голландском языке). Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu, RIVM. 16 февраля 2021 . Проверено 16 февраля 2021 года .
  77. ^ «Вариант коронавируса с мутацией, которая« вероятно помогает ему избежать »антител, уже есть как минимум в 11 странах, включая США» . Business Insider. 16 февраля 2021 . Проверено 16 февраля 2021 года .
  78. ^ "En ny option av koronaviruset er oppdaget i Norge. Hva vet vi om den?" [В Норвегии обнаружен новый вариант коронавируса. Что мы о нем знаем?] (На норвежском языке). Aftenposten. 18 февраля 2021 . Проверено 18 февраля 2021 года .
  79. Рианна Каллен, Пол (25 февраля 2021 г.). «Коронавирус: вариант, обнаруженный в Великобритании и Нигерии, впервые обнаружен в штате» . The Irish Times . Проверено 25 февраля 2021 года . Гатавецкайте, Габия (25 февраля 2021 г.). «Первый ирландский случай штамма B1525 Covid-19 подтвержден по мере увеличения числа R» . Ирландский независимый . Проверено 25 февраля 2021 года . МакГлинн, Мишель (25 февраля 2021 г.). «Nphet подтверждает новый вариант B1525, обнаруженный в Ирландии, поскольку 35 случаев смерти и 613 подтвержденных случаев» . Ирландский экзаменатор . Проверено 25 февраля 2021 года .
  80. ^ «Случаи, данные и наблюдение» . Центры по контролю и профилактике заболеваний . 11 февраля 2020 . Проверено 19 февраля 2021 года .
  81. ^ "Варианты SARS-CoV-2" . Центры по контролю и профилактике заболеваний . 31 января 2020 . Проверено 20 февраля 2021 года .
  82. ^ «Япония обнаружила новый вариант коронавируса у путешественников из Бразилии» . Япония сегодня . Япония. 11 января 2021 . Проверено 14 января 2021 года .
  83. ^ Covid-19 Genomics Consortium Великобритании (15 января 2021). «Отчет COG-UK о спайк-мутациях SARS-CoV-2, представляющих интерес в Великобритании» (PDF) . www.cogconsortium.uk . Проверено 25 января 2021 года .
  84. ^ "Отчет P.1" . cov-lineages.org . Проверено 8 февраля 2021 года .
  85. ^ Линии PANGO Lineage P.2 cov-lineages.org , по состоянию на 28 января 2021 г. "P.2 ... Псевдоним B.1.1.28.2, бразильская линия передачи"
  86. ^ a b Волоч, Каролина М .; F, Роналду да Силва; Алмейда, Луис Г.П. де; Cardoso, Cynthia C .; Brustolini, Otavio J .; Гербер, Александра Л .; Гимарайнш, Ана Паула де К .; Мариани, Диана; Коста, Раисса Мирелла да; Феррейра, Орландо К.; Рабочая группа, Covid19-UFRJ (26 декабря 2020 г.). «Геномная характеристика новой линии передачи SARS-CoV-2 из Рио-де-Жанейро, Бразилия» . Le Phare de l'Esperanto . DOI : 10.1101 / 2020.12.23.20248598 . ISSN 2024-8598 . S2CID 229379623 - через MedRxiv.  
  87. ^ Каролина М. Волоч; и другие. (1 марта 2021 г.). «Геномная характеристика новой линии передачи SARS-CoV-2 из Рио-де-Жанейро, Бразилия» (PDF) . Журнал вирусологии (JVI) . DOI : 10,1128 / JVI.00119-21 . Проверено 7 марта 2021 года .
  88. ^ Насименто, Вальдинете; Соуза, Виктор (25 февраля 2021 г.). «Эпидемия COVID-19 в бразильском штате Амазонас была вызвана длительным сохранением эндемичных линий SARS-CoV-2 и недавним появлением нового вызывающего беспокойство варианта P.1» . Площадь исследований. DOI : 10.21203 / rs.3.rs-275494 / v1 . Проверено 2 марта 2021 года .
  89. ^ Андреони, Мануэла; Лондоньо, Эрнесто; Касадо, Летисия (3 марта 2021 г.). «Кризис Covid в Бразилии является предупреждением для всего мира, - говорят ученые - в Бразилии наблюдается рекордное количество смертей и распространяется более заразный вариант коронавируса, который может вызвать повторное заражение» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 3 марта 2021 года .
  90. ↑ Циммер, Карл (1 марта 2021 г.). «Вариант вируса в Бразилии заразил многих, кто уже вылечился от Covid-19. Первые подробные исследования так называемого варианта P.1 показывают, как он опустошил бразильский город. Теперь ученые хотят знать, что он будет делать в другом месте» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 3 марта 2021 года .
  91. ^ Гарсия-Бельтран, Вильфредо; Лам, Эван; Денис, Керри (18 февраля 2021 г.). «Циркулирующие варианты SARS-CoV-2 избегают нейтрализации индуцированным вакциной гуморальным иммунитетом» . medrxiv. DOI : 10.1101 / 2021.02.14.21251704 . Проверено 3 марта 2021 года .
  92. ^ a b c Maison, Дэвид П .; Ching, Lauren L .; Shikuma, Cecilia M .; Неруркар, Вивек Р. (7 января 2021 г.). «Генетические характеристики и филогения последовательности S-гена SARS-CoV-2 длиной 969 пар оснований с Гавайев раскрывают появляющуюся во всем мире мутацию P681H» . bioRxiv: Сервер препринтов по биологии : 2021.01.06.425497. DOI : 10.1101 / 2021.01.06.425497 . PMC 7805472 . PMID 33442699 . Проверено 11 февраля 2021 года .   Доступно по лицензии CC BY 4.0 .
  93. ^ a b c Мандавилли, Апурва; Мюллер, Бенджамин (2 марта 2021 г.). «Почему варианты вирусов имеют такие странные имена» . Нью-Йорк Таймс . ISSN 0362-4331 . Проверено 2 марта 2021 года . 
  94. ^ Schraer, Rachel (18 июля 2020). «Коронавирус: мутации делают его более заразным?» . BBC News . Проверено 3 января 2021 года .
  95. ^ «Новый, более заразный штамм COVID-19 в настоящее время доминирует в глобальных случаях заражения вирусом: исследование» . medicalxpress.com . Архивировано 17 ноября 2020 года . Дата обращения 16 августа 2020 .
  96. ^ Корбер Б., Фишер В.М., Гнанакаран С., Юн Х., Тейлер Дж., Абфальтерер В. и др. (2 июля 2020 г.). «Отслеживание изменений в пике SARS-CoV-2: свидетельство того, что D614G увеличивает инфекционность вируса COVID-19» . Cell . 182 (4): 812–827.e19. DOI : 10.1016 / j.cell.2020.06.043 . ISSN 0092-8674 . PMC 7332439 . PMID 32697968 .   
  97. ^ Вариант SARS-CoV-2 D614G демонстрирует эффективную репликацию ex vivo и передачу in vivo «возникающую замену Asp614 → Gly (D614G) в спайковом гликопротеине штаммов SARS-CoV-2, который в настоящее время является наиболее распространенной формой во всем мире» 18 декабря 2020 г. science.sciencemag.org , по состоянию на 14 января 2021 г. DOI: 10.1126 / science.abe8499
  98. ^ a b Обновленная информация COG-UK о мутациях SARS-CoV-2 Spike, представляющих особый интерес: Отчет 1 (PDF) (Отчет). Консорциум COVID-19 Genomics UK (COG-UK). 20 декабря 2020. с. 7. Архивировано из оригинала (PDF) 25 декабря 2020 года . Проверено 31 декабря 2020 года .
  99. ^ Butowt, R .; Билинская, К .; Фон Бартельд, К. С. (21 октября 2020 г.). «Хемосенсорная дисфункция при COVID-19: интеграция генетических и эпидемиологических данных указывает на вариант белка D614G Spike как способствующий фактор» . ACS Chem Neurosci . 11 (20): 3180–3184. DOI : 10.1021 / acschemneuro.0c00596 . PMC 7581292 . PMID 32997488 .    
  100. ↑ Гринвуд, Майкл (15 января 2021 г.). « « Какие мутации SARS-CoV-2 вызывают беспокойство? »]» . Новости медицинских наук . Проверено 16 января 2021 года .
  101. ^ "избежать мутации" . ВИЧ i-Base . 11 октября 2012 . Проверено 19 февраля 2021 года .
  102. ↑ Мудрый, Жаки (5 февраля 2021 г.). «Covid-19: мутация E484K и риски, которые она несет» . BMJ . 372 : n359. DOI : 10.1136 / bmj.n359 . ISSN 1756-1833 . PMID 33547053 . S2CID 231821685 .   
  103. ^ "Технический брифинг 5" (PDF) . Gov.uk . Общественное здравоохранение Англии. п. 17 . Проверено 2 февраля 2021 года .
  104. ^ Грини, Allison (4 января 2021). «Комплексное картирование мутаций в связывающем домене рецептора SARS-CoV-2, которые влияют на распознавание поликлональными человеческими сывороточными антителами» . DOI : 10.1101 / 2020.12.31.425021 . S2CID 231615359 . Проверено 25 января 2021 года - через bioRxiv.  Cite journal requires |journal= (help)
  105. ^ Rettner, Rachael (2 февраля 2021). «У британского варианта коронавируса развивается мутация, позволяющая избежать вакцинации . В некоторых случаях британский вариант коронавируса развил мутацию под названием E484K, которая может повлиять на эффективность вакцины» . Живая наука . Проверено 2 февраля 2021 года .
  106. ^ Ахенбах, Джоэл; Бут, Уильям (2 февраля 2021 г.). «Вызывающая беспокойство мутация коронавируса наблюдается в британском варианте и в некоторых образцах из США» . Вашингтон Пост . Проверено 2 февраля 2021 года .
  107. ^ Чанд и др. , «Возможное воздействие варианта шипа N501Y» (стр. 6).
  108. ^ Исследователи обнаружили новый вариант вируса COVID-19 в Колумбусе, штат Огайо, 13 января 2021 г., wexnermedical.osu.edu , по состоянию на 16 января 2021 г.
  109. ^ Ту, Хуолинь; Авенариус, Мэтью Р .; Кубатко, Лаура; Хант, Мэтью; Пан, Сяокан; Ру, Пэн; Гари, Джейсон; Томас, Кили; Молер, Питер; Панчоли, Прити; Джонс, Дэн (26 января 2021 г.). «Отчетливые закономерности появления вариантов спайков SARS-CoV-2, включая N501Y, в клинических образцах в Колумбусе, штат Огайо» . bioRxiv : 2021.01.12.426407. DOI : 10.1101 / 2021.01.12.426407 .
  110. ^ "Университет Граца" . www.uni-graz.at . Проверено 22 февраля 2021 года .
  111. ^ «Коронавирус SARS-CoV-2 (ранее известный как коронавирус Ухань и 2019-nCoV) - что мы можем узнать на уровне структурной биоинформатики» . Иннофор . 23 января 2020 . Проверено 22 февраля 2021 года .
  112. ^ Сингх, Амит; Стейнкелльнер, Георг; Кёхль, Катарина; Грубер, Карл; Грубер, Кристиан К. (22 февраля 2021 г.). «Серин 477 играет решающую роль во взаимодействии белка-шипа SARS-CoV-2 с человеческим рецептором ACE2» . Научные отчеты . 11 (1): 4320. DOI : 10.1038 / s41598-021-83761-5 . ISSN 2045-2322 . 
  113. ^ "BioNTech: Мы стремимся индивидуализировать медицину рака" . БиоНТех . Проверено 22 февраля 2021 года .
  114. ^ Шрёрс, Барбара; Гудимелла, Ранганатх; Букур, Томас; Рёслер, Томас; Лёвер, Мартин; Сахин, Угур (4 февраля 2021 г.). «Масштабный анализ мутантов гликопротеина SARS-CoV-2 демонстрирует необходимость постоянного скрининга вирусных изолятов» . bioRxiv . DOI : 10.1101 / 2021.02.04.429765 .
  115. ^ «Исследование показывает, что мутация P681H становится глобальной среди последовательностей SARS-CoV-2» . News-Medical.net . 10 января 2021 . Проверено 11 февраля 2021 года .
  116. ^ Смаут, Алистер (26 января 2021). «Великобритания, чтобы помочь другим странам отслеживать варианты коронавируса» . www.reuters.com . Проверено 27 января 2021 года .
  117. ↑ Доннелли, Лаура (26 января 2021 г.). «Великобритания поможет определить последовательность мутаций Covid по всему миру, чтобы найти новые опасные варианты» . www.telegraph.co.uk . Проверено 28 января 2021 года .
  118. ^ Kupferschmidt, Kai (23 декабря 2020). «Британский вариант подчеркивает роль пациентов с ослабленным иммунитетом в пандемии COVID-19» . Наука .
  119. ↑ Сазерленд, Стефани (23 февраля 2021 г.). «Варианты COVID могут возникать у людей с нарушенной иммунной системой» . Scientific American .
  120. ^ Маккарти, Кевин Р .; Ренник, Линда Дж .; Намбулли, Шам; Робинсон-Маккарти, Линдси Р.; Bain, William G .; Хайдар, Гади; Дюпрекс, У. Пол (3 февраля 2021 г.). «Рецидивирующие делеции в гликопротеине шипа SARS-CoV-2 приводят к побегу антител» . Наука . DOI : 10.1126 / science.abf6950 .
  121. ↑ Комиссар, Управление (23 февраля 2021 г.). «Обновление коронавируса (COVID-19): FDA выпускает политику, направленную на то, чтобы разработчики медицинских продуктов работали с вариантами вирусов» . FDA . Проверено 7 марта 2021 года .
  122. ^ Муик, Александр; Валлиш, Анн-Катрин; Зенгер, Бьянка; Swanson, Kena A .; Мюль, Юлия; Чен, Вэй; Цай, Хуэй; Мавр, Даниил; Саркар, Риту; Тюречи, Озлем; Дормитцер, Филип Р. (29 января 2021 г.). «Нейтрализация псевдовируса линии B.1.1.7 SARS-CoV-2 с помощью сыворотки человека, вызванной вакциной BNT162b2» . Наука : eabg6105. DOI : 10.1126 / science.abg6105 . ISSN 0036-8075 . PMID 33514629 .  
  123. ^ Сапкал, Gajanan N .; Yadav, Pragya D .; Элла, Рэйчс; Deshpande, Gururaj R .; Sahay, Rima R .; Гупта, Ниведита; Мохан, В. Кришна; Авраам, Прия; Панда, Самиран; Бхаргава, Балрам (27 января 2021 г.). "Нейтрализация UK-варианта VUI-202012/01 сывороткой человека, вакцинированной COVAXIN" . bioRxiv : 2021.01.26.426986. DOI : 10.1101 / 2021.01.26.426986 . S2CID 231777157 . 
  124. ^ Kuchler, Ханна (25 января 2021). «Moderna разрабатывает новую вакцину для борьбы с мутантным штаммом Covid» . Financial Times . Проверено 30 января 2021 года .
  125. ^ Лю, Ян; Лю, Цзяньин; Ся, Хунцзе; Чжан, Сяньвэнь; Fontes-Garfias, Camila R .; Swanson, Kena A .; Цай, Хуэй; Саркар, Риту; Чен, Вэй; Катлер, Марк; Купер, Дэвид; Уивер, Скотт С.; Муйк, Александр; Сахин, Угур; Jansen, Kathrin U .; Се, Сюпин; Дормитцер, Филип Р .; Ши, Пей-Юн (17 февраля 2021 г.). «Нейтрализующая активность сыворотки, вызванной BNT162b2 - предварительный отчет» . Медицинский журнал Новой Англии . DOI : 10.1056 / nejmc2102017 . PMID 33596352 . Проверено 25 февраля 2021 года . 
  126. ^ «Johnson & Johnson объявляет о том, что вакцина-кандидат от однократной вакцинации Janssen от COVID-19 достигла основных конечных точек в промежуточном анализе исследования Фазы 3 ENSEMBLE» (пресс-релиз). Джонсон и Джонсон. 29 января 2021 . Проверено 29 января 2021 года .
  127. ^ Фрэнсис, Дерек; Энди, Брюс (6 февраля 2021 г.). «Oxford / AstraZeneca COVID менее эффективен против южноафриканского варианта: исследование» . Рейтер . Проверено 8 февраля 2021 года .
  128. ^ "Южная Африка останавливает укол AstraZeneca по поводу нового штамма" . BBC News . 7 февраля 2021 . Проверено 8 февраля 2021 года .
  129. ^ Бут, Уильям; Джонсон, Кэролайн Ю. (7 февраля 2021 г.). «Южная Африка приостанавливает внедрение вакцины Oxford-AstraZeneca после того, как исследователи сообщают о« минимальной »защите от варианта коронавируса» . Вашингтон Пост . Лондон . Проверено 8 февраля 2021 года . Южная Африка приостановит использование вакцины против коронавируса, разрабатываемой Оксфордским университетом и AstraZeneca, после того, как исследователи обнаружили, что она обеспечивает «минимальную защиту» от легких и умеренных коронавирусных инфекций, вызванных новым вариантом, впервые обнаруженным в этой стране.
  130. ^ «Covid: Южная Африка останавливает внедрение вакцины AstraZeneca по новому варианту» . BBC News . 8 февраля 2021 . Проверено 12 февраля 2021 года .
  131. ^ a b Махасе, Элизабет (2 марта 2021 г.). «Covid-19: где мы находимся по вакцинам и вариантам?» . BMJ . 372 : n597. DOI : 10.1136 / bmj.n597 . ISSN 1756-1833 . PMID 33653708 . S2CID 232093175 .   

Внешние ссылки [ править ]

  • «Коварианты» . CoVariants.org . Проверено 10 февраля 2021 года .
  • «Варианты и мутации коронавируса» . Нью-Йорк Таймс .
  • Корум, Джонатан; Циммер, Карл (18 января 2021 г.). «Внутри варианта коронавируса B.1.1.7» . Нью-Йорк Таймс .