WHAT IF - это компьютерная программа, используемая в широком спектре вычислительных ( in silico ) областей исследования структуры макромолекул. Программное обеспечение предоставляет гибкую среду для отображения, управления и анализа малых и больших молекул , белков , нуклеиновых кислот и их взаимодействий. [1] [2]
Автор (ы) оригинала | Герт Вринд, Крис Сандер , Вольфганг Кабш |
---|---|
Разработчики) | Гронингенский университет ; EMBL , Гейдельберг ; CMBI , Университет Радбауд , Неймеген ; Медицинский центр Университета Радбоуд в Неймегене (Радбоудумк) Фонд ЧТО ЕСЛИ |
Первый выпуск | 6 декабря 1987 г . |
Стабильный выпуск | 6.0 / 2016 |
Написано в | Фортран , C , OpenGL |
Операционная система | Linux |
Платформа | x86 |
Доступно в | английский |
Тип | Молекулярное моделирование |
Лицензия | Проприетарное , условно-бесплатное ПО для ученых |
Веб-сайт | быстрый |
История
Первая версия программного обеспечения WHAT IF была разработана Гертом Вриндом в 1987 году в Университете Гронингена , Гронинген , Нидерланды. [2] Большая часть его разработки произошла в период 1989–2000 годов в Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) в Гейдельберге , Германия. Среди других участников - Крис Сандер и Вольфганг Кабш. [3] По состоянию на 2016 год[Обновить], программное обеспечение поддерживается группой Vriend в Голландском центре молекулярной и биомолекулярной информатики (CMBI) в Неймегене , Нидерланды. Он доступен для внутреннего использования или в качестве веб-ресурса. [4] По состоянию на 2015 г.[Обновить], исходная статья, описывающая ЧТО, ЕСЛИ, цитировалась более 3000 раз.
Программное обеспечение
WHAT IF обеспечивает гибкую среду для отображения, манипулирования и анализа малых молекул , белков, нуклеиновых кислот и их взаимодействий. Одним из наиболее заметных применений было обнаружение многих миллионов ошибок (часто небольших, но иногда катастрофических) в файлах Protein Data Bank (PDB). [5] ЧТО ЕСЛИ также обеспечивает среду для: гомологий моделирования из белковых третичных структур и четвертичных структур ; проверка белковых структур, особенно тех, что депонированы в PDB; коррекция белковых структур; визуализация макромолекул и их партнеров по взаимодействию (например, липидов , лекарств , ионов и воды ) и интерактивное манипулирование макромолекулами.
WHAT IF совместим с несколькими другими пакетами программного обеспечения для биоинформатики , включая YASARA и Jmol . [1]
Смотрите также
- Список систем молекулярной графики
- Редактор молекул
Внешние ссылки
- Официальный веб-сайт
Рекомендации
- ^ a b "ЧТО ЕСЛИ домашняя страница" . Дата обращения 11 августа 2015 .
- ^ а б Вринд, Г. (март 1990 г.). «ЧТО ЕСЛИ: программа молекулярного моделирования и дизайна лекарств». Журнал молекулярной графики . 8 (1): 52–6, 29. doi : 10.1016 / 0263-7855 (90) 80070-v . PMID 2268628 .
- ^ «ЧТО ЕСЛИ - Кто мы?» . Дата обращения 11 августа 2015 .
- ^ Родригес, Р. Китай, G; Lopez, N; Pons, T; Вринд, Г. (1998). «Гомологическое моделирование, модель и оценка программного обеспечения: три связанных ресурса» . Биоинформатика . 14 (6): 523–8. DOI : 10.1093 / биоинформатики / 14.6.523 . PMID 9694991 .
- ^ Хоофт, RW; Vriend, G; Сандер, С; Абола, Э.Е. (23 мая 1996 г.). «Ошибки в белковых структурах». Природа . 381 (6580): 272. DOI : 10.1038 / 381272a0 . PMID 8692262 .