Эти руководства обязательно носят технический характер и предназначены для редакторов, имеющих некоторый опыт рисования диаграмм химической структуры и схем реакций. Для менее технического обзора затронутых проблем см. Википедия: диаграмма молекулярной структуры .
Общий
Химические структуры и схемы реакций должны соответствовать следующему:
- Изображения следует рисовать с помощью редактора молекул , а не от руки.
- Настройки СКУД следует использовать как для конструкций, так и для схем реагирования. Эти настройки обычно доступны в виде шаблонов в программах химического рисования . Используйте шрифты без засечек, например Arial.
- Индексы, используемые для маркировки, должны иметь верхний индекс: R 1 -CH 2 -R 2 (не R 1 -CH 2 -R 2 )
- Не включайте английский текст в изображения: это предотвратит их повторное использование на других языках.
- Метильные группы следует обозначать «СН 3 », а не «Ме», если они не связаны с гетероатомом (например, «NMe 2 »). Это сделано во избежание путаницы с немецким аббревиатурой металл ( Металл ) «Я» . Использование «Et», «Pr» и т. Д. Не рекомендуется. По умолчанию «Ph» обозначает фенил и «X» галоген.
- Использование явных метильных групп в следующих случаях является стилистическим выбором, и обе формы обычно приемлемы в Википедии:
- метильные группы, присоединенные к кольцу или как ответвления в более длинной углеродной цепи;
- метильные группы на конце углеродной цепи.
- Если требуются надписи для структур, рассмотрите возможность использования цифр, выделенных жирным шрифтом, которые не зависят от языка.
- Информация о стереоцентрах и стереоизомерии должна быть включена, если таковая имеется (например, с использованием клиновидных связей).
- Для статей о рацематах стереохимия должна быть изображена как неопределенная (прямые, а не волнистые или клиновидные связи, прикрепленные к стереогенному центру).
Использование цвета
Нет необходимости кодировать атомы цветом в соответствии с элементами на структурных чертежах, но если это сделано, следует использовать соглашения схемы Jmol . Обратите внимание, однако, что использование желтого ( ) для серы не рекомендуется, так как это может вызвать проблемы с доступом на белом фоне. В рамках данной статьи диаграммы должны быть согласованными, что означает, что в большинстве случаев они должны использовать черно-белый цвет, за исключением выделения, чтобы выделить определенный момент на определенных диаграммах. Во всех случаях следует следовать совету WP: цвет .
Технические соображения
- Изображения должны быть загружены в формате PNG или SVG . Изображения PNG должны иметь разрешение около 600–720 точек на дюйм. Следует использовать прозрачный фон. Изображения должны оставаться читаемыми при уменьшении до 450 пикселей, чтобы предотвратить конфликты с Chembox.
- Изображения SVG желательны, потому что они бесконечно масштабируемы, оставаясь при этом компактными. Однако поддержка изображений SVG среди обычных редакторов молекул ограничена и может некорректно отображаться в Википедии.
- Отсканированные изображения обычно низкого качества. Отсканированные изображения книг или журналов могут нарушать авторские права. Не загружайте их.
Предлагаемые настройки редактора молекул
Шаблоны ACS доступны в большинстве программ химического рисования .
Рисование в ACD / Chemsketch
ACD / ChemSketch - это бесплатное программное обеспечение, доступное для личного, домашнего и образовательного использования от ACDlabs . Он имеет комплексные функции химического рисования и может напрямую подключаться к PubChem , eMolecules и Chemspider для поиска в этих больших базах данных по структуре или субструктуре. Программа может читать и записывать файлы многих форматов, включая экспорт файлов PNG. Если требуются файлы SVG, рекомендуется экспортировать структурные диаграммы как расширенные метафайлы (.emf), которые могут быть прочитаны Inkscape и другими редакторами изображений.
- В меню «Параметры» выберите «Установить стиль рисования структуры» → Стиль ACS.
- Нарисуйте структуру или диаграмму реакций
- Экспортируйте файл как PNG или EMF для дальнейшей обработки (см. Ниже)
Рисование в Biovia Draw
BIOVIA Draw - это текущая версия исходной программы ISIS / Draw , теперь принадлежащая Dassault Systèmes и свободно доступная для академических и некоммерческих пользователей от BIOVIA . Другие предыдущие версии назывались Accelrys Draw и SymyxDraw. Программа может читать и записывать файлы многих форматов, кроме собственного формата файла эскиза (.skc), и может экспортировать файлы PNG. Если требуются файлы SVG, рекомендуется экспортировать структурные диаграммы как расширенные метафайлы (.emf), которые могут быть прочитаны Inkscape и другими редакторами изображений.
- В меню «Параметры» выберите «Загрузить настройки» → Документ ACS.
- Нарисуйте структуру или диаграмму реакций
- Экспортируйте файл как PNG или EMF для дальнейшей обработки (см. Ниже)
Рисование в ChemDraw
- В меню «Файл» выберите «Применить настройки документа из → Документ ACS 1996».
- Нарисуйте структуру и сохраните ее как файл ChemDraw.
- Если вы нарисовали структуру до применения каких-либо настроек, вам нужно выбрать объект, открыть меню «Объект» и выбрать «Применить настройки документа из → Документ ACS 1996».
- Затем сохраните его как файл PNG, чтобы его можно было прочитать в редакторе изображений, таком как GIMP или IrfanView (подробности см. Ниже).
Настройки СКУД следующие:
- Угол цепи: 120 градусов
- Шаг скрепления: 18% длины
- Длина переплета: 0,508 см (14,4 пт).
- Ширина жирного шрифта: 0,071 см (2 пт)
- Ширина линии: 0,021 см (0,6 пт)
- Ширина поля: 0,056 см (1,6 пт)
- Расстояние между штрихами: 0,088 см (2,5 пт).
- Подписи: Arial 10 pt
- Этикетки Atom: Arial 10 pt
- Углы и длина скрепления: рекомендуется «фиксированная».
Также рекомендуется: Для символов минус на атомах измените шрифт символа минуса на «Символ» для ясности.
Рисование в MarvinSketch
Следующие два изменения шрифта можно выполнить, перейдя в Файл → Стиль документа )
- Шрифт: Arial
- Масштаб шрифта: 18
- Ярлыки углерода: Никогда (что можно сделать, перейдя в Edit → Preferences → Structure ).
- Вид → Цвета: Монохромный
Следующие три действия можно выполнить, перейдя в Edit → Preferences → Display :
- Расстояние двойной связи: 0,18
- Толщина скрепления каркаса: 0,06
- Шрифт обведенных ярлыков обвинений: Arial
Принимая во внимание, что последний может быть выполнен, перейдя в Edit → Preferences → Bonds.
- Ориентация клина вниз: указывает вверх (дневной свет)
Отображение стереоцентра можно включить, выбрав View → Stereo → R / S Labels: All .
Рисование с помощью WinDrawChem
Существует бесплатная программа с открытым исходным кодом WinDrawChem (версия XDrawChem для Windows), которая, похоже, работает хорошо. Ссылка на сайт
Рисование в BKChem
Существует бесплатная программа с открытым исходным кодом под названием BKchem . Вы можете сохранить следующие файлы конфигурации в ~ / .bkchem под Linux или C: \ Documents and Settings \
standard.cdml:
xml version = "1.0"?> version = "0.15" xmlns = "http://www.freesoftware.fsf.org/bkchem/cdml" > version = "0.12.2" > BKchem area_color = "" font_family = "Arial" font_size = "24" line_color = "# 000" line_width = "0,06 см" paper_crop_margin = "5" paper_crop_svg = "1" paper_orientation = " портрет " paper_type = " Legal " > double-ratio = " 0.85 " length = " 1.4cm " wedge-width = " 0.18cm " width = " 0.21cm " /> length = " 1.6cm " /> < / стандартный>
prefs.xml:
xml version = "1.0"?> type = "StringType" > ru type = "StringType" > 1016x522 + 4 + 27 < latest -file1 type = "StringType" > < latest -file2 type = "StringType" > type = "IntType" > 0 type = "StringType" > ~
3D модели
CORINA онлайн
CORINA online - это простой в использовании генератор трехмерных моделей молекул, предназначенный для выполнения структурного определения с минимальными затратами времени. Это преимущество куплено отклонением от идеальной геометрии. Например, программа работает с пресетами. Насколько допустимы эти расхождения, зависит от конкретного случая и требований к качеству. CORINA не «надежна». Центры псевдохиральности могут оказаться ловушками (например, амины, хиральные в протонированной форме). Эти особенности должны быть учтены в коде SMILES , т.е. правильный относительный минимум энергии должен быть гарантирован вручную.
Создание файлов PNG
Большинство редакторов молекул не могут создавать изображения .PNG напрямую в соответствии с требованиями, изложенными выше. Этап обработки изображения также позволяет добавить холст (поле) (обычно он отсутствует в выходных данных редактора молекул).
- Сохранить как: черно-белое растровое изображение TIFF с разрешением от 720 dpi (маленькие молекулы) до 240 dpi (большие молекулы) (в ChemDraw под кнопкой «Параметры» в диалоговом окне «Сохранить как TIFF»).
- ChemDraw / ChemBioDraw 11 (2007) не может сохранять черно-белые изображения TIFF. Поэтому сохраните изображение TIFF в оттенках серого с разрешением 1200 точек на дюйм и уменьшите глубину цвета до 2 бит (черно-белый) во время обработки изображения.
- Обработка изображений (просмотр в Photoshop или Irfan):
- Добавьте холст примерно по 5% с каждой стороны (протестируйте, обычно около 30 пикселей) (Photoshop: Изображение: Размер холста, относительный, ширина 10%, высота 10%)
- Сохраните как черно-белое растровое изображение PNG (глубина цвета: 2) с прозрачным фоном.
Создание файлов SVG
Файлы SVG предпочтительнее, потому что они меньше по размеру, могут генерировать высококачественные изображения для печати и их легче переводить, если текст добавлен в механизм.
Использование ChemDraw 12 для Windows
- Нарисуйте структуру в ChemDraw 12 или новее
- Перейдите в Файл → Сохранить как
- Выберите масштабируемую векторную графику (* .svg) в качестве формата для сохранения.
ChemDraw экспортирует SVG с белым фоном. Вы можете использовать сценарий vbs по адресу User: Smallman12q / Scripts / Transperify, чтобы сделать фон прозрачным. Другой вариант - открыть файл в Inkscape, щелкнуть правой кнопкой мыши по структуре и выбрать «Разгруппировать», затем щелкнуть в любом месте на белом фоне и нажать «Удалить», затем снова сохранить.
Использование ChemDraw 12 для Mac
- Нарисуйте структуру в ChemDraw 12 или новее
- Перейдите в Файл → Сохранить как
- Выберите PDF в качестве формата сохранения
- Загрузите полученный PDF-файл в конвертер Texterity FreeSVG, и вы получите очень легкий SVG.
- Альтернативный бесплатный конвертер SVG: Онлайн конвертер SVG .
Использование MarvinSketch
- Щелкните Файл → Экспорт в изображение .
- Измените расширение имени файла на «.svg» или выберите тип файла « Масштабируемая векторная графика / SVG» (* .svg * .svgz) и нажмите « Сохранить» .
- Установите значение шкалы 112.
- Установите флажок « Использовать альфа-канал» и, наконец, нажмите « Сохранить» .
Вокруг границ диаграммы обычно остается неоправданно большой запас, поэтому часто бывает полезно обрезать изображение в векторной программе, такой как Inkscape, перед его загрузкой. Оставьте небольшое поле в 1,6 пт.
Использование Inkscape
Этот метод работает только в том случае, если ваш редактор молекул может экспортировать файлы в формате Windows Metafile . Например, ChemDraw поддерживает это, как и ChemSketch и BIOVIA Draw ( для последнего предпочтительнее .emf ).
- Нарисуйте структуру в редакторе молекул и сохраните ее как метафайл Windows ( .wmf ), расширенный метафайл ( .emf ) или инкапсулированный постскрипт ( .eps ).
- Откройте сохраненный файл в Inkscape.
- Измените размер изображения примерно на 400%, затем щелкните Файл → Свойства документа → По размеру страницы.
- Выделите молекулу и нажмите Путь → Объект к пути. (для обходного пути : ошибки librsvg со шрифтами)
- Нажмите «Файл» → «Сохранить как», чтобы сохранить файл как обычный SVG.
Использование Scribus
Альтернативный (но немного более сложный) способ создания высококачественных файлов SVG небольшого размера. Для преобразования EPS в SVG необходимо загрузить и установить как Scribus, так и Ghostscript .
- Нарисуйте структуру в редакторе молекул (в идеале измените настройки, чтобы размер молекулы был вдвое больше, чем в стандарте JACS, или измените размер на 200% перед следующим шагом) и сохраните его как файл Encapsulated PostScript (.eps) - многие из драйверы печати Apple (принтер Apple не требуется), которые печатают на принтере PostScript, могут быть установлены на EPS в параметрах диалогового окна печати, таким образом, при печати в файл создается подходящий файл EPS (принтеры HP с PS в имени, например, «HP LaserJet 2300 Series PS »также работает - идеально подходит для Windows 7, где трудно найти драйверы Apple)
- Откройте файл PostScript в Scribus. Обратите внимание на размер изображения и установите размер бумаги примерно на 10 пикселей больше, чем наибольший размер.
- NB: SymyxDraw обычно добавляет к чертежу прямоугольник на всю страницу - разгруппируйте, выберите прямоугольник и удалите, затем выберите все и повторно сгруппируйте структуру.
- Перейдите в Файл → Экспорт → Сохранить страницу как SVG.
Загрузка и авторские права
Пожалуйста, загружайте изображения в Wikimedia Commons, а не в английскую Википедию . Это позволяет использовать изображения в других языках Википедии и других проектах Викимедиа и значительно упрощает обновление изображений, а также избавляет кого-то от необходимости переносить структуру в Викисклад позже. Также проще найти изображения в структуре категорий Commons по сравнению с Википедией. Чтобы загружать изображения в Commons, вы должны быть там зарегистрированным пользователем. Из-за входа в систему для одного пользователя у вас уже может быть учетная запись на Commons ( проверьте здесь ).
Как обычно, загруженные изображения должны иметь правильный тег авторских прав: добавьте {{ PD-chem }} - это добавит текст. Это изображение простой структурной формулы не подлежит авторскому праву и, следовательно, находится в общественном достоянии, потому что оно полностью состоит из информация, которая является общей собственностью и не содержит оригинального авторства . Изображения, выпущенные по лицензии «только для некоммерческого использования», не принимаются и будут удалены без предупреждения, как и изображения без тега.
Самый простой способ - использовать эту предварительно заполненную форму загрузки . Пожалуйста, заполните форму и одну или несколько конкретных категорий (обычно подкатегории Категории: Химические соединения ).
Альтернативный метод:
- Перейдите на страницу загрузки (вы можете добавить ее в закладки)
- Вставьте этот текст в шаблон сводки:
- Для ChemDraw:
{{Информация| Описание = {{en | Химическая структура [[: en: ... |]]}}| Источник = {{Собственный}}| Дата = 2021-07-3| Автор = ~~~| Разрешение = {{PD-chem}}| other_versions =}}== Комментарии ==Черный / белый .PNG с высоким разрешением, созданный с помощью [[: en: ChemDraw | ChemDraw]] и [[: en: IrfanView | IrfanView]] - см. [[: En: Wikipedia: Руководство по стилю (химия) / Чертеж структуры | WikiProject Chemistry - чертеж структуры]] для получения подробных инструкций. Напишите мне, если вам нужен исходный файл.[[Категория: Химические структуры]]
- Для BKchem:
{{Информация| Описание = {{en | Химическая структура [[: en: ... |]]}}| Источник = {{Собственный}}| Дата = 2021-07-3| Автор = ~~~| Разрешение = {{PD-chem}}| other_versions =}}== Комментарии ==Файл CD-SVG, созданный с помощью [[: en: BKchem |]] - см. [[: En: Wikipedia: Руководство по стилю (химия) / Чертеж структуры | WikiProject Chemistry - чертеж структуры]] для получения подробных инструкций.[[Категория: Химические структуры]]
- Замените «...» названием статьи в Википедии и своим именем пользователя соответственно.
- Дата уже установлена на текущую дату
- Найдите свой файл и выберите его. При желании измените окончательное имя изображения в поле ниже
- Не выбирайте лицензию в форме загрузки - теги уже во вставленном тексте
- Загрузите файл
- Измените свою структуру на наиболее конкретную подкатегорию (или подкатегории) категории: химические соединения
Шаблоны
Следующие шаблоны можно использовать в Википедии и Commons для обозначения неправильных или некачественных химических структур:
Википедия: {{спорная химия | причина}} Commons: {{спорная химия | причина}} | |
Википедия: {{Химия низкого качества | причина}} Commons: {{Химия низкого качества | причина}} |
Смотрите также
- Википедия: Подготовка изображений к загрузке
- Пользователь: Benjah-bmm27 / MakingMolecules
Внешние ссылки
- Графическое представление Стереохимических конфигураций Рекомендации ИЮПАКА 2006 . Руководство по рисованию химических структур. Охватывает такие темы, как использование клиновидных и волнистых связей, валентных углов и перспективы.