Образует муниципальное образование «сельское поселение Али-Юрт», как единственный населённый пункт в его составе[7][8].
Село расположено в 8 км к юго-востоку от районного центра — города Назрань (расстояние по дороге), недалеко от столицы республики, города Магас. На западе проходит административная граница с Северной Осетией. Село находится на склонах Лесистого хребта, понижающихся к западу и северо-западу, в направлении долины Сунжи. Межгорная долина, протянувшаяся в северо-западном направлении, в которой находится село Али-Юрт, носит название «балка Мурат», её начало (юго-восточнее села) расположено на склонах горы Сейвендук (1160,6 м), через вершину которой проходит граница Ингушетии и Северной Осетии и откуда берут своё начало реки Ерусалимка и Кенч. Южнее села, уже на территории Северной Осетии, возвышается гора Волчья (811,2 м). Северо-восточнее Али-Юрта протекает небольшая речка Бари-Эли (приток реки Сурхохи), западнее расположена долина Сунжи (на её берегу стоит Магас).
Ближайшие населённые пункты: на северо-западе — город Магас, на севере — село Экажево, на северо-востоке — село Сурхахи, на юго-востоке — село Галашки, на юге — село Комгарон (Северная Осетия), на юго-западе — сёла Сунжа, Камбилеевское, Куртат и Донгарон (Северная Осетия), на западе — село Чермен (Северная Осетия)[9].
Согласно одной из версий, на территории селения Али-Юрт мог находиться древний город Магас — столица средневекового полиэтничного государства Алания, в состав которого входила, в числе прочих, и территория современной Ингушетии. Речь идёт о комплексе древних городищ «Яндаре—Гази-Юрт—Экажево—Али-Юрт—Сурхахи», которые представляют собой единый укреплённый район раннесредневековых городищ-крепостей и множество поселений между ними. В данном районе зафиксировано около 30 городищ, многочисленные поселения, соединяющие их между собой оборонительные рвы и погребальные памятники, вероятно, аланского времени[10].
Укреплённый район городищ находится на естественной возвышенности, удобной для обороны. С запада и севера протекают (в те времена бывшие более многоводными и менее проходимыми) реки Сунжа и Назранка, ещё немного севернее находится Сунженский хребет, с востока данный район защищает глубокое Ассинское ущелье, с юга — лесистые хребты Чёрных гор. Естественные рубежи усилены сторожевыми пунктами и городищами-крепостями, находящимися в пределах зрительной связи. Городища образуют несколько оборонительных поясов вокруг центральной части, где в урочище «Эрз-эли» («Камышовая балка») расположено наиболее крупное городище «Хатой-Борз» — возможно, представлявшее собой цитадель древнего Магаса. Общая площадь всего укреплённого района достигает более сотни квадратных километров[10][11].