Было расположено в 55 км от железнодорожной станции Каменец-Подольский, недалеко от пгт. Старая Ушица. В связи со строительством Днестровского гидроузла решением облисполкома от 27 октября 1981 года исключено из учётных данных как затопленное село.
Археологические раскопки свидетельствуют, что с древнейших времен вдоль берегов Днестра на этом месте располагалось множество языческих святилищ и капищ, а также курганные женские захоронения, что свидетельствует о плотной заселенности этих территорий, начиная с доисторических времен. Существует также частично подтвержденная подводными исследованиями легенда о семисаженном каменном отпечатке стопы Будды, находящемся сейчас на дне реки Смотрич.
В 1961—1964 археологи И. С. Винокур и Г. Н. Хотюн исследовали здесь остатки древнерусского городища XII—XIII вв. На примыкающем к городищу посаде открыты следы железоделательного и железообрабатывающего производств XIII в. Укрепления городища были уничтожены в середине XIII в. — возможно, в 1259 по требованию ордынского военачальника Бурундая[3].
Впервые Бакота упоминается в Ипатьевской летописи под 1240 годом[1]. В XIII веке — крупный город, важнейший политико-административный центр Днестровского Низовья (с XIV века — Подолья), которое входило в Галицко-Волынское княжество. В XII веке Бакота занимала площадь около 10 гектаров, в ней жило около 2,5 тысяч человек.
Первое упоминание о скальном мужском монастыре зафиксировано в киевской летописи 1362 года, где тот упоминается как «давно существующий». Основателем монастыря был преподобный старец Антоний (основатель Киево-Печерской Лавры). По ипатьевской летописи, в 1255 году городом завладели монголо-татары. Монахи и жители города спрятались от нападающих в лабиринте монастырских пещер. Захватчики предлагали выйти, сдаться и отречься от веры, но не достигнув успеха в переговорах, засыпали выход огромными камнями, тем самым заживо похоронив население в его убежище. В 1258 году татарами был разрушен Бакотский замок. Бакота упоминается в летописном «Списке русских городов дальних и ближних» (конец XIV века).
В 1431 году Бакота становится нейтральной приграничной территорией, как следствие перемирия между Польшей и Литвой. В этом году жители города организовывают восстание, убивают помещиков и провозглашают независимость. Через три года польские войска жестоко подавили бунт, наказали зачинщиков, сожгли дома, разрушили замок и разогнали население. После этого Бакота навсегда перестала быть городом.