Гаплогруппа E (M96) — гаплогруппа Y-хромосомы человека. Наряду с гаплогруппой D является одной из двух линий древней гаплогруппы DE 68 500 лет назад. В свою очередь, гаплогруппа E 65 200 л. н. делится на два субклада: E1-P147 и E2-M75.
Гаплогруппа E происходит от мутации Y-хромосомной гаплогруппы DE, произошедшей у мужчины, жившего 65,2 тыс. лет назад. Время жизни общего предка всех живущих носителей Y-хромосомной гаплогруппы E — 53,1 тыс. лет назад (даты определены по снипам компанией YFull[4]).
Согласно ранней гипотезе Семино и др. (Semino et al. 2004), гаплогруппа E возникла в Восточной Африке, о чём говорит плотность концентрации её субкладов на территории Африки сегодня[5]. С другой стороны, Чандрасекар и др. (Chandrasekar et al. 2007) полагают, что тот факт, что все крупные Y-гаплогруппы, происходящие от CT-M168, произошли не из Африки (включая сестринскую для гаплогруппы E гаплогруппу D, встречающуюся только в Азии), заставляет предположить, что E первоначально возникла в Азии и позднее была перенесена в Африку волной обратной миграции из Леванта. По крайней мере частично его заключения основываются на публикации Хаммера и соавторов (Hammer et al. 1997)[3]. С другой стороны, данные Хаммера, Карафет и др. (2008) заставили существенно пересмотреть хронологию возникновения Y-гаплогрупп, что «заставляет по-новому интерпретировать географическое происхождение древних подклассов»[1]. В частности, они полагают, что гаплогруппа E возникла в Африке около 50 тыс. лет назад (то есть древнее, чем до того считалось), при том, что часть родительской для неё гаплогруппы DE (ставшая предком группы D) покинула Африку ещё около 65 тыс. лет назад, что совпадает с миграцией людей современного типа из Африки[6]. По другой оценке время жизни общего предка всех живущих носителей Y-хромосомной гаплогруппы E (TMRCA) составляет не 54,2 тыс., а ок. 43,8 тыс. лет (Chuan-Chao Wang and Li Hui. 2014), а гаплогруппа DE и супергаплогруппа CT появились вне Африки[7].
В 2016 году Позник и Андерхилл показали, что Y-хромосомная гаплогруппа E возникла за пределами Африки, а общий предок всех неафриканских линий (TMRCA), в том числе гаплогрупп DE и CF, жил ~ 76 тыс. л. н. После прихода носителей гаплогруппы E в Африку её дифференциация на Чёрном континенте началась 58 тыс. лет назад[8], по другим оценкам — 65,5 ± 8,5 тыс. лет назад[9].
Взрывообразный рост числа носителей двух независимых линий субклады E1b1a1a1-M180/P88 (CTS1847, V43) произошёл примерно 5 тыс. лет назад в Африке южнее Сахары. По времени это событие совпадает с зафиксированным археологами резким распространением бантуговорящих племён, у которых гаплогруппа E преобладает[8][10]. Экспансия носителей гаплогруппы E стёрла значительную часть следов палеолитических и ранненеолитических событий на уровне генетического разнообразия Y-хромосомных линий (гаплогруппы А и В) и на уровне антропологических характеристик населения[11].