Упоминается в писцовой книге 1627—1628 годов как сельцо Скрябино, Скорятино, Зюзино тож на реке Котёл[1] . Все эти названия производны от антропонимов, зафиксированных в сводах древнерусских имён[2]. Своим названием село обязано опричнику первой тысячи из опричных войск Ивана Грозного — Василию Зюзину, которому принадлежала усадьба Зюзино, находившаяся в пригородной деревне Скрябино.
В 1646 году деревня была приобретена боярином Глебом Ивановичем Морозовым, при котором там была построена церковь во имя благоверных князей Бориса и Глеба. Сельцо стало называться село Борисовское, Зюзино тож. Название встречается до середины XIX века, когда село превращается в сельцо Зюзино (Борисоглебское) или Зюзино-Борисоглебское. В переписи 1926 года учтена как деревня Зюзино[2].
Заселение этой территории началось в эпоху неолита, когда здесь жили племена охотников и рыболовов. В бронзовом веке территорию заселяли представители фатьяновской культуры, скотоводы (находки каменных орудий). В эпоху железного века — представители дьяковской культуры. Во второй половине 1-го тысячелетия н. э. появляются поселения славян — вятичей и кривичей. Группа курганов в соседнем Чертанове свидетельствует о наличии здесь в XI—XIII веках поселений вятичей[3].
Впервые село упоминается в писцовой книге 1627 года, зафиксировавшей в Чермневе стане «сельцо Скрябине, Скорятино, Зюзино тож, на ручью, а под ним пруд».
Зюзино (Скрябино, Скорятино) последовательно находилось во владении знатных боярских родов. Существует предположение, что среди первых владельцев были потомки одной из ветвей старейшего рода Морозовых — Скрябины. Возможно, одним из первых владельцев Зюзина был «московский сын боярский Скрябин» (из рода Травиных), казнённый при князе Иване III в результате дворцовой интриги. Другое название — Скорятино. Скорятины — дворянский род, восходящий ко второй половине XVI века. В XVII веке несколько Скорятиных было стольниками и стряпчими при царском дворе[4].
В конце XV века селом владел Андрей Зюзя-Шетнев из рода знатных тверичей, в середине XVI века — Василий Григорьевич Зюзин — опричник первой тысячи, окольничий царя Ивана Грозного. В XVI—XVII веках Зюзины — занимавшие значительное положение при царском дворе дворяне.