До европейцев на этой территории были поселения коренных жителей, индейцев — племён делаваров и метоаков. Французский мореплаватель итальянского происхождения Джованни да Верраццано, который назвал это место Нувель Ангулем (фр. Nouvelle-Angoulême), доплыл до залива Нью-Йорка в 1524 году, но колония не была основана.
Подлинная история города начинается с голландских поисков быстрого пути в Азию. Генри Гудзон, англичанин на службе Голландской Ост-Индской компании, который искал выход в Тихий океан, в 1609 году вновь достиг залива Нью-Йорка и проплыл на север по реке Гудзон до будущего города Олбани и вдоль Манхэттена. С возвращением в Нидерланды Ост-Индийской компанией были сделаны выводы, что место идеально подходит для строительства первой нидерландской колонии в Америке.
Первое европейское поселение появилось по южной стороне Манхэттена уже в 1613 году. В 1626 году губернатор Новых Нидерландов Петер Минёйт выкупил остров Манхэттен у индейского племени Манахатта, а поселение на самом острове переименовали в Новый Амстердам.
В 1643 году Новый Амстердам под руководством Виллема Кифта (нидерл. Willem Kieft) начал войну против американских индейцев[1]. Во время Павонийской резни (англ. Pavonia Massacre) было убито 80 коренных жителей. 29 января 1645 война Кифта (англ. Kieft's War) закончилась победой колонизаторов.
27 мая 1647 года Питер Стуевесант стал главой Нового Амстердама. Колония получила своё самоуправление в 1652 и сформировалась как город в 1653. В 1664 году англичане завоевывали Новый Амстердам и переименовали его в Нью-Йорк в честь короля Англии Якова II (герцога Йоркского).
С 1689 по 1691 годы произошло восстание под предводительством Джайкопа Лейслера. В 1691 году король Англии послал войска с целью подавить восстание.