Католицизм в Индонезии или Католическая церковь в Индонезии является частью всемирной Католической церкви. Численность католиков в Индонезии составляет около 7000000 человек (около 3 % от общей численности населения[1]). Католики составляют значительное большинство (около 90 % от общей численности населения) только на острове Флорес архипелага Малых Зондских островов.
Первые католические миссионеры из монашеского ордена францисканцев прибыли на острова современной Индонезии в конце XIV века. В 1324 году на островах Суматра, Ява и Борнео занимался миссионерской деятельностью Одорик Порденонский. Эта деятельность францисканцев и Одорика Порденонского не принесли каких-либо значительных успехов. Обширная миссионерская деятельность Католической церкви началась при колонизации островов португальцами. В 1534 году католические миссионеры стали работать среди местного населения на Молуккских островах. В середине XVI века здесь проповедовал святой Франциск Ксаверий, который пробыл больше года. Во второй половине XVI века на Малые Зондские острова прибыли иезуиты, которые основали здесь несколько миссий. В это же время на Малые Зондские острова прибыли доминиканцы и на Суматру — кармелиты
В начале XVII века острова современной Индонезии стали колонией Голландии и деятельность Католической церкви была запрещена. Эта ситуация продолжалась до Французской революции, когда на Яве была образована Республика Батавии. В 1808 году на остров Ява прибыли католические миссионеры из Голландии и Святой Престол в этот год учредил первую католическую структуру апостольскую префектуру Батавии (сегодня — Архиепархия Джакарты).
С середины XIX и до 20-х годов XX века голландские колониальные власти препятствовали деятельности Католической церкви. В это время иезуиты, несмотря на притеснения, занимались миссионерской деятельностью. Значительную роль в иезуитской деятельности сыграл голландский иезуит Франс ван Лит, который стал основателем систему католического образования в Голландской Ост-Индии.
В 1940 году был рукоположён в епископа Альберт Сугияпраната, который стал первым индонезийским католическим иерархом. Альберт Сугияпраната имел личные связи с первым президентом Индонезии Сукарно и принимал активное политическое и гуманитарное участие в борьбе за независимость.
В 1961 году Римский папа Иоанн XXIII издал буллу Quod Christus, которой учредил 25 католических епархий в Индонезии.