Киргизы в Таджикистане (кирг. Тажикстандык кыргыздар, тадж. Қирғизҳои Тоҷикистон) — одно из крупнейших национальных меньшинств Таджикистана.
Памирские киргизы появились на территории будущей республики ещё в XVI в. и долгое время составляли основу населения высокогорий на востоке и северо-востоке страны, ассимилировав часть местных памирских групп индоевропейского происхождения. В результате национально-территориального размежевания Средней Азии (1924-1925) территории (Восточный Памир и Джергетал) исторически населенные преимущественно киргизами были переданы Таджикской АССР. Киргизы проживают на территории Мургабского (Восточный Памир) района, входившей до 2 января 1925 года в состав Кара-Киргизской АО и Лахшского района (Джиргаталь). Согласно Всесоюзной переписи населения 1926 года в Таджикской АССР насчитывалось 11 440 человек[1]. С 1926 по 2000 г. численность киргизов в Таджикистане увеличилась с 11,4 до 65,5 тыс., хотя их удельный вес несколько сократился: с 1,4% до 1,1% населения вследствие более высокой рождаемости у таджиков. Тем не менее, киргизы были единственной этнической группой страны, численность которой продолжала расти за счёт естественного прироста в условиях независимого Таджикистана. В настоящее время (2010) киргизы являются третьим по величине народом республики, опередив русских. Основные регионы концентрации киргизов — Мургабский район и Лахш[2]. Также киргизы проживают в Зафарабадском районе.
По Y-ДНК памирские киргизы Таджикистана значительно отличаются от киргизов Киргизии и не похожи ни на одну исследованную популяцию Средней Азии (главное отличие — 24% гаплогруппы N-P43)[3][4].
Это можно сформулировать и так, что географически удаленные популяции киргизов (Киргизии и Таджикистана) оказались генетически сходны, различия между ними связаны лишь соотношением центрально-азиатских и сибирских гаплогрупп. Так, у киргизов Тянь-Шаня преобладает степное влияние на генофонд, а на высокогорном (4000 м над уровнем моря) плато Памира степные влияния слабее, и поэтому у памирских киргизов лучше сохранились свидетельства сибирского происхождения киргизов, проявляющиеся в высокой частоте «сибирской» гаплогруппы N-P43 (24 %)[5][6].