Село Нагорье в былые времена имело несколько названий: Пореево (Пареево (до XVII века[2]), Никольское, затем Преображенское (по местным церквям), и, наконец, Нагорье, то есть находящееся на горе — народное название, единственное сохранившееся до наших дней[3][4].
Своё современное название село имеет с 1770 года. Это название фигурирует в документах Екатерины II[2].
Нагорье расположено недалеко от границы Переславского района с Тверской областью. Находится в 47 км к западу от районного города Переславля-Залесского[5] и в 187 км от областного города Ярославля. Ближайшие железнодорожные станции: Калязин в 48 км (в Тверской области) и Берендеево в 62 км (в Переславском районе).
Нагорьем село называется по своему местоположению, так как стоит на холме и его видно издали со всех сторон; во все стороны от села — пологая покатость[6][7]. Вокруг села довольно ровная и занятая полями и более мелкими деревнями и сёлами местность, ограниченная хвойным лесом. В низинах встречаются моховые болота с небольшим сосняком, на пригорках — еловые рощи[8].
Почва — супесчаная и малоплодородная. В селе в основном преобладают юго-западные ветры. Норма осадков в год — около 500 мм. Зима в Нагорье довольно суровая, осень и весна — мокрые, а июнь и июль обычно сухие и жаркие[8].
В 5 км от Нагорья протекает, огибая Нагорскую местность с восточной, южной и западной стороны, река Нерль, вытекающая из озера Сомино и впадающая в Волгу (фактически является продолжением реки Вёксы, вытекающей из Плещеева озера). На южной окраине села протекает приток Нерли — ручей, называемый речкой Меленкой и образующий, в начале своего течения, посредством искусственной плотины, Никольский пруд, названный так по располагавшейся здесь ранее Никольской церкви[6]. В самом селе есть также центральный Сельский (Базарский), Сельхозтехники[9] и другие более мелкие пруды.