Особо охраняемая природная территория находится в границах береговой линии озера, образуемой урезом воды при среднемеженном уровне 134,7 м абсолютной высоты. Общая площадь ООПТ — 185,0 га[3].
Длина — 2,9 км по оси или 1,7 км в расширенной части[1]. Ширина — 1,2[1]. Площадь водного зеркала — 1,8 км²[4]. Площадь водосборного бассейна — 488 км²[4]. Максимальная глубина 3,5 метра, средняя — 1 метр[1]. Берега Сомина заболочены, из-за чего озеро труднодоступно[5]. Высота над уровнем моря — 143,4 м[5]. С юго-востока впадает река Вёкса, берущая начало из Плещеева озера; на северо-западе вытекает Нерль Волжская. С востока также впадает ручей Мелника, а с севера — два безымянных ручья. В устье реки Вёкса расположен небольшой остров площадью не более 0,3 га[1].
Озеро расположено на равнине, среди которой находится Купанский торфяной массив. Находится в 2 км северо-западнее села Купанское. Расстояние от Переславля-Залесского 17 км (к северо-западу), от Плещеева озера — 7 км[5].
Поверхность воды сильно зарастает водными растениями, среди которых встречаются разные виды рдеста, ежеголовник, стрелолист, уруть, ряска и роголистник[1]. Фитопланктон состоит в основном из диатомовых[1]. Среди улова в озере преобладают щука, плотва, окунь и налим. Также встречаются судак, язь, густера, линь, уклейка и краснопёрка[6].
К озеру Сомино, которое признано памятником природы и связано с Плещеевым рекой Вёксой, подходит канализационный коллектор от Переславля. В связи с этим суд обязал администрацию Ярославской области перенести место сброса сточных вод канализации из озера Сомино. Решение суда должно быть исполнено до 31 декабря 2023 года[7].