Обер-прокурор Святейшего правительствующего синода — должность светского чиновника, назначавшегося российским императором (в 1917 году назначались Временным правительством) и бывшего его представителем в Святейшем синоде. Непосредственно в состав Святейшего Синода обер-прокурор не входил. Полномочия и роль различались в различные периоды. В течение Синодального периода церковной истории должность обер-прокурора Святейшего синода занимали тридцать четыре человека.
Существовала также должность обер-прокурора Сената — начальник департамента Правительствующего сената.
11 мая 1722 года при Святейшем синоде была учреждена должность обер-прокурора, по выражению Петра I, «ока государева и стряпчего о делах государственных в Синоде». Обер-прокурор имел в своём распоряжении синодальную канцелярию и был обязан (по инструкции) находиться «в заседаниях присутствия» Святейшего синода[1]. Его значение первоначально было невелико, ввиду его подчинения генерал-прокурору.
С июля 1726 года до 31 декабря 1741 года должность обер-прокурора пребывала незамещённой. С 1741 года, в течение всего XVIII века, его влиятельность и роль постепенно усиливались: он получил право непосредственного доклада о делах Синода «верховной власти», то есть императору. Тем не менее, обер-прокуроры в XVIII веке были фигурами с ограниченным влиянием, которое зависело от характера носителей этой должности и степени близости правивших иерархов ко Двору. При императоре Павле I произошёл даже единственный в своём роде случай, когда император через архиепископа Санкт-Петербургского Амвросия (Подобедова) уполномочил Синод самостоятельно избрать кандидата на должность обер-прокурора[1].
В XIX веке ситуация кардинально изменилась. В 1803 году, по учреждении министерств, обер-прокурор, не причисленный ни к какому министерству, был поставлен в непосредственные отношения к императору: личные доклады членов Синода монарху прекратились и все сношения между Синодом и верховною властью стали происходить через обер-прокурора.
В 1817 году было учреждено Министерство духовных дел, соединенное с Министерством народного просвещения, — так называемое «сугубое министерство» под началом князя А. Н. Голицына. Обер-прокурор оказался в подчинённом по отношению к министру отношении. Деятельность Министерства духовных дел по входившему в его состав «отделению дел греко-российского вероисповедания» вызвала ожесточённое противодействие со стороны иерархов Церкви; митрополит Серафим (Глаголевский) называл его «сие иго египетское». В итоге, в 1824 году «сугубое министерство» было упразднено, а «отделение дел греко-российского вероисповедания» было передано в ведение синодального обер-прокурора и в 1839 году вошло в состав канцелярии обер-прокурора, учреждённой в 1836 году при обер-прокуроре графе Н. А. Протасове. Обер-прокурор получил права министра по законодательным и административным делам Церкви; по вопросам его компетенции его стали приглашать на заседания Государственного совета и Комитета министров.