Алексе́й Ива́нович Полу́нин (19 сентября [1 октября] 1820, Бежецк, Тверская губерния — 3 октября 1888, Москва) — русский врач-патологоанатом, один из основоположников российской школы патологической анатомии, медицинский публицист и издатель. Доктор медицины, декан медицинского факультета и ординарный профессор Императорского Московского университета, тайный советник.
Родился 19 ноября (1 декабря) 1820 года в семье Бежецкого уездного учителя Ивана Никитича Полунина. В 1827—1828 годах учился в Бежецком уездном училище, а в 1829 году — в Костромском уездном училище, где его отец получил должность смотрителя. В 1830 году поступил в Костромскую гимназию, но из-за смерти отца был помещён в Дом призрения в Москве (впоследствии — Александринский сиротский институт), учреждённый специально, для осиротевших во время холерной эпидемии. В 1837 году Полунин окончил в нём курс и поступил по экзамену на медицинский факультет Московского университета, где учился за счёт Александринского института. В 1840 году он был награждён золотой медалью за сочинение на латинском языке, написанное на конкурсную тему: «О средствах открывать присутствие мышьяка и о противоядиях мышьяка»; сочинение было издано факультетом. В том же году он получил денежную награду от Московского опекунского совета за «особенное прилежание и похвальное поведение».
Окончив с отличием (первым по списку) 10 июня 1842 года университетский курс со званием лекаря 1-го отделения, в августе он был отправлен за границу для усовершенствования в науках. Там он посещал лекции по физиологии, сравнительной анатомии и патологической анатомии, медицинскую физику, химию, токсикологию и др.
В январе 1847 года Полунин возвратился в Москву и летом был назначен младшим врачом в Александринский сиротский институт, а в сентябре — исполняющим должность адъюнкт-профессора в терапевтическом отделении госпитальной клиники Московского университета. В это время в Москве началась эпидемия холеры и Полунин принялся за изучение этой болезни. Собрав большой научный материал он опубликовал и, 25 апреля 1848 года, защитил диссертацию на степень доктора медицины «Рассуждение о холере…». Его научные наблюдения над холерой были подтверждены другими учёными, диссертация была переведена на немецкий язык и издана в Лейпциге.
Будучи адъюнктом терапевтической клиники, Полунин читал студентам лекции и руководил их практическими занятиями; с 22 января 1849 года, после смерти профессора Филомафитского, стал читать лекций по физиологии больного человека; 19 мая 1849 года был утверждён в звании экстраординарного профессора организованной по его инициативе кафедры патологической анатомии и патологической физиологии; с 11 сентября 1853 года — ординарный профессор. Кроме патологической анатомии и патологической физиологии он читал ещё и общую терапию[1].
В 1853—1854 годы Полунин активно участвовал в борьбе с холерной эпидемией; был главным врачом холерной больницы на Ордынке.