Вильгельм Пфе́ффер (нем. Wilhelm Friedrich Philipp Pfeffer; 9 марта 1845, Гребенштайн — 31 января 1920, Лейпциг) — немецкий химик, ботаник, занимался физиологией растений.
Член Саксонской академии наук (1887)[5], иностранный член Лондонского королевского общества (1897)[6][7], член-корреспондент Берлинской академии наук (1889)[8], Парижской академии наук (1900)[9], Петербургской академии наук (1908; с 1917 — Российской академии наук)[10].
Вильгельм Пфеффер родился в семье аптекаря. Под влиянием отца он с раннего возраста интересовался естественными науками и ботаникой. Учился в гимназии, был учеником аптекаря, в 18 лет стал помощником аптекаря.
В 1863 году он поступает в Гёттингенский университет, где изучает химию и фармацевтику. Его преподавателями были известные химики Фридрих Вёлер, Вильгельм Рудольф Фиттиг и физик Вильгельм Эдуард Вебер.
После получения в 1865 году учёной степени, продолжает изучение фармацевтики в Марбургском университете. В 20 лет он имел учёную степень доктора философии.
В 1868 была опубликована «Bryologische Reisebilder aus dem Adula», в 1869 — «Bryogeographische Studien aus den Betischen Alpen» и «Zu Blüthenentwickelung der Primulaceen und Ampelideen».