Флора Мадагаскара состоит из более чем 12 000 растений, а также малоизученного количества грибов и водорослей. Около 83 % сосудистых растений Мадагаскара встречаются только на острове. Эти эндемики включают пять растений, 85 % из более чем 900 видов орхидей, около 200 видов пальм и такие знаковые виды, как дерево путешественника, шесть видов баобаба и мадагаскарский барвинок. Высокая степень эндемизма объясняется длительной изоляцией Мадагаскара после его отделения от африканских и индийских массивов суши в мезозое, 150—160 и 84—91 миллионов лет назад, соответственно. Однако от древней Гондванской флоры сохранилось несколько линий растений; большинство сохранившихся групп растений иммигрировали через океан после распада континентов.
После отделения от материка Мадагаскар, вероятно, пережил сухой период, и тропические леса расширились только позже в олигоцене до миоцена, когда количество осадков увеличилось. Сегодня влажные леса, в том числе низинные леса, в основном встречаются на восточном плато, где обильные дожди из Индийского океана улавливаются береговым откосом. Большая часть Центрального нагорья, в экорегионе субгумидных лесов, сегодня преобладают луга. Они широко известны как результат преобразования человеческого ландшафта, но некоторые из них могут быть более древними. Пастбища представляют собой мозаику с лесными массивами и кустарниками, в том числе тапиевыми лесами, и жестколистными зарослями в высоких горах. Сухие леса и сочные редколесья встречаются в более сухой западной части и переходят в уникальные колючие заросли на юго-западе, где количество осадков минимально, а сезон дождей самый короткий. Мангровые заросли встречаются на западном побережье, а множество водно-болотных угодий с адаптированной флорой встречаются по всему острову.
Первое присутствие человека на Мадагаскаре датируется лишь 2000-4000 годами назад, а заселение внутренних районов страны произошло столетия спустя. Малагасийцы использовали местную флору для различных целей, включая пищу, строительство и медицину. Экзотические растения были завезены первыми поселенцами, позже торговцами и французскими колонизаторами, и многие из них стали важными для сельского хозяйства. Среди них рис, основное блюдо малагасийской кухни, выращиваемое на террасных полях в высокогорьях, а также большой батат, таро, коровий горох и плантан. Плантационные культуры включают личи, гвоздику, кофе и ваниль, которые сегодня являются одними из основных экспортных продуктов страны. Известно более 1300 интродуцированных растений, из которых около 600 стали натурализованными, а некоторые — инвазивными.