Йозеф Адольф фон Аркс родился 10 февраля 1922 года в коммуне Нидербухситен кантона Золотурн в Швейцарии. В 1942 году окончил школу Нидербухситена и поступил в Швейцарский федеральный технический институт в Цюрихе. Аркс получил степень по биологии, затем стал изучать грибы-аскомицеты рода Mycosphaerella для написания докторской диссертации. В это время он работал ассистентом профессора Эрнста Гоймана в Институте. В 1947 году он некоторое время работал с Францем Петраком в Венском музее естественной истории. В 1948 году ему была присвоена степень доктора философии. В своей диссертации Аркс описывал жизненные циклы многих видов рода Mycosphaerella, а также выделил из Mycosphaerella tassiana несколько близких видов. С 1949 года фон Аркс работал в Фитопатологическом институте в Барне (Нидерланды). В 1957 году Аркс издал работу Revision der zu Gloeosporium gestellten Pilze, пересматривающую систематику рода Gloeosporium. В 1963 году Йозеф фон Аркс был назначен директором нидерландского Центрального бюро грибных культур. В 1972 году он стал издавать журнал Studies in Mycology, до 1985 года был его главным редактором. Йозеф Адольф фон Аркс скончался 13 апреля 1988 года после продолжительной болезни.