Епархия Чачапояса (лат. Dioecesis Chachapoyasensis) — епархия Римско-Католической церкви с центром в городе Чачапояс, Перу. Епархия Чачапояса входит в митрополию Пьюры. Кафедральным собором епархии Чачапояса является церковь святого Иоанна Крестителя.
28 мая 1803 года Святой Престол учредил епархию Майнаса, выделив её из архиепархии Лимы, епархий Уаманги (сегодня — Архиепархия Аякучо), Куэнки, Попаяна, Кито и Трухильо. В этот же день епархия Майнаса вступила в митрополию Лимы.
Первоначально кафедра епископа находилась в городе Майнас. 2 июня 1843 года Римский папа Григорий XVI издал буллу «Ex sublimi Petri», которой переместил кафедру епархии из города Майнаса в город Чачапояса и епархия стала называться по имени этого города.
5 февраля 1900 года, 5 апреля 1908 года епархия Чачапояса передала часть своей территории в пользу новых апостольской префектуры Сан-Леон-дель-Амазонаса (сегодня — Апостольский викариат Икитоса) и епархии Кахамарки.
11 января 1946 года, 7 марта 1948 года епархия Чачапояса передала часть своей территории в пользу новой апостольской префектуры Франциско Ксаверия (сегодня -Апостольский викариат святого Франциска Ксаверия в Хаен) и территориальной прелатуре Мойобамбы.