Кубок России по футболу сезона 2006/2007 проводился в соответствии со статьёй 13 Регламента российских соревнований по футболу среди команд нелюбительских футбольных клубов первого и второго дивизионов на 2006 год.[1] Победителем стал московский «Локомотив».
Победители пар определяются по итогам одного матча. На данном этапе выявляются 10 команд второго дивизиона, которые продолжат борьбу в матчах 1/32 финала, где к ним присоединятся 22 команды первого дивизиона. Хозяева матча 1/32 финала являются команды второго дивизиона.
Победители пары определяются по результатам двух встреч, на своём поле и поле соперника, победителем считается команда, забившая больше мячей, при равенстве — забившая больше мячей на поле соперника. С 1/16 финала в соревнования подключаются 16 команд Премьер-лиги, распределённые по сетке Кубка России по футболу жребием.
* ФК «Динамо» Махачкала не прошёл аттестацию и по решению от 25 января 2007 был исключён из состава участников Ассоциации ПФЛ.
Москва: Жевнов — Годунок — Барриентос — Кузьмин — Ребежа (к), (Голубов 106'), Быстров — Набабкин — Йоп — Семак — (Иванов 46'), Бракамонте — (Чижек 76'), Адамов
Главный тренер: Леонид Слуцкий
Локомотив: Якупович — Концедалов — О’Коннор — Ефимов — Родолфо — Спахич — Иванович — Билялетдинов — Гуренко — Самедов — (Фининьо 110'), Лоськов (к), Сычёв
Главный тренер: Анатолий Бышовец