Префектура Хакодатэ (яп. 函館県 Хакодатэ-кэн) — упразднённая префектура, располагавшаяся на острове Хоккайдо с 1882 по 1886 год. Административный центр префектуры — город Хакодатэ.
В 1882 году по завершении десятилетнего план Комиссии по развитию Хоккайдо были образованы три префектуры Нэмуро, Саппоро и Хакодатэ. В отличие от других префектур за пределами Хоккайдо, ассамблеи префектур и уездные администрации не были официально созданы в этих трёх префектурах из-за удобства продолжения выполнения обязанностей Комиссии и низкой плотности населения[1][2].